Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,167,779 |
T→C |
intergenic (+146/‑470) |
b2086 → / → b2088 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,167,779 | 0 | T | C | 100.0%
| 379.5
/ NA
| 121 | intergenic (+146/‑470) | b2086/b2088 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (56/65); total (56/65) |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATC > NC_000913/2167690‑2167868
|
acCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcaccat < 2:167609/93‑1 (MQ=255)
acCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcaccat > 2:4408235/1‑93 (MQ=255)
acCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcaccat < 2:3315663/93‑1 (MQ=255)
cTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCg > 2:114192/1‑93 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTGCACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCgg > 1:2922252/1‑93 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCgg > 1:132487/1‑93 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCgg > 1:3590895/1‑93 (MQ=255)
tATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGt < 1:1166432/93‑1 (MQ=255)
tCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaa > 2:3393422/1‑93 (MQ=255)
tCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaa < 1:1460614/93‑1 (MQ=255)
ccGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaat > 1:4533285/1‑93 (MQ=255)
ggCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataa > 2:3454849/1‑93 (MQ=255)
ggCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataa > 1:2066447/1‑93 (MQ=255)
aTACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataataa > 1:4154487/1‑93 (MQ=255)
aTACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataataa < 1:2122737/93‑1 (MQ=255)
aTACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGtaataataa < 2:1475915/93‑1 (MQ=255)
aCAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATg < 1:3452659/93‑1 (MQ=255)
cAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGt > 2:2824209/1‑93 (MQ=255)
aGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTc < 2:1045601/93‑1 (MQ=255)
gAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCa > 1:1514068/1‑93 (MQ=255)
aaCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCaa > 2:304022/1‑93 (MQ=255)
aaCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCaa > 1:538429/1‑93 (MQ=255)
aCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAt > 1:1167308/1‑93 (MQ=255)
aCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAt > 2:1251109/1‑93 (MQ=255)
aCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAt > 2:3990365/1‑93 (MQ=255)
cAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAtt > 2:3780847/1‑93 (MQ=255)
cAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAtt < 2:879520/93‑1 (MQ=255)
aTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAtttt > 1:3939410/1‑93 (MQ=255)
aTACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAtttt < 1:1411986/93‑1 (MQ=255)
tactacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAttttt < 1:2579287/93‑1 (MQ=255)
tactacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAttttt < 2:3923974/93‑1 (MQ=255)
actacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAtttttt < 1:2883382/93‑1 (MQ=255)
actacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAtttttt < 2:2024535/93‑1 (MQ=255)
actacACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAtttttt < 1:506374/93‑1 (MQ=255)
acacCGTAATTAATTTTTCCCGCGTCTTCGGCAATGCCAGTTGATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGGCAATTTTTTCGa < 1:2451164/93‑1 (MQ=255)
acacCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa < 2:1147073/93‑1 (MQ=255)
acacCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa > 1:1319742/1‑93 (MQ=255)
cacCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGAt < 1:3091930/93‑1 (MQ=255)
acCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGAtt > 2:1114414/1‑93 (MQ=255)
ccGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTg < 1:1521268/93‑1 (MQ=255)
gTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgt > 2:1970934/1‑93 (MQ=255)
gTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgt > 1:2720961/1‑93 (MQ=255)
taattaatTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgta > 1:2248862/1‑93 (MQ=255)
taattaatTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgta > 2:4031438/1‑93 (MQ=255)
aattaattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtag > 1:4155425/1‑93 (MQ=255)
aattaattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtag < 1:2720678/93‑1 (MQ=255)
aattaattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtag > 1:1976393/1‑93 (MQ=255)
attaattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtagt > 2:3797298/1‑93 (MQ=255)
attaattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtagt > 1:2861595/1‑93 (MQ=255)
ttaattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtagta < 2:3778053/93‑1 (MQ=255)
aattTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAcc < 2:3550250/93‑1 (MQ=255)
aattTTACCCGCGTCTTCTCCAATCCCAGTTTAACCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAcc < 2:1048711/93‑1 (MQ=255)
attTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCt < 2:587814/93‑1 (MQ=255)
ttttACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTg > 1:703258/1‑93 (MQ=255)
ttttACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTg > 1:4640356/1‑93 (MQ=255)
ttACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt < 1:4279659/93‑1 (MQ=255)
ttACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt > 1:2108966/1‑93 (MQ=255)
aCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTa < 1:3902195/93‑1 (MQ=255)
cccGCGTCTTCTACAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTaa > 1:2211335/1‑93 (MQ=255)
ccGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTTACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTaaa > 2:513889/1‑93 (MQ=255)
cgcgTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTaaaa < 1:166561/93‑1 (MQ=255)
cgcgTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTaaaa > 2:3684399/1‑93 (MQ=255)
gcgTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCTCCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAAGAATGCCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAAc < 2:2097432/93‑1 (MQ=255)
gcgTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAAc > 1:456206/1‑93 (MQ=255)
gcgTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAAc < 2:4327380/93‑1 (MQ=255)
gTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 2:2306846/1‑93 (MQ=255)
tcttctGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgc > 1:2375552/1‑93 (MQ=255)
tcttctGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgc > 2:3629727/1‑93 (MQ=255)
tcttctGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgc > 1:4090150/1‑93 (MQ=255)
cttctGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcgcg > 2:4607665/1‑93 (MQ=255)
tctGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGAc < 2:2878849/93‑1 (MQ=255)
gCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGt < 1:2197142/93‑1 (MQ=255)
gCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGt > 2:863060/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTa > 2:48026/1‑93 (MQ=255)
gCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAt > 2:4233264/1‑93 (MQ=255)
ccAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAtt < 1:4558477/93‑1 (MQ=255)
ccAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAtt < 2:1793873/93‑1 (MQ=255)
ccAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAtt > 1:1814951/1‑93 (MQ=255)
cAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAttt > 1:3985097/1‑93 (MQ=255)
cAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAttt > 1:2536322/1‑93 (MQ=255)
tttATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGa < 1:253956/93‑1 (MQ=255)
ttATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt < 2:4335810/93‑1 (MQ=255)
ttATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt < 2:893479/93‑1 (MQ=255)
ttATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAt < 1:4238274/93‑1 (MQ=255)
ttATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACAGCGACGGTTAAATTTCGAt < 1:2191917/93‑1 (MQ=255)
tATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATg < 1:2624346/93‑1 (MQ=255)
aTCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGa < 2:795903/93‑1 (MQ=255)
tCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGaa > 1:3432029/1‑93 (MQ=255)
ccACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAAt < 2:3348808/93‑1 (MQ=255)
ccACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAAt < 1:793024/93‑1 (MQ=255)
ccACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAAt < 2:3848040/93‑1 (MQ=255)
cACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATc < 2:3094791/93‑1 (MQ=255)
cACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATc > 1:774430/1‑93 (MQ=255)
ccTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCga < 1:1876701/93‑1 (MQ=255)
tctGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCgaga < 2:1486239/93‑1 (MQ=255)
tctGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCgaga < 2:1449949/93‑1 (MQ=255)
ctGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGaa < 1:646188/93‑1 (MQ=255)
tGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAAc < 2:420725/93‑1 (MQ=255)
acaGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCa > 1:1781239/1‑93 (MQ=255)
aGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAAt < 1:3359749/93‑1 (MQ=255)
|
ACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATC > NC_000913/2167690‑2167868
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACT > NC_000913/2167686‑2167871
|
AAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCAC > SRR4302535.2187162/1‑94 (MQ=60)
AACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACC > SRR4302535.177017/1‑94 (MQ=60)
CTTATCCGGCATACAGAACAATACTGCACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGG > SRR4302535.2942863/1‑94 (MQ=60)
CTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGG > SRR4302535.133416/1‑94 (MQ=60)
CTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGG > SRR4302535.3615800/1‑94 (MQ=60)
TTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGT > SRR4302535.2584602/1‑94 (MQ=60)
TATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTA < SRR4302535.1174763/94‑1 (MQ=60)
ATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAA < SRR4302535.3187911/94‑1 (MQ=60)
TCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAAT < SRR4302535.1471079/94‑1 (MQ=60)
TCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAAT > SRR4302535.4564310/1‑94 (MQ=60)
CGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAA > SRR4302535.2081346/1‑94 (MQ=60)
CATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAA > SRR4302535.4182931/1‑94 (MQ=60)
ATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAAT < SRR4302535.1564891/94‑1 (MQ=60)
ATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAAT < SRR4302535.2138039/94‑1 (MQ=60)
ACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGT < SRR4302535.3476658/94‑1 (MQ=60)
AGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCA > SRR4302535.1524973/1‑94 (MQ=60)
GAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAA > SRR4302535.542187/1‑94 (MQ=60)
AACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAAT > SRR4302535.1175641/1‑94 (MQ=60)
CAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTT < SRR4302535.4131303/94‑1 (MQ=60)
AATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTT > SRR4302535.3966295/1‑94 (MQ=60)
ATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTT < SRR4302535.1422065/94‑1 (MQ=60)
TACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTT < SRR4302535.2597819/94‑1 (MQ=60)
ACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTC < SRR4302535.509913/94‑1 (MQ=60)
ACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTC < SRR4302535.2903787/94‑1 (MQ=60)
TACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGA > SRR4302535.1329171/1‑94 (MQ=60)
ACACCGTAATTAATTTTTCCCGCGTCTTCGGCAATGCCAGTTGATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGGCAATTTTTTCGAT < SRR4302535.2468830/94‑1 (MQ=60)
CACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATT < SRR4302535.3113460/94‑1 (MQ=60)
CCCGTAATTAATTTTGCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCGCCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTG < SRR4302535.2768023/94‑1 (MQ=60)
CCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGG < SRR4302535.1532226/94‑1 (MQ=60)
CGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGT > SRR4302535.2740398/1‑94 (MQ=60)
GTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTA > SRR4302535.2264869/1‑94 (MQ=60)
TAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAG > SRR4302535.4183872/1‑94 (MQ=60)
TAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAG > SRR4302535.1990626/1‑94 (MQ=60)
AATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGT > SRR4302535.2881868/1‑94 (MQ=60)
AATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGT < SRR4302535.2740113/94‑1 (MQ=60)
TAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACC < SRR4302535.1368578/94‑1 (MQ=60)
ATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTG > SRR4302535.708190/1‑94 (MQ=60)
ATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTG > SRR4302535.4671818/1‑94 (MQ=60)
TTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAT > SRR4302535.2124175/1‑94 (MQ=60)
TTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATT < SRR4302535.4308944/94‑1 (MQ=60)
ACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAA < SRR4302535.3928929/94‑1 (MQ=60)
ACCCGCGTCTTCTACAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAA > SRR4302535.2227087/1‑94 (MQ=60)
CGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAAC > SRR4302535.459396/1‑94 (MQ=60)
CGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAAC < SRR4302535.167719/94‑1 (MQ=60)
GCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACC < SRR4302535.730072/94‑1 (MQ=60)
GTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGC > SRR4302535.4118134/1‑94 (MQ=60)
GTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGC > SRR4302535.2392619/1‑94 (MQ=60)
TGCAATGCCAGTTTATCCCCCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACAGT < SRR4302535.4560689/94‑1 (MQ=60)
GCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTT < SRR4302535.2212801/94‑1 (MQ=60)
AGCCAGTTTATCCACCGCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAAT < SRR4302535.3734818/94‑1 (MQ=60)
GCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATT > SRR4302535.1828075/1‑94 (MQ=60)
CCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTT < SRR4302535.4589601/94‑1 (MQ=60)
CCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTT > SRR4302535.4012328/1‑94 (MQ=60)
CCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTT > SRR4302535.2554591/1‑94 (MQ=60)
TTTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT < SRR4302535.255709/94‑1 (MQ=60)
TTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATG < SRR4302535.4267291/94‑1 (MQ=60)
TTATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACAGCGACGGTTAAATTTCGATG < SRR4302535.2207514/94‑1 (MQ=60)
TATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGA < SRR4302535.2643154/94‑1 (MQ=60)
ATCCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAA > SRR4302535.3455880/1‑94 (MQ=60)
CCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATC > SRR4302535.779877/1‑94 (MQ=60)
CCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATC < SRR4302535.798597/94‑1 (MQ=60)
CCACCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATC < SRR4302535.2330076/94‑1 (MQ=60)
CCTCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAG < SRR4302535.1890215/94‑1 (MQ=60)
TCTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAA < SRR4302535.476181/94‑1 (MQ=60)
CTGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAAC < SRR4302535.650696/94‑1 (MQ=60)
TGACACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACG > SRR4302535.1905561/1‑94 (MQ=60)
CACAGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCA > SRR4302535.1794129/1‑94 (MQ=60)
AGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATC > SRR4302535.2171467/1‑94 (MQ=60)
AGCACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATC < SRR4302535.3383134/94‑1 (MQ=60)
CACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCAC < SRR4302535.2231738/94‑1 (MQ=60)
ACCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATGAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACT < SRR4302535.3064587/94‑1 (MQ=60)
|
AAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACGGCAATCACT > NC_000913/2167686‑2167871
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
