Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,281,515 |
A→G |
R151R (CGT→CGC) |
yejK ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,281,515 | 0 | A | G | 100.0%
| 511.2
/ NA
| 162 | R151R (CGT→CGC) | yejK | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (75/87); total (75/87) |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATACGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGCT > NC_000913/2281425‑2281604
|
gAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGcg > 2:328787/1‑93 (MQ=255)
gAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGcg > 1:1472977/1‑93 (MQ=255)
aaTCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGcgcg > 1:2136382/1‑93 (MQ=255)
aaTCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGcgcg > 1:4509351/1‑93 (MQ=255)
aTCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATgcgcgc > 1:1177487/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCACTTTTCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGca > 1:3563119/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGca > 1:3797782/1‑93 (MQ=255)
cgccgcTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGcaac < 1:2076086/93‑1 (MQ=255)
cACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAat > 2:167546/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAata < 1:4502415/93‑1 (MQ=255)
aCTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAata > 2:420858/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAata > 1:1221701/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAatat < 2:2559621/93‑1 (MQ=255)
cTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAatat < 2:3099691/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATc < 1:1056331/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGAGTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATcc > 1:65940/1‑93 (MQ=255)
ttGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATcc < 2:1619079/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATcc < 2:3971409/93‑1 (MQ=255)
gcCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAt < 2:2310158/93‑1 (MQ=255)
gcCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAt < 2:659097/93‑1 (MQ=255)
gcCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAt < 1:1360870/93‑1 (MQ=255)
ccTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAtga > 1:2726331/1‑93 (MQ=255)
ccTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAtga < 2:3307279/93‑1 (MQ=255)
cTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCCACAATATCCGCCtgat > 2:3511854/1‑93 (MQ=255)
cTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAtgat > 2:3734765/1‑93 (MQ=255)
cTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAtgat > 2:3633498/1‑93 (MQ=255)
tACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAtgatt < 2:3434741/93‑1 (MQ=255)
cTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAtgattga < 2:3284758/93‑1 (MQ=255)
tCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCAtgattgat > 1:4653858/1‑93 (MQ=255)
cGCCGTTTGATGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGata < 2:2835236/93‑1 (MQ=255)
cGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGata < 2:116191/93‑1 (MQ=255)
gCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGatat < 1:2960897/93‑1 (MQ=255)
cccTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATc > 1:1689806/1‑93 (MQ=255)
cTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCaa < 2:2917432/93‑1 (MQ=255)
cTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCaa > 2:2188721/1‑93 (MQ=255)
tttCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAg > 2:4050692/1‑93 (MQ=255)
ttCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGa < 2:4608748/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTAGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGa < 1:418126/93‑1 (MQ=255)
tCATGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGAt < 1:1769133/93‑1 (MQ=255)
tCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGAt > 1:596727/1‑93 (MQ=255)
aGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATaa > 2:4029492/1‑93 (MQ=255)
ggAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAt < 1:727318/93‑1 (MQ=255)
ggAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAt < 2:271598/93‑1 (MQ=255)
gAAAGTGAGATAGCGGTTGAACTCTGGATTGGTTTCCAATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtg < 2:431805/93‑1 (MQ=255)
gAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtg < 2:816975/93‑1 (MQ=255)
gAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtg < 2:177585/93‑1 (MQ=255)
aaaGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtgg > 1:4226616/1‑93 (MQ=255)
aaaGTGAGATAGCGGGCGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtgg < 1:2544336/93‑1 (MQ=255)
aaGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtggg < 2:3906292/93‑1 (MQ=255)
aaGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtggg > 1:2672109/1‑93 (MQ=255)
aaGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtggg < 1:1071547/93‑1 (MQ=255)
aGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtgggt < 2:2784014/93‑1 (MQ=255)
agaTAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtgggttggg < 2:1995258/93‑1 (MQ=255)
agaTAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtgggttggg > 1:2524665/1‑93 (MQ=255)
gaTAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtgggttgggt < 1:1946015/93‑1 (MQ=255)
gaTAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCCGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAAtgggttgggt < 1:1283166/93‑1 (MQ=255)
aGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGa < 2:221116/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGAt > 2:650691/1‑93 (MQ=255)
cGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATg < 2:1313844/93‑1 (MQ=255)
gggTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGt < 2:963788/93‑1 (MQ=255)
tGGACTCTGGATTTGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGCTTGATGTCga < 2:721329/93‑1 (MQ=255)
ggACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCgag > 2:2114171/1‑93 (MQ=255)
gACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCATCAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCgaga < 1:318810/93‑1 (MQ=255)
ctctGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGAtt > 2:2628983/1‑93 (MQ=255)
ctGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGAtttt < 1:2314753/93‑1 (MQ=255)
ctGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGAtttt < 2:923686/93‑1 (MQ=255)
tGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTc > 1:1776841/1‑93 (MQ=255)
tGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTc > 1:2493448/1‑93 (MQ=255)
tGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTc > 2:4587873/1‑93 (MQ=255)
ggATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCg < 2:2817258/93‑1 (MQ=255)
ggATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCg > 1:1181436/1‑93 (MQ=255)
gATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGt < 1:3953567/93‑1 (MQ=255)
aTTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGtt < 2:3047843/93‑1 (MQ=255)
aTTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGtt < 2:177675/93‑1 (MQ=255)
aTTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGtt > 1:4411427/1‑93 (MQ=255)
ttGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTa < 1:931528/93‑1 (MQ=255)
tGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTaa < 2:4665930/93‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAc > 1:4628112/1‑93 (MQ=255)
gTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAcg > 1:496868/1‑93 (MQ=255)
tttCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAcgc > 2:812576/1‑93 (MQ=255)
tttCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAcgc > 2:4090048/1‑93 (MQ=255)
tttCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAcgc > 2:1970434/1‑93 (MQ=255)
tttCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAcgc < 2:1425276/93‑1 (MQ=255)
tttCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATAAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAcgc < 2:1960960/93‑1 (MQ=255)
tCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACgcgc > 2:628697/1‑93 (MQ=255)
ccATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCAt < 1:3726777/93‑1 (MQ=255)
cATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCCTa > 2:316514/1‑93 (MQ=255)
cATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATa < 2:3907558/93‑1 (MQ=255)
cATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATa < 1:662308/93‑1 (MQ=255)
cATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATa < 1:2925442/93‑1 (MQ=255)
cATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATa < 1:3526276/93‑1 (MQ=255)
aTTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATAc < 1:4355803/93‑1 (MQ=255)
ttAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCa < 2:1935766/93‑1 (MQ=255)
aaaTCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAgg > 2:4271984/1‑93 (MQ=255)
aaaTCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAgg > 1:3049295/1‑93 (MQ=255)
aaTCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGGATACTGCTCAGGt > 1:49633/1‑93 (MQ=255)
aTCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGtt > 1:4149479/1‑93 (MQ=255)
aTCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGtt > 1:1231660/1‑93 (MQ=255)
cGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGc < 1:2952523/93‑1 (MQ=255)
cGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGc < 2:1573143/93‑1 (MQ=255)
|
GAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATACGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGCT > NC_000913/2281425‑2281604
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAGAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATACGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGCT > NC_000913/2281422‑2281604
|
AAAGAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATG < SRR4302535.1075465/94‑1 (MQ=60)
AAGAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGC < SRR4302535.3510604/94‑1 (MQ=60)
AGAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCG > SRR4302535.1483522/1‑94 (MQ=60)
AGAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCG < SRR4302535.1088936/94‑1 (MQ=60)
AAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCG > SRR4302535.2151773/1‑94 (MQ=60)
AAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCG > SRR4302535.4540293/1‑94 (MQ=60)
AATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGC > SRR4302535.1185890/1‑94 (MQ=60)
AATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGC > SRR4302535.1262633/1‑94 (MQ=60)
ATCCGCCACTTTTCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCA > SRR4302535.3587824/1‑94 (MQ=60)
ATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCA > SRR4302535.3823962/1‑94 (MQ=60)
ATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCA > SRR4302535.2548188/1‑94 (MQ=60)
ATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCA > SRR4302535.1764677/1‑94 (MQ=60)
CCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAAC > SRR4302535.3827844/1‑94 (MQ=60)
CCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAAC < SRR4302535.1236960/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACA < SRR4302535.2091039/94‑1 (MQ=60)
CACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATA > SRR4302535.1230453/1‑94 (MQ=60)
ACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATAT < SRR4302535.4533333/94‑1 (MQ=60)
TTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGAGTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCC > SRR4302535.66435/1‑94 (MQ=60)
TTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCC < SRR4302535.1063842/94‑1 (MQ=60)
TGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGC < SRR4302535.2190418/94‑1 (MQ=60)
GCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATG < SRR4302535.1370603/94‑1 (MQ=60)
CCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGA > SRR4302535.2745805/1‑94 (MQ=60)
CCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGA > SRR4302535.2745804/1‑94 (MQ=60)
CCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGA < SRR4302535.54352/94‑1 (MQ=60)
CCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGAT > SRR4302535.4701390/1‑94 (MQ=60)
CCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCCCATGAT > SRR4302535.2946270/1‑94 (MQ=60)
CTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATT < SRR4302535.3202881/94‑1 (MQ=60)
CTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGAT > SRR4302535.4685365/1‑94 (MQ=60)
CTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGAT > SRR4302535.2624726/1‑94 (MQ=60)
GCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATC < SRR4302535.2981681/94‑1 (MQ=60)
GCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATC > SRR4302535.1702036/1‑94 (MQ=60)
CCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCA < SRR4302535.855948/94‑1 (MQ=60)
CTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAG < SRR4302535.1381353/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGAT > SRR4302535.600907/1‑94 (MQ=60)
TTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTAGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGAT < SRR4302535.421056/94‑1 (MQ=60)
TCATGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATA < SRR4302535.1781960/94‑1 (MQ=60)
GGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATG < SRR4302535.732427/94‑1 (MQ=60)
GAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGG > SRR4302535.4255539/1‑94 (MQ=60)
AAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGG > SRR4302535.2691225/1‑94 (MQ=60)
AAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGG < SRR4302535.4578392/94‑1 (MQ=60)
AAAGTGAGATAGCGGGCGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGG < SRR4302535.2562655/94‑1 (MQ=60)
AAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGT < SRR4302535.1079161/94‑1 (MQ=60)
AGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTT > SRR4302535.1882295/1‑94 (MQ=60)
GAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTTGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGG < SRR4302535.645721/94‑1 (MQ=60)
GAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGG > SRR4302535.2542858/1‑94 (MQ=60)
GAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGG < SRR4302535.3790959/94‑1 (MQ=60)
GATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTT < SRR4302535.1960025/94‑1 (MQ=60)
GATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCCGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTT < SRR4302535.1292316/94‑1 (MQ=60)
ATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTG > SRR4302535.3634644/1‑94 (MQ=60)
TAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGA > SRR4302535.712322/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGAT < SRR4302535.4423439/94‑1 (MQ=60)
GTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGA > SRR4302535.1485270/1‑94 (MQ=60)
TGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAG > SRR4302535.2979856/1‑94 (MQ=60)
GACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCATCAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGAT < SRR4302535.321017/94‑1 (MQ=60)
ACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATT < SRR4302535.4665379/94‑1 (MQ=60)
CTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTC > SRR4302535.2511443/1‑94 (MQ=60)
CTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTC > SRR4302535.1789707/1‑94 (MQ=60)
CTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTC < SRR4302535.2331315/94‑1 (MQ=60)
TGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCG > SRR4302535.1189871/1‑94 (MQ=60)
TGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGT < SRR4302535.1183575/94‑1 (MQ=60)
GGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGT > SRR4302535.1189510/1‑94 (MQ=60)
GATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTT < SRR4302535.3980557/94‑1 (MQ=60)
GATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTT > SRR4302535.4441618/1‑94 (MQ=60)
TTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAA < SRR4302535.938117/94‑1 (MQ=60)
TGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAAC > SRR4302535.4659526/1‑94 (MQ=60)
GGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACG > SRR4302535.500354/1‑94 (MQ=60)
TCCCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCA < SRR4302535.3383110/94‑1 (MQ=60)
CCATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATA < SRR4302535.3752595/94‑1 (MQ=60)
CATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATAC < SRR4302535.4472357/94‑1 (MQ=60)
CATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATAC < SRR4302535.2946065/94‑1 (MQ=60)
CATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATAC < SRR4302535.666931/94‑1 (MQ=60)
CATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATAC < SRR4302535.4186108/94‑1 (MQ=60)
CATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATAC < SRR4302535.3550763/94‑1 (MQ=60)
ATTCGGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACT < SRR4302535.4385618/94‑1 (MQ=60)
GGTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTC > SRR4302535.4212668/1‑94 (MQ=60)
GGTTAAATCGATCCACGCAACAATATCCGCCTGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCCTACTGCTC < SRR4302535.4128179/94‑1 (MQ=60)
GTTAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCA > SRR4302535.2075021/1‑94 (MQ=60)
TAAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGG > SRR4302535.3070654/1‑94 (MQ=60)
AAATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGGATACTGCTCAGGT > SRR4302535.50003/1‑94 (MQ=60)
AATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTT > SRR4302535.4177891/1‑94 (MQ=60)
AATCGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTT > SRR4302535.1240467/1‑94 (MQ=60)
CGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGCT < SRR4302535.2973265/94‑1 (MQ=60)
CGATGCGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGCT > SRR4302535.2496409/1‑94 (MQ=60)
|
AAAGAAATCCGCCACTTTGCGCCCTACTCGCCCTTTCAGGAAAGTGAGATAGCGGGTGGACTCTGGATTGGTTTCCCATTCGGTTAAATCGATACGCGCAACAATATCCGCATGATTGATATCAAGATAATGGGTTGGGTTGATGTCGAGATTTTCGTTAACGCGCATACTGCTCAGGTTGCT > NC_000913/2281422‑2281604
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
