Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,031,772 |
C→T |
C346C (TGC→TGT) |
trkH → |
TrkH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,031,772 | 0 | C | T | 99.5%
| 667.9
/ NA
| 193 | C346C (TGC→TGT) | trkH | TrkH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (75/117); total (76/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
ACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCC > NC_000913/4031683‑4031861
|
aCAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGcc < 1:2810429/93‑1 (MQ=255)
aCAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGcc > 1:2087607/1‑93 (MQ=255)
cAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCg < 1:409101/93‑1 (MQ=255)
cAACCGCCGGGATTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTTTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGAGGTTGTGCCg > 2:2352199/1‑93 (MQ=255)
aCCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCggg < 1:2158545/93‑1 (MQ=255)
aCCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGGTGTGGCggg > 2:2423748/1‑93 (MQ=255)
aCCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGGCGTGCCggg > 1:1267877/1‑93 (MQ=255)
ccgGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCaa < 1:3029634/93‑1 (MQ=255)
ccgGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCaa < 1:259285/93‑1 (MQ=255)
cgGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAAc < 2:1370990/93‑1 (MQ=255)
cgGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGGTGTGCCGGGGCAAc > 2:1750553/1‑93 (MQ=255)
gggTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACg < 2:1324852/93‑1 (MQ=255)
gTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACcgg > 2:600385/1‑93 (MQ=255)
tttACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACgggg > 1:1580436/1‑92 (MQ=255)
tttACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGc > 1:2925441/1‑93 (MQ=255)
ttACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCg < 2:3172020/93‑1 (MQ=255)
tACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCgg < 2:1118347/93‑1 (MQ=255)
aCAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGt < 2:4083879/93‑1 (MQ=255)
cAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTg < 2:646225/93‑1 (MQ=255)
aaCTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGGCGGGGCAAAGgggggggg > 2:380015/1‑93 (MQ=255)
aCTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑c > 2:4608549/1‑93 (MQ=255)
cTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑cc > 2:2274105/1‑93 (MQ=255)
cTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGGGG‑cc > 1:1336021/1‑93 (MQ=255)
cTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGGCAACGGGCGGGGG‑cc > 2:397590/1‑93 (MQ=255)
aCAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGa < 2:3260940/93‑1 (MQ=255)
cAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGaa < 2:774398/93‑1 (MQ=255)
cAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGGCAACGGGCGGTGG‑CCTgga > 2:2905535/1‑91 (MQ=255)
gCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGGCGGGTCCACGGGCGGTGG‑CCTGAAgg > 1:1417798/1‑93 (MQ=255)
gCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGGGGTGG‑GCTGAAgg > 2:743938/1‑93 (MQ=255)
gCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGGTGTGCCGGGGCCACGGGCGGTGG‑GCTGAAgg > 2:3478711/1‑93 (MQ=255)
cATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGt < 1:363185/93‑1 (MQ=255)
cATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGt < 2:1492238/93‑1 (MQ=255)
tttGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTg < 2:3634698/92‑1 (MQ=255)
cttGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCAGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTg < 2:4385270/92‑1 (MQ=255)
tGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGAt < 1:4283105/93‑1 (MQ=255)
gCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGCTGTGCCGGGTCAACTGGCGGGGGACTTGAAgggatc > 2:2825959/1‑89 (MQ=255)
cccTCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATcc < 1:1332134/93‑1 (MQ=255)
cccGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATcc < 1:278223/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑ACTGAAGGTGATCCg > 1:3783423/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGc < 1:4649180/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCCGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAATGTGATgcgc > 1:201953/1‑93 (MQ=255)
tGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATc < 2:3773317/93‑1 (MQ=255)
tGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATc < 2:297096/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCct > 1:1006786/1‑93 (MQ=255)
cGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgc < 2:2015247/93‑1 (MQ=255)
cGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgc < 2:2124914/93‑1 (MQ=255)
gCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgct < 1:2953335/93‑1 (MQ=255)
gCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgct > 2:1867609/1‑93 (MQ=255)
gCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGACGGGGCAACGGGCGGTGG‑GCTGAAGGAGATGCTCATCctgct > 1:1245813/1‑93 (MQ=255)
ctctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATTCGCATCctgctg > 2:2994921/1‑93 (MQ=255)
ctctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCTGCATCctgctg > 2:1806380/1‑93 (MQ=255)
ctctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCACATCctgctg > 1:3383134/1‑93 (MQ=255)
ctctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGAGCGGTGG‑CCTGCAGGGGATCCGCATCctgctg > 1:2307250/1‑93 (MQ=255)
ctctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGGTGTGCCGGGTCAACCGGCGGTGG‑CCTGAAGGGGATCCGCATCccgctg > 2:3069316/1‑93 (MQ=255)
tctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCCACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgctgc > 2:3308844/1‑93 (MQ=255)
tctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgctgc < 2:452369/93‑1 (MQ=255)
tctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgctgc > 2:4550304/1‑93 (MQ=255)
tctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgctgc > 2:502273/1‑93 (MQ=255)
tctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgctgc < 1:836983/93‑1 (MQ=255)
tctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCctgctgc > 1:4553039/1‑93 (MQ=255)
ttGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGttt > 2:548740/1‑93 (MQ=255)
tGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTa < 1:4412280/93‑1 (MQ=255)
cGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGc > 1:3276831/1‑93 (MQ=255)
tACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAgg < 1:1515399/93‑1 (MQ=255)
tACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAgg > 1:596087/1‑93 (MQ=255)
aCTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAggg < 2:4349645/93‑1 (MQ=255)
cTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAgggg < 2:2582122/93‑1 (MQ=255)
cTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAgggg < 2:2526222/93‑1 (MQ=255)
cTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAgggg < 2:2839034/93‑1 (MQ=255)
gCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGaa < 2:4240483/93‑1 (MQ=255)
gCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGaa > 1:4138025/1‑93 (MQ=255)
gCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGaa > 1:3762410/1‑93 (MQ=255)
cTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAAc < 2:4683619/93‑1 (MQ=255)
cTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAAc < 2:1631312/93‑1 (MQ=255)
cTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAAc < 1:3982917/93‑1 (MQ=255)
ttttATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGGAcc > 1:276894/1‑93 (MQ=255)
tttATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCg > 2:369303/1‑93 (MQ=255)
tttATGTTCAGCCTCTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCg > 1:1834740/1‑93 (MQ=255)
ttATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGt < 1:1097845/93‑1 (MQ=255)
ttATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGt < 2:3960535/93‑1 (MQ=255)
tATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTTTTTAAGCAGGGGAACCGTg < 1:1937748/93‑1 (MQ=255)
ttCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCt > 2:1342090/1‑93 (MQ=255)
ttCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCt > 1:3257994/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGaaa < 1:1063106/93‑1 (MQ=255)
gCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGaaa < 1:1853057/93‑1 (MQ=255)
gCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGaaa < 2:1047260/93‑1 (MQ=255)
gCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGaaa < 1:3882381/93‑1 (MQ=255)
cTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGGGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACg > 2:1960450/1‑93 (MQ=255)
tttATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACgc > 2:239073/1‑92 (MQ=255)
tttATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGa < 1:951852/93‑1 (MQ=255)
ttATCGGCGGTTGTTCCGGGTCAACGGGCGGGGG‑CCTGAAGGGGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGGCGGCTGTAACGAc > 2:3076716/1‑93 (MQ=255)
ttATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGAc < 2:4200589/93‑1 (MQ=255)
ttATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGAc < 2:3889481/93‑1 (MQ=255)
tCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTgg < 2:3187812/93‑1 (MQ=255)
tCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTgg < 1:2209296/93‑1 (MQ=255)
tCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGGTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACtcg > 1:235426/1‑91 (MQ=255)
acggcggTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTgg < 1:3492482/92‑1 (MQ=255)
ggcggTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTg < 2:1649467/93‑1 (MQ=255)
ggTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCAt > 2:2924158/1‑93 (MQ=255)
ttGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATcc < 2:3434779/93‑1 (MQ=255)
|
ACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCGCCGGGTCAACGGGCGGTGG‑CCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCC > NC_000913/4031683‑4031861
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAAC > NC_000913/4031680‑4031865
|
GCGATAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCTGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTG < SRR4302535.1850031/94‑1 (MQ=60)
GCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTG < SRR4302535.51308/94‑1 (MQ=60)
GACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCC > SRR4302535.2102642/1‑94 (MQ=60)
ACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCG < SRR4302535.419430/94‑1 (MQ=60)
ACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCG < SRR4302535.2830407/94‑1 (MQ=60)
CAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGG < SRR4302535.411973/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCGGTTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGT < SRR4302535.1778133/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGT > SRR4302535.3050315/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGT < SRR4302535.379499/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGT < SRR4302535.2174054/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGG > SRR4302535.1910417/1‑94 (MQ=60)
CGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGGTGTGCCGGGGCA > SRR4302535.1067571/1‑94 (MQ=60)
CCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAAC < SRR4302535.261079/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAAC < SRR4302535.3050842/94‑1 (MQ=60)
CGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACG > SRR4302535.2858571/1‑94 (MQ=60)
GGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGATACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGG < SRR4302535.2325357/94‑1 (MQ=60)
GTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGG > SRR4302535.1591843/1‑94 (MQ=60)
GTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGC > SRR4302535.2946064/1‑94 (MQ=60)
ACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTG < SRR4302535.2034678/94‑1 (MQ=60)
AACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGC < SRR4302535.1266485/94‑1 (MQ=60)
ACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGGGGCC > SRR4302535.1345552/1‑94 (MQ=60)
CTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCT < SRR4302535.2084050/94‑1 (MQ=60)
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AGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGG < SRR4302535.3306880/94‑1 (MQ=60)
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GCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGT < SRR4302535.4005217/94‑1 (MQ=60)
CATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTG < SRR4302535.365687/94‑1 (MQ=60)
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TGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATC < SRR4302535.877980/94‑1 (MQ=60)
GCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCC < SRR4302535.4406108/94‑1 (MQ=60)
GCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCC < SRR4302535.3703960/94‑1 (MQ=60)
CCCTCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCG < SRR4302535.1341637/94‑1 (MQ=60)
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CCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCG > SRR4302535.3796775/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCG < SRR4302535.280162/94‑1 (MQ=60)
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CCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGACTGAAGGTGATCCG > SRR4302535.3809528/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCCGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAATGTGATGCGC > SRR4302535.203334/1‑94 (MQ=60)
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CGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGGTGCGCCGGGTCAACGGGGGGTGGCCGGAAGGTGATgccca > SRR4302535.3826609/1‑89 (MQ=60)
GGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCT > SRR4302535.1013943/1‑94 (MQ=60)
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CTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACC > SRR4302535.3844888/1‑94 (MQ=60)
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GCCTTTATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAAC < SRR4302535.1070673/94‑1 (MQ=60)
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ATCGGCGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGGTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTCG > SRR4302535.237052/1‑94 (MQ=60)
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CGGTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCAT > SRR4302535.1788032/1‑94 (MQ=60)
GTTGTGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCC < SRR4302535.2202789/94‑1 (MQ=60)
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GCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCGCCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAAC > NC_000913/4031680‑4031865
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
