Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,025,603 |
T→C |
G154G (GGT→GGC) |
ygfQ → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,025,603 | 0 | T | C | 100.0%
| 482.5
/ NA
| 155 | G154G (GGT→GGC) | ygfQ | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (63/92); total (63/92) |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
CGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGC > NC_000913/3025513‑3025691
|
tgTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAggtatcggcat < 2:287427/92‑1 (MQ=255)
cGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAggtatcggcat > 2:497165/1‑93 (MQ=255)
gTCATATTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAggtatcggcatg > 2:3442944/1‑92 (MQ=255)
tCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGgtatcggcatcg > 1:1138605/1‑93 (MQ=255)
cATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGtatcggcatcgg < 1:4393896/93‑1 (MQ=255)
cATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGtatcggcatcgg < 2:4366298/93‑1 (MQ=255)
tCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGc < 1:2858565/93‑1 (MQ=255)
tCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGc < 2:1071683/93‑1 (MQ=255)
tCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGc > 1:1679562/1‑93 (MQ=255)
tCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGc > 2:4508965/1‑93 (MQ=255)
cTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCt > 2:2007177/1‑93 (MQ=255)
ttCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTg > 1:3860413/1‑93 (MQ=255)
ttCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTg > 1:199392/1‑93 (MQ=255)
ttCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTg < 1:2695811/93‑1 (MQ=255)
cACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGtt < 1:3729820/93‑1 (MQ=255)
aCCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGttt > 1:991495/1‑93 (MQ=255)
ccGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTc < 2:3286986/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTc > 1:3269394/1‑93 (MQ=255)
cGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTct < 2:688597/93‑1 (MQ=255)
cGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTct > 2:2434911/1‑93 (MQ=255)
gCCATTTCCGTACCCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctg < 2:2992841/93‑1 (MQ=255)
ccATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgc < 2:3104760/93‑1 (MQ=255)
ccATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgc > 2:2368304/1‑93 (MQ=255)
tttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgc < 1:1263293/93‑1 (MQ=255)
tttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgc < 2:1447458/93‑1 (MQ=255)
tttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgc < 1:4319335/93‑1 (MQ=255)
tttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgc < 2:1457/93‑1 (MQ=255)
ttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgct < 1:318345/93‑1 (MQ=255)
tCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgctg < 2:3146590/93‑1 (MQ=255)
ccGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGa > 1:2444624/1‑93 (MQ=255)
tAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtg > 1:1912353/1‑93 (MQ=255)
tAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtg > 2:843093/1‑93 (MQ=255)
aaCCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgc < 1:3509295/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgc < 2:1752360/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGGCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgct < 1:1350149/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgct > 1:3892042/1‑93 (MQ=255)
ccGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgctg > 1:982505/1‑93 (MQ=255)
cGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgctgc < 2:1580691/93‑1 (MQ=255)
ggTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTgctgct < 1:2172105/93‑1 (MQ=255)
tgtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTaa > 1:3707180/1‑93 (MQ=255)
tgtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTaa < 2:3846101/93‑1 (MQ=255)
tgtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGGATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTaa > 2:417591/1‑93 (MQ=255)
gtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAAc < 1:3354171/93‑1 (MQ=255)
gtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAAc < 1:4676204/93‑1 (MQ=255)
gtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAAc < 1:2874124/93‑1 (MQ=255)
cGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGgt < 2:3882309/93‑1 (MQ=255)
cGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGgt < 2:1788523/93‑1 (MQ=255)
cTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTggg > 2:64536/1‑93 (MQ=255)
cTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTggg > 1:2185475/1‑93 (MQ=255)
cTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTggg > 2:3958275/1‑93 (MQ=255)
ggATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTa > 1:1658188/1‑93 (MQ=255)
ggtCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTTACGGTGTGGGTAt > 2:4616262/3‑93 (MQ=255)
aTCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATg < 2:4629485/93‑1 (MQ=255)
cTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGt > 2:1114173/1‑93 (MQ=255)
tACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTa < 2:2236626/93‑1 (MQ=255)
cGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATc > 1:3960843/1‑93 (MQ=255)
cGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATc > 1:2289725/1‑93 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCa < 2:4119285/93‑1 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCa > 1:1410520/1‑93 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCa > 2:1104733/1‑93 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCa < 1:1686445/93‑1 (MQ=255)
tAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaa > 2:1402852/1‑93 (MQ=255)
aTTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaa < 1:362971/93‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaa < 1:3240652/93‑1 (MQ=255)
tttGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaaa < 2:3614397/93‑1 (MQ=255)
tttGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaaa < 2:1868455/93‑1 (MQ=255)
tttGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGCCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaaa < 1:2920775/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAcc < 1:308595/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAcc < 2:4480325/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAcc < 2:2443178/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAcc < 1:392103/93‑1 (MQ=255)
ccGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCg > 2:2464344/1‑93 (MQ=255)
gATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAt > 1:1006360/1‑93 (MQ=255)
gATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAt < 2:3826160/93‑1 (MQ=255)
aTGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAtt < 2:3355018/93‑1 (MQ=255)
tGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTg < 1:112466/93‑1 (MQ=255)
tGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTg < 2:2207680/93‑1 (MQ=255)
tGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTg > 2:3723637/1‑93 (MQ=255)
tGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTg > 1:1397017/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGaa < 2:4070035/93‑1 (MQ=255)
gTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAg < 1:2372464/93‑1 (MQ=255)
gTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAg < 2:2100987/93‑1 (MQ=255)
tATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAgg < 1:2678048/93‑1 (MQ=255)
tATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAgg > 1:3090462/1‑93 (MQ=255)
tCGCTCACTGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCt < 2:3480595/93‑1 (MQ=255)
tCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCt < 2:93309/93‑1 (MQ=255)
tCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCt < 1:412740/93‑1 (MQ=255)
tCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAGTGAAGGCt < 2:4552523/93‑1 (MQ=255)
cGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTACTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCtt < 1:4493828/93‑1 (MQ=255)
cTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑c > 2:2828713/1‑93 (MQ=255)
cTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑c < 2:2683965/93‑1 (MQ=255)
cACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑cca > 1:822855/1‑91 (MQ=255)
gTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTgg > 2:2748396/1‑93 (MQ=255)
gTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTgg > 2:578761/1‑93 (MQ=255)
gTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTACCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTgg < 1:1972443/93‑1 (MQ=255)
ggtatcggcatcGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTc < 1:1605924/93‑1 (MQ=255)
tatcggcatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCgg < 2:1023354/93‑1 (MQ=255)
atcggcatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGt < 2:13640/93‑1 (MQ=255)
cggcatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGc < 2:4309932/93‑1 (MQ=255)
cggcatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGc < 2:179024/93‑1 (MQ=255)
|
CGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGC > NC_000913/3025513‑3025691
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGCGTTT > NC_000913/3025511‑3025695
|
GGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCA > SRR4302535.959725/1‑94 (MQ=60)
GCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCAT < SRR4302535.262340/94‑1 (MQ=60)
GCGTCATCTGCACCGCCATTTCCGTAACCGTTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCAT < SRR4302535.1117414/94‑1 (MQ=60)
GTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCG > SRR4302535.1146722/1‑94 (MQ=60)
GTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCG < SRR4302535.3451053/94‑1 (MQ=60)
TCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGG > SRR4302535.2672290/1‑94 (MQ=60)
CATCTTCACCGCCATTTCCGTAGCCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGG < SRR4302535.2219148/94‑1 (MQ=60)
CATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGG < SRR4302535.4423962/94‑1 (MQ=60)
ATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGC > SRR4302535.1691723/1‑94 (MQ=60)
TCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCT < SRR4302535.2878817/94‑1 (MQ=60)
CTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTG > SRR4302535.3886979/1‑94 (MQ=60)
CTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTG > SRR4302535.2134611/1‑94 (MQ=60)
CTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTG > SRR4302535.200758/1‑94 (MQ=60)
TTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGT < SRR4302535.2715077/94‑1 (MQ=60)
CACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTT > SRR4302535.998534/1‑94 (MQ=60)
CACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTT < SRR4302535.3755650/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTC > SRR4302535.3292106/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTC > SRR4302535.4352098/1‑94 (MQ=60)
CCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCT < SRR4302535.4151252/94‑1 (MQ=60)
CCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCT < SRR4302535.1895317/94‑1 (MQ=60)
CCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCT < SRR4302535.2711425/94‑1 (MQ=60)
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TTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCT < SRR4302535.4348884/94‑1 (MQ=60)
TTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTG < SRR4302535.320552/94‑1 (MQ=60)
TCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGA > SRR4302535.2462233/1‑94 (MQ=60)
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CGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATT < SRR4302535.2990361/94‑1 (MQ=60)
GTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTG > SRR4302535.1926134/1‑94 (MQ=60)
TAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGC > SRR4302535.3901550/1‑94 (MQ=60)
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AACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCT < SRR4302535.4183942/94‑1 (MQ=60)
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CCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGC > SRR4302535.1422358/1‑94 (MQ=60)
CGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCT < SRR4302535.1411719/94‑1 (MQ=60)
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GTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAA < SRR4302535.1698654/94‑1 (MQ=60)
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TTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGCCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAC < SRR4302535.2941381/94‑1 (MQ=60)
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GATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATT < SRR4302535.3270235/94‑1 (MQ=60)
ATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTG > SRR4302535.1406991/1‑94 (MQ=60)
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TCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑Cca > SRR4302535.828623/1‑92 (MQ=60)
ACTGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTGCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGT < SRR4302535.2018781/94‑1 (MQ=60)
CGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGGGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTG > SRR4302535.980776/1‑94 (MQ=60)
GGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGG < SRR4302535.4542659/94‑1 (MQ=60)
GTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTACCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGC < SRR4302535.1986649/94‑1 (MQ=60)
GGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCG < SRR4302535.1617512/94‑1 (MQ=60)
ATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTG < SRR4302535.1933247/94‑1 (MQ=60)
CATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTT < SRR4302535.3990889/94‑1 (MQ=60)
CATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTT < SRR4302535.1697106/94‑1 (MQ=60)
|
GGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGCGTTT > NC_000913/3025511‑3025695
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
