Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,302,596 |
A→G |
intergenic (+183/+532) |
eco → / ← yojH |
ecotin/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,302,596 | 0 | A | G | 92.0%
| 177.9
/ 10.5
| 87 | intergenic (+183/+532) | eco/yojH | ecotin/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/7); new base G (33/47); total (33/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 |
GCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC > NC_000913/2302509‑2302684
|
gcgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCgg < 2:1692037/93‑1 (MQ=255)
cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGt > 1:1039329/1‑93 (MQ=255)
cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGt < 2:1557057/93‑1 (MQ=255)
gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGtt > 1:1449879/1‑93 (MQ=255)
gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGtt < 1:2137901/93‑1 (MQ=255)
gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGtt < 1:1936265/93‑1 (MQ=255)
ttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGGACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGGTGcc > 1:1779520/1‑93 (MQ=255)
tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCt > 2:1511017/1‑93 (MQ=255)
tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCt < 1:41309/93‑1 (MQ=255)
tCATGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGa < 2:901785/93‑1 (MQ=255)
tCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCtca < 2:3733461/93‑3 (MQ=255)
tCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGa < 2:851271/93‑1 (MQ=255)
tCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGa > 2:3890817/1‑93 (MQ=255)
cAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGAt < 1:4035965/93‑1 (MQ=255)
cAGCCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGAt < 1:2044494/93‑1 (MQ=255)
aGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATg < 2:1165116/93‑1 (MQ=255)
ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGc > 2:3562427/1‑93 (MQ=255)
ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAGGGCAGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGa < 1:2511710/93‑1 (MQ=255)
ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGa < 1:2306907/93‑1 (MQ=255)
cTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGAc > 2:580121/1‑93 (MQ=255)
cTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGAc > 1:3499258/1‑93 (MQ=255)
tACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACg < 2:3203715/93‑1 (MQ=255)
acacCGCCGTGAAGTGCGTCCCCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGc < 1:3812618/93‑1 (MQ=11)
cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCt < 2:2730678/93‑1 (MQ=255)
acCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTg < 2:3864386/93‑1 (MQ=255)
gCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg > 1:273515/1‑93 (MQ=18)
cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 1:1186583/1‑93 (MQ=17)
tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg > 2:4534336/1‑93 (MQ=9)
tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg < 1:2895702/93‑1 (MQ=14)
tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg < 2:1776667/93‑1 (MQ=14)
tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg < 2:3984917/93‑1 (MQ=14)
tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg > 2:3146199/1‑93 (MQ=14)
tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg > 1:309458/1‑93 (MQ=14)
ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGGGCGGCTTATCAAGCCTACACCGCTGGGAAGTGCt > 2:1227735/1‑93 (MQ=11)
gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 1:3609586/93‑1 (MQ=17)
gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 1:1449392/93‑1 (MQ=17)
gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 2:1678525/93‑1 (MQ=17)
ggTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCa < 2:3219334/93‑1 (MQ=21)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc > 2:1610753/1‑93 (MQ=25)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc > 2:387952/1‑93 (MQ=25)
tCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc > 2:1044321/1‑89 (MQ=17)
cACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAccc > 1:4032983/1‑93 (MQ=25)
ccgccgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCcccccc < 2:3227396/92‑1 (MQ=255)
aCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcccc < 1:4339695/93‑1 (MQ=33)
cgccgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCg > 1:74011/1‑93 (MQ=18)
ccgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa < 1:2128592/93‑1 (MQ=18)
ccgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa < 2:3109266/93‑1 (MQ=18)
gcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg > 1:2609031/1‑93 (MQ=21)
gcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg > 1:2615791/1‑93 (MQ=18)
gcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg < 2:3499258/93‑1 (MQ=33)
cATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGt > 2:2202011/1‑93 (MQ=21)
aTCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTc < 2:3701229/93‑1 (MQ=18)
aTCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTc < 1:3948700/93‑1 (MQ=18)
aTCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTc > 1:3904406/1‑93 (MQ=18)
aTCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTc < 2:1785461/93‑1 (MQ=18)
ccGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCgg < 2:4219586/93‑1 (MQ=18)
cGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa > 2:2239031/1‑93 (MQ=18)
gACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAt > 2:1299512/1‑93 (MQ=18)
gACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAt < 2:3031153/93‑1 (MQ=18)
aCATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa < 1:633678/93‑1 (MQ=18)
aCATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa < 1:4605679/93‑1 (MQ=18)
aCATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa < 1:4038471/93‑1 (MQ=18)
aCATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa > 2:183723/1‑93 (MQ=21)
cATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 2:3172672/93‑1 (MQ=18)
cATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa > 1:104391/1‑93 (MQ=21)
cATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 1:1287736/93‑1 (MQ=33)
cATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 1:4354656/93‑1 (MQ=33)
aTCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCGTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAg < 1:946097/93‑1 (MQ=255)
aTCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 1:1545900/93‑1 (MQ=18)
aTCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg > 1:2130477/1‑93 (MQ=18)
aTCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 2:3254001/93‑1 (MQ=18)
tCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg < 1:2971326/93‑1 (MQ=18)
tCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg < 2:1658470/93‑1 (MQ=18)
tCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg > 1:722629/1‑93 (MQ=21)
tCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg > 1:655765/1‑93 (MQ=18)
cAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCg < 1:3710758/93‑1 (MQ=18)
cAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCg < 2:637946/93‑1 (MQ=18)
aaCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcc > 2:4214523/1‑73 (MQ=19)
aaCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCgg < 1:183723/93‑1 (MQ=21)
aaCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCgg > 2:2101823/1‑93 (MQ=18)
aCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa > 1:1524623/1‑77 (MQ=19)
aCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGt > 2:2086779/1‑93 (MQ=9)
aCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGt > 2:119860/1‑93 (MQ=18)
aCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa < 2:1524623/77‑1 (MQ=34)
gCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 1:3942987/93‑1 (MQ=17)
gCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 1:3972660/93‑1 (MQ=17)
gCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 2:1780810/93‑1 (MQ=17)
gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 1:809285/93‑1 (MQ=32)
gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 2:2814151/93‑1 (MQ=32)
cccGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAc < 1:2671958/93‑1 (MQ=14)
cccGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAc < 1:1726781/93‑1 (MQ=31)
|
GCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC > NC_000913/2302509‑2302684
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGC > NC_000913/2302509‑2302686
|
GCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGT > SRR4302535.1046702/1‑94 (MQ=60)
CGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTT > SRR4302535.1460247/1‑94 (MQ=58)
GTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTG < SRR4302535.2153297/94‑1 (MQ=55)
GTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTG < SRR4302535.1950210/94‑1 (MQ=55)
GTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTG > SRR4302535.1378322/1‑94 (MQ=55)
CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGGACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGGTGCC > SRR4302535.1792405/1‑94 (MQ=46)
TATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTG < SRR4302535.41622/94‑1 (MQ=45)
TCAGCCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGAT < SRR4302535.4367861/94‑1 (MQ=25)
CAGGCGTACACCGCTGTAAAGGGCAGCCCCCGGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATG < SRR4302535.3754846/94‑1 (MQ=1)
CAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATG < SRR4302535.4063592/94‑1 (MQ=38)
CAGCCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATG < SRR4302535.2059224/94‑1 (MQ=27)
CCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAGGGCAGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGAC < SRR4302535.2529815/94‑1 (MQ=25)
CCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGAC > SRR4302535.3523585/1‑94 (MQ=28)
CCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGAC < SRR4302535.2323407/94‑1 (MQ=28)
CGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCG > SRR4302535.275421/1‑94 (MQ=7)
GCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC > SRR4302535.1195060/1‑94 (MQ=5)
CTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCG > SRR4302535.311606/1‑94 (MQ=2)
TGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT < SRR4302535.2916182/94‑1 (MQ=0)
TGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCT < SRR4302535.330962/94‑1 (MQ=0)
GAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTT < SRR4302535.2666910/94‑1 (MQ=0)
GAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTT > SRR4302535.2550840/1‑94 (MQ=0)
AAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < SRR4302535.4207311/94‑1 (MQ=0)
AAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > SRR4302535.151228/1‑94 (MQ=0)
AAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > SRR4302535.3052375/1‑94 (MQ=0)
AGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT < SRR4302535.1437824/94‑1 (MQ=0)
GTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > SRR4302535.1630891/1‑94 (MQ=0)
GTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC < SRR4302535.1509387/94‑1 (MQ=0)
TGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCGTCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < SRR4302535.649287/94‑1 (MQ=0)
GGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < SRR4302535.3433318/94‑1 (MQ=0)
ACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTA > SRR4302535.474866/1‑94 (MQ=0)
CCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACA > SRR4302535.4508201/1‑94 (MQ=0)
CCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACA > SRR4302535.3766965/1‑94 (MQ=0)
CCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACA > SRR4302535.857957/1‑94 (MQ=0)
CCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAC > SRR4302535.980019/1‑94 (MQ=0)
CCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAC < SRR4302535.1069630/94‑1 (MQ=0)
AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCT > SRR4302535.875966/1‑94 (MQ=0)
CAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGA < SRR4302535.4371604/94‑1 (MQ=0)
AGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAA > SRR4302535.401458/1‑94 (MQ=0)
AGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAA > SRR4302535.396843/1‑94 (MQ=0)
AGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAA > SRR4302535.2576040/1‑94 (MQ=0)
GACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAG < SRR4302535.4438963/94‑1 (MQ=0)
CAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTG < SRR4302535.4179552/94‑1 (MQ=0)
AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGC > SRR4302535.2555745/1‑94 (MQ=0)
GCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCC < SRR4302535.3634622/94‑1 (MQ=5)
GCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCC < SRR4302535.1459756/94‑1 (MQ=5)
TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCC > SRR4302535.4060572/1‑94 (MQ=13)
ACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCG > SRR4302535.74549/1‑94 (MQ=10)
CCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAG < SRR4302535.2143938/94‑1 (MQ=10)
CGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGG > SRR4302535.2627752/1‑94 (MQ=10)
CGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGG > SRR4302535.2634549/1‑94 (MQ=10)
CATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTC > SRR4302535.3931149/1‑94 (MQ=10)
ATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCG < SRR4302535.3975659/94‑1 (MQ=10)
ACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA < SRR4302535.638095/94‑1 (MQ=10)
ACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA < SRR4302535.4636984/94‑1 (MQ=10)
ACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA < SRR4302535.4066117/94‑1 (MQ=10)
ACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA > SRR4302535.105135/1‑94 (MQ=10)
CATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAG > SRR4302535.2145836/1‑94 (MQ=10)
CATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAG < SRR4302535.4384463/94‑1 (MQ=10)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCGTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGG < SRR4302535.952801/94‑1 (MQ=9)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGG < SRR4302535.1557032/94‑1 (MQ=10)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGG > SRR4302535.660344/1‑94 (MQ=10)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGG > SRR4302535.727704/1‑94 (MQ=10)
TCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGC < SRR4302535.2992181/94‑1 (MQ=10)
CAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGG < SRR4302535.3736462/94‑1 (MQ=10)
AACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGT > SRR4302535.1535610/1‑94 (MQ=7)
GCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC < SRR4302535.3999797/94‑1 (MQ=0)
GCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC < SRR4302535.3969905/94‑1 (MQ=0)
CCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG < SRR4302535.2691074/94‑1 (MQ=0)
CCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGC < SRR4302535.459979/94‑1 (MQ=0)
|
GCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGC > NC_000913/2302509‑2302686
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
