Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
245 |
579.6 |
28867798 |
97.7% |
28203838 |
96.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,152,247 |
+C |
intergenic (+10/+29) |
yghB → / ← yqhC |
hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,152,244 | 1 | . | C | 98.4%
| 1721.3
/ 13.0
| 437 | intergenic (+7/+32) | yghB/yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/3); new base C (219/211); total (223/214) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 543 total aligned reads displayed.
TCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑T‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAA > NC_000913/3152149‑3152336
|
ccTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑ttt‑t > 2:13803555/1‑96 (MQ=255)
tgatgaTCCTGCCAATTGGCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTACCGCCTGAC‑GA‑TTt‑t‑ccc < 2:2556451/96‑1 (MQ=255)
tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTt‑t‑ccc > 2:12356851/1‑96 (MQ=255)
tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGCTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTt‑t‑ccc < 1:12585673/96‑1 (MQ=255)
gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTt‑t‑cccc < 2:3517638/96‑2 (MQ=255)
gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTt‑t‑ccccgtt < 2:11452179/96‑5 (MQ=255)
gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTt‑t‑ccccgtt < 1:9083690/96‑5 (MQ=255)
ccTGCCCATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑tccccgttccc < 1:797877/96‑1 (MQ=255)
ccTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑tccccgttccc > 1:8368742/1‑96 (MQ=255)
ccTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑tccccgttccc < 1:7197853/96‑1 (MQ=255)
ccTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑‑AAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑tccccgttcccg > 2:12841399/1‑96 (MQ=255)
cTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑tccccgttcccg > 2:14216158/1‑96 (MQ=255)
ccAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGtt > 2:11062295/1‑96 (MQ=255)
cAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTg > 2:74557/1‑96 (MQ=255)
aaTTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGc > 2:13237194/1‑96 (MQ=255)
tGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGGTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GG‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGATGCTGt > 1:1867335/1‑96 (MQ=255)
gCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTa < 1:2238138/96‑1 (MQ=255)
ccTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAc < 2:10043353/96‑1 (MQ=255)
cctGTTAACCCGCTGCTTTTTTGGCCCCGCGGTTGGTGTTGATT‑‑AAAGAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAcc < 2:10308910/94‑1 (MQ=255)
cTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAcc < 1:12365250/96‑1 (MQ=255)
cTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTAcc < 1:1996012/96‑1 (MQ=255)
ttGTTAA‑CTGCTTGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCg < 1:13721844/96‑1 (MQ=255)
ttGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCg < 2:1638711/96‑1 (MQ=255)
tGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg < 2:13372708/96‑1 (MQ=255)
tGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg < 1:3753237/96‑1 (MQ=255)
aa‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc > 1:2114765/1‑96 (MQ=255)
aa‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc < 1:7005019/96‑1 (MQ=255)
aa‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGGTGGCGGACCGGGGAc > 1:4837441/1‑96 (MQ=255)
aa‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGGTGCTGTACCGGGAAc > 2:9623252/1‑96 (MQ=255)
ccggCTGCCTTGTTGGGCCGGCGTTTGGTGGTATTT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACg < 2:8357144/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGGTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGt > 1:6267000/1‑96 (MQ=255)
ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGGGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGt > 2:10202048/1‑96 (MQ=255)
cGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTa < 1:6530538/96‑1 (MQ=255)
gCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGGAACACCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCGGTACCGGGAACggaa > 1:14185441/1‑93 (MQ=255)
cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAtt < 2:4135333/96‑1 (MQ=255)
cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAtt > 2:8850975/1‑96 (MQ=255)
ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTa < 1:3625147/96‑1 (MQ=255)
ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTa > 2:8008029/1‑96 (MQ=255)
cTTGTTAGGCACGCTGTTTGGGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCCTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGGATTTAAt > 2:4792113/1‑96 (MQ=255)
ttGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAtt > 1:609659/1‑96 (MQ=255)
tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTc > 2:6803852/1‑96 (MQ=255)
gTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GATTTT‑T‑CCCGTTCCCGGGTGCTGTTCCGGGAACGGTTTTAATTcc > 1:9306062/1‑96 (MQ=255)
gTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTCCCGGGAACGTATTTAATTcc < 1:2620681/96‑1 (MQ=255)
tAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAGCGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTcccc < 1:8808289/96‑1 (MQ=255)
aGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCt < 2:10553121/96‑1 (MQ=255)
aGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCt < 1:4116078/96‑1 (MQ=255)
aGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGGACCGGGAACGTATTTAATTCCCCt > 2:2721258/1‑96 (MQ=255)
gCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGc > 1:11807716/1‑96 (MQ=255)
gCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGc < 1:12192384/96‑1 (MQ=255)
gCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCGGTACCGGGAACGGATTTAATTCCCCTGc > 2:7281065/1‑96 (MQ=255)
cgcGCTTTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGGC‑TA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGACCGTATTTAATTCCCCTGCa < 1:1724253/94‑1 (MQ=255)
cACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCa < 1:11539259/96‑1 (MQ=255)
aCGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCAt < 2:9156863/96‑1 (MQ=255)
gCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCg > 1:2925806/1‑96 (MQ=255)
gCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCg > 2:5705729/1‑96 (MQ=255)
gTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGccc > 2:10825593/1‑96 (MQ=255)
gTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGccc < 1:460732/96‑1 (MQ=255)
gTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGccc < 2:936909/96‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCa < 2:4447691/96‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAATTAATTCCCCTGCATCGCCCGCa > 1:10101124/1‑96 (MQ=255)
gtggtgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCAt < 2:2884591/96‑1 (MQ=255)
gtggtgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCAt > 1:12992672/1‑96 (MQ=255)
tggtgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCAtt < 1:11951182/96‑1 (MQ=255)
tggtgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATCCCCCTGCATCGCCCGCAtt < 2:616025/96‑1 (MQ=255)
tagtgATT‑AAAAAAAATTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCGGGTTGCTGAACCGGGAGCGTATTTAATTCCCCTCCATCGCCCGCAtt > 1:11137666/3‑96 (MQ=255)
ggtgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTc > 2:3973268/1‑96 (MQ=255)
ggtgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTc < 1:5371138/96‑1 (MQ=255)
tgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCtt < 2:120510/96‑1 (MQ=255)
tgATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCtt < 1:13213500/96‑1 (MQ=255)
gATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTg > 2:633813/1‑96 (MQ=255)
gATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTg > 2:5043855/1‑96 (MQ=255)
aTT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGc > 2:1850480/1‑96 (MQ=255)
t‑AAAAAAAAATACTGCAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCg > 2:13036491/1‑96 (MQ=255)
aaaaaaaaTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTTCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCa > 1:10244136/1‑96 (MQ=255)
aaaaaaaTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCAt > 1:5944866/1‑96 (MQ=255)
aaaaaaaTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGCTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCAt > 2:11635341/1‑96 (MQ=255)
aaaaaTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCt < 1:74557/96‑1 (MQ=255)
aaaaaTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCt < 2:1985577/96‑1 (MQ=255)
aaaTGCTGTACCGCCTGGC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTACCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTc < 2:2971965/96‑1 (MQ=255)
aaaTACTGTAACGCCTGGC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTc < 1:7759674/96‑1 (MQ=255)
aaTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAGTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTcc > 1:7603246/1‑96 (MQ=255)
aTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTTCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTccc > 2:5313578/1‑96 (MQ=255)
aTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTccc > 2:8107407/1‑96 (MQ=255)
aTACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTccc < 2:13564324/96‑1 (MQ=255)
tACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCTCCTGCATCTCCCGCATTCTTGCCGCATCTTcccc > 1:2992014/1‑96 (MQ=255)
tACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTcccc < 1:6803852/96‑1 (MQ=255)
cTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTGCCTGGTGCTGTACCGGGGACGTGTTTAATTACCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGGATCTTCCCCCg > 2:12241864/1‑96 (MQ=255)
ctcaaCGACTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCCTCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCgg < 1:3250787/93‑1 (MQ=255)
gTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGc > 1:10634211/1‑96 (MQ=255)
aaCGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTTCCGCGTCTTTCCCCGGCGt > 1:2465207/1‑96 (MQ=255)
aaCGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGt > 2:3913991/1‑96 (MQ=255)
aaCGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGt > 1:12673859/1‑96 (MQ=255)
cGCCTGACTGT‑TTT‑C‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTca < 1:4268934/96‑1 (MQ=255)
cGCCTGAC‑GA‑TTTGC‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTca > 1:13865751/1‑96 (MQ=255)
cGCCTGAC‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCCCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTcc > 2:1365683/1‑95 (MQ=255)
c‑GA‑TTT‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGaa > 2:5517890/1‑96 (MQ=255)
gatttt‑c‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAg > 2:8502660/4‑96 (MQ=255)
tttt‑c‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGGATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCCGCGTCACACCGAAGTa > 1:10018692/2‑96 (MQ=255)
ttt‑c‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTaa < 1:9623252/96‑1 (MQ=255)
ttt‑c‑CCCGCTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTaa < 1:5608043/96‑1 (MQ=255)
|
TCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGAC‑GA‑TTT‑T‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAA > NC_000913/3152149‑3152336
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 311 total aligned reads displayed.
GTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTC > NC_000913/3152147‑3152347
|
NNNCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑C < SRR4302518.7462294/101‑1 (MQ=60)
NNNCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGCTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑C < SRR4302518.13175576/101‑1 (MQ=60)
GTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑C < SRR4302518.2744459/101‑1 (MQ=60)
CCTGATGTTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑Ccgt < SRR4302518.694595/101‑4 (MQ=60)
CCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CCGC‑GT > SRR4302518.7198132/1‑101 (MQ=60)
CCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGGTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑C‑NNN > SRR4302518.7680820/1‑101 (MQ=60)
NNNATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT < SRR4302518.9522347/101‑1 (MQ=60)
TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑C > SRR4302518.133158/1‑101 (MQ=60)
NNNGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CC < SRR4302518.10564010/101‑1 (MQ=60)
NNNGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CC < SRR4302518.12119823/101‑1 (MQ=60)
GATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CC > SRR4302518.5739590/1‑101 (MQ=60)
NNNATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCC < SRR4302518.7575260/101‑1 (MQ=60)
ATGATCCTGCCCATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCC < SRR4302518.828846/101‑1 (MQ=60)
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ATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCC > SRR4302518.1958440/1‑101 (MQ=60)
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GATCCTGCCAATTGCCTTGTTCACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑Ccgatccnnn > SRR4302518.10902776/1‑92 (MQ=60)
GATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGG > SRR4302518.5952865/1‑101 (MQ=60)
GATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑Ccgttccnnn > SRR4302518.7829067/1‑92 (MQ=60)
GATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATAATGCAACGCCTGCTG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGG > SRR4302518.2002239/1‑101 (MQ=60)
ATCCTGCCAATTGTCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTTACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCNNN > SRR4302518.14055934/1‑101 (MQ=60)
TCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTT < SRR4302518.1229318/101‑1 (MQ=60)
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TGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GGT‑CCCTGTTGCT > SRR4302518.3094579/1‑101 (MQ=60)
TGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAAGCACGCTGGTTGTGGGGATT‑AAAAAAAAATGCTGTAACCTCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTNNN > SRR4302518.13133372/1‑101 (MQ=60)
NNNCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTCTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCT < SRR4302518.12857489/101‑1 (MQ=60)
CCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTC‑CCCGGTTGCTGT > SRR4302518.3377317/1‑101 (MQ=60)
NNNTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTA < SRR4302518.12457607/101‑1 (MQ=60)
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nnntCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACC < SRR4302518.12948664/97‑1 (MQ=60)
ATTGCCTTGTTAACGGCTGGGTTTTTAGGCACGCTGTTTGGGTTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAAAGCCGGAAG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GAT‑CCCGGTTGCTtgccc > SRR4302518.4147657/1‑96 (MQ=39)
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TTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGGTGCTGgannn > SRR4302518.8093209/1‑96 (MQ=60)
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CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GGT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTA > SRR4302518.6586422/1‑101 (MQ=60)
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CGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GAT‑CCCGGGTGCTGAACCGGGAACGCATTTAA > SRR4302518.2930030/1‑101 (MQ=60)
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TGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAAAAATGTAACGGCTGACGAA‑TT‑T‑C‑CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTtacgggcacgtacttaannn > SRR4302518.11057811/1‑81 (MQ=60)
TGGCTTGTTAGGCACGCGGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTG‑CCCGGATGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTC > SRR4302518.2281674/1‑101 (MQ=60)
TGGCGTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTC < SRR4302518.5721848/101‑1 (MQ=60)
GGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTCCCGGGAACGTATTTAATTCC < SRR4302518.2746159/101‑1 (MQ=60)
NNNTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATC‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCC < SRR4302518.10819740/101‑1 (MQ=60)
GCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGGATTTAATTNNN > SRR4302518.10089232/1‑101 (MQ=60)
NTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTACCGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCN < SRR4302518.3736573/101‑1 (MQ=60)
NNNGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAGCGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCC < SRR4302518.9235766/101‑1 (MQ=60)
nnnttagccaccataTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCATGACG‑A‑TTAT‑C‑CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCT < SRR4302518.12422073/86‑1 (MQ=60)
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TAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑AT < SRR4302518.2697872/101‑1 (MQ=60)
TAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GGT‑CCCGGTTGCTGTACCTGCAACGTATTTAATTCCCTTGC‑AT > SRR4302518.3637066/1‑101 (MQ=60)
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NNNGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑AT < SRR4302518.7425766/101‑1 (MQ=60)
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NNNCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATC < SRR4302518.8050558/101‑1 (MQ=60)
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NNNACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCG < SRR4302518.8297512/101‑1 (MQ=60)
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GATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTTCTGTACCGGGAACGggttttattttcctatagtggccgcactcttgcannn > SRR4302518.12895360/1‑64 (MQ=60)
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TT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCCGTTGCTGTACCGGGAACGGATTTAAATCCCCTGC‑CTCGCCCGCATTCTTGCCGCctt > SRR4302518.2593588/1‑98 (MQ=60)
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AAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GGT‑CCCGGTTTCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCCGG‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCAcctttnnn > SRR4302518.15019652/1‑93 (MQ=60)
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G‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACG > SRR4302518.7038020/1‑101 (MQ=60)
G‑A‑TT‑T‑TCCC‑C‑GTG‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTANNN > SRR4302518.9750664/1‑101 (MQ=60)
TT‑T‑TCCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTT > SRR4302518.6550285/1‑101 (MQ=60)
TT‑T‑C‑CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCCGCGTCACACCGAAGGAACGTTT > SRR4302518.4972471/1‑101 (MQ=60)
T‑T‑C‑CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTA < SRR4302518.2847907/101‑1 (MQ=60)
T‑T‑C‑CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGCAACGTTTA > SRR4302518.1930065/1‑101 (MQ=60)
tattcCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTT > SRR4302518.3519546/6‑101 (MQ=60)
nnncCC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTT < SRR4302518.8880403/97‑1 (MQ=60)
T‑C‑CC‑C‑GTG‑CCCGGATGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCACGACGTCACACCGAAGTAACGTTCAA > SRR4302518.2459024/1‑101 (MQ=60)
CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGTACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAAC > SRR4302518.3748228/1‑101 (MQ=60)
CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAAC < SRR4302518.6419730/101‑1 (MQ=60)
C‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACT > SRR4302518.2208211/1‑101 (MQ=60)
C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAANNN > SRR4302518.14793334/1‑101 (MQ=60)
C‑GTT‑CCCGGTTGCTGGACCGGGGACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGGTTAAACTC > SRR4302518.5412150/1‑101 (MQ=60)
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GTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATT‑AAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACG‑A‑TT‑T‑T‑CC‑C‑GTT‑CCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGC‑ATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTC > NC_000913/3152147‑3152347
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
