Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,358,838 |
G→A |
A10T (GCT→ACT) |
gltF → |
GltF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,358,838 | 0 | G | A | 100.0%
| 537.8
/ NA
| 147 | A10T (GCT→ACT) | gltF | GltF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (140/7); total (140/7) |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTAT > NC_000913/3358768‑3358927
|
tttttATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTc > 2:453974/1‑93 (MQ=255)
tattttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGtt > 1:7345920/1‑93 (MQ=255)
tattttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGtt > 2:2654957/1‑93 (MQ=255)
ttttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgc > 1:5098128/1‑93 (MQ=255)
tttaAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgca > 1:4561554/1‑93 (MQ=255)
taAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgcagc > 2:5911734/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaTAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgcagca > 2:655908/1‑93 (MQ=255)
aaaaaTAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCAt > 1:6943890/1‑93 (MQ=255)
aaaaTAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCAtt > 2:4690585/1‑93 (MQ=255)
aaaaTAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCAtt > 1:6078010/1‑93 (MQ=255)
aaataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTc > 1:5745704/1‑93 (MQ=255)
aataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCa > 2:3476096/1‑93 (MQ=255)
aataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCa > 2:6444614/1‑93 (MQ=255)
aataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCa < 2:6718178/93‑1 (MQ=255)
aataaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCa > 2:1932695/1‑93 (MQ=255)
taaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGt > 1:662300/1‑93 (MQ=255)
taaatTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGt > 2:5279308/1‑93 (MQ=255)
atTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGcc > 2:771448/1‑93 (MQ=255)
atTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGcc > 1:6411735/1‑93 (MQ=255)
ttGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCAt > 1:3869266/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATg > 2:3484305/1‑93 (MQ=255)
ttattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGc > 1:7732521/1‑93 (MQ=255)
ttattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGc > 2:1806918/1‑93 (MQ=255)
ttattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGc > 2:6143650/1‑93 (MQ=255)
ttattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGc > 2:6723707/1‑93 (MQ=255)
tattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCa > 2:7497579/1‑93 (MQ=255)
tattaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCa > 2:2361106/1‑93 (MQ=255)
attaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCaa > 1:2349337/1‑93 (MQ=255)
attaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCaa > 1:283471/1‑93 (MQ=255)
attaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGAATTCAGTGCCATGGCaa > 1:2135056/1‑93 (MQ=255)
ttaAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAAc > 2:3348053/1‑93 (MQ=255)
taAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACa > 1:424178/1‑93 (MQ=255)
aaGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCGCAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCACCAg > 1:1401946/1‑93 (MQ=255)
aaGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAg > 1:1790725/1‑93 (MQ=255)
aGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGa < 2:2154151/93‑1 (MQ=255)
aGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGa > 1:4992229/1‑93 (MQ=255)
gATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGAtt > 2:4796198/1‑93 (MQ=255)
atatGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTc > 1:7029654/1‑93 (MQ=255)
atGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCaa > 2:5151861/1‑93 (MQ=255)
tGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCaat > 1:5874530/1‑92 (MQ=255)
tGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAc > 1:5874302/1‑93 (MQ=255)
ttCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTg > 2:5711820/1‑93 (MQ=255)
ttCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTg > 2:2131111/1‑93 (MQ=255)
tCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGa > 1:1155745/1‑93 (MQ=255)
tCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGa > 1:2693985/1‑93 (MQ=255)
tCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGa < 1:1531164/93‑1 (MQ=255)
cATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAt < 2:5875951/93‑1 (MQ=255)
cATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAt > 1:673775/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATa > 2:31486/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATa > 1:392301/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATa > 1:7338508/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 1:4202475/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 2:4977309/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 2:4977311/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 1:7464278/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAc > 1:7661609/1‑93 (MQ=255)
tGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAg > 2:2317750/1‑93 (MQ=255)
tGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAg > 1:1146485/1‑93 (MQ=255)
ttttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAAt > 2:4312564/1‑93 (MQ=255)
ttttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAAt > 1:4032240/1‑93 (MQ=255)
ttttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAAt > 2:4312563/1‑93 (MQ=255)
tttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAAtt > 2:4948082/1‑93 (MQ=255)
ttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTa > 1:3005367/1‑93 (MQ=255)
ttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTa > 1:6833845/1‑93 (MQ=255)
ttCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTa > 1:1654400/1‑93 (MQ=255)
cAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAAc > 2:1620101/1‑93 (MQ=255)
cAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAAc > 2:4416214/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACt > 1:2926520/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACt > 2:6475831/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACt > 1:4923049/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTa > 1:4594407/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTa > 2:7303841/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTa > 2:5599495/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTa > 2:3052755/1‑93 (MQ=255)
aGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatca > 2:6041556/1‑93 (MQ=255)
aGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatca > 2:1060475/1‑93 (MQ=255)
aGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatca > 2:3888095/1‑93 (MQ=255)
gAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatcat > 1:5333513/1‑93 (MQ=255)
gAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatcat > 2:3937748/1‑93 (MQ=255)
aaCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTatcatc > 2:3358488/1‑93 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg > 2:4846018/1‑93 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg > 1:4252140/1‑93 (MQ=255)
aCCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCg > 1:6246743/1‑93 (MQ=255)
cTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGc > 2:1948587/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 2:7288709/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 1:510812/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg < 2:613864/93‑1 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 2:2883595/1‑93 (MQ=255)
tCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCg > 2:6413840/1‑93 (MQ=255)
cacaACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGa > 1:5947526/1‑93 (MQ=255)
acaacaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAg > 1:888177/1‑93 (MQ=255)
acaacaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAg > 2:2793776/1‑93 (MQ=255)
acaacaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAg > 2:2595034/1‑93 (MQ=255)
acaacaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAg > 2:2373740/1‑93 (MQ=255)
caacaaCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGt > 1:5925350/1‑93 (MQ=255)
aacaacTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGta > 1:7471662/1‑93 (MQ=255)
aacaacTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGta > 2:1710524/1‑93 (MQ=255)
acaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCGACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGtat > 1:5698957/1‑93 (MQ=255)
acaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGtat > 2:267013/1‑93 (MQ=255)
acaACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGtat > 2:985360/1‑93 (MQ=255)
|
TTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTAT > NC_000913/3358768‑3358927
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACCC > NC_000913/3358771‑3358931
|
TTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTT > SRR4302543.7416587/1‑94 (MQ=60)
ATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGC > SRR4302543.5144291/1‑94 (MQ=60)
TTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCA > SRR4302543.4603072/1‑94 (MQ=60)
TTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAG > SRR4302543.5929485/1‑94 (MQ=60)
AAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCAT > SRR4302543.7009223/1‑94 (MQ=60)
AAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATT > SRR4302543.6135618/1‑94 (MQ=60)
AAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTC > SRR4302543.5798077/1‑94 (MQ=60)
AAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCA < SRR4302543.1985829/94‑1 (MQ=60)
AAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCA > SRR4302543.6446139/1‑94 (MQ=60)
ATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGT > SRR4302543.668385/1‑94 (MQ=60)
ATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGT > SRR4302543.5037711/1‑94 (MQ=60)
AATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCC > SRR4302543.6472113/1‑94 (MQ=60)
AATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCC > SRR4302543.3773593/1‑94 (MQ=60)
TTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCAT > SRR4302543.3903434/1‑94 (MQ=60)
GTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGC > SRR4302543.7805591/1‑94 (MQ=60)
GTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGA > SRR4302543.6014462/1‑94 (MQ=60)
TATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAA > SRR4302543.285992/1‑94 (MQ=60)
TATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAA > SRR4302543.2370639/1‑94 (MQ=60)
TATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGAATTCAGTGCCATGGCAA > SRR4302543.2154160/1‑94 (MQ=60)
TTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACA > SRR4302543.428147/1‑94 (MQ=60)
TAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCGCAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCACCAG > SRR4302543.1414600/1‑94 (MQ=60)
TAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAG > SRR4302543.1806751/1‑94 (MQ=60)
AAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGA > SRR4302543.5037671/1‑94 (MQ=60)
GGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATT > SRR4302543.5800680/1‑94 (MQ=60)
GATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTC > SRR4302543.7097193/1‑94 (MQ=60)
GATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTC > SRR4302543.397335/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAT > SRR4302543.5928048/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAAC > SRR4302543.5927818/1‑94 (MQ=60)
TGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACT > SRR4302543.672181/1‑94 (MQ=60)
TTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGA > SRR4302543.1166262/1‑94 (MQ=60)
TTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGA > SRR4302543.2718411/1‑94 (MQ=60)
TTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGA > SRR4302543.1617274/1‑94 (MQ=60)
TCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAT > SRR4302543.679974/1‑94 (MQ=60)
TCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGAT < SRR4302543.1544892/94‑1 (MQ=60)
CATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATA > SRR4302543.395922/1‑94 (MQ=60)
CATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATA > SRR4302543.7409104/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAC > SRR4302543.7535783/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAC > SRR4302543.7734227/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAC > SRR4302543.5186004/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAC > SRR4302543.4240583/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATAC > SRR4302543.2862796/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAG > SRR4302543.1156932/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAG > SRR4302543.1397565/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAAT > SRR4302543.4068292/1‑94 (MQ=60)
TTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTA > SRR4302543.3032599/1‑94 (MQ=60)
TTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTA > SRR4302543.1669206/1‑94 (MQ=60)
TTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTA > SRR4302543.6898360/1‑94 (MQ=60)
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TTTCAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTA > SRR4302543.7387087/1‑94 (MQ=60)
CAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACT > SRR4302543.2953103/1‑94 (MQ=60)
CAAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACT > SRR4302543.4967902/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTA > SRR4302543.4636134/1‑94 (MQ=60)
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AAGAACCTCACAACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCA > SRR4302543.2642456/1‑94 (MQ=60)
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AACAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCGACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTAT > SRR4302543.5750941/1‑94 (MQ=60)
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CAACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATAC > SRR4302543.4276265/1‑94 (MQ=60)
AACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACC > SRR4302543.875899/1‑94 (MQ=60)
ACTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACCC > SRR4302543.6864154/1‑94 (MQ=60)
|
TTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTGCCATGGCAACAGATTCAACTGATACAGAATTAACTATCATCGGCGAGTATACCC > NC_000913/3358771‑3358931
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
