Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,917,590 |
T→C |
V688A (GTC→GCC) |
b1834 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,917,590 | 0 | T | C | 100.0%
| 308.2
/ NA
| 96 | V688A (GTC→GCC) | b1834 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (51/45); total (51/45) |
GTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCC > NC_000913/1917503‑1917679
|
gTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGa < 2:458201/93‑1 (MQ=255)
agtGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGAcc < 1:169155/91‑1 (MQ=255)
aTTGATGTCGGGCAAATCCAGTCGATGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAACGGCGGTCTTTTACCCGGAATATGCCCAGAcc < 2:3888246/93‑1 (MQ=255)
aTTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGAcc > 2:3857214/1‑93 (MQ=255)
ttGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCt > 2:2889556/1‑93 (MQ=255)
gATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCttt > 1:4277970/1‑93 (MQ=255)
tatCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGc > 2:1037172/1‑93 (MQ=255)
atCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCt > 2:1283592/1‑93 (MQ=255)
ggCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTcgcg < 2:3885246/93‑1 (MQ=255)
ggCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTcgcg > 1:4219908/1‑93 (MQ=255)
gaaaTCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCggt < 2:452799/92‑1 (MQ=255)
cAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCggt > 1:177787/1‑93 (MQ=255)
cAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCggt < 2:2683275/93‑1 (MQ=255)
aaaTCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCggtg > 2:1192947/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCggtggt > 2:289312/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGATCGCggtggt > 2:3402461/1‑93 (MQ=255)
tCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTa < 1:1735001/93‑1 (MQ=255)
ccAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTAc < 1:1339802/93‑1 (MQ=255)
ccAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTAc < 2:2011005/93‑1 (MQ=255)
cAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTAcg < 1:139686/93‑1 (MQ=255)
gACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTAcgcg > 2:2300333/1‑93 (MQ=255)
tGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTtct > 2:1338118/1‑93 (MQ=255)
tGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTtct > 2:1125859/1‑93 (MQ=255)
ggATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTtctc > 1:2302393/1‑93 (MQ=255)
ggATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTtctc < 2:3632259/93‑1 (MQ=255)
ggATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTtctc < 2:1936850/93‑1 (MQ=255)
gATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCa > 1:3879958/1‑93 (MQ=255)
aTCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAg > 2:337607/1‑93 (MQ=255)
tCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGt > 2:2558790/1‑93 (MQ=255)
tCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGt < 2:2069/93‑1 (MQ=255)
cTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTg > 2:1040219/1‑93 (MQ=255)
tGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTgg > 1:1109596/1‑93 (MQ=255)
aTTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTc > 2:448348/1‑93 (MQ=255)
tACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTcac < 2:4567300/93‑1 (MQ=255)
aCCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTcaca > 2:3957554/1‑93 (MQ=255)
ccGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCacac > 1:3621659/1‑93 (MQ=255)
ccGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCacac < 2:4196670/93‑1 (MQ=255)
ccGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCacac < 1:51035/93‑1 (MQ=255)
cacgcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGc < 1:4430159/93‑1 (MQ=255)
acgcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCa > 1:1332364/1‑93 (MQ=255)
acgcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCa > 1:4641696/1‑93 (MQ=255)
acgcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCa > 1:746824/1‑93 (MQ=255)
gcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCaaa > 1:2254577/1‑93 (MQ=255)
gcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCaaa < 1:1126497/93‑1 (MQ=255)
aaTGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAAtt < 1:2280939/93‑1 (MQ=255)
aTGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAAttt > 2:1065524/1‑93 (MQ=255)
tGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTc > 1:2717852/1‑93 (MQ=255)
tGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTc < 1:2241420/93‑1 (MQ=255)
gAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCg > 1:2293339/1‑93 (MQ=255)
gAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCg < 2:2190943/93‑1 (MQ=255)
gAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCg > 2:3174957/1‑93 (MQ=255)
aaGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCgg < 2:4342277/93‑1 (MQ=255)
aGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGc < 1:3248374/93‑1 (MQ=255)
aGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGc < 2:4523029/93‑1 (MQ=255)
aGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGc < 2:1691707/93‑1 (MQ=255)
aCAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGc < 1:3964474/93‑1 (MQ=255)
cAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCt < 1:468054/93‑1 (MQ=255)
cAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCt < 1:4070688/93‑1 (MQ=255)
aGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTg > 1:1220744/1‑93 (MQ=255)
gCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGc < 1:3556318/93‑1 (MQ=255)
gCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGc < 2:2479937/93‑1 (MQ=255)
aaaGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGt > 2:3990937/1‑93 (MQ=255)
aaGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGtt > 2:1362635/1‑93 (MQ=255)
aaGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGtt > 1:253775/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTg < 2:4680283/93‑1 (MQ=255)
ggCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGa < 2:161809/93‑1 (MQ=255)
ggCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGa < 2:4159446/93‑1 (MQ=255)
ggCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGa < 2:2957493/93‑1 (MQ=255)
ggCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGa < 1:1073714/93‑1 (MQ=255)
ggCGATACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGa < 1:451865/93‑1 (MQ=255)
gCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg > 2:2396330/1‑93 (MQ=255)
gCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg > 2:589490/1‑93 (MQ=255)
gTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAt > 2:2667850/1‑93 (MQ=255)
gTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAt > 1:4503260/1‑93 (MQ=255)
gTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAt > 1:2010079/1‑93 (MQ=255)
gTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAt > 2:358856/1‑93 (MQ=255)
gTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAt > 1:695991/1‑93 (MQ=255)
tACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATc < 1:3595791/93‑1 (MQ=255)
aCTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt > 1:435341/1‑93 (MQ=255)
aCTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt > 1:2181940/1‑93 (MQ=255)
aCTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt > 1:2018673/1‑93 (MQ=255)
cTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCtt > 1:1255691/1‑93 (MQ=255)
tttACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTg > 1:3312108/1‑93 (MQ=255)
tttACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTg > 2:3448142/1‑93 (MQ=255)
ttACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGa < 2:618062/93‑1 (MQ=255)
tACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGAt > 1:4617334/1‑93 (MQ=255)
aCCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATa < 1:1250284/93‑1 (MQ=255)
cccGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATAc < 2:4682371/93‑1 (MQ=255)
cGGAATATGCCCAGTCCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTa < 2:2916005/93‑1 (MQ=255)
cGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTa > 2:1173614/1‑93 (MQ=255)
ggAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAt > 1:1331403/1‑93 (MQ=255)
ggAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAt < 1:1169158/93‑1 (MQ=255)
gAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtc < 2:3024103/93‑1 (MQ=255)
aaTATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcc < 1:3149033/93‑1 (MQ=255)
aaTATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcc > 2:1944896/1‑93 (MQ=255)
tatGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctc < 2:3268741/93‑1 (MQ=255)
atGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctcc > 1:2312866/1‑93 (MQ=255)
atGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctcc > 2:1784902/1‑93 (MQ=255)
atGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctcc < 1:4367296/93‑1 (MQ=255)
|
GTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCC > NC_000913/1917503‑1917679
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCC > NC_000913/1917497‑1917683
|
GTCTCGGTAGTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTAGCTCTGACTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGC < SRR4302535.330720/94‑1 (MQ=60)
ATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGC > SRR4302535.855983/1‑94 (MQ=60)
ATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGC < SRR4302535.1066550/94‑1 (MQ=60)
AGTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCT < SRR4302535.170330/94‑1 (MQ=60)
TGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTT > SRR4302535.4307246/1‑94 (MQ=60)
GGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCG > SRR4302535.4248783/1‑94 (MQ=60)
GCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGT > SRR4302535.179022/1‑94 (MQ=60)
TCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTAC < SRR4302535.1747545/94‑1 (MQ=60)
CCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACG < SRR4302535.1349362/94‑1 (MQ=60)
CAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGC < SRR4302535.140666/94‑1 (MQ=60)
TGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTC > SRR4302535.2318866/1‑94 (MQ=60)
GGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCA > SRR4302535.3906590/1‑94 (MQ=60)
CTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGG > SRR4302535.1117521/1‑94 (MQ=60)
ACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACAC > SRR4302535.3646763/1‑94 (MQ=60)
CCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACC < SRR4302535.51411/94‑1 (MQ=60)
CACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCA > SRR4302535.752079/1‑94 (MQ=60)
CACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCA < SRR4302535.4460514/94‑1 (MQ=60)
CACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCA > SRR4302535.1341868/1‑94 (MQ=60)
CACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCA > SRR4302535.4673162/1‑94 (MQ=60)
CGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAA > SRR4302535.2270630/1‑94 (MQ=60)
GCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAAT < SRR4302535.1134539/94‑1 (MQ=60)
AATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTT < SRR4302535.2297233/94‑1 (MQ=60)
ATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTC > SRR4302535.2737263/1‑94 (MQ=60)
TGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCG < SRR4302535.2257365/94‑1 (MQ=60)
TGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCG > SRR4302535.2309745/1‑94 (MQ=60)
AGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCA < SRR4302535.3270938/94‑1 (MQ=60)
ACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCT < SRR4302535.3991555/94‑1 (MQ=60)
CAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTG < SRR4302535.4098545/94‑1 (MQ=60)
CAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTG < SRR4302535.471328/94‑1 (MQ=60)
CAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTG > SRR4302535.1229493/1‑94 (MQ=60)
GCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCG < SRR4302535.3580985/94‑1 (MQ=60)
AAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTT > SRR4302535.255527/1‑94 (MQ=60)
GGCGTGACTTTACCCGGAATATGCCCAGCCCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAG < SRR4302535.2098160/94‑1 (MQ=60)
GGCGGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAG < SRR4302535.1081351/94‑1 (MQ=60)
GGCGATACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAG < SRR4302535.455030/94‑1 (MQ=60)
GGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAT > SRR4302535.4534181/1‑94 (MQ=60)
GGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAT > SRR4302535.2024550/1‑94 (MQ=60)
GGTACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCAT > SRR4302535.700872/1‑94 (MQ=60)
TACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCT < SRR4302535.3620745/94‑1 (MQ=60)
TACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCT > SRR4302535.2197502/1‑94 (MQ=60)
TACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCT > SRR4302535.2033220/1‑94 (MQ=60)
TACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCT > SRR4302535.438374/1‑94 (MQ=60)
ACTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTT > SRR4302535.1264672/1‑94 (MQ=60)
CTTTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTG > SRR4302535.3335154/1‑94 (MQ=60)
TTACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGAT > SRR4302535.4648712/1‑94 (MQ=60)
ACCCGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATAC < SRR4302535.1259210/94‑1 (MQ=60)
CGGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAT > SRR4302535.1340902/1‑94 (MQ=60)
GGAATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATC < SRR4302535.1177506/94‑1 (MQ=60)
AATATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCT < SRR4302535.3170925/94‑1 (MQ=60)
TATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCC > SRR4302535.2329419/1‑94 (MQ=60)
ATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCA > SRR4302535.4651044/1‑94 (MQ=60)
ATGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCA < SRR4302535.4397183/94‑1 (MQ=60)
TGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAG < SRR4302535.1805276/94‑1 (MQ=60)
TGCCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAG > SRR4302535.4393188/1‑94 (MQ=60)
CCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCC < SRR4302535.2276286/94‑1 (MQ=60)
|
ATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCC > NC_000913/1917497‑1917683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
