Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,177,153 |
T→C |
Y105H (TAT→CAT) |
yegT → |
putative nucleoside permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,177,153 | 0 | T | C | 100.0%
| 431.7
/ NA
| 135 | Y105H (TAT→CAT) | yegT | putative nucleoside permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (66/69); total (66/69) |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGG > NC_000913/2177064‑2177240
|
tGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCcata < 2:2923803/93‑1 (MQ=255)
tGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCcata < 1:4314375/93‑1 (MQ=255)
gTTCTCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCatat < 2:662725/93‑1 (MQ=255)
gTTCGCAGGCGCGGTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCatat < 1:3324905/93‑1 (MQ=255)
gTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCatat > 2:4251319/1‑93 (MQ=255)
gTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCatat > 1:4108744/1‑93 (MQ=255)
ttCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATg < 1:3302973/93‑1 (MQ=255)
tCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGc < 2:1910758/93‑1 (MQ=255)
cGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGcc < 1:4068829/93‑1 (MQ=255)
aGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGAc > 1:3502296/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGAcc > 2:1345789/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGAcc < 1:3307820/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGAcc > 1:2074241/1‑93 (MQ=255)
gcgcgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCa < 2:3966076/93‑1 (MQ=255)
gcgcgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCa < 1:2138861/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCAtt > 1:665455/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCAtt > 2:4161536/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCAtt < 1:2240806/93‑1 (MQ=255)
cgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTg > 1:3814746/1‑93 (MQ=255)
cgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTg < 2:4399520/93‑1 (MQ=255)
gctgctGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTgc < 2:1938233/93‑1 (MQ=255)
tgctgATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTgcgc > 1:3518392/1‑93 (MQ=255)
tgctgATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTgcgc < 1:2968645/93‑1 (MQ=255)
gctgATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCt < 1:1858191/93‑1 (MQ=255)
gATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGAc > 2:827217/1‑93 (MQ=255)
gATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGAc > 2:520107/1‑93 (MQ=255)
gTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTaa > 2:2496413/1‑93 (MQ=255)
gTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACAATTGCGCTGACTaa > 2:1312097/1‑93 (MQ=255)
tATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAAc < 1:2214867/93‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACa < 2:402680/93‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACa < 2:2961295/93‑1 (MQ=255)
tttCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAg > 1:3267061/1‑93 (MQ=255)
tttCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAg > 2:4178833/1‑93 (MQ=255)
ttCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGc < 1:3929816/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCa < 2:2572195/93‑1 (MQ=255)
cGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCAt > 2:3782386/1‑93 (MQ=255)
cGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCAt < 2:603377/93‑1 (MQ=255)
gCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATc < 2:3813368/93‑1 (MQ=255)
gCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATc < 2:3515567/93‑1 (MQ=255)
cTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCg > 1:4231188/1‑93 (MQ=255)
gcAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTCACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCttt > 2:3246672/1‑93 (MQ=255)
gcAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCttt < 1:1863608/93‑1 (MQ=255)
cAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCtttt < 1:1358010/93‑1 (MQ=255)
aaCAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTg < 1:1288960/93‑1 (MQ=255)
aCAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGc < 1:479128/93‑1 (MQ=255)
aCAGACCACTTTTGCCGGGGTCTTCCCCTTACTGCTGGCCTCCTCGCTCACCCATCAGACGACCACTTCGCTGACTAACAACAACACtttttt > 2:2892008/1‑91 (MQ=255)
cAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGcc < 1:3587692/93‑1 (MQ=255)
aCCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAAc > 1:1451375/1‑93 (MQ=255)
ccACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACg > 1:2632185/1‑93 (MQ=255)
ccACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACg < 2:3215863/93‑1 (MQ=255)
cACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGt < 1:2777860/93‑1 (MQ=255)
cACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGt > 1:2678872/1‑93 (MQ=255)
cACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGt > 1:4374411/1‑93 (MQ=255)
aCTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTg < 2:629110/93‑1 (MQ=255)
aCTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTg > 2:3961753/1‑93 (MQ=255)
aCTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTg > 1:2623396/1‑93 (MQ=255)
cTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGc < 2:4029247/93‑1 (MQ=255)
cTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGc < 1:1468260/93‑1 (MQ=255)
cTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGc > 2:14984/1‑93 (MQ=255)
ttttGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGcc < 2:3917792/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGa > 1:4246394/1‑93 (MQ=255)
tGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGa < 1:3937190/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGa < 1:3449389/93‑1 (MQ=255)
cGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGt > 2:1952362/1‑93 (MQ=255)
gggTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGtt < 2:818552/93‑1 (MQ=255)
gggTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGtt > 2:1003815/1‑93 (MQ=255)
gggTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGtt > 1:487431/1‑93 (MQ=255)
gggTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGtt > 2:1859024/1‑93 (MQ=255)
gTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGa > 1:704144/1‑93 (MQ=255)
ttcttcCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAg < 2:3783045/93‑1 (MQ=255)
tcttcCCGTTACTGCTGGCCTGCTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGc < 1:539636/93‑1 (MQ=255)
cttcCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCg < 2:4438737/93‑1 (MQ=255)
cctcCCTTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTTCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGATCg < 2:2292219/91‑1 (MQ=255)
ttcCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGt > 2:1970419/1‑93 (MQ=255)
cccGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGa < 1:3659777/93‑1 (MQ=255)
ccGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGAt < 1:2645075/93‑1 (MQ=255)
ccGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCCTgct > 2:1023287/1‑91 (MQ=255)
gTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGAttt > 1:1170086/1‑93 (MQ=255)
ttACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTc > 2:1454622/1‑93 (MQ=255)
ttACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTc > 1:3248471/1‑93 (MQ=255)
ttACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTc > 2:3721691/1‑93 (MQ=255)
tACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGTATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTcc > 2:647605/1‑93 (MQ=255)
tACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTcc > 1:1467640/1‑93 (MQ=255)
tACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTcc < 2:504953/93‑1 (MQ=255)
ctgctgGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGGCCATTGCGCTGACTACCAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCcg < 2:4005910/93‑1 (MQ=255)
ctgctgGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCcg > 1:4285114/1‑93 (MQ=255)
gctgGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCcgcg > 2:2297388/1‑93 (MQ=255)
tgGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCa > 1:1461153/1‑93 (MQ=255)
tgGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCa < 1:1160899/93‑1 (MQ=255)
gCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCAtt < 1:1449135/93‑1 (MQ=255)
ccTACTCGCTAACCCATATGCCGCCCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTc < 2:2885737/93‑1 (MQ=255)
cTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCg > 1:654027/1‑93 (MQ=255)
tACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCgt > 2:104558/1‑93 (MQ=255)
tACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCgt > 2:2476885/1‑93 (MQ=255)
aCTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCgtg < 1:1022163/93‑1 (MQ=255)
cTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCgtgt < 2:4266647/93‑1 (MQ=255)
cTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCgtgt < 2:4463659/93‑1 (MQ=255)
cTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCgtgt < 1:3390805/93‑1 (MQ=255)
cTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCgtgt < 2:3412357/93‑1 (MQ=255)
gCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGAt < 1:3065252/93‑1 (MQ=255)
|
TGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGG > NC_000913/2177064‑2177240
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCAC > NC_000913/2177061‑2177244
|
TGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCA > SRR4302535.4305265/1‑94 (MQ=60)
TGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATAT < SRR4302535.4343889/94‑1 (MQ=60)
TGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATAT > SRR4302535.4136876/1‑94 (MQ=60)
TGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATAT > SRR4302535.1794524/1‑94 (MQ=60)
TGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATAT < SRR4302535.356172/94‑1 (MQ=60)
GTTCGCAGGCGCGGTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATG < SRR4302535.3348042/94‑1 (MQ=60)
TTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGC < SRR4302535.3325942/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCG < SRR4302535.4096676/94‑1 (MQ=60)
CAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGAC > SRR4302535.3526640/1‑94 (MQ=60)
AGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACC > SRR4302535.2089181/1‑94 (MQ=60)
GGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCA < SRR4302535.3330838/94‑1 (MQ=60)
GCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCAT < SRR4302535.2154263/94‑1 (MQ=60)
CGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATT > SRR4302535.670099/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTG < SRR4302535.4290569/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTG > SRR4302535.3841068/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTG < SRR4302535.2256745/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGC > SRR4302535.3542833/1‑94 (MQ=60)
TGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCT < SRR4302535.2989476/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTG < SRR4302535.1871591/94‑1 (MQ=60)
CTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGA > SRR4302535.1276978/1‑94 (MQ=60)
TATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACA < SRR4302535.2230639/94‑1 (MQ=60)
TATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACA < SRR4302535.258599/94‑1 (MQ=60)
ATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAG > SRR4302535.3289757/1‑94 (MQ=60)
TTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCA > SRR4302535.3507921/1‑94 (MQ=60)
TTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCA < SRR4302535.3956655/94‑1 (MQ=60)
TCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCAT > SRR4302535.729151/1‑94 (MQ=60)
GCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCG > SRR4302535.4260143/1‑94 (MQ=60)
CTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGC > SRR4302535.4707102/1‑94 (MQ=60)
CGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTT > SRR4302535.1464513/1‑94 (MQ=60)
GCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTT < SRR4302535.1877045/94‑1 (MQ=60)
CAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTG < SRR4302535.2673594/94‑1 (MQ=60)
CAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTG < SRR4302535.1367722/94‑1 (MQ=60)
AACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGC < SRR4302535.1298143/94‑1 (MQ=60)
ACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCC < SRR4302535.482490/94‑1 (MQ=60)
CAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCA < SRR4302535.3974429/94‑1 (MQ=60)
CAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCA < SRR4302535.3612578/94‑1 (MQ=60)
GACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAAC > SRR4302535.1461755/1‑94 (MQ=60)
ACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACG > SRR4302535.2651048/1‑94 (MQ=60)
CCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGT > SRR4302535.4404341/1‑94 (MQ=60)
CCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGT > SRR4302535.2698038/1‑94 (MQ=60)
CACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTG > SRR4302535.2642196/1‑94 (MQ=60)
CACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTG < SRR4302535.2797635/94‑1 (MQ=60)
CACTTTGGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTG < SRR4302535.514998/94‑1 (MQ=60)
CTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCC < SRR4302535.1478779/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGA > SRR4302535.4275468/1‑94 (MQ=60)
TGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGAT < SRR4302535.3473370/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGAT < SRR4302535.3964045/94‑1 (MQ=60)
CGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTT > SRR4302535.490848/1‑94 (MQ=60)
GGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTG > SRR4302535.3942810/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGA > SRR4302535.709088/1‑94 (MQ=60)
GTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAG < SRR4302535.2021450/94‑1 (MQ=60)
TCTTCCCGTTACTGCTGGCCTGCTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCG < SRR4302535.543402/94‑1 (MQ=60)
CCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGAT < SRR4302535.3685108/94‑1 (MQ=60)
CCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATT < SRR4302535.2664018/94‑1 (MQ=60)
CGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTT > SRR4302535.3250847/1‑94 (MQ=60)
CGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTT > SRR4302535.1178443/1‑94 (MQ=60)
GTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTC > SRR4302535.3271035/1‑94 (MQ=60)
TTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCC > SRR4302535.1478155/1‑94 (MQ=60)
ACTGCTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCG > SRR4302535.4314428/1‑94 (MQ=60)
CTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCA > SRR4302535.3304243/1‑94 (MQ=60)
CTGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCA > SRR4302535.1471619/1‑94 (MQ=60)
TGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCAT < SRR4302535.660170/94‑1 (MQ=60)
TGGCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCAT < SRR4302535.1169199/94‑1 (MQ=60)
GCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTC < SRR4302535.221992/94‑1 (MQ=60)
GCCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTC < SRR4302535.1459498/94‑1 (MQ=60)
CCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCG < SRR4302535.41974/94‑1 (MQ=60)
CCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCG > SRR4302535.280034/1‑94 (MQ=60)
CCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCG > SRR4302535.658595/1‑94 (MQ=60)
CCTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCG > SRR4302535.1424726/1‑94 (MQ=60)
CTACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGT > SRR4302535.3399543/1‑94 (MQ=60)
ACTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGT < SRR4302535.1029425/94‑1 (MQ=60)
CTCGCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTG < SRR4302535.3414394/94‑1 (MQ=60)
GCTAACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATG < SRR4302535.3086678/94‑1 (MQ=60)
ACCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCA > SRR4302535.2725026/1‑94 (MQ=60)
CCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCAC > SRR4302535.300460/1‑94 (MQ=60)
CCCATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCAC > SRR4302535.1360286/1‑94 (MQ=60)
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TGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCAC > NC_000913/2177061‑2177244
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
