Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,028,023 |
A→G |
I155V (ATT→GTT) |
yedA → |
putative transmembrane subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,028,023 | 0 | A | G | 99.0%
| 320.1
/ ‑5.0
| 102 | I155V (ATT→GTT) | yedA | putative transmembrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (36/65); total (36/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAG > NC_000913/2027934‑2028112
|
aaTGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGttt > 1:723286/1‑93 (MQ=255)
aaTGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGttt > 1:4067950/1‑93 (MQ=255)
tgggtgggTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTa > 2:2931456/1‑93 (MQ=255)
tgggtgggTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTa > 1:3257718/1‑93 (MQ=255)
gggtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTaa < 1:1412943/93‑1 (MQ=255)
ggtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAAt > 1:534888/1‑93 (MQ=255)
ggtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAAt > 1:4205403/1‑93 (MQ=255)
ggtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAAt < 2:338795/93‑1 (MQ=255)
tgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCg > 1:2691022/1‑93 (MQ=255)
gggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCgg < 2:2182380/93‑1 (MQ=255)
ggtATTGCCATTGGGCTTGCTGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGc > 2:390038/1‑93 (MQ=255)
ggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGc < 2:1489583/93‑1 (MQ=255)
ttGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGa > 2:1779950/1‑93 (MQ=255)
ttGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGa < 1:2316501/93‑1 (MQ=255)
ttGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGa > 1:2587090/1‑93 (MQ=255)
tGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑t < 2:1722059/93‑1 (MQ=255)
tGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑t < 2:561935/93‑1 (MQ=255)
tGCAATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGA‑t < 2:2506435/93‑1 (MQ=255)
gCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑tt < 2:4408266/93‑1 (MQ=255)
gCCATTGGGCTTGCCGAAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑tt < 1:1878759/93‑1 (MQ=255)
ccATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGG‑TTa > 1:3248236/1‑93 (MQ=255)
ccATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTa < 2:4057744/93‑1 (MQ=255)
cATGGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAAGAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAg < 1:2096001/93‑1 (MQ=255)
aTTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGc < 2:3598078/93‑1 (MQ=255)
aTTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGc < 1:3086357/93‑1 (MQ=255)
tGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTg < 2:4055030/93‑1 (MQ=255)
gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTgg < 1:2538975/93‑1 (MQ=255)
ggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTggg < 2:3675181/93‑1 (MQ=255)
gCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGc < 2:665254/93‑1 (MQ=255)
cTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTTGCTggggg > 2:3224796/1‑91 (MQ=255)
cTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCg < 2:451788/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGtt < 1:1949799/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGtt < 1:1086317/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGtt < 2:3464038/93‑1 (MQ=255)
gCCGGAATCAGCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGttt < 2:2904473/93‑1 (MQ=255)
ccGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTg < 2:1732169/93‑1 (MQ=255)
ccGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTg < 1:1281595/93‑1 (MQ=255)
cGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTgg < 2:3084985/93‑1 (MQ=255)
cGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTgg > 1:218708/1‑93 (MQ=255)
cGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTgg < 1:1480431/93‑1 (MQ=255)
cGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTgg > 2:1956863/1‑93 (MQ=255)
cGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTgg < 2:2072870/93‑1 (MQ=255)
ggAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGC‑TTAGCTGGGCGGTTGGc > 2:4012084/1‑93 (MQ=255)
ggAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGc > 1:2944763/1‑93 (MQ=255)
ggAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTCTGGc > 1:4339688/1‑93 (MQ=255)
gAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGGTGGGCGTTTGGCt > 2:177878/1‑93 (MQ=255)
gAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCt > 2:2111127/1‑93 (MQ=255)
gAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCt > 1:3689241/1‑93 (MQ=255)
gAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCt > 2:522236/1‑93 (MQ=255)
gAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCt > 2:1391383/1‑93 (MQ=255)
atcatcATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCa < 1:1817252/93‑1 (MQ=255)
tcatcaTGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGACTTAG‑TGAGGGTTTTGCTCAg > 2:4494992/1‑93 (MQ=255)
tcatcaTGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGGTCAg > 1:374284/1‑93 (MQ=255)
catcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGt < 2:1129275/93‑1 (MQ=255)
catcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGt < 1:1730403/93‑1 (MQ=255)
atcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGtt < 2:3230618/93‑1 (MQ=255)
tcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCCGttt > 2:687892/1‑93 (MQ=255)
tcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGttt < 2:3317795/93‑1 (MQ=255)
tcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGttt > 1:2669862/1‑93 (MQ=255)
tcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGttt > 1:3995355/1‑93 (MQ=255)
tcatGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGttt < 2:2068765/93‑1 (MQ=255)
catGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTa < 1:1059612/93‑1 (MQ=255)
catGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTa > 1:3331006/1‑93 (MQ=255)
atGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTAt > 2:3824050/1‑93 (MQ=255)
tGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGC‑ATAACTGGGCGTTTGGGTCAGTGTATg > 1:958872/1‑93 (MQ=255)
tGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATg > 1:1593586/1‑93 (MQ=255)
gCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATgg < 2:113383/93‑1 (MQ=255)
gCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATgg < 2:4002396/93‑1 (MQ=255)
gCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATgg > 1:4634491/1‑93 (MQ=255)
cTCAGTAGCGGTGGAAATTTAAGCTGCAATCCGTGGGGCGCTATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGc < 2:1455199/93‑1 (MQ=255)
cTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGc < 1:3788822/93‑1 (MQ=255)
tCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGTCTCAGTTTATgggt > 1:3905060/1‑91 (MQ=255)
tCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCt < 2:3719527/93‑1 (MQ=255)
cAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTc < 2:2831133/93‑1 (MQ=255)
aaTAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTcc > 1:3685235/1‑92 (MQ=255)
tAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGGTTGGCTCCGTTTATGGCTcccc > 2:4183020/1‑90 (MQ=255)
aGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTTGGCGTTTGGGTCAGTTTATGGCTccccc > 1:4485209/1‑89 (MQ=255)
ggTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CAtt < 1:4231444/93‑1 (MQ=255)
ggTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCCTTTGGCTCAGGTTATGGCTCccg‑ccgc > 2:1923807/1‑90 (MQ=255)
gTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CAtta < 1:3756571/93‑1 (MQ=255)
ggAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CAttacc < 2:4461315/93‑1 (MQ=255)
tttAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CAttaccttacc < 1:1261960/93‑1 (MQ=255)
tttAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CAttaccttacc < 1:2798999/93‑1 (MQ=255)
aGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTa < 1:2374511/93‑1 (MQ=255)
aGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTa < 1:3840546/93‑1 (MQ=255)
aGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTa < 2:2687604/93‑1 (MQ=255)
gCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAg < 1:3712569/93‑1 (MQ=255)
cGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTTCCTGTAgg < 2:2358366/93‑1 (MQ=255)
gCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTTCCTGTAGGga < 2:2868282/93‑1 (MQ=255)
gCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGga < 2:1831722/93‑1 (MQ=255)
aTCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCCTTTCCCTTTCCTGTgggggcg > 2:3644359/1‑90 (MQ=255)
aTCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGgatga < 1:1540233/93‑1 (MQ=255)
ccGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGatgatg < 1:2586747/93‑1 (MQ=255)
cGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATgg < 2:2301347/93‑1 (MQ=255)
gggCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCggg < 2:4076254/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGt < 1:4251721/93‑1 (MQ=255)
gATTCTGGTTTTAATCGGTTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTCCCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGAt < 1:1638406/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTga < 1:4214257/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTga < 1:4582181/93‑1 (MQ=255)
cTGGTTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTgag < 1:134383/93‑1 (MQ=255)
|
AATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGA‑TTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCG‑CATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAG > NC_000913/2027934‑2028112
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATG > NC_000913/2027930‑2028115
|
CTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGG < SRR4302535.3343157/94‑1 (MQ=60)
CTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGG < SRR4302535.3460025/94‑1 (MQ=60)
GAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTT > SRR4302535.4095787/1‑94 (MQ=60)
GAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTT > SRR4302535.728363/1‑94 (MQ=60)
ATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTA > SRR4302535.3280354/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAAT > SRR4302535.538627/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAAT > SRR4302535.4234183/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAAT < SRR4302535.1423027/94‑1 (MQ=60)
GTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCG > SRR4302535.2710256/1‑94 (MQ=60)
ATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGA > SRR4302535.2605668/1‑94 (MQ=60)
TTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGAT < SRR4302535.2333076/94‑1 (MQ=60)
GCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGGTTA > SRR4302535.3270799/1‑94 (MQ=60)
GCCATTGGGCTTGCCGAAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTA < SRR4302535.1892297/94‑1 (MQ=60)
CATGGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAAGAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGC < SRR4302535.2111116/94‑1 (MQ=60)
ATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCT < SRR4302535.3107851/94‑1 (MQ=60)
GGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGG < SRR4302535.2557264/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTT < SRR4302535.1963835/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTT < SRR4302535.1094039/94‑1 (MQ=60)
CCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGG > SRR4302535.220212/1‑94 (MQ=60)
CCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGG < SRR4302535.1290741/94‑1 (MQ=60)
CGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGC > SRR4302535.2965461/1‑94 (MQ=60)
CGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGC < SRR4302535.1491020/94‑1 (MQ=60)
CGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTCTGGC > SRR4302535.4369369/1‑94 (MQ=60)
GGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCT > SRR4302535.3714775/1‑94 (MQ=60)
ATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGGTCAG > SRR4302535.376873/1‑94 (MQ=60)
ATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAG < SRR4302535.1830385/94‑1 (MQ=60)
CATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTT < SRR4302535.1742913/94‑1 (MQ=60)
ATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTT > SRR4302535.2688966/1‑94 (MQ=60)
ATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTT > SRR4302535.4022691/1‑94 (MQ=60)
TCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTA > SRR4302535.3354193/1‑94 (MQ=60)
CATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTAT < SRR4302535.1067158/94‑1 (MQ=60)
ATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGCATAACTGGGCGTTTGGGTCAGTGTATG > SRR4302535.965683/1‑94 (MQ=60)
ATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATG > SRR4302535.1605085/1‑94 (MQ=60)
TGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGG > SRR4302535.4665928/1‑94 (MQ=60)
CTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGTCTCAGTTTATGGGT > SRR4302535.3931807/1‑94 (MQ=60)
CTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCT < SRR4302535.3814954/94‑1 (MQ=60)
CAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCC > SRR4302535.3710732/1‑94 (MQ=60)
TAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTTGGCGTTTGGGTCAGTTTATGGCTCcccc > SRR4302535.4516000/1‑90 (MQ=60)
GGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCcccccctc > SRR4302535.4253946/1‑86 (MQ=60)
GGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTA < SRR4302535.4260402/94‑1 (MQ=60)
GTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTAC < SRR4302535.3782552/94‑1 (MQ=60)
TGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAGTCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCcccccctccc > SRR4302535.3315342/1‑84 (MQ=60)
TGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCccccgcttac > SRR4302535.128896/1‑84 (MQ=60)
AAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTA < SRR4302535.3064525/94‑1 (MQ=60)
TTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCT < SRR4302535.2818915/94‑1 (MQ=60)
TTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCT < SRR4302535.1270990/94‑1 (MQ=60)
TTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTGGGCTCGGTTTATGGgtcccgctctatcatcctc > SRR4302535.1267598/1‑75 (MQ=60)
TAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGgttatagctcccggcacacacacacacg > SRR4302535.888181/1‑66 (MQ=60)
AGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCccccccttacttactcttag > SRR4302535.3083283/1‑74 (MQ=60)
AGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAG < SRR4302535.2391567/94‑1 (MQ=60)
AGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAG < SRR4302535.3867010/94‑1 (MQ=60)
GCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGG < SRR4302535.3738288/94‑1 (MQ=60)
CAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCcccccctcttttctctttatgggtg > SRR4302535.2546581/1‑69 (MQ=60)
CAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCcccccccacccctccctgttggggg > SRR4302535.1567931/1‑69 (MQ=60)
CAATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCAGGGCGTTTGGCTCCGTTTATGGCTCccccccttctctaactctgctggat > SRR4302535.2546580/1‑69 (MQ=60)
ATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCccgcctactcctctctctcggggcgtt > SRR4302535.182611/1‑67 (MQ=60)
ATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCcccccctaccctttctgttggggtggt > SRR4302535.1269742/1‑67 (MQ=60)
ATCCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGAT < SRR4302535.1551337/94‑1 (MQ=60)
CCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTTGCTCAGTTTATGGCTCcccccttccccttcccttctggcgggtgg > SRR4302535.897009/1‑65 (MQ=60)
CCGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGG < SRR4302535.2605324/94‑1 (MQ=60)
CGTGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCcgttcccttcctcttggggggatggg > SRR4302535.2411248/1‑68 (MQ=60)
TGGGGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCccgccctaacctatctgagccaaaaacacaca > SRR4302535.238130/1‑62 (MQ=60)
GGCGCGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTG < SRR4302535.4280855/94‑1 (MQ=60)
CGATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTTGCTCAGTTTATGGCTCccgcccatcccttccttgatggagggggtgggggggggg > SRR4302535.1092859/1‑55 (MQ=60)
GATTCTGGTTTTAATCGGTTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTCCCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATT < SRR4302535.1650254/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCctttacctttctcttagggtggtggtggggggcggtg > SRR4302535.1141198/1‑57 (MQ=60)
TCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAG < SRR4302535.4243099/94‑1 (MQ=60)
TCTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAG < SRR4302535.4613387/94‑1 (MQ=60)
CTGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGA < SRR4302535.135322/94‑1 (MQ=60)
TGGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTGCCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGAT < SRR4302535.2263905/94‑1 (MQ=60)
GGTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATG < SRR4302535.2874514/94‑1 (MQ=60)
|
CTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATG > NC_000913/2027930‑2028115
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
