Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,915,661 |
T→C |
Y78C (TAC→TGC) |
atpG ← |
membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,915,661 | 0 | T | C | 99.6%
| 839.4
/ NA
| 268 | Y78C (TAC→TGC) | atpG | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (139/128); minor base G (1/0); total (140/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915572‑3915750
|
gTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGccc > 1:3216615/1‑93 (MQ=255)
cAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcg > 1:3682651/1‑93 (MQ=255)
ggTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcgcg > 1:2459589/1‑93 (MQ=255)
gTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGt > 1:1075877/1‑93 (MQ=255)
gTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGt > 1:263341/1‑93 (MQ=255)
gTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGt > 1:1357247/1‑93 (MQ=255)
tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt > 2:2773892/1‑93 (MQ=255)
tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt > 2:1614563/1‑93 (MQ=255)
cTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCATGCAGCCCACGCGttt > 2:2462832/1‑93 (MQ=255)
ttCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTa > 2:1380329/1‑93 (MQ=255)
ttCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTa < 1:3740425/93‑1 (MQ=255)
tCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTaa < 2:3705322/93‑1 (MQ=255)
tCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGAAGCCCACGCGTTTaa > 1:2198721/1‑93 (MQ=255)
aTTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACg > 1:1022474/1‑93 (MQ=255)
aTTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACg > 2:1261826/1‑93 (MQ=255)
tttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGt > 1:1544473/1‑93 (MQ=255)
tttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGt > 1:2833696/1‑93 (MQ=255)
tttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGt > 2:1760242/1‑93 (MQ=255)
tttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGt < 1:1228970/93‑1 (MQ=255)
tcGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgc < 1:3614438/92‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgc < 2:2257565/93‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgc < 2:4031279/93‑1 (MQ=255)
gCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCgg > 1:3842340/1‑93 (MQ=255)
gCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCgg < 1:1132643/93‑1 (MQ=255)
cccAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCgg < 1:3156445/92‑1 (MQ=255)
ccAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGt > 2:2714810/1‑93 (MQ=255)
cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 1:2597469/1‑93 (MQ=255)
cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc < 1:1460132/93‑1 (MQ=255)
agcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCt > 1:3128170/1‑93 (MQ=255)
cagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTc > 1:3921640/1‑93 (MQ=255)
agTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCCCCGCACAAACCACGGTCGGTCGCAACCACCAGGCAGCACACGCGCTTAACGTGGCGGTCTTcc > 2:1482589/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa < 1:4514653/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa < 2:2197585/93‑1 (MQ=255)
ttttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAg < 2:1074927/93‑1 (MQ=255)
tttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAgg < 2:3765112/93‑1 (MQ=255)
tttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGGCGCGGTCTTCCAgg > 2:4194574/1‑93 (MQ=255)
ttttGAACCGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGATTAACGTCGCGGTCTTCCAGGt > 2:4564416/1‑93 (MQ=255)
tttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTa < 2:1688848/93‑1 (MQ=255)
ttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTaa < 2:688806/93‑1 (MQ=255)
tGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAg < 1:195923/93‑1 (MQ=255)
tGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAg < 2:411645/93‑1 (MQ=255)
gAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAgg > 1:3911155/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAgggg > 1:2658529/1‑92 (MQ=255)
cAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTg > 2:1443828/1‑93 (MQ=255)
aGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGc > 1:2913204/1‑93 (MQ=255)
aGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGc < 2:3644353/93‑1 (MQ=255)
aGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGc > 2:1843600/1‑93 (MQ=255)
ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt > 2:2833265/1‑93 (MQ=255)
ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt < 1:679196/93‑1 (MQ=255)
ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt < 2:294339/93‑1 (MQ=255)
ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt < 2:608143/93‑1 (MQ=255)
ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta < 2:3172955/93‑1 (MQ=255)
aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata > 2:3963659/1‑93 (MQ=255)
aaTGTTCAAACCACCGCACAAACAACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTGCAGGTAAGGGTGCTtata > 1:4138832/1‑93 (MQ=255)
tGTTCAAACCCCCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAtt > 2:2869281/1‑93 (MQ=255)
gTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTc > 2:4263088/1‑93 (MQ=255)
ttCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTcc > 2:3931029/1‑93 (MQ=255)
cAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAg > 1:1760198/1‑93 (MQ=255)
aaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAt < 1:4408827/93‑1 (MQ=255)
aaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAt > 1:4267067/1‑93 (MQ=255)
accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAtt > 2:290867/1‑93 (MQ=255)
accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAtt > 1:834581/1‑93 (MQ=255)
ccaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTa > 1:4543100/1‑93 (MQ=255)
ccaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTa > 1:2563946/1‑93 (MQ=255)
ccaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTa > 2:1319575/1‑93 (MQ=255)
ccaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTa > 1:252382/1‑93 (MQ=255)
caccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAc > 1:1827540/1‑93 (MQ=255)
caccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGGGCTTATATTCCAGATTAc > 1:4426910/1‑93 (MQ=255)
cccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAcc < 1:2129542/92‑1 (MQ=255)
accGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAcc > 2:1968867/1‑93 (MQ=255)
accGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAcc < 1:1601659/93‑1 (MQ=255)
accGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGAGCTTATATTCCAGATTAcc > 2:1097257/1‑93 (MQ=255)
ccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCg < 1:1736632/93‑1 (MQ=255)
ccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCg > 1:1880414/1‑93 (MQ=255)
ccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCg > 2:1593827/1‑93 (MQ=255)
cacaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCCCGCGCTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGGAAGGGCGCTTATATTCCAGATTATCgtgt > 2:4092252/1‑93 (MQ=255)
cacaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCgtgt < 2:474412/93‑1 (MQ=255)
aaaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCa > 1:3515850/1‑93 (MQ=255)
aaaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCa < 1:4621447/93‑1 (MQ=255)
aaaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCa > 1:197898/1‑93 (MQ=255)
aaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCaa > 2:878946/1‑93 (MQ=255)
aaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCaa > 2:1993314/1‑93 (MQ=255)
aCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAg > 1:4360883/1‑93 (MQ=255)
ccACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAgg > 2:2384512/1‑93 (MQ=255)
cACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTCTGGAAggg > 1:993334/1‑92 (MQ=255)
aCGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTg > 2:2589994/1‑93 (MQ=255)
aCGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTg > 2:1807844/1‑93 (MQ=255)
gtcggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAcc > 1:4314475/1‑93 (MQ=255)
ggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAAt > 1:230890/1‑93 (MQ=255)
cgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCAc < 1:2406005/93‑1 (MQ=255)
gACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACt < 2:2337845/93‑1 (MQ=255)
acacCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACtt > 2:206912/1‑93 (MQ=255)
acacCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACtt < 2:1421091/93‑1 (MQ=255)
acacCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACtt > 2:4412344/1‑93 (MQ=255)
caccacCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACttt > 2:3566479/1‑93 (MQ=255)
accaccAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTg > 1:3979489/1‑93 (MQ=255)
ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCTGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc < 2:3325402/93‑1 (MQ=255)
ccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTCGCGCa < 2:3054498/93‑1 (MQ=255)
caGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCAt < 1:524504/93‑1 (MQ=255)
caGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACGTTGCGCAt > 2:2747768/1‑93 (MQ=255)
|
CGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915572‑3915750
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGT > NC_000913/3915570‑3915752
|
GTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAG < SRR4302535.2181918/94‑1 (MQ=60)
CGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCC < SRR4302535.3810365/94‑1 (MQ=60)
CGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCC > SRR4302535.1832231/1‑94 (MQ=60)
GGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCC > SRR4302535.3238897/1‑94 (MQ=60)
CCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACG > SRR4302535.3708136/1‑94 (MQ=60)
CAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGC > SRR4302535.1156506/1‑94 (MQ=60)
AGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCG > SRR4302535.2477324/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGT > SRR4302535.1366956/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGT > SRR4302535.1083526/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGT > SRR4302535.265167/1‑94 (MQ=60)
TCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTT < SRR4302535.1746756/94‑1 (MQ=60)
TCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACAGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTT > SRR4302535.1539954/1‑94 (MQ=60)
CTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTA < SRR4302535.2339561/94‑1 (MQ=60)
TTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAA < SRR4302535.1573792/94‑1 (MQ=60)
TTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAA > SRR4302535.1822967/1‑94 (MQ=60)
TTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAA < SRR4302535.1977952/94‑1 (MQ=60)
TTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAA > SRR4302535.2418539/1‑94 (MQ=60)
TTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAA < SRR4302535.3766312/94‑1 (MQ=60)
TTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGAAGCCCACGCGTTTAA > SRR4302535.2214385/1‑94 (MQ=60)
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TCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAAC > SRR4302535.1708958/1‑94 (MQ=60)
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AGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTT > SRR4302535.28494/1‑94 (MQ=60)
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GGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTT < SRR4302535.683948/94‑1 (MQ=60)
GTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAAGGTGCTTA > SRR4302535.3574162/1‑94 (MQ=60)
TTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTAT < SRR4302535.4469859/94‑1 (MQ=60)
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TAATGTTCAAACCACCGCACAAACAACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTGCAGGTAAGGGTGCTTATA > SRR4302535.4167176/1‑94 (MQ=60)
AATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAT < SRR4302535.4345615/94‑1 (MQ=60)
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TGTGCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTC < SRR4302535.2676104/94‑1 (MQ=60)
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TCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAG < SRR4302535.4594823/94‑1 (MQ=60)
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CAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGA > SRR4302535.4447531/1‑94 (MQ=60)
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AACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATT < SRR4302535.3181380/94‑1 (MQ=60)
AACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATT > SRR4302535.840434/1‑94 (MQ=60)
AACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATT < SRR4302535.4438998/94‑1 (MQ=60)
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ACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTA > SRR4302535.1520846/1‑94 (MQ=60)
ACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTA > SRR4302535.254121/1‑94 (MQ=60)
ACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTA > SRR4302535.2582400/1‑94 (MQ=60)
CCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAC > SRR4302535.1840738/1‑94 (MQ=60)
CCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGGGCTTATATTCCAGATTAC > SRR4302535.4457236/1‑94 (MQ=60)
CACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACC < SRR4302535.2492594/94‑1 (MQ=60)
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ACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCG > SRR4302535.1893963/1‑94 (MQ=60)
ACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCG < SRR4302535.3657249/94‑1 (MQ=60)
CCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGT > SRR4302535.3997955/1‑94 (MQ=60)
CCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGT < SRR4302535.1749185/94‑1 (MQ=60)
CCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTGAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGT < SRR4302535.3876049/94‑1 (MQ=60)
CGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTG > SRR4302535.4451879/1‑94 (MQ=60)
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CACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTG > SRR4302535.3805985/1‑94 (MQ=60)
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CAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCA > SRR4302535.199257/1‑94 (MQ=60)
AAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAA < SRR4302535.4652844/94‑1 (MQ=60)
AACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAG > SRR4302535.4390729/1‑94 (MQ=60)
AACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAG > SRR4302535.3742429/1‑94 (MQ=60)
ACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGG > SRR4302535.4007032/1‑94 (MQ=60)
CCACGGTCGGTCGACACCGCCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGT > SRR4302535.2643850/1‑94 (MQ=60)
CCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTctggaaggg > SRR4302535.1000389/1‑85 (MQ=60)
CCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGT < SRR4302535.2570750/94‑1 (MQ=60)
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CACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTG < SRR4302535.2256167/94‑1 (MQ=60)
CACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTG < SRR4302535.124069/94‑1 (MQ=60)
CACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTG > SRR4302535.2928940/1‑94 (MQ=60)
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TCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAA < SRR4302535.1602197/94‑1 (MQ=60)
CGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAAT < SRR4302535.4436363/94‑1 (MQ=60)
CGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAAT > SRR4302535.232482/1‑94 (MQ=60)
GGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATC > SRR4302535.2504570/1‑94 (MQ=60)
TCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCAC < SRR4302535.392452/94‑1 (MQ=60)
CGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACT < SRR4302535.1907833/94‑1 (MQ=60)
CGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACT < SRR4302535.2423321/94‑1 (MQ=60)
CGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACT < SRR4302535.467427/94‑1 (MQ=60)
GACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGGAAGGTGACCAATCACTT > SRR4302535.4407670/1‑94 (MQ=60)
CACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTG < SRR4302535.1098674/94‑1 (MQ=60)
CACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTG > SRR4302535.4006678/1‑94 (MQ=60)
CACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTG < SRR4302535.3720795/94‑1 (MQ=60)
ACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGC > SRR4302535.2166200/1‑94 (MQ=60)
CCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCAT > SRR4302535.226452/1‑94 (MQ=60)
CAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG < SRR4302535.528170/94‑1 (MQ=60)
CAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > SRR4302535.4623570/1‑94 (MQ=60)
AGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGG > SRR4302535.2396483/1‑94 (MQ=60)
AGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGG > SRR4302535.4273639/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGT < SRR4302535.2359297/94‑1 (MQ=60)
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GTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGT > NC_000913/3915570‑3915752
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
