Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,099,309 |
(G)7→8 |
coding (48/993 nt) |
kdgT → |
2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 1 | . | G | 99.2%
| 395.1
/ ‑5.1
| 129 | P14R (CCG→CGG) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); major base G (91/36); minor base A (1/0); total (92/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > NC_000913/4099210‑4099389
|
acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATcc‑c > 2:1267311/1‑93 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑gg > 2:3737765/1‑93 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTAAGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑gg > 2:2986045/1‑93 (MQ=255)
gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑ggg > 1:565425/1‑93 (MQ=255)
aTGCTCCATTCAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGGGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑ggag > 2:2392442/1‑91 (MQ=255)
tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑ggggg < 2:1434070/93‑1 (MQ=255)
tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑gggggggg > 1:1053527/1‑92 (MQ=255)
tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑gggggggg > 1:730190/1‑92 (MQ=255)
ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑ggggggggt > 2:3852805/1‑91 (MQ=255)
ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑gggggggga < 1:674247/93‑3 (MQ=255)
cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑ggggggggat < 1:4245574/93‑4 (MQ=255)
cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑ggggggggat > 1:2195078/1‑90 (MQ=255)
aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑ggggggggatg < 2:3790047/93‑5 (MQ=255)
tGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGgatgat > 2:1646967/1‑93 (MQ=255)
gAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGatgatg > 2:858164/1‑93 (MQ=255)
gAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGatgatg > 1:4251678/1‑93 (MQ=255)
ggAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCt > 2:3537648/1‑93 (MQ=255)
ggAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCt > 1:1900887/1‑93 (MQ=255)
gAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTc > 1:4587389/1‑93 (MQ=255)
aaTTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCg > 1:1293534/1‑93 (MQ=255)
ttACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTc > 1:4434016/1‑93 (MQ=255)
ttACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTc > 1:2937291/1‑93 (MQ=255)
aCGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTccc < 2:4410038/93‑1 (MQ=255)
gCATCAGCCCTTGAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGc < 1:1464846/93‑1 (MQ=255)
gCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGc > 2:2907185/1‑93 (MQ=255)
cATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCt > 1:3515555/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTa < 1:4647527/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTa > 1:2758952/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAt > 1:3913597/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAt > 2:523190/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAAATAAAACGCTCGATTGAGAAAACCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAt < 1:2023642/93‑1 (MQ=255)
cAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAtt > 2:3552961/1‑93 (MQ=255)
cAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAtt > 2:656312/1‑93 (MQ=255)
aGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTc < 1:2998469/93‑1 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:364678/1‑93 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:2654316/1‑93 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 2:3327160/1‑93 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 2:3289778/1‑93 (MQ=255)
cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 2:3948393/1‑93 (MQ=255)
ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTgg > 1:1832865/1‑93 (MQ=255)
ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTgg > 1:3417272/1‑93 (MQ=255)
aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc > 2:3974310/1‑93 (MQ=255)
atatGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGTTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACt > 1:1517838/1‑93 (MQ=255)
atGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgt < 2:1510328/93‑1 (MQ=255)
gCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGc < 2:3641476/93‑1 (MQ=255)
cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCca > 1:1042995/1‑93 (MQ=255)
cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCca < 1:2051232/93‑1 (MQ=255)
cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCca < 1:4521716/93‑1 (MQ=255)
cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCca < 1:3554298/93‑1 (MQ=255)
acgggTGAGGAAAATGCAAAAAAACCGCTGAATGGAAAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcaca < 2:1812261/90‑1 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAGTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcata < 2:4490127/93‑3 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcaca > 1:2137296/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcaca > 2:4420843/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCacac > 1:175034/1‑93 (MQ=255)
aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAcc < 2:4439219/93‑1 (MQ=255)
aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAcc > 2:2276059/1‑93 (MQ=255)
aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTCGCGCCCTGTGCCACAcc > 2:3780849/1‑93 (MQ=255)
aGGGGATGAAAATGCAGAAAAACCGCTCGTTTGAGAAACTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAcc < 1:4083829/93‑1 (MQ=255)
ggTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCt > 1:2314435/1‑93 (MQ=255)
gATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtct > 1:668233/1‑93 (MQ=255)
aTGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtctc > 1:926929/1‑93 (MQ=255)
aTGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtctc < 2:3748847/93‑1 (MQ=255)
aTGGAAATGCAGATAAAAAGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCGCGCTAGTCCTTGGCGCACTGTGCCACACGTtctc > 1:1270978/1‑93 (MQ=255)
tGGAAGTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCg > 2:4342275/1‑93 (MQ=255)
gAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGcc < 2:3826331/93‑1 (MQ=255)
gAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGcc > 2:177792/1‑93 (MQ=255)
gAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGcc > 2:3116122/1‑93 (MQ=255)
aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCgg > 2:3342594/1‑93 (MQ=255)
aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CAGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCgg > 1:4569171/1‑93 (MQ=255)
tGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCgggg > 2:2181649/1‑93 (MQ=255)
tGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTCCTCGCCgggg > 2:3082915/1‑93 (MQ=255)
gaGATAAACCGCTCGATTGAAAAACTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGc < 1:3372338/92‑1 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg < 1:988619/93‑1 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 2:364632/1‑93 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCCTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 2:263886/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaCCCTCGATTGAGAAAGGCCGG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg < 2:2769795/91‑1 (MQ=255)
aTAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 1:188590/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCgggg < 1:4667113/93‑1 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCgggg > 1:4352511/1‑93 (MQ=255)
aaaCGCTCGATTCAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCCCTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGCGCGGGGaa > 1:771830/1‑93 (MQ=255)
accGCTCGATTGAAAAACCCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACTCCTTCTCGCCGGGGGCGGGGaaa < 1:1640496/91‑1 (MQ=255)
aaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGaaa > 2:2731252/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAat > 1:1338721/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAat > 2:2599765/1‑93 (MQ=255)
cGCTCGATTGAAAAAACCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAata < 2:129671/93‑1 (MQ=255)
gCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAatat > 1:3460487/1‑93 (MQ=255)
gCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAatat > 2:4365357/1‑93 (MQ=255)
cTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAtt > 2:3274835/1‑93 (MQ=255)
cTCGATGGAGAAACCCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAtt < 2:1869775/93‑1 (MQ=255)
tCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATAttt > 1:134314/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATATTTTgg > 1:2410839/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTgg > 1:1533207/1‑93 (MQ=255)
ttGAGAAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGTGAAATATTTTGGa < 2:2965394/93‑1 (MQ=255)
gagaAAATCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATc > 2:243298/1‑93 (MQ=255)
ggaAAAGCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCa < 2:2922196/92‑1 (MQ=255)
aaaaTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAtt < 1:735822/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAtt > 1:4658154/1‑93 (MQ=255)
aaaTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTc < 2:3042408/93‑1 (MQ=255)
aaTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCa > 1:4386202/1‑93 (MQ=255)
aTCC‑CGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATATTTTGGATCATTCAc > 1:29385/1‑93 (MQ=255)
|
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > NC_000913/4099210‑4099389
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099217‑4099402
|
CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGG > SRR4302535.1061020/1‑94 (MQ=60)
CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGG > SRR4302535.735317/1‑94 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGgat > SRR4302535.2210719/1‑91 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGgat < SRR4302535.678957/94‑4 (MQ=60)
CATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATG < SRR4302535.4274637/94‑1 (MQ=60)
ATTGAGGAATTACGCATCTGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGA > SRR4302535.1863167/1‑94 (MQ=60)
TGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATG > SRR4302535.4280811/1‑94 (MQ=60)
TGAGGAATTACGCATCACCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAACCGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATG < SRR4302535.4546154/94‑1 (MQ=60)
TGAGAAATTACGCATCAGCCATTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATG < SRR4302535.2905748/94‑1 (MQ=60)
AGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGGATGATGC > SRR4302535.490523/1‑94 (MQ=60)
AGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCT > SRR4302535.1914567/1‑94 (MQ=60)
GGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTC > SRR4302535.4618626/1‑94 (MQ=60)
GAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCG > SRR4302535.1302752/1‑94 (MQ=60)
AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGT > SRR4302535.577149/1‑94 (MQ=60)
ATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTC > SRR4302535.4464397/1‑94 (MQ=60)
ATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTC > SRR4302535.2957955/1‑94 (MQ=60)
ACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCG > SRR4302535.1539093/1‑94 (MQ=60)
ACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCG < SRR4302535.4583483/94‑1 (MQ=60)
GCATCAGCCCTTGAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCT < SRR4302535.1475341/94‑1 (MQ=60)
GCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCT > SRR4302535.3539983/1‑94 (MQ=60)
CATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTA > SRR4302535.2032338/1‑94 (MQ=60)
CATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTA > SRR4302535.2778611/1‑94 (MQ=60)
CACCACCCCTAAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAAAAAACCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTA < SRR4302535.4085963/94‑1 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAT > SRR4302535.3940384/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAT < SRR4302535.4679009/94‑1 (MQ=60)
TCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAAATAAAACGCTCGATTGAGAAAACCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATT < SRR4302535.2038227/94‑1 (MQ=60)
CAGCCCTTAAAAAGATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTC > SRR4302535.2549081/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > SRR4302535.367188/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > SRR4302535.4423298/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > SRR4302535.2673333/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC < SRR4302535.3019495/94‑1 (MQ=60)
GCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCT > SRR4302535.4662833/1‑94 (MQ=60)
CTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG > SRR4302535.3441042/1‑94 (MQ=60)
CTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG > SRR4302535.1846091/1‑94 (MQ=60)
AAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCA > SRR4302535.1754345/1‑94 (MQ=60)
AATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGTTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACT > SRR4302535.1528772/1‑94 (MQ=60)
ATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTG > SRR4302535.311730/1‑94 (MQ=60)
CCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA > SRR4302535.3545658/1‑94 (MQ=60)
CCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA > SRR4302535.1050389/1‑94 (MQ=60)
CGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCAC < SRR4302535.2066002/94‑1 (MQ=60)
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CGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCAC < SRR4302535.2964527/94‑1 (MQ=60)
GACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACA > SRR4302535.2152689/1‑94 (MQ=60)
ACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAC > SRR4302535.176248/1‑94 (MQ=60)
AGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCT > SRR4302535.2330994/1‑94 (MQ=60)
AGGGGATGAAAATGCAGAAAAACCGCTCGTTTGAGAAACTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCT < SRR4302535.4111755/94‑1 (MQ=60)
TGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT > SRR4302535.672890/1‑94 (MQ=60)
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ATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGGTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG > SRR4302535.751234/1‑94 (MQ=60)
AAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCA‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGG > SRR4302535.4600331/1‑94 (MQ=60)
AATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGG > SRR4302535.3470311/1‑94 (MQ=60)
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aaaaaaaaaccgcgcgaggaaaaaaaccccgGGGGGGGATGATGCTCGTCGCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC < SRR4302535.2539744/63‑1 (MQ=60)
GAGATAAACCGCTCGATTGAAAAACTCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCG < SRR4302535.3395797/94‑1 (MQ=60)
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ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGG > SRR4302535.4382296/1‑94 (MQ=60)
TAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGA < SRR4302535.4698656/94‑1 (MQ=60)
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CTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATATTT > SRR4302535.135252/1‑94 (MQ=60)
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cgatgaaaAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTG < SRR4302535.1749755/86‑1 (MQ=60)
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GATTGAGAAAATCCCG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATATTTTGG > SRR4302535.2428192/1‑94 (MQ=60)
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GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > SRR4302535.1597015/1‑94 (MQ=60)
GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > SRR4302535.4042905/1‑94 (MQ=60)
|
CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099217‑4099402
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
