Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,795,982 |
A→G |
S320P (TCC→CCC) |
rfaK ← |
putative hexose transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,795,982 | 0 | A | G | 99.6%
| 760.1
/ NA
| 239 | S320P (TCC→CCC) | rfaK | putative hexose transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (152/86); total (152/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > NC_000913/3795892‑3796071
|
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ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa < 1:1092555/93‑1 (MQ=255)
ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa < 2:1936706/93‑1 (MQ=255)
tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt > 1:1297691/1‑93 (MQ=255)
aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 1:3033231/1‑93 (MQ=255)
aCTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 2:398147/1‑93 (MQ=255)
cTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCAGGGGCCAAATTa > 2:2513006/1‑93 (MQ=255)
tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 1:1381397/1‑93 (MQ=255)
tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 1:2921567/1‑93 (MQ=255)
gAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaaa > 2:1388874/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGc < 2:338575/93‑1 (MQ=255)
tAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCg > 2:4658728/1‑93 (MQ=255)
tAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATACGGGGGCCAAATTAAATGCg > 1:3127354/1‑93 (MQ=255)
gTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAg > 1:2691998/1‑93 (MQ=255)
gTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAg > 1:2133627/1‑93 (MQ=255)
ttAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAgg > 1:3791064/1‑93 (MQ=255)
ttAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAgg > 2:4532646/1‑93 (MQ=255)
ttAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAgg < 2:589176/93‑1 (MQ=255)
tAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAggg > 2:1875289/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAggg > 1:576388/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAggg < 1:3850374/93‑1 (MQ=255)
aaGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGat < 2:4349904/93‑1 (MQ=255)
aaGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGat > 1:4097611/1‑93 (MQ=255)
aGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGata > 1:2009567/1‑93 (MQ=255)
aGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGata < 1:4172227/93‑1 (MQ=255)
ttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTc < 1:530381/93‑1 (MQ=255)
ttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTc > 1:1790849/1‑93 (MQ=255)
tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc < 1:3383701/93‑1 (MQ=255)
tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc > 2:1207963/1‑93 (MQ=255)
cAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCg < 2:2262625/93‑1 (MQ=255)
aTCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGt > 2:361253/1‑93 (MQ=255)
tCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTa > 1:4475397/1‑93 (MQ=255)
tCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTa > 1:3961878/1‑93 (MQ=255)
cGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAc < 1:3388475/93‑1 (MQ=255)
cGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAc < 1:1977813/93‑1 (MQ=255)
cGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAc < 2:4263962/93‑1 (MQ=255)
cGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTAc < 2:3186028/93‑1 (MQ=255)
gATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACg > 1:4067919/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGt > 2:1796361/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGt > 1:866245/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGt > 2:2477372/1‑93 (MQ=255)
tCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGaa < 1:455242/93‑1 (MQ=255)
cTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAt > 2:4140812/1‑93 (MQ=255)
cTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAt > 2:3534249/1‑93 (MQ=255)
ttttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAtt > 2:1569356/1‑93 (MQ=255)
ttttAACGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATCTATGATGATCCGGGGACCAAACTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAtt < 1:2325665/93‑1 (MQ=255)
tttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTa > 2:2131443/1‑93 (MQ=255)
tttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTa < 1:421613/93‑1 (MQ=255)
tttACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTa < 2:2373853/93‑1 (MQ=255)
aCCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAggg < 2:2169958/93‑1 (MQ=255)
aCCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAggg < 2:2818524/93‑1 (MQ=255)
aCCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAggg > 1:257652/1‑93 (MQ=255)
ccGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGt < 2:1175904/93‑1 (MQ=255)
cGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTa > 2:2911031/1‑93 (MQ=255)
tataTGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaa > 1:928578/1‑93 (MQ=255)
tataTGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaa > 1:2244856/1‑93 (MQ=255)
tatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAAt > 2:71755/1‑93 (MQ=255)
tatGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAAt > 2:4068017/1‑93 (MQ=255)
ttGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCaa < 1:2466251/93‑1 (MQ=255)
ttGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGAGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCaa < 2:2043734/93‑1 (MQ=255)
gggATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCg > 1:3209566/1‑93 (MQ=255)
ggATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGt > 2:3407168/1‑93 (MQ=255)
gATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGtt < 2:824504/93‑1 (MQ=255)
aTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTg > 2:3749342/1‑93 (MQ=255)
aTACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTg < 2:2001375/93‑1 (MQ=255)
tACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTgg > 2:1525935/1‑93 (MQ=255)
cTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGtt > 2:3830055/1‑93 (MQ=255)
cTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGtt > 2:2657724/1‑93 (MQ=255)
aTTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTa > 1:2839207/1‑93 (MQ=255)
tttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAt > 2:3019474/1‑93 (MQ=255)
tttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAt > 1:308669/1‑93 (MQ=255)
tttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTAt < 2:1050590/93‑1 (MQ=255)
ttGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATg < 1:1650573/93‑1 (MQ=255)
tGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGa > 1:754060/1‑93 (MQ=255)
gTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAt > 2:4212757/1‑93 (MQ=255)
gTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAt > 2:4577510/1‑93 (MQ=255)
gTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAt < 1:2056335/93‑1 (MQ=255)
gTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGAt > 1:3665616/1‑93 (MQ=255)
tataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATa > 1:3453565/1‑93 (MQ=255)
ataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATaa > 1:3630772/1‑93 (MQ=255)
ataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATaa > 1:3915802/1‑93 (MQ=255)
ataGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATaa > 2:221092/1‑93 (MQ=255)
taGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAg > 2:1785750/1‑93 (MQ=255)
gATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGcc > 2:4428954/1‑93 (MQ=255)
ttATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCa > 1:7092/1‑93 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCGAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc < 2:4118334/93‑1 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc > 1:3993423/1‑93 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc > 2:2566563/1‑93 (MQ=255)
atgatgATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGc > 1:3810138/1‑93 (MQ=255)
gatgatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGa > 2:865769/1‑93 (MQ=255)
gatgatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGa > 2:1103208/1‑93 (MQ=255)
atgatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGat > 1:3459384/1‑93 (MQ=255)
tgatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGata < 1:2849121/93‑1 (MQ=255)
tgatACGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGata < 1:2106357/93‑1 (MQ=255)
gatTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGatat > 2:2321130/1‑93 (MQ=255)
atTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATg > 2:3777649/1‑93 (MQ=255)
atTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATg < 1:4307220/93‑1 (MQ=255)
ttCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGa < 1:2434883/93‑1 (MQ=255)
tCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGaa > 2:3285163/1‑93 (MQ=255)
ggggCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACaa > 2:1497750/1‑93 (MQ=255)
|
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > NC_000913/3795892‑3796071
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC > NC_000913/3795889‑3796075
|
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGG > SRR4302535.283163/1‑94 (MQ=60)
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGG < SRR4302535.3632979/94‑1 (MQ=60)
CTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCC > SRR4302535.342841/1‑94 (MQ=60)
CTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAA > SRR4302535.4260928/1‑94 (MQ=60)
TTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAT < SRR4302535.1100336/94‑1 (MQ=60)
TTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAT > SRR4302535.1306946/1‑94 (MQ=60)
TACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATT > SRR4302535.3054467/1‑94 (MQ=60)
CTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAA > SRR4302535.1391249/1‑94 (MQ=60)
CTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAA > SRR4302535.2942177/1‑94 (MQ=60)
CTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAA > SRR4302535.314509/1‑94 (MQ=60)
CTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAA < SRR4302535.3780036/94‑1 (MQ=60)
GAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAAT > SRR4302535.974719/1‑94 (MQ=60)
GAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAAT > SRR4302535.4204585/1‑94 (MQ=60)
GAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAAT < SRR4302535.3681813/94‑1 (MQ=60)
AATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATG > SRR4302535.2374402/1‑94 (MQ=60)
AATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATG > SRR4302535.4042142/1‑94 (MQ=60)
AATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATG < SRR4302535.405177/94‑1 (MQ=60)
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|
ATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAAGAGC > NC_000913/3795889‑3796075
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
