Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,087,857 |
T→C |
intergenic (‑95/‑161) |
yefM ← / → hisL |
hypothetical protein/his operon leader peptide |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,087,857 | 0 | T | C | 100.0%
| 363.7
/ NA
| 115 | intergenic (‑95/‑161) | yefM/hisL | hypothetical protein/his operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (68/47); total (68/47) |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAG > NC_000913/2087768‑2087946
|
atgatgAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCa > 1:3150572/1‑93 (MQ=255)
atgaGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCa < 1:1895697/93‑1 (MQ=255)
tgaGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAg > 2:747061/1‑93 (MQ=255)
tgaGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAg > 1:4395425/1‑93 (MQ=255)
gCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTa > 1:849423/1‑93 (MQ=255)
gTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAag > 2:3942572/1‑93 (MQ=255)
ttaattaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAaga > 1:4120062/1‑93 (MQ=255)
ttaattaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAaga > 1:3370250/1‑93 (MQ=255)
ttaattaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAaga < 2:3186595/93‑1 (MQ=255)
taattaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAagag < 2:4093515/93‑1 (MQ=255)
attaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGTAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGa < 1:2511984/93‑1 (MQ=255)
attaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGa > 1:3909836/1‑93 (MQ=255)
ttaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGAc > 1:1333081/1‑93 (MQ=255)
ttaaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGAc < 2:2945598/93‑1 (MQ=255)
taaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACa > 1:2966983/1‑93 (MQ=255)
aaCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAg > 2:2352529/1‑93 (MQ=255)
aCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGt < 2:417938/93‑1 (MQ=255)
aCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGt < 1:3695719/93‑1 (MQ=255)
cTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTc > 2:3910461/1‑93 (MQ=255)
tatttattAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTcc > 2:2998115/1‑93 (MQ=255)
tatttattAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTcc > 1:1750186/1‑93 (MQ=255)
tatttattAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAACTAAGAGGACAGTcc > 2:3790018/1‑93 (MQ=255)
atttattAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCct > 1:3237296/1‑93 (MQ=255)
tattaATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCtt < 2:1487304/93‑1 (MQ=255)
tattaATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCtt > 2:693403/1‑93 (MQ=255)
attaattaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTa < 1:438664/93‑1 (MQ=255)
attaattaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTa < 2:1837688/93‑1 (MQ=255)
ttaattaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAg > 2:3091382/1‑93 (MQ=255)
aattaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGcc > 2:2425241/1‑93 (MQ=255)
aattaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGcc > 2:4196646/1‑93 (MQ=255)
aattaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGcc > 2:4074104/1‑93 (MQ=255)
attaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGccc > 2:3833677/1‑93 (MQ=255)
ttaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGcccc > 2:1854510/1‑93 (MQ=255)
ttaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGcccc < 2:1769064/93‑1 (MQ=255)
gTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCcctc > 2:1533995/1‑93 (MQ=255)
ttGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCcctcct > 1:1111455/1‑93 (MQ=255)
gTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCttt > 1:3859297/1‑93 (MQ=255)
gTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCttt > 1:227537/1‑93 (MQ=255)
gATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTccc > 2:3591030/1‑93 (MQ=255)
tCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCTCCTCCTTTCCCCg > 2:4683877/1‑93 (MQ=255)
tCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCg > 1:4557364/1‑93 (MQ=255)
aaGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCt > 1:2659498/1‑93 (MQ=255)
aGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtc > 2:1149809/1‑93 (MQ=255)
aGGGATTGTCAATGAGACAAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCTCGATGAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtc < 2:3222790/93‑1 (MQ=255)
ggTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtca < 1:3200381/93‑1 (MQ=255)
ggTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtca > 2:229746/1‑93 (MQ=255)
ggTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtca < 2:1376356/93‑1 (MQ=255)
gTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtcat < 1:2209832/93‑1 (MQ=255)
gTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtcat > 1:4131296/1‑93 (MQ=255)
aaTTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCACtcaat > 2:3611956/2‑91 (MQ=255)
ttGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtcattca < 2:1182742/93‑1 (MQ=255)
ttGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtcattca < 1:8886/93‑1 (MQ=255)
tGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtcattcat > 1:1421124/1‑93 (MQ=255)
tGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCtcattcat < 2:3038890/93‑1 (MQ=255)
gTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTcattcatt < 1:2431148/93‑1 (MQ=255)
gTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTcattcatt > 1:929036/1‑93 (MQ=255)
tCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTa > 2:1144860/1‑93 (MQ=255)
aGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTaaa < 2:3896928/93‑1 (MQ=255)
aGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTaaa < 1:3480006/93‑1 (MQ=255)
gTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAAc > 2:3889142/1‑93 (MQ=255)
gTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAAc > 1:778043/1‑93 (MQ=255)
gTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAAc > 2:840001/1‑93 (MQ=255)
tGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACa < 1:4625444/93‑1 (MQ=255)
gagaCGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACaa < 2:667639/93‑1 (MQ=255)
agaCGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACaaa < 2:3043388/93‑1 (MQ=255)
aCGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATc < 2:569711/93‑1 (MQ=255)
aCGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATc > 1:2235966/1‑93 (MQ=255)
cGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATcc < 2:3994483/93‑1 (MQ=255)
gAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCa > 1:4232699/1‑93 (MQ=255)
aaaaTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCAt > 1:2699474/1‑93 (MQ=255)
aaaTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCAtt > 1:3375427/1‑93 (MQ=255)
aaaTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCAtt < 2:4043670/93‑1 (MQ=255)
aaTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTg < 1:689840/93‑1 (MQ=255)
aaTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTg > 2:4658187/1‑93 (MQ=255)
cAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCAt > 2:3903983/1‑93 (MQ=255)
aGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATa > 1:444650/1‑93 (MQ=255)
aGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATa < 2:3197386/93‑1 (MQ=255)
ggCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaa > 2:358750/1‑93 (MQ=255)
ggCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaa > 2:4223137/1‑93 (MQ=255)
ggCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaa > 2:1103171/1‑93 (MQ=255)
ggCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaa < 2:1201488/93‑1 (MQ=255)
gCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaaa < 2:4104692/93‑1 (MQ=255)
cTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaaaa < 2:3565812/93‑1 (MQ=255)
cTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaaaa < 2:2368966/93‑1 (MQ=255)
ttCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAat < 2:3485862/93‑1 (MQ=255)
ttCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAat > 2:2291265/1‑93 (MQ=255)
tCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAata < 1:1548643/93‑1 (MQ=255)
tCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAata < 2:2681810/93‑1 (MQ=255)
cGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAatat < 2:4038859/93‑1 (MQ=255)
cGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAatat > 1:3320867/1‑93 (MQ=255)
gCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAatata < 1:1578910/93‑1 (MQ=255)
gCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAatata > 2:3874800/1‑93 (MQ=255)
gCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAatata < 2:493164/93‑1 (MQ=255)
cTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAatatat < 2:3411658/93‑1 (MQ=255)
tATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAAtatata > 1:2200666/1‑93 (MQ=255)
tATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAAtatata > 1:2549631/1‑93 (MQ=255)
tATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAAtatata < 2:2497657/93‑1 (MQ=255)
tttttGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATaaa < 1:2705656/93‑1 (MQ=255)
ttttGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATaaaa < 2:2700940/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAg > 1:899251/1‑93 (MQ=255)
|
AATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAG > NC_000913/2087768‑2087946
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAG > NC_000913/2087768‑2087946
|
AATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCA > SRR4302535.3172469/1‑94 (MQ=60)
TGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATC < SRR4302535.25021/94‑1 (MQ=60)
ATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAG < SRR4302535.1909337/94‑1 (MQ=60)
ATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAG > SRR4302535.4425504/1‑94 (MQ=60)
AGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTA > SRR4302535.855400/1‑94 (MQ=60)
GTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGA > SRR4302535.3393697/1‑94 (MQ=60)
GTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGA > SRR4302535.4148257/1‑94 (MQ=60)
AATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGA > SRR4302535.3936610/1‑94 (MQ=60)
ATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGTAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGAC < SRR4302535.2530093/94‑1 (MQ=60)
ATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGAC > SRR4302535.1342589/1‑94 (MQ=60)
TTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACA > SRR4302535.2987799/1‑94 (MQ=60)
ACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTC < SRR4302535.3721298/94‑1 (MQ=60)
CTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCC > SRR4302535.1762844/1‑94 (MQ=60)
TATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCT > SRR4302535.3259770/1‑94 (MQ=60)
TTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTT > SRR4302535.1835807/1‑94 (MQ=60)
ATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAG < SRR4302535.441731/94‑1 (MQ=60)
TTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGC > SRR4302535.301672/1‑94 (MQ=60)
AATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCC > SRR4302535.4223421/1‑94 (MQ=60)
TTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCT > SRR4302535.1119386/1‑94 (MQ=60)
TGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTT > SRR4302535.229102/1‑94 (MQ=60)
TGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTT > SRR4302535.3885858/1‑94 (MQ=60)
ATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCG > SRR4302535.4588484/1‑94 (MQ=60)
CAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCT > SRR4302535.2678551/1‑94 (MQ=60)
GGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCAT > SRR4302535.4159562/1‑94 (MQ=60)
GGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCAT < SRR4302535.3222538/94‑1 (MQ=60)
GTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATT < SRR4302535.2225574/94‑1 (MQ=60)
TTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCAT < SRR4302535.8958/94‑1 (MQ=60)
TTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCAT > SRR4302535.1431269/1‑94 (MQ=60)
TGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATT > SRR4302535.935611/1‑94 (MQ=60)
GTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTA < SRR4302535.2448663/94‑1 (MQ=60)
AGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAAC > SRR4302535.783510/1‑94 (MQ=60)
AGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAAC < SRR4302535.3504181/94‑1 (MQ=60)
GTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACA < SRR4302535.3410738/94‑1 (MQ=60)
TGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAA < SRR4302535.4656849/94‑1 (MQ=60)
GACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATC > SRR4302535.2251871/1‑94 (MQ=60)
CGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCA > SRR4302535.4261665/1‑94 (MQ=60)
GAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCAT > SRR4302535.2718765/1‑94 (MQ=60)
AAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATT > SRR4302535.3398901/1‑94 (MQ=60)
AATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGC < SRR4302535.694673/94‑1 (MQ=60)
CAGGCTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATA > SRR4302535.447761/1‑94 (MQ=60)
CTTCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAAT > SRR4302535.476673/1‑94 (MQ=60)
TCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATAT > SRR4302535.3343974/1‑94 (MQ=60)
TCGCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATAT < SRR4302535.1559801/94‑1 (MQ=60)
GCTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATAT < SRR4302535.1590308/94‑1 (MQ=60)
CTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATA > SRR4302535.2567984/1‑94 (MQ=60)
CTATTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATA > SRR4302535.2216353/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAA < SRR4302535.2724991/94‑1 (MQ=60)
TTGGCGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAG > SRR4302535.905620/1‑94 (MQ=60)
|
AATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAG > NC_000913/2087768‑2087946
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
