Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,795,982 |
A→G |
S320P (TCC→CCC) |
rfaK ← |
putative hexose transferase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,795,982 | 0 | A | G | 100.0%
| 1319.8
/ NA
| 417 | S320P (TCC→CCC) | rfaK | putative hexose transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (229/188); total (229/188) |
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGA > NC_000913/3795892‑3796073
|
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tctTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGcc < 1:5686000/93‑1 (MQ=255)
tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt > 1:4429547/1‑93 (MQ=255)
tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt < 1:3976499/93‑1 (MQ=255)
aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 1:706137/1‑93 (MQ=255)
aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 2:4413542/1‑93 (MQ=255)
aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt < 1:3710670/93‑1 (MQ=255)
cTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTa > 2:6022794/1‑93 (MQ=255)
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tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 1:5798808/1‑93 (MQ=255)
tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 1:1817981/1‑93 (MQ=255)
tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 2:7246273/1‑93 (MQ=255)
gAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaaa > 1:7385319/1‑93 (MQ=255)
gAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaaa > 2:2864433/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAAt > 1:941083/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAAt > 2:1981949/1‑93 (MQ=255)
aTTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATg > 2:4597978/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGc > 2:6402774/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGc < 1:4725123/93‑1 (MQ=255)
aGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGa < 2:6619578/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGa > 1:3213510/1‑93 (MQ=255)
aGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGata < 1:6244755/93‑1 (MQ=255)
aGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGata < 2:6933389/93‑1 (MQ=255)
tttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATAtt > 2:3498399/1‑93 (MQ=255)
tttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATAtt < 2:4936238/93‑1 (MQ=255)
tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc > 2:619873/1‑93 (MQ=255)
tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc > 1:4988797/1‑93 (MQ=255)
tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc > 1:1732859/1‑93 (MQ=255)
tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc < 2:3878541/93‑1 (MQ=255)
aGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCgg > 2:7636834/1‑93 (MQ=255)
aGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCgg > 1:5081322/1‑93 (MQ=255)
gTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGa > 1:3136461/1‑93 (MQ=255)
gTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGa < 2:5386992/93‑1 (MQ=255)
tCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTa > 2:3184119/1‑93 (MQ=255)
gATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACg > 1:2686222/1‑93 (MQ=255)
tCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGaa < 1:4110305/93‑1 (MQ=255)
tCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGaa > 2:2297409/1‑93 (MQ=255)
cTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAt > 1:5188777/1‑93 (MQ=255)
ttttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAtt < 2:4009052/93‑1 (MQ=255)
ttttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAtt > 2:6712029/1‑93 (MQ=255)
ttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAg > 2:3556503/1‑93 (MQ=255)
ttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAg < 2:7520701/93‑1 (MQ=255)
tACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAgg < 1:6083611/93‑1 (MQ=255)
tACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTAGGATGATACGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAgg < 1:7799492/93‑1 (MQ=255)
gTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaa > 2:7185845/1‑93 (MQ=255)
tataTGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaa > 2:2340638/1‑93 (MQ=255)
tataTGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaa < 2:7842467/93‑1 (MQ=255)
atatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaaa < 2:2819873/93‑1 (MQ=255)
atatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaaa < 1:7908458/93‑1 (MQ=255)
atatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaaa < 1:119616/93‑1 (MQ=255)
tatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAAt < 1:2941482/93‑1 (MQ=255)
tatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAAt > 2:3765801/1‑93 (MQ=255)
tatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAAt > 2:2607404/1‑93 (MQ=255)
atGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATg < 2:6784436/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATga > 1:254430/1‑92 (MQ=255)
tGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATga > 1:5372611/1‑92 (MQ=255)
tGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGc < 2:1357123/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGc > 1:5478682/1‑93 (MQ=255)
gTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCa < 1:4166198/93‑1 (MQ=255)
tGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAg < 2:1580501/93‑1 (MQ=255)
gggATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCg < 2:2987778/93‑1 (MQ=255)
gggATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCg < 1:4640937/93‑1 (MQ=255)
gATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGtt < 2:2734927/93‑1 (MQ=255)
gATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGtt < 2:5366146/93‑1 (MQ=255)
aTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTg > 1:3864122/1‑93 (MQ=255)
aTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTg < 1:1016588/93‑1 (MQ=255)
aTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTg < 2:1200193/93‑1 (MQ=255)
aCTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGt < 2:1690600/93‑1 (MQ=255)
aCTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGt > 1:7161878/1‑93 (MQ=255)
tATGTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGttt < 1:2100058/93‑1 (MQ=255)
aTTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTa > 1:1409304/1‑93 (MQ=255)
aTTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTa < 2:5068259/93‑1 (MQ=255)
tttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAt > 2:3139098/1‑93 (MQ=255)
tttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAt < 1:2193974/93‑1 (MQ=255)
tttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAt > 1:6844739/1‑93 (MQ=255)
gTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAt > 1:2400269/1‑93 (MQ=255)
gTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAt < 2:5186969/93‑1 (MQ=255)
tataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATa < 2:64370/93‑1 (MQ=255)
ataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATaa > 2:5833038/1‑93 (MQ=255)
ataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATaa < 2:5472029/93‑1 (MQ=255)
taGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAg > 1:2757005/1‑93 (MQ=255)
aGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGc < 2:5682350/93‑1 (MQ=255)
aGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGc < 1:6179061/93‑1 (MQ=255)
aTTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCg > 1:4857408/1‑93 (MQ=255)
tttATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGc > 1:3590461/1‑93 (MQ=255)
ttATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCa < 1:230087/93‑1 (MQ=255)
tATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAg > 1:4518175/1‑93 (MQ=255)
tgatgaTTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCg > 1:1656478/1‑93 (MQ=255)
gatgatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGa > 1:725206/1‑93 (MQ=255)
gatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGatat < 2:1648862/93‑1 (MQ=255)
gatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGatat > 2:4852235/1‑93 (MQ=255)
gatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGatat < 1:2866515/93‑1 (MQ=255)
atTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATg < 1:1999443/93‑1 (MQ=255)
cGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAc < 1:7647301/93‑1 (MQ=255)
cGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAc < 2:4131213/93‑1 (MQ=255)
cGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAc > 1:3394620/1‑93 (MQ=255)
ggggGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACa < 2:3954640/93‑1 (MQ=255)
ggggGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACa < 2:2099847/93‑1 (MQ=255)
ggggCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACaa < 1:6390520/93‑1 (MQ=255)
gACCAATTTAGATGCGAGGAATATTCCGGAGAACGTGAATTAGGGTAGAATGCAAGCGTTGGTTTATGCTAAGTCGCAGAGATATGAACAaga < 2:7003862/93‑1 (MQ=255)
|
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGA > NC_000913/3795892‑3796073
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 236 total aligned reads displayed.
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC > NC_000913/3795889‑3796075
|
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGG > SRR4302543.2114515/1‑94 (MQ=60)
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGG < SRR4302543.5317816/94‑1 (MQ=60)
TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGC > SRR4302543.2382778/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC > SRR4302543.2205395/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC < SRR4302543.1285345/94‑1 (MQ=60)
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC > SRR4302543.7628458/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC > SRR4302543.2696374/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCA < SRR4302543.2656679/94‑1 (MQ=60)
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCA < SRR4302543.5737892/94‑1 (MQ=60)
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCA > SRR4302543.2321263/1‑94 (MQ=60)
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCA > SRR4302543.1944341/1‑94 (MQ=60)
CTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAA > SRR4302543.5992785/1‑94 (MQ=60)
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ATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGG > SRR4302543.1597589/1‑94 (MQ=60)
ATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGG > SRR4302543.2556871/1‑94 (MQ=60)
TACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGT > SRR4302543.7231459/1‑94 (MQ=60)
ACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTT > SRR4302543.5508756/1‑94 (MQ=60)
TATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTA > SRR4302543.3330497/1‑94 (MQ=60)
TATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTA > SRR4302543.1422039/1‑94 (MQ=60)
TATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTA > SRR4302543.4607276/1‑94 (MQ=60)
TATGTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTA < SRR4302543.2118848/94‑1 (MQ=60)
ATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAT < SRR4302543.7714956/94‑1 (MQ=60)
ATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAT < SRR4302543.764623/94‑1 (MQ=60)
ATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAT > SRR4302543.6909328/1‑94 (MQ=60)
TGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAT > SRR4302543.2421975/1‑94 (MQ=60)
TGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAT < SRR4302543.5724923/94‑1 (MQ=60)
GTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATA < SRR4302543.398729/94‑1 (MQ=60)
GTATAGATTTATGATGATTCGGAGGCCAAATTAAATGCGAGGGATAGTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATA < SRR4302543.398728/94‑1 (MQ=60)
TATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAA > SRR4302543.479474/1‑94 (MQ=60)
TATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAA > SRR4302543.2680716/1‑94 (MQ=60)
ATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAG < SRR4302543.4849677/94‑1 (MQ=60)
ATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAG < SRR4302543.4578418/94‑1 (MQ=60)
ATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAG < SRR4302543.7934487/94‑1 (MQ=60)
ttaATTTATGATGATTTGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGC < SRR4302543.1706550/91‑1 (MQ=60)
TAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGC < SRR4302543.1706551/94‑1 (MQ=60)
TAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGC < SRR4302543.7850137/94‑1 (MQ=60)
TAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGC > SRR4302543.4461270/1‑94 (MQ=60)
AGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCC > SRR4302543.2406290/1‑94 (MQ=60)
AGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCC > SRR4302543.3709341/1‑94 (MQ=60)
AGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCC < SRR4302543.6237473/94‑1 (MQ=60)
GATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCG > SRR4302543.7152158/1‑94 (MQ=60)
GATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCG > SRR4302543.4901699/1‑94 (MQ=60)
GATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCG < SRR4302543.5443715/94‑1 (MQ=60)
GATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCG > SRR4302543.1870859/1‑94 (MQ=60)
ATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGC > SRR4302543.3622158/1‑94 (MQ=60)
ATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGGTTATGATAAGCCGC > SRR4302543.4697146/1‑94 (MQ=60)
TTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAG < SRR4302543.3796335/94‑1 (MQ=60)
TTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAG < SRR4302543.3796336/94‑1 (MQ=60)
TTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAG > SRR4302543.2063772/1‑94 (MQ=60)
TTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAG < SRR4302543.232074/94‑1 (MQ=60)
TATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGC < SRR4302543.2042382/94‑1 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGTCGCAGCG > SRR4302543.4859612/1‑94 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG > SRR4302543.1671307/1‑94 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG > SRR4302543.3807274/1‑94 (MQ=60)
ATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG > SRR4302543.5916104/1‑94 (MQ=60)
TGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGA > SRR4302543.731731/1‑94 (MQ=60)
TGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGA > SRR4302543.4193576/1‑94 (MQ=60)
GATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGAT < SRR4302543.7389457/94‑1 (MQ=60)
ATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATA < SRR4302543.1276651/94‑1 (MQ=60)
TGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATAT > SRR4302543.4476928/1‑94 (MQ=60)
TGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATAT < SRR4302543.896057/94‑1 (MQ=60)
GATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATG < SRR4302543.5111754/94‑1 (MQ=60)
GATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATG > SRR4302543.2805770/1‑94 (MQ=60)
GATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATG < SRR4302543.2892639/94‑1 (MQ=60)
ATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGA < SRR4302543.2017389/94‑1 (MQ=60)
TTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAA < SRR4302543.5773514/94‑1 (MQ=60)
TTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAA > SRR4302543.7806739/1‑94 (MQ=60)
TTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAA < SRR4302543.6449593/94‑1 (MQ=60)
TCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAC > SRR4302543.2640505/1‑94 (MQ=60)
TCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAC > SRR4302543.2640506/1‑94 (MQ=60)
TCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAAC > SRR4302543.3425056/1‑94 (MQ=60)
CGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACA < SRR4302543.69005/94‑1 (MQ=60)
CGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACA > SRR4302543.6188651/1‑94 (MQ=60)
GGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > SRR4302543.2859015/1‑94 (MQ=60)
GGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > SRR4302543.1808832/1‑94 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGTCGCAGCGATATGAACAAG > SRR4302543.2813873/1‑94 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGTCGCAGCGATATGAACAAG > SRR4302543.5219467/1‑94 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAG > SRR4302543.6228649/1‑94 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAG < SRR4302543.6450674/94‑1 (MQ=60)
GGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAG < SRR4302543.5130130/94‑1 (MQ=60)
GGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAG < SRR4302543.1517163/94‑1 (MQ=60)
GGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAG > SRR4302543.7027709/1‑94 (MQ=60)
GCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC > SRR4302543.3403082/1‑94 (MQ=60)
GCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC < SRR4302543.5975028/94‑1 (MQ=60)
GCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC < SRR4302543.1199091/94‑1 (MQ=60)
GCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC > SRR4302543.6942400/1‑94 (MQ=60)
|
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC > NC_000913/3795889‑3796075
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |