Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,892,514 |
T→C |
intergenic (+58/+62) |
b1810 → / ← b1811 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,892,514 | 0 | T | C | 100.0%
| 366.1
/ NA
| 117 | intergenic (+58/+62) | b1810/b1811 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (75/42); total (75/42) |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGC > NC_000913/1892424‑1892602
|
tatatGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGccc > 2:4230758/1‑93 (MQ=255)
atatGCAGGAAGAACTAAAAGCACAGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCt < 1:1231425/93‑1 (MQ=255)
tatGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCtt > 1:4209602/1‑93 (MQ=255)
atGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCttt < 1:2631386/93‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCtttt < 2:2689644/93‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCtttt < 2:3559801/93‑1 (MQ=255)
gCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCttttt > 2:3115130/1‑93 (MQ=255)
cAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTtc < 1:2494063/93‑1 (MQ=255)
aGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTtct < 1:872917/93‑1 (MQ=255)
aGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTtct > 1:255284/1‑93 (MQ=255)
ggAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTtctc > 2:1757912/1‑93 (MQ=255)
ggAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTtctc < 2:3850724/93‑1 (MQ=255)
gaagaaCTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTca < 1:4130387/93‑1 (MQ=255)
gaagaaCTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTca > 2:1770554/1‑93 (MQ=255)
gaaCTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACaa > 1:3706536/1‑93 (MQ=255)
aaCTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAAt > 1:4573279/1‑93 (MQ=255)
aCTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATc > 2:1625958/1‑93 (MQ=255)
cTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCa > 2:2818159/1‑93 (MQ=255)
cTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCa < 2:1913007/93‑1 (MQ=255)
tAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCaa < 2:4337089/93‑1 (MQ=255)
tAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCACTTTTTCTCACAAtaca > 2:1146141/1‑90 (MQ=255)
aaaaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCaaa > 1:1673130/1‑93 (MQ=255)
aaaaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCaaa < 2:1170471/93‑1 (MQ=255)
aaaaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCaaa > 1:384068/1‑93 (MQ=255)
aaaaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGATTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCaaa > 1:766721/1‑93 (MQ=255)
aaaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAAt < 1:3780414/93‑1 (MQ=255)
aaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATg > 1:1983593/1‑93 (MQ=255)
aaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATg > 1:734578/1‑93 (MQ=255)
aaGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATg < 2:1251603/93‑1 (MQ=255)
gCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGat < 1:1713410/93‑1 (MQ=255)
cACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGatc > 1:3650943/1‑93 (MQ=255)
cTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGatcat > 2:3825538/1‑93 (MQ=255)
ggTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCg > 2:4332928/1‑93 (MQ=255)
ggTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCg > 1:217755/1‑93 (MQ=255)
gTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCgg > 1:3846599/1‑93 (MQ=255)
tCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGc > 1:1104172/1‑93 (MQ=255)
tCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGc > 1:3136300/1‑93 (MQ=255)
cTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCt < 1:119046/93‑1 (MQ=255)
cTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCt > 2:3965372/1‑93 (MQ=255)
gAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTc > 2:3002250/1‑93 (MQ=255)
gAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTc < 2:709107/93‑1 (MQ=255)
gTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCta > 2:4532588/1‑93 (MQ=255)
gTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCta < 2:1642992/93‑1 (MQ=255)
ttAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCtat > 2:3175114/1‑93 (MQ=255)
tAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCtata > 1:4038534/1‑93 (MQ=255)
aaaTTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATaa < 2:69336/93‑1 (MQ=255)
aaaTTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATaa < 1:2981843/93‑1 (MQ=255)
aaaTTTATATCAGAATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATaa < 2:244850/93‑1 (MQ=255)
aaTTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCCAATGATCATCGGCTTCTATAAc > 2:2364574/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAAc > 2:53537/1‑93 (MQ=255)
tttATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGa > 1:3162674/1‑93 (MQ=255)
tataTCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGaaa < 1:1106764/93‑1 (MQ=255)
tatCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATc < 2:565444/93‑1 (MQ=255)
tatCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATc > 2:3324977/1‑93 (MQ=255)
atCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCg > 1:1086803/1‑93 (MQ=255)
tCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGa > 2:124803/1‑93 (MQ=255)
tCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGa < 2:261724/93‑1 (MQ=255)
gCATAAATAGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATAc > 2:4577771/1‑93 (MQ=255)
tAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGa > 1:1458911/1‑93 (MQ=255)
tAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGa < 1:125687/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAt > 2:3585816/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAt < 2:2773151/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAt < 2:3064133/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAt < 1:395290/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAt > 1:3177601/1‑93 (MQ=255)
aaTGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGGtt > 2:3978166/1‑93 (MQ=255)
aaTGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAtt > 2:1208442/1‑93 (MQ=255)
gggTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAgt > 1:4047873/1‑93 (MQ=255)
gggTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAgt < 2:634897/93‑1 (MQ=255)
gggTCAGGACGCTATTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAgt < 2:503350/93‑1 (MQ=255)
aGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGtt > 1:2193364/1‑93 (MQ=255)
aGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTGTCTCACAATAAAATGATCATCGGCTTCTATATCGAAAGCGATACGGATTAGTGTGtt < 2:3566354/93‑1 (MQ=255)
ggACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTa > 1:4520491/1‑93 (MQ=255)
ggACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTa > 1:4045686/1‑93 (MQ=255)
ggACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGGTa > 2:2456776/1‑93 (MQ=255)
gACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTAc < 1:2387548/93‑1 (MQ=255)
gACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTAc > 1:540134/1‑93 (MQ=255)
gACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTAc > 2:2254203/1‑93 (MQ=255)
gCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCg > 1:2452213/1‑93 (MQ=255)
gCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCg < 2:3711691/93‑1 (MQ=255)
cTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGt < 2:646326/93‑1 (MQ=255)
ttttAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTc < 2:4001486/93‑1 (MQ=255)
tttAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCt > 1:167788/1‑93 (MQ=255)
tttAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCt > 2:4239169/1‑93 (MQ=255)
ttAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCtt < 2:3229692/93‑1 (MQ=255)
tAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTc > 1:3358945/1‑93 (MQ=255)
aTCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCAt < 2:2966636/93‑1 (MQ=255)
cacaTATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATcc < 1:4584381/93‑1 (MQ=255)
cacaTATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATcc < 1:2591154/93‑1 (MQ=255)
acaTATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCt > 1:643292/1‑93 (MQ=255)
caTATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTc > 1:1423239/1‑93 (MQ=255)
caTATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTc > 2:4300647/1‑93 (MQ=255)
atatAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCa > 2:35941/1‑93 (MQ=255)
tataAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCaa > 1:4518235/1‑93 (MQ=255)
aaaaGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCACAAcg > 1:2145667/1‑93 (MQ=255)
aaaaGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAAcg > 1:2145668/1‑93 (MQ=255)
aaaaGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAAcg > 2:4516831/1‑93 (MQ=255)
aaaGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAAcgc < 2:1353577/93‑1 (MQ=255)
aaGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAAcgcg > 2:18784/1‑93 (MQ=255)
aGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACgcgc > 1:472931/1‑93 (MQ=255)
|
TATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGC > NC_000913/1892424‑1892602
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGA > NC_000913/1892421‑1892607
|
ACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGC > SRR4302535.898191/1‑94 (MQ=60)
ATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCC < SRR4302535.3617163/94‑1 (MQ=60)
ATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTT > SRR4302535.4238412/1‑94 (MQ=60)
ATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACAGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTT < SRR4302535.1240230/94‑1 (MQ=60)
ATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTT < SRR4302535.2650237/94‑1 (MQ=60)
CAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCT < SRR4302535.2512059/94‑1 (MQ=60)
CAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCT > SRR4302535.257044/1‑94 (MQ=60)
AGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTC < SRR4302535.879103/94‑1 (MQ=60)
AGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTC < SRR4302535.2956667/94‑1 (MQ=60)
GGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCA > SRR4302535.4227162/1‑94 (MQ=60)
GAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCAC < SRR4302535.4158648/94‑1 (MQ=60)
AGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAA > SRR4302535.3732201/1‑94 (MQ=60)
GAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAAT > SRR4302535.4604453/1‑94 (MQ=60)
AACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATC > SRR4302535.3909355/1‑94 (MQ=60)
TAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAA > SRR4302535.1685238/1‑94 (MQ=60)
TAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAA > SRR4302535.1987390/1‑94 (MQ=60)
TAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAA > SRR4302535.386729/1‑94 (MQ=60)
TAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGATTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAA > SRR4302535.772120/1‑94 (MQ=60)
AAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAAT > SRR4302535.1316365/1‑94 (MQ=60)
AAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATG > SRR4302535.739742/1‑94 (MQ=60)
AAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATG > SRR4302535.1997874/1‑94 (MQ=60)
AAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATG < SRR4302535.3806506/94‑1 (MQ=60)
GCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATC > SRR4302535.3676223/1‑94 (MQ=60)
GCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATC < SRR4302535.1725797/94‑1 (MQ=60)
TGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCG > SRR4302535.219254/1‑94 (MQ=60)
GGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGG > SRR4302535.3873081/1‑94 (MQ=60)
GTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGC > SRR4302535.3158127/1‑94 (MQ=60)
GTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGC > SRR4302535.1112061/1‑94 (MQ=60)
CTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTT < SRR4302535.119878/94‑1 (MQ=60)
GAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCT > SRR4302535.3454716/1‑94 (MQ=60)
TTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATA > SRR4302535.4066181/1‑94 (MQ=60)
AAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAAC < SRR4302535.998214/94‑1 (MQ=60)
AAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAAC < SRR4302535.3002759/94‑1 (MQ=60)
ATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGA > SRR4302535.3184610/1‑94 (MQ=60)
TATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAAT < SRR4302535.1114669/94‑1 (MQ=60)
TATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCG > SRR4302535.1094529/1‑94 (MQ=60)
TCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGAT < SRR4302535.481388/94‑1 (MQ=60)
ATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGA > SRR4302535.1469366/1‑94 (MQ=60)
TAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAT > SRR4302535.3199580/1‑94 (MQ=60)
TAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGAT < SRR4302535.126571/94‑1 (MQ=60)
AAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATT < SRR4302535.398058/94‑1 (MQ=60)
TGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGT > SRR4302535.4075581/1‑94 (MQ=60)
CAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTT > SRR4302535.2208994/1‑94 (MQ=60)
AGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTA > SRR4302535.4551473/1‑94 (MQ=60)
AGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTA > SRR4302535.4073381/1‑94 (MQ=60)
AGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTA > SRR4302535.2334855/1‑94 (MQ=60)
GGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTAC > SRR4302535.543903/1‑94 (MQ=60)
GACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACT < SRR4302535.2404713/94‑1 (MQ=60)
CGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCG > SRR4302535.2469887/1‑94 (MQ=60)
TTTTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCT > SRR4302535.168952/1‑94 (MQ=60)
TTAATCACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTC > SRR4302535.3382326/1‑94 (MQ=60)
CACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCT < SRR4302535.4615599/94‑1 (MQ=60)
CACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCT > SRR4302535.647782/1‑94 (MQ=60)
CACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCT < SRR4302535.2609760/94‑1 (MQ=60)
ACATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTC > SRR4302535.1433402/1‑94 (MQ=60)
ATATAAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAA > SRR4302535.4549202/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCACAACG > SRR4302535.2161103/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACG > SRR4302535.2161104/1‑94 (MQ=60)
AAGCGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGC > SRR4302535.476242/1‑94 (MQ=60)
CGCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCAC > SRR4302535.4684091/1‑94 (MQ=60)
GCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACG > SRR4302535.2667047/1‑94 (MQ=60)
GCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCAAG > SRR4302535.3771176/1‑94 (MQ=60)
GCCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATAAGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACG > SRR4302535.2729064/1‑94 (MQ=60)
CCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGA > SRR4302535.2364863/1‑94 (MQ=60)
|
ACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGA > NC_000913/1892421‑1892607
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
