Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,358,838 |
G→A |
A10T (GCT→ACT) |
gltF → |
GltF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,358,838 | 0 | G | A | 100.0%
| 396.8
/ NA
| 109 | A10T (GCT→ACT) | gltF | GltF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (104/5); total (104/5) |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTAT > NC_000913/3358751‑3358927
|
atatataCTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAactgct > 2:2433044/1‑93 (MQ=255)
attttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTg > 1:2875176/1‑93 (MQ=255)
ttttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgc > 1:1061866/1‑93 (MQ=255)
ttttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgc > 2:3020625/1‑93 (MQ=255)
tttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgca > 1:1311569/1‑93 (MQ=255)
taAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgcagc > 1:2413254/1‑93 (MQ=255)
aaaaTAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCAtt > 1:4002198/1‑93 (MQ=255)
aaataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTc > 2:1867504/1‑93 (MQ=255)
aaataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTc > 1:1526605/1‑93 (MQ=255)
aataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCa < 1:3345016/93‑1 (MQ=255)
ataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAg > 1:2197916/1‑93 (MQ=255)
ataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAg > 1:2300379/1‑93 (MQ=255)
aaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTg > 1:981040/1‑93 (MQ=255)
aatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGc > 1:4638671/1‑93 (MQ=255)
aatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGc > 2:2242434/1‑93 (MQ=255)
aatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGc > 1:304017/1‑93 (MQ=255)
ttGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCAt > 2:1646060/1‑93 (MQ=255)
ttGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCAt > 2:3968320/1‑93 (MQ=255)
ttGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCAt > 2:1523021/1‑93 (MQ=255)
ttGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCACTGCCAt > 1:876053/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATg > 2:1272505/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATg > 2:382323/1‑93 (MQ=255)
ttattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGc > 2:4541918/1‑93 (MQ=255)
tattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCa > 1:2814658/1‑93 (MQ=255)
tattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCa > 1:3043180/1‑93 (MQ=255)
tattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCa > 1:3233130/1‑93 (MQ=255)
attaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCaa > 2:1196378/1‑93 (MQ=255)
ttaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAAc > 2:4146853/1‑93 (MQ=255)
ttaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAAc > 2:2804619/1‑93 (MQ=255)
ttaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAAc > 1:3084600/1‑93 (MQ=255)
taAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACa > 2:1618663/1‑93 (MQ=255)
taAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACa > 2:2160395/1‑93 (MQ=255)
aaGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAg > 1:4592547/1‑93 (MQ=255)
aaGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAg > 1:768937/1‑93 (MQ=255)
aGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGa > 1:1058060/1‑93 (MQ=255)
aGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGa > 1:697177/1‑93 (MQ=255)
gATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGAtt > 2:2115151/1‑93 (MQ=255)
atatGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTc > 1:897172/1‑93 (MQ=255)
tatGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCa > 1:4050287/1‑93 (MQ=255)
tatGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCa > 2:1819008/1‑93 (MQ=255)
atGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCaa > 2:3732099/1‑93 (MQ=255)
tGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAc > 2:4183870/1‑93 (MQ=255)
tGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAc > 1:955786/1‑93 (MQ=255)
tGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAc > 1:1846329/1‑93 (MQ=255)
tGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAc > 1:3965443/1‑93 (MQ=255)
tGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAc > 1:3410216/1‑93 (MQ=255)
gTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACt > 2:3266626/1‑93 (MQ=255)
gTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACt > 2:3536070/1‑93 (MQ=255)
gTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACt > 2:3975245/1‑93 (MQ=255)
gTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACt > 1:48851/1‑93 (MQ=255)
gTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACt > 2:3482975/1‑93 (MQ=255)
tCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGa > 2:2116833/1‑93 (MQ=255)
tCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGa > 1:3747495/1‑93 (MQ=255)
tCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGa > 1:694257/1‑93 (MQ=255)
tCACATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGa > 2:2336402/1‑93 (MQ=255)
cATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAt > 1:2734359/1‑93 (MQ=255)
cATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAt > 2:3937241/1‑93 (MQ=255)
cATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAt > 2:2281456/1‑93 (MQ=255)
cATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTCCTATCTGTACAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAt > 2:601796/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATa > 1:3545841/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATa > 1:2456672/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATa > 2:2808555/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGATGCAGCATTCAGTGCCATTGCAACAGATTCAACTGATa > 2:1440804/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 2:1497363/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 2:3859954/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc < 2:3362918/93‑1 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 1:1375741/1‑93 (MQ=255)
atGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACa > 2:1563432/1‑93 (MQ=255)
atGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACa > 2:712251/1‑93 (MQ=255)
atGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACa > 1:445901/1‑93 (MQ=255)
tGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAg > 2:3270219/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGa > 2:865731/1‑93 (MQ=255)
tttttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGaa > 2:54411/1‑93 (MQ=255)
ttttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAAt > 2:2524132/1‑93 (MQ=255)
tCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTaa > 1:1304108/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACt > 1:3701899/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTa > 1:1925853/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTa < 1:3274518/93‑1 (MQ=255)
aGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatca > 2:861416/1‑93 (MQ=255)
aGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatca < 2:2949469/93‑1 (MQ=255)
gAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatcat > 2:3461908/1‑93 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg > 1:3908882/1‑93 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg > 1:865622/1‑93 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg > 2:2498279/1‑93 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg < 2:2055168/93‑1 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg > 2:195155/1‑93 (MQ=255)
cTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCggg > 2:737160/1‑92 (MQ=255)
cTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGc > 2:4006985/1‑93 (MQ=255)
cTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGc > 1:2185858/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 2:4167665/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 1:1637958/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 1:3761061/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 2:2521711/1‑93 (MQ=255)
cacaACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGa > 1:2726748/1‑93 (MQ=255)
cacaACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGa > 1:669242/1‑93 (MQ=255)
caacaaCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGt > 1:987601/1‑93 (MQ=255)
aacaacTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGta > 2:893421/1‑93 (MQ=255)
acaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGtat > 2:4055655/1‑93 (MQ=255)
acaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGtat > 1:3732298/1‑93 (MQ=255)
acaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGtat > 2:2444529/1‑93 (MQ=255)
|
ATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTAT > NC_000913/3358751‑3358927
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACCC > NC_000913/3358772‑3358931
|
TATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTG > SRR4302535.2895544/1‑94 (MQ=60)
ATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGC > SRR4302535.1069427/1‑94 (MQ=60)
TTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCA > SRR4302535.1320942/1‑94 (MQ=60)
TTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGC > SRR4302535.2430628/1‑94 (MQ=60)
AAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATT > SRR4302535.4029576/1‑94 (MQ=60)
AAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTC > SRR4302535.1537605/1‑94 (MQ=60)
AATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAG < SRR4302535.3368314/94‑1 (MQ=60)
AATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAG > SRR4302535.2316841/1‑94 (MQ=60)
AATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAG > SRR4302535.2213577/1‑94 (MQ=60)
TAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTG > SRR4302535.988010/1‑94 (MQ=60)
AAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGC > SRR4302535.4670131/1‑94 (MQ=60)
AAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGC > SRR4302535.306129/1‑94 (MQ=60)
TTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCACTGCCAT > SRR4302535.882258/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCA > SRR4302535.2834658/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCA > SRR4302535.3255547/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCA > SRR4302535.3064501/1‑94 (MQ=60)
ATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAAC > SRR4302535.3106091/1‑94 (MQ=60)
TAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAG > SRR4302535.4623808/1‑94 (MQ=60)
TAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAG > SRR4302535.774348/1‑94 (MQ=60)
AAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGA > SRR4302535.702066/1‑94 (MQ=60)
AAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGA > SRR4302535.1065587/1‑94 (MQ=60)
GATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTC > SRR4302535.903531/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCA > SRR4302535.4078016/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAT > SRR4302535.2839903/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAC > SRR4302535.3992532/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAC > SRR4302535.3433946/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAC > SRR4302535.962563/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAC > SRR4302535.1859636/1‑94 (MQ=60)
TGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACT > SRR4302535.49220/1‑94 (MQ=60)
TTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGA > SRR4302535.3773421/1‑94 (MQ=60)
TTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGA > SRR4302535.699127/1‑94 (MQ=60)
TCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAT > SRR4302535.2753870/1‑94 (MQ=60)
TCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAT > SRR4302535.4388106/1‑94 (MQ=60)
CATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATA > SRR4302535.3570463/1‑94 (MQ=60)
CATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATA > SRR4302535.2474388/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAC > SRR4302535.1385567/1‑94 (MQ=60)
TATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACA > SRR4302535.449020/1‑94 (MQ=60)
TTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTA > SRR4302535.3508554/1‑94 (MQ=60)
TTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAA > SRR4302535.1313419/1‑94 (MQ=60)
CAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACT > SRR4302535.3727539/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTA > SRR4302535.1939736/1‑94 (MQ=60)
AAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTAT < SRR4302535.3297263/94‑1 (MQ=60)
AACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCG > SRR4302535.3935654/1‑94 (MQ=60)
AACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCG > SRR4302535.868541/1‑94 (MQ=60)
AACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCG > SRR4302535.871737/1‑94 (MQ=60)
CCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGC > SRR4302535.2201435/1‑94 (MQ=60)
CTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCG > SRR4302535.3787051/1‑94 (MQ=60)
CTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCG > SRR4302535.1649799/1‑94 (MQ=60)
TCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGA > SRR4302535.2746224/1‑94 (MQ=60)
TCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGA > SRR4302535.673913/1‑94 (MQ=60)
ACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGT > SRR4302535.994617/1‑94 (MQ=60)
AACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTAT > SRR4302535.2168508/1‑94 (MQ=60)
AACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTAT > SRR4302535.3758140/1‑94 (MQ=60)
AACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACC > SRR4302535.2700940/1‑94 (MQ=60)
AACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACC > SRR4302535.3369124/1‑94 (MQ=60)
ACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACCC > SRR4302535.3890187/1‑94 (MQ=60)
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TATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACCC > NC_000913/3358772‑3358931
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
