Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,973,993 |
T→C |
E96G (GAA→GGA) |
motB ← |
MotB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,973,993 | 0 | T | C | 99.2%
| 401.9
/ NA
| 129 | E96G (GAA→GGA) | motB | MotB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (65/63); total (65/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
ATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCC > NC_000913/1973903‑1974082
|
aTCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTccc > 1:3404913/1‑93 (MQ=255)
cAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCcccc < 2:3105804/93‑1 (MQ=255)
aaCTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCCCTcccccc < 1:4008050/93‑1 (MQ=255)
aCTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCt < 1:3669982/93‑1 (MQ=255)
cGAGATCCCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCttt < 1:3336927/93‑1 (MQ=255)
cGAGATCACCCCGCAATTTCCGCTATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCttt > 2:3640465/1‑93 (MQ=255)
gagaTCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTg > 2:2248635/1‑93 (MQ=255)
gaTCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTggg > 2:647202/1‑93 (MQ=255)
aTCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGgt > 2:4424994/1‑93 (MQ=255)
tCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGgtg < 1:1041626/93‑1 (MQ=255)
tCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGgtg > 1:3356071/1‑93 (MQ=255)
aCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTa > 1:1457522/1‑93 (MQ=255)
aCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTa > 2:4019799/1‑93 (MQ=255)
aCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTa > 2:936572/1‑93 (MQ=255)
ccccGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTaa < 1:2418219/93‑1 (MQ=255)
ccGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCTCTGGCTTTGCGTGTAata > 2:3225558/1‑92 (MQ=255)
aaTTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAAtcatca < 1:4338295/93‑1 (MQ=255)
tCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATcaccac < 1:809447/93‑1 (MQ=255)
tCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATcaccac < 2:3002103/93‑1 (MQ=255)
tCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATcaccac < 2:1970373/93‑1 (MQ=255)
ccGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCaccacc > 1:3914869/1‑93 (MQ=255)
gCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCAccgc > 2:4174887/1‑93 (MQ=255)
aTCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCgg < 1:3533678/93‑1 (MQ=255)
gACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGaa < 1:3193415/93‑1 (MQ=255)
gACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGaa > 2:2822393/1‑93 (MQ=255)
gACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTACTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGaa > 1:2511939/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAt > 1:4182493/1‑93 (MQ=255)
cTTTTCTCCATGCGTTTTTTCGCCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAtt < 2:293193/93‑1 (MQ=255)
cTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAtt > 1:1165349/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAtt > 2:129808/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAtt < 1:19674/93‑1 (MQ=255)
tttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTg < 1:463669/93‑1 (MQ=255)
tttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTg < 1:4020355/93‑1 (MQ=255)
tttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTg < 1:419048/93‑1 (MQ=255)
tttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTg > 2:1270016/1‑93 (MQ=255)
ttGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTgg < 1:3344739/93‑1 (MQ=255)
tGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTggg < 2:1679830/93‑1 (MQ=255)
tGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTggg < 2:220447/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGc < 2:3375135/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGc > 2:2516825/1‑93 (MQ=255)
cTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCt < 2:1103798/93‑1 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt < 2:2185760/93‑1 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt > 1:2644724/1‑93 (MQ=255)
tCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCtt < 2:211807/93‑1 (MQ=255)
cATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTc < 2:3968389/93‑1 (MQ=255)
aTGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCa > 2:183420/1‑93 (MQ=255)
tGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCAc < 1:4473408/93‑1 (MQ=255)
tGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCAc > 2:3375098/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAt > 1:512667/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAt > 2:3119347/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAt < 2:778613/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAt < 2:3228781/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAt > 2:4066175/1‑93 (MQ=255)
ttttttCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAtt > 2:57338/1‑93 (MQ=255)
ttttttCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAtt > 1:2041235/1‑93 (MQ=255)
tttttCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTa < 1:1589031/93‑1 (MQ=255)
ttCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCATCGCCGGGGATTGGGCTTTCACTATTAGaa > 1:2398460/1‑93 (MQ=255)
cAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAAt < 1:1718346/93‑1 (MQ=255)
cAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAAt < 1:985924/93‑1 (MQ=255)
cAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAAt < 2:3740050/93‑1 (MQ=255)
ggCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTCTTCCCTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATg < 2:3130667/92‑1 (MQ=255)
aGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATg > 2:1149604/1‑93 (MQ=255)
gCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGc < 1:1465270/93‑1 (MQ=255)
ctctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACGGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCg > 1:1556929/1‑93 (MQ=255)
ctctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCg > 2:1251204/1‑93 (MQ=255)
tctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGa < 1:3190511/93‑1 (MQ=255)
tctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGATGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGa > 1:3301188/1‑93 (MQ=255)
ctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAt < 1:4334368/93‑1 (MQ=255)
ctTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAt < 1:1464543/93‑1 (MQ=255)
ctTCGATGTGCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAt < 2:1653401/93‑1 (MQ=255)
ttCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATc > 1:251534/1‑93 (MQ=255)
tCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcg < 1:2070076/93‑1 (MQ=255)
cGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgc < 2:1964175/93‑1 (MQ=255)
cGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgc < 2:2749051/93‑1 (MQ=255)
gATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgcc > 1:2919858/1‑93 (MQ=255)
gATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgcc > 2:2905854/1‑93 (MQ=255)
gATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgcc > 2:2774330/1‑93 (MQ=255)
gATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgcc < 2:906094/93‑1 (MQ=255)
gATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgcc > 2:1459843/1‑93 (MQ=255)
aTGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgccg < 2:1287109/93‑1 (MQ=255)
aTGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgccg < 1:111226/93‑1 (MQ=255)
tGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgccgc > 2:3484799/1‑93 (MQ=255)
tGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATAATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATcgccgc > 2:1822663/1‑93 (MQ=255)
gTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCgccgcc > 2:2003652/1‑93 (MQ=255)
ttCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGccc > 2:682438/1‑93 (MQ=255)
cGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGt < 2:2281853/93‑1 (MQ=255)
ggCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTa > 2:4267335/1‑93 (MQ=255)
gctgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTaa < 1:309937/93‑1 (MQ=255)
ctgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAc < 1:2411416/93‑1 (MQ=255)
ctgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAc > 2:1022223/1‑93 (MQ=255)
tgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAcc > 1:348003/1‑93 (MQ=255)
tgctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAcc > 2:1882524/1‑93 (MQ=255)
gctTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCg < 2:372271/93‑1 (MQ=255)
ttATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCa > 1:2220304/1‑93 (MQ=255)
ttATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCa > 1:2161722/1‑93 (MQ=255)
tATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAg > 2:3349175/1‑93 (MQ=255)
tATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAg < 1:4125342/93‑1 (MQ=255)
tCACTCCCCCCTGGCTTTTGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATTCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCg > 1:1186971/1‑93 (MQ=255)
aCTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGcc > 1:222147/1‑93 (MQ=255)
aCTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGcc < 1:4330279/93‑1 (MQ=255)
|
ATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCC > NC_000913/1973903‑1974082
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCA > NC_000913/1973901‑1974083
|
CTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCC > SRR4302535.1670932/1‑94 (MQ=60)
TATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCC > SRR4302535.3428607/1‑94 (MQ=60)
TCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCC > SRR4302535.2247347/1‑94 (MQ=60)
AACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCCCTCCCCCCT < SRR4302535.4035470/94‑1 (MQ=60)
ACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTG < SRR4302535.3695397/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGC < SRR4302535.1869957/94‑1 (MQ=60)
GGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCT < SRR4302535.3497158/94‑1 (MQ=60)
CGAGATCCCCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTG < SRR4302535.3360166/94‑1 (MQ=60)
ATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTG > SRR4302535.3379438/1‑94 (MQ=60)
ATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCCTTGGGTG > SRR4302535.588146/1‑94 (MQ=60)
TCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGT < SRR4302535.1049011/94‑1 (MQ=60)
CACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTA > SRR4302535.1467951/1‑94 (MQ=60)
CCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAAT < SRR4302535.2435629/94‑1 (MQ=60)
GCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATC < SRR4302535.2165425/94‑1 (MQ=60)
GCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATC > SRR4302535.2453855/1‑94 (MQ=60)
AATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCAC < SRR4302535.4367963/94‑1 (MQ=60)
TCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACC < SRR4302535.815109/94‑1 (MQ=60)
TCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACC > SRR4302535.3941658/1‑94 (MQ=60)
GCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCC > SRR4302535.3213697/1‑94 (MQ=60)
ATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGG < SRR4302535.3558211/94‑1 (MQ=60)
CGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTACTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAA > SRR4302535.2530047/1‑94 (MQ=60)
GACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAT < SRR4302535.3215508/94‑1 (MQ=60)
GACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAAT > SRR4302535.4211111/1‑94 (MQ=60)
ACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATT > SRR4302535.1173673/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTG > SRR4302535.4369883/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTG < SRR4302535.19823/94‑1 (MQ=60)
TTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGG < SRR4302535.421981/94‑1 (MQ=60)
TTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGG < SRR4302535.4047865/94‑1 (MQ=60)
TTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGG < SRR4302535.466911/94‑1 (MQ=60)
TTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGG < SRR4302535.3368037/94‑1 (MQ=60)
CTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTT > SRR4302535.2663665/1‑94 (MQ=60)
TGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACT < SRR4302535.4504105/94‑1 (MQ=60)
TGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACT < SRR4302535.4056345/94‑1 (MQ=60)
CGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTAT > SRR4302535.516250/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATT > SRR4302535.2055935/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAG < SRR4302535.1600499/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCATCGCCGGGGATTGGGCTTTCACTATTAGAA > SRR4302535.2415706/1‑94 (MQ=60)
TCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAAT < SRR4302535.3366049/94‑1 (MQ=60)
CAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATG < SRR4302535.992929/94‑1 (MQ=60)
CAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATG < SRR4302535.1730776/94‑1 (MQ=60)
AGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGC < SRR4302535.4348724/94‑1 (MQ=60)
AGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGC > SRR4302535.3772150/1‑94 (MQ=60)
GCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACGGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCG > SRR4302535.1568154/1‑94 (MQ=60)
GCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCG < SRR4302535.1475768/94‑1 (MQ=60)
CTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGA < SRR4302535.1288585/94‑1 (MQ=60)
CTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGATGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGA > SRR4302535.3324143/1‑94 (MQ=60)
TCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGAT < SRR4302535.3212577/94‑1 (MQ=60)
CTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATC < SRR4302535.1475035/94‑1 (MQ=60)
CTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATC < SRR4302535.4364013/94‑1 (MQ=60)
CTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATC > SRR4302535.253266/1‑94 (MQ=60)
TCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGC < SRR4302535.2084998/94‑1 (MQ=60)
CGATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCC > SRR4302535.2940459/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGC < SRR4302535.112010/94‑1 (MQ=60)
ATGTTCGGCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGGGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGC > SRR4302535.292207/1‑94 (MQ=60)
GCTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAC < SRR4302535.312086/94‑1 (MQ=60)
CTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACC < SRR4302535.2428774/94‑1 (MQ=60)
CTGCTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACC > SRR4302535.350400/1‑94 (MQ=60)
CTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCA > SRR4302535.2236105/1‑94 (MQ=60)
CTTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCA > SRR4302535.2177237/1‑94 (MQ=60)
TTATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAAGCGCAG > SRR4302535.155677/1‑94 (MQ=60)
TATTCACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGT < SRR4302535.4153576/94‑1 (MQ=60)
TTCACTCCCCCCTGGCTTTTGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATTCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCG > SRR4302535.1195453/1‑94 (MQ=60)
CACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCC > SRR4302535.223674/1‑94 (MQ=60)
ACTCCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCA < SRR4302535.4359893/94‑1 (MQ=60)
|
CTATCAACTGGTCGAGATCACCCCGCAATTTCCGCAATCGACTTTGCTCCATGCGTTTTTTCAGCTCTTCGATGTTCGGCTGCTTATTCACTTCCCCCTGGCTTTGGGTGTAATCATCACCACCGCCGGGAATTGGGCTTTCACTATTAGAAATGCGATCGCCGCCCGTAACCGCAGTCGCCA > NC_000913/1973901‑1974083
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
