Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,099,309 |
(G)7→8 |
coding (48/993 nt) |
kdgT → |
2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 1 | . | G | 97.7%
| 660.0
/ 7.4
| 215 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base G (123/87); total (126/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA > NC_000913/4099210‑4099391
|
acTGATGCTCCATTGAGGAATTATGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 2:4279577/93‑1 (MQ=255)
acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 1:6841047/93‑1 (MQ=255)
acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 2:4290275/93‑1 (MQ=255)
acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 1:1213245/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTATGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑g > 2:4984175/1‑93 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑g < 1:1986131/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑g < 1:2366753/93‑1 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg < 1:7410754/93‑1 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg < 2:5889850/93‑1 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg > 2:7580838/1‑93 (MQ=255)
gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg < 2:4886055/93‑1 (MQ=255)
aTGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g < 1:3867397/93‑1 (MQ=255)
tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑g < 2:2830313/93‑1 (MQ=255)
tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑g > 1:4603738/1‑93 (MQ=255)
tGCTCCATTGAGGAATTACGAATCATCACTTAAAAATATGCCGACGGGTGATGGAAATGCAGATAAATCTCTCGATGGAGAAAATCCC‑‑gggta < 2:5324182/93‑3 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg < 1:6262049/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg > 1:2922511/1‑93 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg > 1:3086031/1‑93 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg < 2:3574428/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg > 1:470124/1‑93 (MQ=255)
cTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑g > 2:3376299/1‑93 (MQ=255)
cTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑g > 2:4497954/1‑93 (MQ=255)
tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑gg < 1:3251151/93‑2 (MQ=255)
ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑gga < 1:6745836/93‑3 (MQ=255)
cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑ggat > 1:1483985/1‑90 (MQ=255)
cATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑ggat > 2:7390155/1‑90 (MQ=255)
gggAATTACGCATCAGCCCTAAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCAATGGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGc < 2:459220/92‑1 (MQ=255)
aGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGc < 2:1399053/93‑1 (MQ=255)
aGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGc > 1:7766942/1‑93 (MQ=255)
aaTTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGGGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GGTGATGCTCg > 2:5616910/1‑93 (MQ=255)
tACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTcc > 1:4803958/1‑93 (MQ=255)
ccGCACCAGCCATAAAAAATAGGCCGACAGGTGAGGGAAATGAAAAAAAACCCCTCGATTAAAAAAACCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTcc < 2:710103/92‑1 (MQ=255)
cGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCg < 2:652220/93‑1 (MQ=255)
cGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCg > 1:2839447/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCCCGAAAAAATATGCCGACAGGTAATGCAAATACAGAAAAAACGCTCGATTGAGAAACTCCG‑‑GGG‑G‑GGTGATGATGCTCGTCCCGCTa < 2:7672493/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTa < 2:7804012/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCCCTAAAAAATAGCCCAACGGGTGATGAAAATGAAAAAAAACCCCTCGATGAAAAAAACCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTa < 2:3150428/93‑1 (MQ=255)
tcggCCCTTAAAAATAGGCCGACAGGTGAGGGAAATGCAGATAAAACGCGCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTa < 1:5457290/90‑1 (MQ=255)
tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTAt > 1:8209/1‑93 (MQ=255)
cAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTAtt > 2:1926826/1‑93 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 2:2219212/1‑93 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:986154/1‑93 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:7304430/1‑93 (MQ=255)
cccTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCt < 2:1284380/93‑1 (MQ=255)
cccTTAAAAATATGCCGACAGGCGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGG‑GCGG‑GGTGATGCTCGTACCGCTATTCCt > 2:4817337/1‑93 (MQ=255)
cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCtt > 1:6579565/1‑93 (MQ=255)
cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg < 1:2289644/93‑1 (MQ=255)
cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 2:164706/1‑93 (MQ=255)
cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAAGGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGAGCTTCGTCCCGCTTTTCCTTg > 1:4732412/1‑93 (MQ=255)
ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTgg > 2:6635496/1‑93 (MQ=255)
aaaaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGgcg < 1:3948418/93‑1 (MQ=255)
aaaaTATGTCGAAAAGCGGCGGGAATGCAGATAAAACGCTCGACTGTGAAAATCCC‑‑GGGCG‑GG‑GATGATGCTAGTGCTGCTACTGCTTGgagc > 2:4185032/1‑93 (MQ=255)
aaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCCTGgctc > 2:7020089/1‑91 (MQ=255)
cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GGGGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGcc > 1:3925758/1‑93 (MQ=255)
cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCca > 2:884988/1‑93 (MQ=255)
gACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGcccc > 2:5260606/1‑91 (MQ=255)
gACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcac > 2:608079/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcac > 1:1008823/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GGTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcaca > 2:2039394/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCacac < 1:7492306/93‑1 (MQ=255)
tGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtc < 1:1326573/93‑1 (MQ=255)
gATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCCCTGTGCCACACCTtct > 2:5724538/1‑93 (MQ=255)
gATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtct > 1:26756/1‑93 (MQ=255)
gATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtct < 2:4077479/93‑1 (MQ=255)
gATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtct > 2:3871477/1‑93 (MQ=255)
aTGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTtctc < 1:2629405/93‑1 (MQ=255)
tGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCg > 1:5566223/1‑93 (MQ=255)
ggAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGc > 1:5913544/1‑93 (MQ=255)
aaaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑g > 2:117263/1‑93 (MQ=255)
aaaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑g > 1:6670826/1‑93 (MQ=255)
aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTGGcccg > 1:7620609/1‑91 (MQ=255)
aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑gg > 1:2127416/1‑93 (MQ=255)
aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑gg > 1:5245924/1‑93 (MQ=255)
tGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑gggg < 1:6128633/93‑1 (MQ=255)
ggCAGATAAAACGCCCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑gggg < 2:3719857/92‑1 (MQ=255)
cAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑ggggg < 1:5045861/93‑1 (MQ=255)
aGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCCCACCTTCTCGCC‑GGGGGCg > 1:6785910/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCggg > 2:1339713/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCgggg > 1:2710561/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGa < 2:3482699/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGaaa > 2:2093757/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGaaa < 1:6025009/93‑1 (MQ=255)
gCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGGCGGGGAAat > 2:5001670/1‑93 (MQ=255)
tCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATAttt > 1:341622/1‑93 (MQ=255)
cGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATAtttt < 2:5425962/93‑1 (MQ=255)
cGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATAtttt < 2:2364122/93‑1 (MQ=255)
gATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTg < 2:4710313/93‑1 (MQ=255)
aTTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTgg > 2:6259331/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTgg < 2:6728993/93‑1 (MQ=255)
aTTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCCTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGGAATATTTTgg > 1:27449/1‑93 (MQ=255)
ttGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGGAAAATTTTTGa > 2:5577812/1‑93 (MQ=255)
gagaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATc > 1:6472000/1‑93 (MQ=255)
gagaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATc > 2:7346403/1‑93 (MQ=255)
gagaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATc > 2:2661368/1‑93 (MQ=255)
gaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAt < 1:7702485/93‑1 (MQ=255)
gaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGCCGCACTGCGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAt > 1:1081766/1‑93 (MQ=255)
gaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTACCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCGCCCCCTTCTCGCC‑GGCGCCGGGGAACTGTTTTCGATCAt > 2:1816872/1‑93 (MQ=255)
aaaTCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAtt > 1:2036249/1‑93 (MQ=255)
aaaTCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTc > 1:3485669/1‑93 (MQ=255)
tCCC‑‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCa > 1:2873458/1‑93 (MQ=255)
|
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA > NC_000913/4099210‑4099391
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099216‑4099402
|
GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GG < SRR4302543.6321105/94‑1 (MQ=60)
CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGG < SRR4302543.5382916/94‑1 (MQ=60)
TCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGga < SRR4302543.3280542/94‑3 (MQ=60)
TCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGga > SRR4302543.7364421/1‑92 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGgat < SRR4302543.2380593/94‑4 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGgat < SRR4302543.5586480/94‑4 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGgat < SRR4302543.6809539/94‑4 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGgat > SRR4302543.1497351/1‑91 (MQ=60)
CATTGAGTAATGACGCATCAGCCCTA‑AAAAATATGCCGACGGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGACAAAACCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GG‑‑GATG < SRR4302543.548588/94‑1 (MQ=60)
CATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GG‑‑GATG > SRR4302543.1829820/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGggatg > SRR4302543.3478210/1‑89 (MQ=60)
ATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGggatg > SRR4302543.2782818/1‑89 (MQ=60)
TGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGAT < SRR4302543.2143050/94‑1 (MQ=60)
GAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGC > SRR4302543.7840225/1‑94 (MQ=60)
AGGAATTACGCATCAGCCCTT‑ACAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGGGGGGGG‑‑GGATGATG > SRR4302543.6079801/1‑94 (MQ=60)
GAAGTACGCATCAGCCCTA‑AAAAATATGCCGACGGGTGATGAAAATGCAGATAAAACGCTCGATGGAGAAAACCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCG < SRR4302543.6047635/94‑1 (MQ=60)
AATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCG > SRR4302543.7439580/1‑94 (MQ=60)
ATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGGTGATGCTCGT > SRR4302543.6143518/1‑94 (MQ=60)
ATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTC > SRR4302543.2739492/1‑94 (MQ=60)
TTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCC > SRR4302543.4847851/1‑94 (MQ=60)
ACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCG > SRR4302543.2865404/1‑94 (MQ=60)
GCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGC > SRR4302543.2637323/1‑94 (MQ=60)
GCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCT < SRR4302543.1401166/94‑1 (MQ=60)
ATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAACATCC‑C‑‑‑GGGGGGCGGCTGCTGCTCGTCCCGCTC > SRR4302543.2691243/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTCT > SRR4302543.2449491/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTAT > SRR4302543.8282/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTAT > SRR4302543.7611449/1‑94 (MQ=60)
TCGGCCCTT‑AAAAATAGGCCGACAGGTGAGGGAAATGCAGATAAAACGCGCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTAT < SRR4302543.5506761/94‑1 (MQ=60)
TCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATT < SRR4302543.7774848/94‑1 (MQ=60)
AGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > SRR4302543.994854/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > SRR4302543.7374872/1‑94 (MQ=60)
CCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT < SRR4302543.3180182/94‑1 (MQ=60)
CCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT < SRR4302543.3500849/94‑1 (MQ=60)
CCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAACCGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGggtgggtgctggggcgggtattcctg > SRR4302543.6641520/1‑68 (MQ=60)
CCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT > SRR4302543.6641524/1‑94 (MQ=60)
CCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTG > SRR4302543.2839763/1‑94 (MQ=60)
CCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAAGGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGAGCTTCGTCCCGCTTTTCCTTG > SRR4302543.4775659/1‑94 (MQ=60)
CTTAAAAAATATGCGGACAGGTGATGAAAATGCAGAAAAACCCCTCGATGGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTG < SRR4302543.2909244/94‑1 (MQ=60)
CTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTG > SRR4302543.279169/1‑94 (MQ=60)
CTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTG < SRR4302543.5514063/94‑1 (MQ=60)
CTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG > SRR4302543.7500811/1‑94 (MQ=60)
CTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG > SRR4302543.191043/1‑94 (MQ=60)
CTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG < SRR4302543.2310545/94‑1 (MQ=60)
TT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGC < SRR4302543.6148314/94‑1 (MQ=60)
TT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGC < SRR4302543.947852/94‑1 (MQ=60)
T‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCG > SRR4302543.529217/1‑94 (MQ=60)
aaaaaaaaagggcgagaggggaagaaaaagaaaaaaaaagcgcgaaaaaaaaaaacccccggGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTG < SRR4302543.7168350/32‑1 (MQ=60)
ctaaaatttaggccggcgggtgatggaaaggcagtaaaaccctggtattgaaaaagacccgGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG < SRR4302543.3162098/33‑1 (MQ=60)
caaaaaaatctgcgaacaggcgagagaaatggagataaaccgctgaatgaaaaaactcccgGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG < SRR4302543.288274/33‑1 (MQ=60)
AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGC < SRR4302543.3983334/94‑1 (MQ=60)
AAATATGCGGACAGGTGATGAAAAGGAAGATAAACCGCTCGATTGAAAAAACCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCA < SRR4302543.636644/94‑1 (MQ=53)
ATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACT > SRR4302543.3975863/1‑94 (MQ=60)
ATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTG < SRR4302543.5417193/94‑1 (MQ=60)
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TGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGC > SRR4302543.6048405/1‑94 (MQ=60)
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CCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGGGGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCC > SRR4302543.3960406/1‑94 (MQ=60)
CCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA > SRR4302543.4647897/1‑94 (MQ=60)
CCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA < SRR4302543.5306549/94‑1 (MQ=60)
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GACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACC > SRR4302543.34271/1‑94 (MQ=60)
GACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACA < SRR4302543.3746563/94‑1 (MQ=60)
GACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACA > SRR4302543.1272863/1‑94 (MQ=60)
ACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAC > SRR4302543.4200570/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACC < SRR4302543.7563985/94‑1 (MQ=60)
agaggtgatgaaaatcaagaaaaaccgctcgatggaaaaaaccccgGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAC < SRR4302543.12948/48‑1 (MQ=60)
GTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTC > SRR4302543.5034580/1‑94 (MQ=60)
tgatgaaaatgaaaaaaaacCGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT < SRR4302543.119541/74‑1 (MQ=60)
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TGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT > SRR4302543.26996/1‑94 (MQ=60)
TGACGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGT‑CCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC > SRR4302543.7815753/1‑94 (MQ=60)
TAATGAAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT < SRR4302543.3373769/94‑1 (MQ=60)
gtgaggaaaaggaaaaaaaaccgcaccaatgagaaaaacccggGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTT < SRR4302543.7561695/51‑1 (MQ=60)
GATGGAAATGCAGATAAAGCGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC < SRR4302543.7615873/94‑1 (MQ=60)
ATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC > SRR4302543.6802045/1‑94 (MQ=60)
ATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG > SRR4302543.5616858/1‑94 (MQ=60)
ATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG > SRR4302543.3056761/1‑94 (MQ=60)
ATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG < SRR4302543.2653203/94‑1 (MQ=60)
