Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,302,596 |
A→G |
intergenic (+183/+532) |
eco → / ← yojH |
ecotin/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,302,596 | 0 | A | G | 95.2%
| 341.0
/ 7.8
| 145 | intergenic (+183/+532) | eco/yojH | ecotin/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/6); new base G (69/69); total (70/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC > NC_000913/2302506‑2302684
|
ggCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGc > 2:4554990/1‑93 (MQ=255)
gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGcc < 2:1901361/93‑1 (MQ=255)
cgcgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCg < 2:569259/93‑1 (MQ=255)
gcgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCgg > 2:1411147/1‑93 (MQ=255)
gcgTCTGATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCgg < 2:7743761/93‑1 (MQ=255)
gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGtt < 1:684297/93‑1 (MQ=255)
gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGtg > 1:2403150/1‑92 (MQ=255)
tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTg > 2:5541192/1‑93 (MQ=255)
cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGc > 2:2104521/1‑93 (MQ=255)
cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGc > 1:3086898/1‑93 (MQ=255)
ttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGcc > 1:1388893/1‑93 (MQ=255)
ttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGcc < 1:919458/93‑1 (MQ=255)
ttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGcc > 1:4790253/1‑93 (MQ=255)
ttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGcc > 1:2117130/1‑93 (MQ=255)
tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCt < 1:4264273/93‑1 (MQ=255)
tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCt < 1:5250370/93‑1 (MQ=255)
tATCAGGCCTACACCGCTGCGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGGTGCCt > 2:4557518/1‑93 (MQ=255)
tCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGa > 1:2940329/1‑93 (MQ=255)
tCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGa > 2:3327044/1‑93 (MQ=255)
tCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGa > 1:973965/1‑93 (MQ=255)
aGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATg > 2:4193287/1‑93 (MQ=255)
ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGc > 2:231563/1‑93 (MQ=255)
ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGc > 1:6273461/1‑93 (MQ=255)
ggCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGc < 2:6334671/93‑1 (MQ=255)
gCCTACACCGCTGTGAGATGAGGCACCCCGTAGGTCAGAAAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCg < 1:7029198/93‑1 (MQ=14)
ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACTCCCGGGCCGGTTGGCTGATGCGa > 1:2005949/1‑93 (MQ=255)
ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGa > 1:7724047/1‑93 (MQ=255)
ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGa > 1:5404158/1‑93 (MQ=255)
ccTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGa < 2:6517472/93‑1 (MQ=255)
cTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGAc < 2:1511899/93‑1 (MQ=255)
tACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACg > 1:4910453/1‑93 (MQ=255)
tACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACg > 1:4334224/1‑93 (MQ=255)
tACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACg > 1:4141359/1‑93 (MQ=255)
tACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACg > 2:6731095/1‑93 (MQ=255)
cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCt < 1:4197813/93‑1 (MQ=255)
cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCt > 2:7086136/1‑93 (MQ=255)
cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCt > 1:3334395/1‑93 (MQ=255)
cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCt > 1:864112/1‑93 (MQ=255)
acCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTg < 1:6117884/93‑1 (MQ=37)
ccGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg > 1:4617546/1‑93 (MQ=25)
ccGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACACCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 1:3223258/93‑1 (MQ=255)
cGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc > 1:5182173/1‑93 (MQ=21)
gCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg < 1:4554991/93‑1 (MQ=18)
gCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg > 1:1755128/1‑93 (MQ=18)
cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 2:3224470/93‑1 (MQ=17)
tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcg > 1:2226740/1‑93 (MQ=14)
ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCt > 1:269414/1‑93 (MQ=14)
gCGGTCACGCCACATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 2:7912328/93‑1 (MQ=12)
cGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTcc < 1:6165007/93‑1 (MQ=18)
ggTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCa < 2:1245073/93‑1 (MQ=21)
ggTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTccc > 1:416846/1‑92 (MQ=18)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGGCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc > 2:305597/1‑93 (MQ=255)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc < 1:3348710/93‑1 (MQ=25)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc > 2:5212914/1‑93 (MQ=25)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc > 2:2114822/1‑93 (MQ=25)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc > 1:2123421/1‑93 (MQ=25)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc < 2:7123006/93‑1 (MQ=25)
gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAc > 1:1745675/1‑93 (MQ=25)
cACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAccc < 2:5653018/93‑1 (MQ=21)
cACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAccc < 1:2481048/93‑1 (MQ=21)
gccgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGt < 1:5866207/93‑1 (MQ=18)
ccgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa < 2:6248246/93‑1 (MQ=18)
ccgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa < 2:4265951/93‑1 (MQ=18)
cgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAg < 2:1985114/93‑1 (MQ=18)
cgcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAg < 1:3278125/93‑1 (MQ=18)
gcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGTGTCTTATCAGGCCTACATCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg > 2:334556/1‑93 (MQ=11)
gcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg > 1:5982691/1‑93 (MQ=21)
cATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGt < 1:2796843/93‑1 (MQ=18)
aTCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTc < 1:3299377/93‑1 (MQ=18)
tCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg > 2:1315626/1‑93 (MQ=21)
tCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg > 1:5853981/1‑93 (MQ=18)
tCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg > 2:3227864/1‑93 (MQ=21)
tCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACAGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg > 2:6102351/1‑93 (MQ=16)
cGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa < 1:3086295/93‑1 (MQ=18)
cGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa < 2:5923333/93‑1 (MQ=18)
gACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAt < 2:2441872/93‑1 (MQ=18)
aCATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa < 1:4138726/93‑1 (MQ=18)
cATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 1:3934683/93‑1 (MQ=18)
cATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 2:5710497/93‑1 (MQ=18)
cATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 2:2700000/93‑1 (MQ=18)
cATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa > 1:5170212/1‑93 (MQ=18)
cATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 1:1501841/93‑1 (MQ=18)
ctCCACCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGAGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCGCCCCGTAGGTCGGATAAg < 2:3740859/92‑1 (MQ=11)
aTCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 2:5501413/93‑1 (MQ=18)
aTCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 1:4340060/93‑1 (MQ=18)
aTCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 2:2915267/93‑1 (MQ=18)
aTCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 2:5010525/93‑1 (MQ=33)
tCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTcc > 1:6745066/1‑73 (MQ=19)
tCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa > 2:6661161/1‑81 (MQ=18)
tCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa > 1:2702023/1‑81 (MQ=25)
ccAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGc > 2:7849268/1‑93 (MQ=21)
aaCGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCgg > 1:6673432/1‑93 (MQ=18)
cGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGtt < 1:6052125/93‑1 (MQ=18)
gCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 1:3592449/93‑1 (MQ=17)
gCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 2:1506271/93‑1 (MQ=17)
gCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 1:7592109/93‑1 (MQ=17)
gCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTa < 2:5266022/93‑1 (MQ=17)
cccGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc > 2:592035/1‑65 (MQ=14)
cccGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAc < 1:3539249/93‑1 (MQ=14)
cccGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg < 1:1995060/76‑1 (MQ=31)
|
GGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC > NC_000913/2302506‑2302684
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG > NC_000913/2302503‑2302685
|
GCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGG > SRR4302543.2072089/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGG > SRR4302543.5024367/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACACCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGG > SRR4302543.1460140/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGG > SRR4302543.4737824/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGC < SRR4302543.2480815/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCC < SRR4302543.3172184/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCG < SRR4302543.3030478/94‑1 (MQ=60)
CGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTG > SRR4302543.2424883/1‑94 (MQ=57)
GTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTG < SRR4302543.690607/94‑1 (MQ=55)
TCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGC > SRR4302543.4684211/1‑94 (MQ=53)
TCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGC > SRR4302543.3114657/1‑94 (MQ=53)
TCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCCGGCCGGTTGC > SRR4302543.3770121/1‑94 (MQ=51)
CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCC > SRR4302543.4834035/1‑94 (MQ=50)
CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCC > SRR4302543.2136082/1‑94 (MQ=50)
CTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCC > SRR4302543.1401390/1‑94 (MQ=50)
TTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCT < SRR4302543.927508/94‑1 (MQ=48)
TATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTG < SRR4302543.5297704/94‑1 (MQ=45)
TATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTG < SRR4302543.4303004/94‑1 (MQ=45)
TATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTG < SRR4302543.5297705/94‑1 (MQ=45)
ATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGA > SRR4302543.2967027/1‑94 (MQ=43)
ATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGA > SRR4302543.982543/1‑94 (MQ=43)
CAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATG > SRR4302543.5056126/1‑94 (MQ=38)
agagCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCAGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGC < SRR4302543.4619992/90‑1 (MQ=26)
AGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGC > SRR4302543.6332607/1‑94 (MQ=35)
GGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCG < SRR4302543.1781651/94‑1 (MQ=33)
GGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCG < SRR4302543.684120/94‑1 (MQ=33)
GCCTACACCGCTGTGAGATGAGGCACCCCGTAGGTCAGAAAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGA < SRR4302543.7096723/94‑1 (MQ=10)
GCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACTCCCGGGCCGGTTGGCTGATGCGA > SRR4302543.2023975/1‑94 (MQ=28)
GCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGA > SRR4302543.7797071/1‑94 (MQ=30)
GCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGA > SRR4302543.5453289/1‑94 (MQ=30)
CCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGAC < SRR4302543.2080105/94‑1 (MQ=28)
CTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGGCAAGGCGGTCACGCCGCCTCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACG > SRR4302543.4178757/1‑94 (MQ=23)
CTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACG > SRR4302543.4178756/1‑94 (MQ=25)
CTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACG > SRR4302543.4955206/1‑94 (MQ=25)
CTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACG > SRR4302543.4373543/1‑94 (MQ=25)
CTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACG > SRR4302543.4373957/1‑94 (MQ=25)
CTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACG > SRR4302543.2336433/1‑94 (MQ=25)
ACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT > SRR4302543.871821/1‑94 (MQ=20)
ACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCT > SRR4302543.3364444/1‑94 (MQ=20)
CACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTG < SRR4302543.4174845/94‑1 (MQ=15)
CACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTG < SRR4302543.6215048/94‑1 (MQ=15)
CACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTG < SRR4302543.4235871/94‑1 (MQ=15)
ACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGG < SRR4302543.4163864/94‑1 (MQ=12)
ACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGG > SRR4302543.4659501/1‑94 (MQ=12)
ACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGG < SRR4302543.6175835/94‑1 (MQ=12)
CCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGC < SRR4302543.3252391/94‑1 (MQ=10)
CCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGC > SRR4302543.5228939/1‑94 (MQ=10)
CCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACACCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGC < SRR4302543.3252390/94‑1 (MQ=9)
CGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCG > SRR4302543.1770805/1‑94 (MQ=7)
GCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC < SRR4302543.4596466/94‑1 (MQ=5)
CTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCG > SRR4302543.2246843/1‑94 (MQ=2)
CTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCG > SRR4302543.2593143/1‑94 (MQ=2)
TGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGT > SRR4302543.7319087/1‑94 (MQ=0)
GTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTC > SRR4302543.6381975/1‑94 (MQ=0)
TGAAGTGCGGCGCCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCT < SRR4302543.672459/94‑1 (MQ=0)
GAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTT > SRR4302543.5251328/1‑94 (MQ=0)
AGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT < SRR4302543.6659471/94‑1 (MQ=0)
AGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT < SRR4302543.5998176/94‑1 (MQ=0)
GTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > SRR4302543.3535901/1‑94 (MQ=0)
GCGGCCCCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < SRR4302543.3943085/94‑1 (MQ=0)
GGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > SRR4302543.533796/1‑94 (MQ=0)
GCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCC > SRR4302543.5977460/1‑94 (MQ=0)
CACCCCGTGGGGCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCGGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT < SRR4302543.6791454/94‑1 (MQ=0)
CACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT > SRR4302543.1845266/1‑94 (MQ=0)
CACCCCGTAGGACAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT < SRR4302543.7581628/94‑1 (MQ=0)
ACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTA > SRR4302543.4416596/1‑94 (MQ=0)
ACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTA > SRR4302543.4367415/1‑94 (MQ=0)
ACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTA > SRR4302543.4268812/1‑94 (MQ=0)
CCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTAC > SRR4302543.6324230/1‑94 (MQ=0)
CCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTAC > SRR4302543.780403/1‑94 (MQ=0)
CCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACA > SRR4302543.1508475/1‑94 (MQ=0)
CCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACA > SRR4302543.7192203/1‑94 (MQ=0)
CCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAC > SRR4302543.7118346/1‑94 (MQ=0)
CCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAC < SRR4302543.1542273/94‑1 (MQ=0)
CGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACC > SRR4302543.6901381/1‑94 (MQ=0)
CGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACC > SRR4302543.4040061/1‑94 (MQ=0)
GTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCG > SRR4302543.7552053/1‑94 (MQ=0)
AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCT < SRR4302543.6577399/94‑1 (MQ=0)
GGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTG > SRR4302543.1875902/1‑94 (MQ=0)
GTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGT > SRR4302543.1767460/1‑94 (MQ=0)
GTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGT < SRR4302543.450177/94‑1 (MQ=0)
CAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGA > SRR4302543.152496/1‑94 (MQ=0)
AGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAA > SRR4302543.3022702/1‑94 (MQ=0)
GACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAG < SRR4302543.4153936/94‑1 (MQ=0)
ACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGGCATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCCGGCCTACACCGCTGTGAAGT < SRR4302543.7092739/94‑1 (MQ=0)
ACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGT < SRR4302543.578095/94‑1 (MQ=0)
ACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGT < SRR4302543.7703271/94‑1 (MQ=0)
CAAGGCGGGCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTG < SRR4302543.6326256/94‑1 (MQ=0)
AGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCT > SRR4302543.271784/1‑94 (MQ=0)
CGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCA < SRR4302543.6223347/94‑1 (MQ=7)
CGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCC > SRR4302543.420741/1‑94 (MQ=5)
GGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAC > SRR4302543.2142433/1‑94 (MQ=10)
GGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAC > SRR4302543.1761264/1‑94 (MQ=10)
GTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACC < SRR4302543.3378861/94‑1 (MQ=12)
CACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCC < SRR4302543.2503502/94‑1 (MQ=12)
ACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCG > SRR4302543.7517363/1‑94 (MQ=10)
ACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCG > SRR4302543.2168887/1‑94 (MQ=10)
ccctCATCCCACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCGGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTA < SRR4302543.5919608/90‑1 (MQ=9)
GCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTA < SRR4302543.5919607/94‑1 (MQ=10)
GCCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTA < SRR4302543.6459353/94‑1 (MQ=10)
CCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAG < SRR4302543.3342145/94‑1 (MQ=10)
CCGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAG < SRR4302543.4783533/94‑1 (MQ=10)
CGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGG < SRR4302543.3307726/94‑1 (MQ=10)
CGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGG > SRR4302543.6037510/1‑94 (MQ=10)
CGCATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGC > SRR4302543.6037511/1‑94 (MQ=9)
CATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTC > SRR4302543.6937177/1‑94 (MQ=10)
CATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTC < SRR4302543.2822404/94‑1 (MQ=10)
ATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCG < SRR4302543.3329146/94‑1 (MQ=10)
ATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCG > SRR4302543.1677467/1‑94 (MQ=10)
ATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCG > SRR4302543.5907258/1‑94 (MQ=10)
ATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCG < SRR4302543.2790919/94‑1 (MQ=10)
CGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAT < SRR4302543.3114052/94‑1 (MQ=10)
GACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATA > SRR4302543.875236/1‑94 (MQ=10)
ACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA < SRR4302543.4176092/94‑1 (MQ=10)
ACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA > SRR4302543.5216914/1‑94 (MQ=10)
CATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAG > SRR4302543.624732/1‑94 (MQ=10)
CATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAG < SRR4302543.3969447/94‑1 (MQ=10)
CATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAG < SRR4302543.1515340/94‑1 (MQ=10)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGG < SRR4302543.4379429/94‑1 (MQ=10)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGG > SRR4302543.5971133/1‑94 (MQ=10)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGG > SRR4302543.6808766/1‑94 (MQ=10)
ATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGG > SRR4302543.2726531/1‑94 (MQ=10)
TCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGC < SRR4302543.2006253/94‑1 (MQ=10)
CCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCG < SRR4302543.3539134/94‑1 (MQ=10)
CCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCG > SRR4302543.6072813/1‑94 (MQ=10)
CCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCG > SRR4302543.7757122/1‑94 (MQ=10)
CAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGG < SRR4302543.559345/94‑1 (MQ=10)
CAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGG > SRR4302543.6736440/1‑94 (MQ=10)
CAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGG > SRR4302543.6169988/1‑94 (MQ=10)
AACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGT > SRR4302543.4252789/1‑94 (MQ=7)
CGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTA < SRR4302543.6109413/94‑1 (MQ=0)
GCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC < SRR4302543.3624160/94‑1 (MQ=0)
GCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAC < SRR4302543.7664240/94‑1 (MQ=0)
CCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG < SRR4302543.3570713/94‑1 (MQ=0)
|
GCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG > NC_000913/2302503‑2302685
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
