Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,025,603 |
T→C |
G154G (GGT→GGC) |
ygfQ → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,025,603 | 0 | T | C | 100.0%
| 1005.9
/ NA
| 319 | G154G (GGT→GGC) | ygfQ | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (163/156); total (163/156) |
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
CGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGC > NC_000913/3025513‑3025691
|
tCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACTGTACAGgtatcggcatcg > 1:2330688/1‑93 (MQ=255)
tCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGgtatcggcatcg > 1:2069642/1‑93 (MQ=255)
aTCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCggg > 1:3548089/1‑93 (MQ=255)
tCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGc > 1:7162850/1‑93 (MQ=255)
tCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGc > 2:3802152/1‑93 (MQ=255)
tCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGc > 1:2247020/1‑93 (MQ=255)
tCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGt < 2:2620272/93‑1 (MQ=255)
cACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGtt < 2:4208881/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGCATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTc > 2:2405668/1‑93 (MQ=255)
gCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctg > 2:1769171/1‑93 (MQ=255)
gCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctg > 1:5635119/1‑93 (MQ=255)
ccATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgc < 2:288507/93‑1 (MQ=255)
ccATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgc > 2:3994713/1‑93 (MQ=255)
cATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCCTCGGGCTGCTTctgct > 2:1208278/1‑93 (MQ=255)
cATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgct > 1:1300586/1‑93 (MQ=255)
aTTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTGCGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctg > 2:7306968/1‑93 (MQ=255)
tttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgc < 2:5000874/93‑1 (MQ=255)
tttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgc > 1:2860925/1‑93 (MQ=255)
tttACGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgc < 1:4969495/93‑1 (MQ=255)
ttCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTctgctgct < 1:2162127/93‑1 (MQ=255)
ccGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGa < 1:5351231/93‑1 (MQ=255)
cGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGAt < 1:3027169/93‑1 (MQ=255)
cGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGAt > 2:1403637/1‑93 (MQ=255)
taCCGGGGTTCGTATCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgc < 1:2426845/92‑1 (MQ=255)
aCCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgct < 2:4809465/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgctgc < 1:2775164/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgctgc < 2:6386837/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATtgctgc < 1:5504625/93‑1 (MQ=255)
ggTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTgctgct > 1:3209875/1‑93 (MQ=255)
ggTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTgctgct > 1:1172702/1‑93 (MQ=255)
gtgtGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTa > 1:2525646/1‑93 (MQ=255)
tgtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTaa > 2:6685782/1‑93 (MQ=255)
gtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAAc < 2:7845356/93‑1 (MQ=255)
tgCGTACCTGTATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACg < 2:5398809/93‑1 (MQ=255)
tgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTTCTGCTGATTGCTGCTAACg > 2:6806587/1‑93 (MQ=255)
tgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACg > 2:5092763/1‑93 (MQ=255)
cGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGgt > 1:5196886/1‑93 (MQ=255)
gTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACgggg > 2:862714/1‑91 (MQ=255)
aCCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGtgtg > 2:7743391/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGtgtg > 2:2766613/1‑93 (MQ=255)
ccTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTgg > 2:3329374/1‑93 (MQ=255)
cTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGTTCACGGTGTggg > 1:3714370/1‑93 (MQ=255)
cTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTggg > 1:7897335/1‑93 (MQ=255)
ggATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTa > 2:4551401/1‑93 (MQ=255)
ggATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTa < 1:1093664/93‑1 (MQ=255)
ggATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTa < 1:1570852/93‑1 (MQ=255)
gATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTAt > 2:3213771/1‑93 (MQ=255)
tCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATgg < 1:194728/93‑1 (MQ=255)
tCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATgg < 2:5587182/93‑1 (MQ=255)
tCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATgg > 2:4428326/1‑93 (MQ=255)
tCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATgg > 1:3784594/1‑93 (MQ=255)
tCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATgg > 2:7517771/1‑93 (MQ=255)
cTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGt > 1:5995690/1‑93 (MQ=255)
cTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGt > 2:4688730/1‑93 (MQ=255)
ttACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGtt > 1:1342787/1‑93 (MQ=255)
ttACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGtt > 2:6564625/1‑93 (MQ=255)
tACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTa > 1:6483604/1‑93 (MQ=255)
tACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTa > 2:3768567/1‑93 (MQ=255)
aCGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTAt > 2:2074508/1‑93 (MQ=255)
aCGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTAt < 1:7786825/93‑1 (MQ=255)
cGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATc < 2:7061538/93‑1 (MQ=255)
aaTTTGCCGGTGGGTTCTCCTCAGGGTACAGGTAGCGGCTTCGGGCTGTTTTTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGGGGGTATGGTTATCaaa < 2:5884979/93‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaa < 1:1801843/93‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaa < 2:1663548/93‑1 (MQ=255)
tttGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaaa < 1:2381507/93‑1 (MQ=255)
tttGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCaaaaa < 1:5096601/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAcc < 1:7013787/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAcc > 2:4118303/1‑93 (MQ=255)
gCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAccc < 2:7184812/93‑1 (MQ=255)
gATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAt > 2:6910376/1‑93 (MQ=255)
gATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAt > 2:3700275/1‑93 (MQ=255)
gATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAt > 2:3026214/1‑93 (MQ=255)
aTGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGAtt < 2:4613035/93‑1 (MQ=255)
tGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTg > 1:851742/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGaa < 1:82723/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGaa < 1:6336246/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGaa < 2:5608322/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGGTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGaa > 2:1255032/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAg > 1:585442/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAg > 1:1979576/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCGGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAg < 1:7619980/93‑1 (MQ=255)
tATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAgg > 1:6109781/1‑93 (MQ=255)
tATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAgg < 2:521604/93‑1 (MQ=255)
tATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAgg > 1:4784187/1‑93 (MQ=255)
aTCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGCTTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGc > 1:6558961/1‑93 (MQ=255)
tCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCt < 1:4108236/93‑1 (MQ=255)
tCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCt > 1:980859/1‑93 (MQ=255)
tCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCt > 1:7532617/1‑93 (MQ=255)
cGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCtt < 1:1498948/93‑1 (MQ=255)
gCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTg > 2:6213366/1‑93 (MQ=255)
cTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑c < 2:6035556/93‑1 (MQ=255)
tCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑cc > 1:4089618/1‑92 (MQ=255)
cACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑cca < 1:4234700/93‑3 (MQ=255)
cACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑cca < 1:448057/93‑3 (MQ=255)
cACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑cca > 1:3267223/1‑91 (MQ=255)
aCGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑ccag < 1:126589/93‑4 (MQ=255)
gTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTgg < 1:5136491/93‑1 (MQ=255)
cAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGgcgc < 1:6845334/93‑1 (MQ=255)
tcggcatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGGATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTg > 2:3489991/1‑93 (MQ=255)
cggcatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGc < 2:5539483/93‑1 (MQ=255)
|
CGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGC > NC_000913/3025513‑3025691
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 202 total aligned reads displayed.
GGGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGCGTTT > NC_000913/3025510‑3025695
|
GGGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGC < SRR4302543.6787593/94‑1 (MQ=60)
GGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCA > SRR4302543.7469681/1‑94 (MQ=60)
GGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCA > SRR4302543.2960121/1‑94 (MQ=60)
GGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTCGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCA > SRR4302543.2114497/1‑94 (MQ=60)
gcgcgatcttcaccggcgtgTCCGTAACCGGTGTGCGTCCCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATAGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCAT < SRR4302543.7432058/74‑1 (MQ=60)
GCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCAT < SRR4302543.3644446/94‑1 (MQ=60)
CGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATC < SRR4302543.6751661/94‑1 (MQ=60)
GTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACTGTACAGGTATCGGCATCG > SRR4302543.2351844/1‑94 (MQ=60)
GTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCG > SRR4302543.4807006/1‑94 (MQ=60)
GTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCG > SRR4302543.1882586/1‑94 (MQ=60)
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TTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAC < SRR4302543.5142755/94‑1 (MQ=60)
TTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAC < SRR4302543.5985098/94‑1 (MQ=60)
TTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAAC < SRR4302543.2403073/94‑1 (MQ=60)
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ATCGGCATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTG > SRR4302543.6983176/1‑94 (MQ=60)
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CATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTT > SRR4302543.7592218/1‑94 (MQ=60)
|
GGGCGTCATCTTCACCGCCATTTCCGTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTG‑CAGTGGCGCTCGGTGCGTTT > NC_000913/3025510‑3025695
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