gagtagaaaagaaaataaaactcgcgtttgagaaagccccgGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT < SRR4302543.4313227/53‑1 (MQ=60)
gaaggaaaaggaaaaaaaaccgctgagtggaaaaaaccccgGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT < SRR4302543.4313226/53‑1 (MQ=60)
TGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGC > SRR4302543.5967545/1‑94 (MQ=60)
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GAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑G > SRR4302543.6733807/1‑94 (MQ=60)
AAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTGGCC‑CG > SRR4302543.7692933/1‑94 (MQ=60)
AAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GG > SRR4302543.5293212/1‑94 (MQ=60)
AAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GG > SRR4302543.2146461/1‑94 (MQ=60)
aaaataaagaaaaaccgcggtataaaaaaatccccggGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC < SRR4302543.3324135/57‑1 (MQ=60)
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ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGG > SRR4302543.1481280/1‑94 (MQ=60)
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aaaaaacgctgaatggagaaaaccccggGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGG < SRR4302543.6359664/66‑1 (MQ=60)
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CTCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTT > SRR4302543.344768/1‑94 (MQ=60)
TCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTT < SRR4302543.7531232/94‑1 (MQ=60)
TCGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTT > SRR4302543.3902471/1‑94 (MQ=60)
CGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTG < SRR4302543.2165166/94‑1 (MQ=60)
CGATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTG > SRR4302543.6320567/1‑94 (MQ=60)
GATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTG > SRR4302543.6856809/1‑94 (MQ=60)
GATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCCTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGGAATATTTTGG > SRR4302543.27694/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGAAAATCC‑CGG‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGGCGGGGAAATATTTTG > SRR4302543.2132106/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGA < SRR4302543.1147226/94‑1 (MQ=60)
ATTGAAAAAACCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGA < SRR4302543.2895775/94‑1 (MQ=60)
TGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATC < SRR4302543.1021754/94‑1 (MQ=60)
TGAGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATC > SRR4302543.6532974/1‑94 (MQ=60)
GAGAAAATCCAG‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCA < SRR4302543.6835341/94‑1 (MQ=60)
ttaaaaaaaccccgGGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGAT < SRR4302543.2967157/80‑1 (MQ=60)
AGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAT > SRR4302543.3138401/1‑94 (MQ=60)
AGAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGCCGCACTGCGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAT > SRR4302543.1091491/1‑94 (MQ=60)
atggagaaaatccaggaagttGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACTCCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGA < SRR4302543.5480014/73‑1 (MQ=60)
GAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGGAATATTTTGGATCATT > SRR4302543.3066180/1‑94 (MQ=60)
GAAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATT < SRR4302543.7775377/94‑1 (MQ=60)
AAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATT > SRR4302543.2054528/1‑94 (MQ=60)
AAAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTC > SRR4302543.3516880/1‑94 (MQ=60)
AAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACCCCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCA < SRR4302543.2729164/94‑1 (MQ=60)
AAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCA < SRR4302543.2729163/94‑1 (MQ=60)
AAATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCA < SRR4302543.2072398/94‑1 (MQ=60)
AATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC < SRR4302543.4983039/94‑1 (MQ=60)
AATCC‑CG‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > SRR4302543.3176412/1‑94 (MQ=60)
ATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA > SRR4302543.2899618/1‑94 (MQ=60)
C‑G‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACG < SRR4302543.4948342/94‑1 (MQ=60)
C‑G‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACG < SRR4302543.4948341/94‑1 (MQ=60)
G‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGG < SRR4302543.862943/94‑1 (MQ=60)
G‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGG < SRR4302543.6793334/94‑1 (MQ=60)
GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGG < SRR4302543.4847816/94‑1 (MQ=60)
GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGG < SRR4302543.5193787/94‑1 (MQ=60)
GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGG < SRR4302543.5326299/94‑1 (MQ=60)
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GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGCAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGA > SRR4302543.7876433/1‑94 (MQ=60)
GGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGAT < SRR4302543.4447277/94‑1 (MQ=60)
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GG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATG < SRR4302543.7251943/94‑1 (MQ=60)
G‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGA < SRR4302543.6050378/94‑1 (MQ=60)
GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGAT > SRR4302543.3618641/1‑94 (MQ=60)
GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGAT > SRR4302543.3936895/1‑94 (MQ=60)
GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGAT > SRR4302543.3936896/1‑94 (MQ=60)
GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT < SRR4302543.5659375/94‑1 (MQ=60)
|
GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTT‑AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑C‑‑‑GGGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099216‑4099402
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
