Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,066,300 |
T→C |
intergenic (‑957/‑330) |
trs56 ← / → b1995 |
IS5 transposase/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,066,300 | 0 | T | C | 99.2%
| 417.8
/ NA
| 130 | intergenic (‑957/‑330) | trs56/b1995 | IS5 transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (32/97); total (32/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGA > NC_000913/2066210‑2066388
|
tctGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCt < 1:3830888/93‑1 (MQ=255)
tGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTa < 2:3144997/93‑1 (MQ=255)
ggCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAc > 1:3946550/1‑93 (MQ=255)
gCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAcc < 2:4254429/93‑1 (MQ=255)
cATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGc < 1:1172274/93‑1 (MQ=255)
aTTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCa < 1:3837964/93‑1 (MQ=255)
aTTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCa > 1:1774323/1‑93 (MQ=255)
tAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCata < 2:2981188/93‑1 (MQ=255)
agagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCatat < 1:2030701/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata > 2:2792212/1‑93 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata > 1:1743029/1‑93 (MQ=255)
agTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAc < 2:3183592/93‑1 (MQ=255)
gTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTACCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACg < 2:1415609/93‑1 (MQ=255)
gTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACg < 1:4678006/93‑1 (MQ=255)
tAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACgg > 2:616049/1‑93 (MQ=255)
aCCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTc < 2:3267373/93‑1 (MQ=255)
aCCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTc < 1:4159137/93‑1 (MQ=255)
aCCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTc < 1:2895117/93‑1 (MQ=255)
ccTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCa > 1:1246629/1‑93 (MQ=255)
cTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCaa > 1:715104/1‑93 (MQ=255)
cTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCaa < 2:816955/93‑1 (MQ=255)
ttCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAt < 1:1541326/93‑1 (MQ=255)
ttCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAt < 2:2003663/93‑1 (MQ=255)
ttCTGCATTCATCATTGTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGTCCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGCTCAAt < 2:1883674/93‑1 (MQ=255)
tCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAtt < 2:2033836/93‑1 (MQ=255)
tGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTc > 1:710832/1‑93 (MQ=255)
tGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTc < 2:2030838/93‑1 (MQ=255)
tGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTc < 2:3578544/93‑1 (MQ=255)
tGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTc < 1:2040606/93‑1 (MQ=255)
gCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCa < 1:3508743/93‑1 (MQ=255)
cATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAg > 2:3696639/1‑93 (MQ=255)
aTTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGc > 2:1239750/1‑93 (MQ=255)
aTTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGc < 1:1000714/93‑1 (MQ=255)
ttCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCa > 2:513959/1‑93 (MQ=255)
ttCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCa < 2:3632114/93‑1 (MQ=255)
tCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaa < 1:3074859/93‑1 (MQ=255)
tCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaa > 1:4185260/1‑93 (MQ=255)
tCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaa > 1:2197064/1‑93 (MQ=255)
cATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaat < 1:4096889/93‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaatta > 2:3379424/1‑93 (MQ=255)
cTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaat < 2:297620/93‑1 (MQ=255)
cTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaat > 1:4330640/1‑93 (MQ=255)
cTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaat < 2:2900573/93‑1 (MQ=255)
tttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAattaatta < 2:2532603/93‑1 (MQ=255)
tttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAattaatta < 2:4173912/93‑1 (MQ=255)
tGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACa < 2:4289378/93‑1 (MQ=255)
gTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAt < 2:49322/93‑1 (MQ=255)
gTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAt < 1:3019540/93‑1 (MQ=255)
tAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAtt > 1:1546726/1‑93 (MQ=255)
tAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAtt < 1:3361674/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTa < 1:949319/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTa < 2:2829636/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTa < 2:1736503/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTa < 2:4163261/93‑1 (MQ=255)
aaaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTAt < 1:1423047/93‑1 (MQ=255)
aaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATcc < 1:4441873/93‑1 (MQ=255)
gTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAc < 2:997700/93‑1 (MQ=255)
gTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAc < 2:3949292/93‑1 (MQ=255)
ttATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGc > 2:1197927/1‑93 (MQ=255)
tatTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaa > 1:1205288/1‑93 (MQ=255)
atTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaaa < 1:1049058/93‑1 (MQ=255)
atTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaaa > 1:1499538/1‑93 (MQ=255)
ttAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAg < 1:1115129/93‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAg < 1:994387/93‑1 (MQ=255)
tAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGt < 2:3399986/93‑1 (MQ=255)
tAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGt < 2:2198222/93‑1 (MQ=255)
aGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTa < 2:3365401/93‑1 (MQ=255)
aGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTa < 1:1396692/93‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAtt < 2:89347/93‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAtt < 2:4120726/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTg < 1:1117220/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTg < 1:269392/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTg < 1:3347040/93‑1 (MQ=255)
aGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtc < 2:1873076/93‑1 (MQ=255)
gCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtca < 2:2387039/93‑1 (MQ=255)
gCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATAAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtca < 2:1131447/93‑1 (MQ=255)
cAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtcat > 1:2576685/1‑93 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 2:4347841/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 1:185822/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 1:3074440/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa > 1:3794146/1‑93 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 1:3862092/93‑1 (MQ=255)
ccGGACCTTATTCTGATATGAACCTTACCCCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatg < 2:622070/93‑1 (MQ=255)
ccGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatg > 1:2502924/1‑93 (MQ=255)
cGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatga < 1:3927966/93‑1 (MQ=255)
ggACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatgat < 1:1691487/93‑1 (MQ=255)
gACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatgatg < 2:3064425/93‑1 (MQ=255)
ccTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGt < 2:2313396/93‑1 (MQ=255)
tgatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAc < 1:3257668/93‑1 (MQ=255)
actgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttc > 2:2510645/1‑93 (MQ=255)
actgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttc < 2:4685753/93‑1 (MQ=255)
actgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttc < 1:4130309/93‑1 (MQ=255)
ctgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttct < 2:452068/93‑1 (MQ=255)
ctgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttct < 2:2500339/93‑1 (MQ=255)
tgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttctt < 1:1211913/93‑1 (MQ=255)
tgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttctt < 2:1684472/93‑1 (MQ=255)
gataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCttt < 1:247897/93‑1 (MQ=255)
tGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGa < 2:295612/93‑1 (MQ=255)
tGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGa < 2:1150901/93‑1 (MQ=255)
tGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTCGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGa < 1:2953481/93‑1 (MQ=255)
|
TCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGA > NC_000913/2066210‑2066388
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC > NC_000913/2066209‑2066389
|
CTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTACATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCT < SRR4302535.3324568/94‑1 (MQ=60)
TCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTT < SRR4302535.3857307/94‑1 (MQ=60)
CTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTA < SRR4302535.1888557/94‑1 (MQ=60)
TGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAC < SRR4302535.99965/94‑1 (MQ=60)
TGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAC > SRR4302535.3973499/1‑94 (MQ=60)
GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCG < SRR4302535.3541370/94‑1 (MQ=60)
CATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCA > SRR4302535.1787178/1‑94 (MQ=60)
CATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCA < SRR4302535.1180645/94‑1 (MQ=60)
ATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAT < SRR4302535.3864421/94‑1 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA > SRR4302535.1755633/1‑94 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA < SRR4302535.2045336/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302535.1489205/94‑1 (MQ=60)
GTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGG < SRR4302535.4709572/94‑1 (MQ=60)
GTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGG > SRR4302535.1156839/1‑94 (MQ=60)
ACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCA > SRR4302535.1255523/1‑94 (MQ=60)
ACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCA < SRR4302535.4187602/94‑1 (MQ=60)
ACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCA < SRR4302535.2915595/94‑1 (MQ=60)
CCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAA > SRR4302535.720123/1‑94 (MQ=60)
TTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATT < SRR4302535.1552439/94‑1 (MQ=60)
CTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTC > SRR4302535.715820/1‑94 (MQ=60)
TGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCA < SRR4302535.2055304/94‑1 (MQ=60)
GCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAG < SRR4302535.3533127/94‑1 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA < SRR4302535.4015394/94‑1 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA < SRR4302535.1007825/94‑1 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA > SRR4302535.60519/1‑94 (MQ=60)
TTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAA > SRR4302535.2212723/1‑94 (MQ=60)
TTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAA > SRR4302535.4213890/1‑94 (MQ=60)
TCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAAT < SRR4302535.3096318/94‑1 (MQ=60)
CATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATT < SRR4302535.4124929/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATATGGTCAATTTCAGCAATTAAT < SRR4302535.1251503/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAAT > SRR4302535.4360256/1‑94 (MQ=60)
GTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATT > SRR4302535.1557866/1‑94 (MQ=60)
GTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATT < SRR4302535.3040688/94‑1 (MQ=60)
TAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTA < SRR4302535.3385068/94‑1 (MQ=60)
AAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTAT < SRR4302535.956042/94‑1 (MQ=60)
AAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATC < SRR4302535.1433207/94‑1 (MQ=60)
AAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCA < SRR4302535.4472331/94‑1 (MQ=60)
GTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACG > SRR4302535.2414160/1‑94 (MQ=60)
ATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAA > SRR4302535.1213946/1‑94 (MQ=60)
TATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAA > SRR4302535.1510326/1‑94 (MQ=60)
ATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAG < SRR4302535.1056519/94‑1 (MQ=60)
TTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGT < SRR4302535.1123077/94‑1 (MQ=60)
TTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGT < SRR4302535.1001450/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302535.1406666/94‑1 (MQ=60)
TCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGT < SRR4302535.3370357/94‑1 (MQ=60)
TCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGT < SRR4302535.1125186/94‑1 (MQ=60)
TCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGT < SRR4302535.271264/94‑1 (MQ=60)
GCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCAT > SRR4302535.2595204/1‑94 (MQ=60)
CAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATC > SRR4302535.1643212/1‑94 (MQ=60)
TAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAA > SRR4302535.3820302/1‑94 (MQ=60)
AACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAAT < SRR4302535.3095897/94‑1 (MQ=60)
AACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAAT < SRR4302535.187104/94‑1 (MQ=60)
AACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAAT < SRR4302535.3888665/94‑1 (MQ=60)
ACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATG > SRR4302535.2520971/1‑94 (MQ=60)
CGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGAT < SRR4302535.3954797/94‑1 (MQ=60)
CGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGAT < SRR4302535.4201598/94‑1 (MQ=60)
CGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGAT < SRR4302535.328135/94‑1 (MQ=60)
CGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGAT < SRR4302535.260284/94‑1 (MQ=60)
GGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATG < SRR4302535.1703725/94‑1 (MQ=60)
CCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTA > SRR4302535.3876742/1‑94 (MQ=60)
CTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAC < SRR4302535.3016518/94‑1 (MQ=60)
TGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACC < SRR4302535.3280303/94‑1 (MQ=60)
ACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCT < SRR4302535.4158570/94‑1 (MQ=60)
TGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTT < SRR4302535.1220611/94‑1 (MQ=60)
GATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTC < SRR4302535.249600/94‑1 (MQ=60)
TGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTCGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC < SRR4302535.2974229/94‑1 (MQ=60)
|
CTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC > NC_000913/2066209‑2066389
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
