Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,915,661 |
T→C |
Y78C (TAC→TGC) |
atpG ← |
membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,915,661 | 0 | T | C | 99.8%
| 1265.8
/ NA
| 404 | Y78C (TAC→TGC) | atpG | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (214/189); total (215/189) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
TCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915571‑3915750
|
ggTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGcc > 1:7082575/1‑93 (MQ=255)
gTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGccc > 2:2971379/1‑93 (MQ=255)
ccAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAc < 1:891331/93‑1 (MQ=255)
cAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcg > 1:273275/1‑93 (MQ=255)
cggccTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGCTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcgc < 2:3717578/89‑1 (MQ=255)
tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt > 2:2389489/1‑93 (MQ=255)
tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt > 1:5642173/1‑93 (MQ=255)
tCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTac > 2:4006923/1‑92 (MQ=255)
tCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTaa < 2:5097865/93‑1 (MQ=255)
aTTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACg > 2:5500042/1‑93 (MQ=255)
aTTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACg > 2:1686095/1‑93 (MQ=255)
tttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGt < 2:2628082/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTc < 2:3126678/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTc < 2:2095140/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTc < 2:7302537/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcg < 1:4185130/93‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgc > 2:1201163/1‑93 (MQ=255)
ccGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgc < 2:4456222/93‑1 (MQ=255)
ccGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgc < 2:106644/93‑1 (MQ=255)
gCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCgg < 1:3424384/93‑1 (MQ=255)
cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 1:1305038/1‑93 (MQ=255)
cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc < 1:6680568/93‑1 (MQ=255)
cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 2:7625897/1‑93 (MQ=255)
cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 1:5067119/1‑93 (MQ=255)
cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTCCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc < 1:3608834/93‑1 (MQ=255)
agcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCt > 2:1470777/1‑93 (MQ=255)
agcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGACCACGCGTTTAACGTCGCGGTCt > 2:1293085/1‑93 (MQ=255)
gcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCtt > 1:3723312/1‑93 (MQ=255)
gcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCtt > 2:3506898/1‑93 (MQ=255)
gcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCtt < 2:3621384/93‑1 (MQ=255)
gcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCtt < 2:6891009/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAACCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa < 2:1988153/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa < 1:1900001/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa > 2:7200283/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa > 1:1607147/1‑93 (MQ=255)
ttttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAg > 2:543569/1‑93 (MQ=255)
ttttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAg < 2:7810111/93‑1 (MQ=255)
tttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAgg < 1:2557921/93‑1 (MQ=255)
ttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGt > 1:4823390/1‑93 (MQ=255)
ttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTaa < 2:2225794/93‑1 (MQ=255)
ttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTaa > 1:4443781/1‑93 (MQ=255)
ttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTaa < 1:5421473/93‑1 (MQ=255)
aaCAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAggg > 2:950357/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAgggg > 1:128412/1‑92 (MQ=255)
aCAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGt < 2:4657217/93‑1 (MQ=255)
aCAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGt < 2:3878142/93‑1 (MQ=255)
aCAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGt < 1:5177332/93‑1 (MQ=255)
aGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGc > 1:2037322/1‑93 (MQ=255)
gTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTTGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCtt < 1:3838419/93‑1 (MQ=255)
gTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCtt > 1:7451104/1‑93 (MQ=255)
gTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCtt > 1:4021277/1‑93 (MQ=255)
ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta > 2:4816548/1‑93 (MQ=255)
aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata < 1:7616323/93‑1 (MQ=255)
aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata < 1:6029478/93‑1 (MQ=255)
aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata < 1:4584449/93‑1 (MQ=255)
tGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAtt > 1:3491364/1‑93 (MQ=255)
tGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAtt < 2:188510/93‑1 (MQ=255)
gTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTc < 1:1011556/93‑1 (MQ=255)
gTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTc > 2:3340064/1‑93 (MQ=255)
ttCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTcc < 2:1594443/93‑1 (MQ=255)
ttCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTcc > 1:2159497/1‑93 (MQ=255)
ttCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGACAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCGTATATTcc > 2:2913459/1‑93 (MQ=255)
tCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCa > 1:2892987/1‑93 (MQ=255)
tCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCa < 1:6476400/93‑1 (MQ=255)
cAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAg > 1:1777135/1‑93 (MQ=255)
cAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAg < 1:3348758/93‑1 (MQ=255)
aaaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGa > 2:6420845/1‑93 (MQ=255)
aaaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGa > 1:3185414/1‑93 (MQ=255)
aaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAt > 2:6579896/1‑93 (MQ=255)
aaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAt > 2:3817997/1‑93 (MQ=255)
ccaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTa < 1:1219370/93‑1 (MQ=255)
ccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGGCGCGGTCATCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCg > 2:7033668/1‑93 (MQ=255)
acaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGtgtg < 1:7537864/93‑1 (MQ=255)
aaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCaa < 1:7686656/93‑1 (MQ=255)
aCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAg > 2:5688377/1‑93 (MQ=255)
ccACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAgg < 1:1739659/93‑1 (MQ=255)
cACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGt < 1:7030280/93‑1 (MQ=255)
cACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGt > 1:6388165/1‑93 (MQ=255)
ggtcggtcGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAc < 2:4180854/93‑1 (MQ=255)
ggtcggtcGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAc > 2:495245/1‑93 (MQ=255)
gtcggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAcc > 1:3938539/1‑93 (MQ=255)
tcggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCa > 2:2521633/1‑93 (MQ=255)
ggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAAt > 2:534003/1‑93 (MQ=255)
gtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATc > 2:6714133/1‑93 (MQ=255)
gtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATc < 1:7227786/93‑1 (MQ=255)
gtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGATGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAAta > 1:313997/1‑92 (MQ=255)
gACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACt > 1:2220641/1‑93 (MQ=255)
gACAACACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACt < 1:4933623/93‑1 (MQ=255)
acacCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACtt > 2:7419075/1‑93 (MQ=255)
acacCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACtt > 2:2739005/1‑93 (MQ=255)
caccacCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACttt < 2:5608117/93‑1 (MQ=255)
accaccAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTg > 1:7736178/1‑93 (MQ=255)
ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc > 2:6232263/1‑93 (MQ=255)
ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc < 2:5997515/93‑1 (MQ=255)
caccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgcg < 1:7907023/93‑1 (MQ=255)
caccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgcg > 1:6217612/1‑93 (MQ=255)
caccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgcg > 1:1534670/1‑93 (MQ=255)
accaGGCAGCCCGCGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgcgc < 1:588051/93‑1 (MQ=255)
caGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCGAGGTGACCAATCACTTTGCGCAt > 2:4301730/1‑93 (MQ=255)
aGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATg < 1:5783838/93‑1 (MQ=255)
|
TCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915571‑3915750
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 228 total aligned reads displayed.
TGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGTTT > NC_000913/3915569‑3915754
|
TGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCA < SRR4302543.1080407/94‑1 (MQ=60)
TGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCA < SRR4302543.3658975/94‑1 (MQ=60)
GTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCGAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAG < SRR4302543.6660331/94‑1 (MQ=60)
GTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAG < SRR4302543.6922455/94‑1 (MQ=60)
GTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAG < SRR4302543.6973531/94‑1 (MQ=60)
CGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCC > SRR4302543.7151359/1‑94 (MQ=60)
GGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCC < SRR4302543.1932421/94‑1 (MQ=60)
GTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCA < SRR4302543.5986536/94‑1 (MQ=60)
GTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCA > SRR4302543.3892821/1‑94 (MQ=60)
GTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCA > SRR4302543.3892819/1‑94 (MQ=60)
CCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCCGGCAGCCCACG > SRR4302543.7034755/1‑94 (MQ=60)
CCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACG < SRR4302543.899210/94‑1 (MQ=60)
CCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACG > SRR4302543.275675/1‑94 (MQ=60)
CAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGC > SRR4302543.4206405/1‑94 (MQ=60)
AGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCG > SRR4302543.3410234/1‑94 (MQ=60)
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AATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATAT < SRR4302543.6085829/94‑1 (MQ=60)
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TCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAG < SRR4302543.6537421/94‑1 (MQ=60)
TCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAG < SRR4302543.3496920/94‑1 (MQ=60)
CAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGA > SRR4302543.4989978/1‑94 (MQ=60)
CAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGA < SRR4302543.4584422/94‑1 (MQ=60)
CAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGA < SRR4302543.3378909/94‑1 (MQ=60)
AAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAT < SRR4302543.5725494/94‑1 (MQ=60)
AAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAT > SRR4302543.5807183/1‑94 (MQ=60)
ACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTA < SRR4302543.674925/94‑1 (MQ=60)
ACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTA > SRR4302543.5809083/1‑94 (MQ=60)
CCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAC < SRR4302543.1230330/94‑1 (MQ=60)
CACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACC > SRR4302543.7808760/1‑94 (MQ=60)
CACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACC < SRR4302543.7150798/94‑1 (MQ=60)
CACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACC < SRR4302543.1621449/94‑1 (MQ=60)
ACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCG < SRR4302543.3187658/94‑1 (MQ=60)
CGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTG > SRR4302543.7168501/1‑94 (MQ=60)
CGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTG > SRR4302543.7421239/1‑94 (MQ=60)
CGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTG > SRR4302543.4189619/1‑94 (MQ=60)
CGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTG > SRR4302543.1312343/1‑94 (MQ=60)
CACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTG < SRR4302543.1878799/94‑1 (MQ=60)
CACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTG < SRR4302543.3838704/94‑1 (MQ=60)
ACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGC > SRR4302543.1294008/1‑94 (MQ=60)
ACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGC < SRR4302543.7609723/94‑1 (MQ=60)
ACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGCAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGC > SRR4302543.4153804/1‑94 (MQ=60)
CAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCA > SRR4302543.4361803/1‑94 (MQ=60)
CAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCA > SRR4302543.7785551/1‑94 (MQ=60)
CAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCA > SRR4302543.3603442/1‑94 (MQ=60)
CAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCA < SRR4302543.3480059/94‑1 (MQ=60)
AAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAA > SRR4302543.3663003/1‑94 (MQ=60)
AACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAG < SRR4302543.7759448/94‑1 (MQ=60)
AACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAG < SRR4302543.5841856/94‑1 (MQ=60)
ACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGG < SRR4302543.5274754/94‑1 (MQ=60)
CCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGT > SRR4302543.6448298/1‑94 (MQ=60)
CCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGT > SRR4302543.2600543/1‑94 (MQ=60)
CCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGT < SRR4302543.1755176/94‑1 (MQ=60)
CACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTG < SRR4302543.7703223/94‑1 (MQ=60)
CGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAC > SRR4302543.1771296/1‑94 (MQ=60)
GGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACC > SRR4302543.1310301/1‑94 (MQ=60)
GGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACC > SRR4302543.789939/1‑94 (MQ=60)
CGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAAT < SRR4302543.5195670/94‑1 (MQ=60)
GGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGATGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATA > SRR4302543.316834/1‑94 (MQ=60)
GGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACCTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTGCAGATTACCGTGTGAAAGGTGACCAATC > SRR4302543.7043954/1‑94 (MQ=60)
GTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCA < SRR4302543.7297803/94‑1 (MQ=60)
TCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCAC < SRR4302543.5106391/94‑1 (MQ=60)
CGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACT < SRR4302543.6913871/94‑1 (MQ=60)
CGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACT < SRR4302543.7105096/94‑1 (MQ=60)
CGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACT > SRR4302543.2240677/1‑94 (MQ=60)
GACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTT > SRR4302543.5379568/1‑94 (MQ=60)
GACAACACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTT < SRR4302543.4978559/94‑1 (MQ=60)
ACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTT < SRR4302543.5279668/94‑1 (MQ=60)
ACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTT > SRR4302543.6554004/1‑94 (MQ=60)
ACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTT > SRR4302543.1750820/1‑94 (MQ=60)
ACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTT > SRR4302543.4779249/1‑94 (MQ=60)
CACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTG > SRR4302543.7809274/1‑94 (MQ=60)
CACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTG > SRR4302543.4661366/1‑94 (MQ=60)
CCCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGC < SRR4302543.5945191/94‑1 (MQ=60)
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ACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGC > SRR4302543.3006336/1‑94 (MQ=60)
ACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGGGCTTTTATTCCAGATTACGGTGTGCAAGGTGACCAATTACTTTGC > SRR4302543.3295837/1‑94 (MQ=60)
CCGCCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCG > SRR4302543.3483673/1‑94 (MQ=60)
CCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCG > SRR4302543.1548416/1‑94 (MQ=60)
CCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCG > SRR4302543.6276306/1‑94 (MQ=60)
CCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCG > SRR4302543.1627318/1‑94 (MQ=60)
CACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGC < SRR4302543.7981322/94‑1 (MQ=60)
CACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGC < SRR4302543.6667436/94‑1 (MQ=60)
ACCAGGCAGCCCGCGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCA < SRR4302543.593427/94‑1 (MQ=60)
CCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCAT > SRR4302543.3236711/1‑94 (MQ=60)
CCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCAT > SRR4302543.6148590/1‑94 (MQ=60)
CAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG < SRR4302543.6528547/94‑1 (MQ=60)
AGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGG < SRR4302543.7659944/94‑1 (MQ=60)
AGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGG > SRR4302543.2121614/1‑94 (MQ=60)
AGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGG < SRR4302543.5836468/94‑1 (MQ=60)
AGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGG < SRR4302543.3997523/94‑1 (MQ=60)
GGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGT < SRR4302543.1664833/94‑1 (MQ=60)
GGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGT > SRR4302543.2401539/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGTT > SRR4302543.1855520/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGTT < SRR4302543.2104124/94‑1 (MQ=60)
GCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGTT > SRR4302543.1007133/1‑94 (MQ=60)
CAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATTGTTT > SRR4302543.3689778/1‑94 (MQ=60)
|
TGTCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATGGTTT > NC_000913/3915569‑3915754
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
