Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,941,713 |
T→C |
S92S (AGT→AGC) |
yebI → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,941,713 | 0 | T | C | 100.0%
| 326.1
/ NA
| 104 | S92S (AGT→AGC) | yebI | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (45/59); total (45/59) |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGT > NC_000913/1941623‑1941802
|
cGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGGTCGCCACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAgcgc > 1:2543852/1‑93 (MQ=255)
ttACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGccc < 1:1049832/93‑1 (MQ=255)
ttACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGccc < 1:1076817/93‑1 (MQ=255)
gctgctgctGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTc > 1:610792/1‑93 (MQ=255)
gctgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCt > 1:1237421/1‑93 (MQ=255)
gctgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCt > 1:4265062/1‑93 (MQ=255)
tgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTgg < 2:249764/93‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTgg > 1:1719982/1‑93 (MQ=255)
ctgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGc < 1:3326679/93‑1 (MQ=255)
tgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGcc > 2:1836255/1‑93 (MQ=255)
tgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGcc < 2:1156906/93‑1 (MQ=255)
tgGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGcc < 1:3766815/93‑1 (MQ=255)
cggTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTggtggt < 2:4127418/93‑1 (MQ=255)
cggTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTggtggt < 1:1764145/93‑1 (MQ=255)
ggTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTc > 2:1237135/1‑93 (MQ=255)
gTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCg < 2:1736453/93‑1 (MQ=255)
gTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGGGGGCg > 2:862538/1‑93 (MQ=255)
tGGTATGGCTGGGGAAGCGTCCACAGCTGGTGATCGAGACGTTATTTCGGATTAGGGCTGACAGGGCGCTCATGCTGATCCTGGGGGTCgaga > 2:815887/1‑93 (MQ=255)
tGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTgg > 2:1098871/1‑92 (MQ=255)
gTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTGGTGGGt > 2:125290/1‑93 (MQ=255)
aTGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCt < 1:2692554/93‑1 (MQ=255)
gcgttGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTg > 2:4297636/5‑93 (MQ=255)
ggCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGa < 2:113856/93‑1 (MQ=255)
ggCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGa > 1:2241845/1‑93 (MQ=255)
tGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGt > 1:3875317/1‑93 (MQ=255)
tGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGt < 1:1653718/93‑1 (MQ=255)
tGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGt < 2:2730950/93‑1 (MQ=255)
tGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGt > 2:753809/1‑93 (MQ=255)
ggAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTc > 2:1717559/1‑93 (MQ=255)
gagaAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCt < 1:3418641/93‑1 (MQ=255)
gagaAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCt < 1:2126822/93‑1 (MQ=255)
agaAGCGTCCACAGCTGGCGATTGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTa < 2:3742240/93‑1 (MQ=255)
agaAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTa > 2:1597471/1‑93 (MQ=255)
gaAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGTCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTaa < 2:6212/93‑1 (MQ=255)
gaAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTaa > 2:2196678/1‑93 (MQ=255)
aaGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAat < 1:2443133/93‑1 (MQ=255)
aaGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAat < 1:1304873/93‑1 (MQ=255)
aGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAata < 1:93319/93‑1 (MQ=255)
cGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATAtt < 1:3522225/93‑1 (MQ=255)
cGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATAtt < 1:3674423/93‑1 (MQ=255)
gTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGTCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTc < 2:2315768/93‑1 (MQ=255)
gTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTc < 1:815093/93‑1 (MQ=255)
tCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGTCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCg < 1:1986238/93‑1 (MQ=255)
cccACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCg < 1:1005166/92‑1 (MQ=255)
ccACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCgt < 2:239491/93‑1 (MQ=255)
ccACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCgt < 2:1224521/93‑1 (MQ=255)
cacaGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCgtg < 1:3375251/93‑1 (MQ=255)
acaGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCgtgt > 1:1328502/1‑93 (MQ=255)
acaGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCgtgt > 1:2151403/1‑93 (MQ=255)
acaGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCgtgt < 2:697134/93‑1 (MQ=255)
caGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGtt < 2:1994591/93‑1 (MQ=255)
caGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGtt < 1:3200924/93‑1 (MQ=255)
caGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGtt > 2:1090982/1‑93 (MQ=255)
aGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttg > 1:1469836/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttga < 1:3336270/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttga < 2:824413/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttgat < 1:1072270/93‑1 (MQ=255)
tGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttgatt > 1:2239700/1‑93 (MQ=255)
ggCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttgattt < 1:1330151/93‑1 (MQ=255)
ggCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttgattt > 2:141865/1‑93 (MQ=255)
cGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGCTGGTCGTGAGTCTGATGTCGAATAGTCGTGttgatttgt > 1:4183903/1‑92 (MQ=255)
gATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttgatttgat > 1:70274/1‑93 (MQ=255)
gATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGttgatttgat < 1:1015731/93‑1 (MQ=255)
aTCGACACGTTATTGGGGATTATGGCGCACAGGGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATg < 1:4341224/93‑1 (MQ=255)
aTCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATg > 1:1086339/1‑93 (MQ=255)
aTCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATg > 2:2136525/1‑93 (MQ=255)
aTCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATg < 2:791479/93‑1 (MQ=255)
aTCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCATGTTGATTTGATg < 1:4038482/93‑1 (MQ=255)
tCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATgg > 1:2683308/1‑93 (MQ=255)
tCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATgg > 1:3490411/1‑93 (MQ=255)
gACACGTTATTAGGGGTTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCt > 2:2014041/1‑93 (MQ=255)
gACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCt < 2:770666/93‑1 (MQ=255)
cGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTAcc < 1:4145418/93‑1 (MQ=255)
attaGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGtt < 1:3779910/93‑1 (MQ=255)
gggATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGTCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGt < 2:4003286/93‑1 (MQ=255)
ggATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTg > 2:3244930/1‑93 (MQ=255)
gATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGTCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGa < 2:1835153/93‑1 (MQ=255)
gATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGa < 2:1750025/93‑1 (MQ=255)
gATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGa > 2:3283981/1‑93 (MQ=255)
gATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGa < 2:1500757/93‑1 (MQ=255)
aTTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGAt > 2:4545546/1‑93 (MQ=255)
ttATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGAtt < 1:1942094/93‑1 (MQ=255)
ttATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGAtt > 1:1529826/1‑93 (MQ=255)
ttATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGAtt > 1:860866/1‑93 (MQ=255)
ttATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGAtt > 2:3665031/1‑93 (MQ=255)
ttATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGAtt < 1:2820038/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTg > 1:1748021/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTg > 2:4493492/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTg > 1:2807235/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTg < 1:3134528/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGc < 1:4368107/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGc > 1:1970638/1‑93 (MQ=255)
ggCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCt < 1:1701407/93‑1 (MQ=255)
ggCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCt < 1:920955/93‑1 (MQ=255)
gcgcACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTg > 2:3959449/1‑93 (MQ=255)
gcgcACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTg > 1:3160670/1‑93 (MQ=255)
cgcACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTgg > 1:3185529/1‑93 (MQ=255)
gcACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGc > 2:4334910/1‑93 (MQ=255)
acaGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAg < 2:4190514/93‑1 (MQ=255)
caGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGt < 2:1418460/93‑1 (MQ=255)
|
CGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGT > NC_000913/1941623‑1941802
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGAC > NC_000913/1941620‑1941805
|
TGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGC < SRR4302535.4019413/94‑1 (MQ=60)
GCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCG < SRR4302535.2680781/94‑1 (MQ=60)
CCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGGTCGCCACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGC > SRR4302535.2562170/1‑94 (MQ=60)
TTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCT < SRR4302535.1057298/94‑1 (MQ=60)
TTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCT < SRR4302535.1084475/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTC > SRR4302535.615045/1‑94 (MQ=60)
TGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCT > SRR4302535.1246257/1‑94 (MQ=60)
TGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCT > SRR4302535.4294270/1‑94 (MQ=60)
CTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGG > SRR4302535.1732422/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCC < SRR4302535.3349828/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCT < SRR4302535.3792827/94‑1 (MQ=60)
CGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTC < SRR4302535.1776930/94‑1 (MQ=60)
GGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGT < SRR4302535.560969/94‑1 (MQ=60)
ATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTG < SRR4302535.2711801/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGA > SRR4302535.2257793/1‑94 (MQ=60)
CTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGT > SRR4302535.3901940/1‑94 (MQ=60)
TGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTC < SRR4302535.1665685/94‑1 (MQ=60)
GAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTA < SRR4302535.2142156/94‑1 (MQ=60)
GAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTA < SRR4302535.3442421/94‑1 (MQ=60)
AAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATA < SRR4302535.2460735/94‑1 (MQ=60)
AAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATA < SRR4302535.1314189/94‑1 (MQ=60)
AGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATAT < SRR4302535.93981/94‑1 (MQ=60)
CGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTC < SRR4302535.3699865/94‑1 (MQ=60)
CGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTC < SRR4302535.3546688/94‑1 (MQ=60)
GTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCG < SRR4302535.820808/94‑1 (MQ=60)
TCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGTCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGT < SRR4302535.2000542/94‑1 (MQ=60)
CCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGT < SRR4302535.1012309/94‑1 (MQ=60)
CACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGT > SRR4302535.2166868/1‑94 (MQ=60)
CACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGT < SRR4302535.3398725/94‑1 (MQ=60)
CACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGT > SRR4302535.1337981/1‑94 (MQ=60)
CAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTG > SRR4302535.1480364/1‑94 (MQ=60)
CAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTG < SRR4302535.3223086/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGAT < SRR4302535.3359503/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATT < SRR4302535.1079891/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATT > SRR4302535.2255633/1‑94 (MQ=60)
TGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTT > SRR4302535.2033387/1‑94 (MQ=60)
GGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTG < SRR4302535.1339639/94‑1 (MQ=60)
GCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGCTGGTCGTGAGTCTGATGTCGAATAGTCGTGTTGATTTGT > SRR4302535.4212531/1‑94 (MQ=60)
CGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGAT > SRR4302535.70790/1‑94 (MQ=60)
GATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATG > SRR4302535.1094062/1‑94 (MQ=60)
GATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATG < SRR4302535.1022952/94‑1 (MQ=60)
ATCGACACGTTATTGGGGATTATGGCGCACAGGGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGG < SRR4302535.4370917/94‑1 (MQ=60)
ATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGTCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGG < SRR4302535.1387949/94‑1 (MQ=60)
ATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGG < SRR4302535.355139/94‑1 (MQ=60)
ATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGG > SRR4302535.3514666/1‑94 (MQ=60)
ATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGG > SRR4302535.2702499/1‑94 (MQ=60)
ATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCATGTTGATTTGATGG < SRR4302535.4066129/94‑1 (MQ=60)
CACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTAC > SRR4302535.3079314/1‑94 (MQ=60)
CGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCT < SRR4302535.4173804/94‑1 (MQ=60)
ATTAGGGATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTC < SRR4302535.3805998/94‑1 (MQ=60)
ATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATT > SRR4302535.866948/1‑94 (MQ=60)
ATTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATT > SRR4302535.1540847/1‑94 (MQ=60)
TTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTT < SRR4302535.1956083/94‑1 (MQ=60)
TTATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTT < SRR4302535.2840067/94‑1 (MQ=60)
TATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTG > SRR4302535.1760667/1‑94 (MQ=60)
TATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTG > SRR4302535.2827190/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGC > SRR4302535.1984832/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGC < SRR4302535.3156350/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCT < SRR4302535.4397999/94‑1 (MQ=60)
GGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTG < SRR4302535.1713704/94‑1 (MQ=60)
GGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTG > SRR4302535.3182597/1‑94 (MQ=60)
GGCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTG < SRR4302535.927487/94‑1 (MQ=60)
GCGCACAGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGG > SRR4302535.3207553/1‑94 (MQ=60)
AGCGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGA > SRR4302535.1297993/1‑94 (MQ=60)
GCGCCCTGTCGCTGGGTCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGAC < SRR4302535.2476889/94‑1 (MQ=60)
|
TGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGAC > NC_000913/1941620‑1941805
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
