Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,215,052 |
A→G |
E122G (GAG→GGG) |
aceA → |
isocitrate lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,215,052 | 0 | A | G | 99.4%
| 1062.9
/ ‑4.5
| 341 | E122G (GAG→GGG) | aceA | isocitrate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (166/172); total (166/175) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
GATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGAGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCC > NC_000913/4214962‑4215141
|
tGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGGCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCgg > 2:331113/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCgg > 2:3440155/1‑93 (MQ=255)
ggCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGa < 2:5089531/93‑1 (MQ=255)
gCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGAt < 2:757704/93‑1 (MQ=255)
ggTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATcaa > 2:3716073/1‑93 (MQ=255)
ggTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATcaa < 1:7203784/93‑1 (MQ=255)
ggTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGCATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCTGATcaa > 1:4006241/1‑93 (MQ=255)
gTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATcaac < 2:6807506/93‑1 (MQ=255)
ggcggACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAacac > 1:6516680/1‑93 (MQ=255)
gcggACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACAcc < 2:5948784/93‑1 (MQ=255)
cggACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCt > 1:5341511/1‑93 (MQ=255)
ggACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCtt > 2:822477/1‑93 (MQ=255)
gACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTc < 2:4348274/93‑1 (MQ=255)
gACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTc < 1:5816337/93‑1 (MQ=255)
aCGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTcc > 2:2312700/1‑93 (MQ=255)
aCGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTcc < 1:2964900/93‑1 (MQ=255)
gCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCcgt < 1:967652/93‑1 (MQ=255)
tAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCcgtcg > 1:156892/1‑93 (MQ=255)
gaaCCTGGGGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCcgtcg < 1:1048106/92‑1 (MQ=255)
aCCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTg < 2:4920866/93‑1 (MQ=255)
aCCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTg > 2:5705652/1‑93 (MQ=255)
ccTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGc > 2:3674258/1‑93 (MQ=255)
cTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGcc > 1:4197969/1‑93 (MQ=255)
cTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGcc > 1:472203/1‑93 (MQ=255)
ggcggcCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGa > 2:7714891/1‑93 (MQ=255)
gcggcCCGCATGTCTCCGGCTCAGTCGCTCTGTCCGGCCGGCTCGGTGCCCGCTGTGGTGGGGCGGTTCCGCACCCCCTTCCGTCGTGCCGAt < 2:6030167/93‑1 (MQ=255)
ggcCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCa < 2:4200513/93‑1 (MQ=255)
ggcCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCa < 2:6735272/93‑1 (MQ=255)
gcCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCTGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAg > 1:468540/1‑93 (MQ=255)
cAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGAt > 1:7596639/1‑93 (MQ=255)
cAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGAt < 2:3871808/93‑1 (MQ=255)
aGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATc > 2:6952872/1‑93 (MQ=255)
aGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATc > 2:2909753/1‑93 (MQ=255)
gcgtGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAGCTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCAATCAAATcc < 2:7000400/90‑1 (MQ=255)
gCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATcc > 1:5033318/1‑93 (MQ=255)
cATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCa > 2:3616700/1‑93 (MQ=255)
cATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCa > 1:785939/1‑93 (MQ=255)
cATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCa < 1:6336778/93‑1 (MQ=255)
aTGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCaa < 1:1258285/93‑1 (MQ=255)
tGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAAt < 2:7484508/93‑1 (MQ=255)
gTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATg > 1:4312032/1‑93 (MQ=255)
tATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATgg < 2:3020258/93‑1 (MQ=255)
tCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTc > 1:4551532/1‑93 (MQ=255)
tCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTc < 2:5790895/93‑1 (MQ=255)
tCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTc < 1:3254188/93‑1 (MQ=255)
tCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTc > 2:278095/1‑93 (MQ=255)
tCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTc > 1:2471058/1‑93 (MQ=255)
tCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGAGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTc < 2:1367804/93‑1 (MQ=255)
ccGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTcc < 1:31924/93‑1 (MQ=255)
cGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCcg > 1:2806325/1‑93 (MQ=255)
ggATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCcgc > 1:832271/1‑93 (MQ=255)
aTCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCgg < 2:859181/93‑1 (MQ=255)
aTCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCgg < 2:1707013/93‑1 (MQ=255)
tCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCggg > 2:7320903/1‑93 (MQ=255)
cgTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTTCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACCCCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCa < 1:2194450/92‑1 (MQ=255)
aGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCa > 1:1748220/1‑93 (MQ=255)
gTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCAt > 2:1564551/1‑93 (MQ=255)
gTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCAt > 1:3341374/1‑93 (MQ=255)
gTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCAt < 2:5877162/93‑1 (MQ=255)
ctctATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGGGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCGATGGTCCGCGGGCATTGAg > 1:5138966/1‑93 (MQ=255)
tctATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGc > 1:7011371/1‑93 (MQ=255)
ctATCCGGCAAAGTCGGTGCCAGCGGTGGGTGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCACGGGCATTGAGcc < 1:2128294/93‑1 (MQ=255)
ctATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGcc < 1:1666753/93‑1 (MQ=255)
ctATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGcc < 2:542698/93‑1 (MQ=255)
tATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGTCg > 1:5644400/1‑93 (MQ=255)
tATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCg < 2:4782480/93‑1 (MQ=255)
aTCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCgg < 2:4453174/93‑1 (MQ=255)
tCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCggg < 2:3209956/93‑1 (MQ=255)
ccGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGc > 1:6496286/1‑93 (MQ=255)
cGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCg < 1:3664500/93‑1 (MQ=255)
ggCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGa < 2:2569164/93‑1 (MQ=255)
gCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGAt < 2:2147130/93‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATcc < 1:4358793/93‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATcc > 1:769274/1‑93 (MQ=255)
aaCTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCcg < 1:6908492/93‑1 (MQ=255)
aaCTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCcg > 2:1918976/1‑93 (MQ=255)
aCTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCcgc < 1:4928259/93‑1 (MQ=255)
tCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCgcgc > 1:2713014/1‑93 (MQ=255)
ggTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATTCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTa > 2:3952758/1‑93 (MQ=255)
ggTGCCAGCTGTGGTGGAGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTa < 1:5220306/93‑1 (MQ=255)
gTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTAt < 2:2036938/93‑1 (MQ=255)
tGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGAGATCCGCGCtcgg > 1:6211869/1‑90 (MQ=255)
ggCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATg < 1:2906135/92‑1 (MQ=255)
gCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGt < 2:5018681/93‑1 (MQ=255)
gCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGt > 2:713065/1‑93 (MQ=255)
ccAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTc > 2:1210483/1‑93 (MQ=255)
cAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCg > 1:5470928/1‑93 (MQ=255)
aGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGa > 2:164787/1‑93 (MQ=255)
aGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGa < 1:6815085/93‑1 (MQ=255)
gCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGAt < 1:2763281/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTa > 2:5516112/1‑93 (MQ=255)
tgtgGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTa < 2:457527/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTa < 2:3496160/93‑1 (MQ=255)
gtggtgGGGGGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTAc > 1:7795950/1‑93 (MQ=255)
gtggtgGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTAc < 1:6018748/93‑1 (MQ=255)
gtggGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTc < 1:3718371/93‑1 (MQ=255)
gtggGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTc < 1:7444052/93‑1 (MQ=255)
tggGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTcc < 2:6387345/93‑1 (MQ=255)
tggGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTcc < 2:631660/93‑1 (MQ=255)
tggGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTcc < 1:1873353/93‑1 (MQ=255)
|
GATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGAGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCC > NC_000913/4214962‑4215141
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGAGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCTGCC > NC_000913/4214959‑4215145
|
CGGGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGG > SRR4302543.2055220/1‑94 (MQ=60)
CGGGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGG < SRR4302543.1359654/94‑1 (MQ=60)
GGGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGG < SRR4302543.1075166/94‑1 (MQ=60)
GGGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGG < SRR4302543.6946266/94‑1 (MQ=60)
GGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGC < SRR4302543.7010512/94‑1 (MQ=60)
GGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGC < SRR4302543.865376/94‑1 (MQ=60)
GGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGC < SRR4302543.6806257/94‑1 (MQ=60)
GGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGC < SRR4302543.1365968/94‑1 (MQ=60)
GATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCG < SRR4302543.6318517/94‑1 (MQ=60)
GATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCG < SRR4302543.4941277/94‑1 (MQ=60)
GGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGAT > SRR4302543.4414455/1‑94 (MQ=60)
AGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAA > SRR4302543.5322343/1‑94 (MQ=60)
AGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGCATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCTGATCAA > SRR4302543.4041989/1‑94 (MQ=60)
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CTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCG < SRR4302543.5473459/94‑1 (MQ=60)
CTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCG > SRR4302543.2827017/1‑94 (MQ=60)
CTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCG > SRR4302543.1760274/1‑94 (MQ=60)
CTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCACGGGCATTGAGCCG < SRR4302543.2147342/94‑1 (MQ=60)
CTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGCCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCG > SRR4302543.6804262/1‑94 (MQ=60)
TATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGG < SRR4302543.5068298/94‑1 (MQ=60)
TATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGG < SRR4302543.5728403/94‑1 (MQ=60)
ATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGG > SRR4302543.5239353/1‑94 (MQ=60)
ATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGG < SRR4302543.2985443/94‑1 (MQ=60)
TCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGC < SRR4302543.7014645/94‑1 (MQ=60)
TCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGC > SRR4302543.6557484/1‑94 (MQ=60)
TCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGC > SRR4302543.3275677/1‑94 (MQ=60)
CCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCG < SRR4302543.4915957/94‑1 (MQ=60)
CGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGA > SRR4302543.999135/1‑94 (MQ=60)
CGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGA > SRR4302543.6932492/1‑94 (MQ=60)
CGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGA < SRR4302543.3696677/94‑1 (MQ=60)
GGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGAT < SRR4302543.5805857/94‑1 (MQ=60)
CAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCC > SRR4302543.5495893/1‑94 (MQ=60)
CAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCC > SRR4302543.776030/1‑94 (MQ=60)
AAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGGGGGTCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGCTCAGACCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCG > SRR4302543.5656365/1‑94 (MQ=60)
AAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCG < SRR4302543.4398285/94‑1 (MQ=60)
AAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGACGGGCGATCCG > SRR4302543.7636174/1‑94 (MQ=60)
AAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGACCAACTGGTCCGCGGGCATTGCGCGGGGCGATCCG > SRR4302543.5656364/1‑94 (MQ=60)
AACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGC < SRR4302543.6973421/94‑1 (MQ=60)
ACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCG < SRR4302543.4973149/94‑1 (MQ=60)
CTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGC > SRR4302543.109372/1‑94 (MQ=60)
CTCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGC > SRR4302543.2737666/1‑94 (MQ=60)
TCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCT > SRR4302543.2250690/1‑94 (MQ=60)
TCGGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAAAGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCT > SRR4302543.7694612/1‑94 (MQ=60)
GGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTAT < SRR4302543.5497589/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTAT < SRR4302543.4683617/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCAGCTGTGGTGGAGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTAT < SRR4302543.5267323/94‑1 (MQ=60)
GTGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGAGATCCGCGCTcgg > SRR4302543.6270523/1‑91 (MQ=60)
TGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTTAGCCGGGCGATCCGCGCTATGT > SRR4302543.5384660/1‑94 (MQ=60)
TGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGT < SRR4302543.163783/94‑1 (MQ=60)
GGCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGT < SRR4302543.2932556/94‑1 (MQ=60)
GCCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTC < SRR4302543.6427328/94‑1 (MQ=60)
CCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCG < SRR4302543.2892497/94‑1 (MQ=60)
CCAGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCG > SRR4302543.5520476/1‑94 (MQ=60)
AGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGAT > SRR4302543.6573683/1‑94 (MQ=60)
AGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGAT < SRR4302543.6879421/94‑1 (MQ=60)
AGCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGAT > SRR4302543.1702278/1‑94 (MQ=60)
GCTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATT < SRR4302543.2788426/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTA < SRR4302543.4516151/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTA > SRR4302543.3121853/1‑94 (MQ=60)
TGTGGTGGGGGGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTAC > SRR4302543.7869410/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACT < SRR4302543.6074497/94‑1 (MQ=60)
GTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCC > SRR4302543.3010264/1‑94 (MQ=60)
GTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCC < SRR4302543.3751072/94‑1 (MQ=60)
GTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCC > SRR4302543.2162481/1‑94 (MQ=60)
GTGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCC < SRR4302543.7515396/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCT < SRR4302543.6113789/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCT < SRR4302543.2902979/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCT < SRR4302543.891910/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCT < SRR4302543.1890178/94‑1 (MQ=60)
GGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCTG < SRR4302543.7890968/94‑1 (MQ=60)
GGGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCTG > SRR4302543.1114443/1‑94 (MQ=60)
GGGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCTGC < SRR4302543.444693/94‑1 (MQ=60)
GGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCTGCC < SRR4302543.7958120/94‑1 (MQ=60)
GGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCTGCC < SRR4302543.1284438/94‑1 (MQ=60)
|
CGGGATGGCAGGTAGCGGCGGACGCTAACCTGGCGGCCAGCATGTATCCGGATCAGTCGCTCTATCCGGCAAACTCGGTGCCAGCTGTGGTGGAGCGGATCAACAACACCTTCCGTCGTGCCGATCAGATCCAATGGTCCGCGGGCATTGAGCCGGGCGATCCGCGCTATGTCGATTACTTCCTGCC > NC_000913/4214959‑4215145
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
