Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,525,586 |
A→G |
intergenic (‑38/+93) |
sgcA ← / ← sgcQ |
putative PTS system enzyme IIA component/putative nucleoside triphosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,525,586 | 0 | A | G | 99.6%
| 692.8
/ ‑5.2
| 222 | intergenic (‑38/+93) | sgcA/sgcQ | putative PTS system enzyme IIA component/putative nucleoside triphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (113/108); total (114/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCC > NC_000913/4525498‑4525675
|
cAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAt > 1:3327007/1‑93 (MQ=255)
aGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATc > 1:3598162/1‑93 (MQ=255)
aGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATc < 1:230499/93‑1 (MQ=255)
gTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATcc > 2:915978/1‑93 (MQ=255)
gTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATcc > 1:1300538/1‑93 (MQ=255)
tCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATccc > 1:4453743/1‑93 (MQ=255)
ggCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCg > 1:2479026/1‑93 (MQ=255)
gCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGa > 1:1654390/1‑93 (MQ=255)
ttACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATAc < 2:4280899/93‑1 (MQ=255)
tACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACt < 1:765100/93‑1 (MQ=255)
cGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACttt < 2:4354147/93‑1 (MQ=255)
cGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACttt > 1:192157/1‑93 (MQ=255)
gTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACtttt < 1:291659/93‑1 (MQ=255)
tgtgCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGa > 1:799113/1‑93 (MQ=255)
tgCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACg < 1:4604042/93‑1 (MQ=255)
gCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGCTACTTTTGACGa > 2:584878/1‑93 (MQ=255)
ccTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGaa < 2:4425406/93‑1 (MQ=255)
cTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAg < 2:604008/93‑1 (MQ=255)
tGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACAAAgg > 1:465972/1‑93 (MQ=255)
tACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAgcag > 2:1309983/1‑90 (MQ=255)
tcccATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAggcgg < 1:1958742/92‑1 (MQ=255)
ccATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACGCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCa < 1:3803525/93‑1 (MQ=255)
cATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAg > 1:2049270/1‑93 (MQ=255)
cATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAg > 2:2211194/1‑93 (MQ=255)
cATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAg > 2:3644571/1‑93 (MQ=255)
cATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAg < 1:3113997/93‑1 (MQ=255)
tAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGAt > 2:4325034/1‑93 (MQ=255)
tAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGAt > 2:4197532/1‑93 (MQ=255)
aaTATCGTTAATCATCCGCCGTTGACTCCATGCCGATTGGGGTTAATCTGGTGGCGACCCCGGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATc < 2:3353135/93‑1 (MQ=255)
atatCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCg > 1:3397986/1‑93 (MQ=255)
tatCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGc < 2:4108695/93‑1 (MQ=255)
cGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGa < 1:2388824/93‑1 (MQ=255)
gTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGaa < 2:3660681/93‑1 (MQ=255)
tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg < 2:456368/93‑1 (MQ=255)
tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg > 2:274481/1‑93 (MQ=255)
tAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAGCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAgg < 2:3550811/93‑1 (MQ=255)
aaTCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAggg < 1:280119/93‑1 (MQ=255)
atcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGt < 2:3841291/93‑1 (MQ=255)
atcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGt > 2:1123836/1‑93 (MQ=255)
tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt < 1:1612833/93‑1 (MQ=255)
tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt < 2:1051232/93‑1 (MQ=255)
tcatcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGtt > 1:1347854/1‑93 (MQ=255)
catcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTa < 2:1610265/93‑1 (MQ=255)
catcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTa < 1:2867170/93‑1 (MQ=255)
atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt < 2:1853222/93‑1 (MQ=255)
atcCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAt < 1:116550/93‑1 (MQ=255)
cgtcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGc > 1:2997099/1‑93 (MQ=255)
gtcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGct < 2:2532505/93‑1 (MQ=255)
gtcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGct < 2:1238708/93‑1 (MQ=255)
tcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGctc < 2:3263013/93‑1 (MQ=255)
tcgtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGctc > 2:2835942/1‑93 (MQ=255)
gtTGACTCCATGCCGATTCGGTTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCtt < 2:3998419/93‑1 (MQ=255)
gtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCtt < 2:2315908/93‑1 (MQ=255)
gtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCtt > 1:2735982/1‑93 (MQ=255)
gtTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCtt < 2:266866/93‑1 (MQ=255)
ttGACTCCATGCCGATTCGGGTTTATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGCTATTGCTCttt > 2:125891/1‑93 (MQ=255)
ttGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCttt > 1:2135682/1‑93 (MQ=255)
ttGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCttt > 2:3877775/1‑93 (MQ=255)
gACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGc > 1:614640/1‑93 (MQ=255)
gACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGc > 1:643490/1‑93 (MQ=255)
aCTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGcc > 1:3436452/1‑93 (MQ=255)
cTCCATGCGGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGCGTACTGCTCTTTGCCg > 2:1798331/1‑93 (MQ=255)
cTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCg > 2:3133053/1‑93 (MQ=255)
cTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCg < 2:2479026/93‑1 (MQ=255)
tCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCgg < 2:3088373/93‑1 (MQ=255)
ccATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCggg < 1:3253618/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGa < 2:2787616/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGAt > 1:1428042/1‑93 (MQ=255)
gCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATa < 1:2237867/93‑1 (MQ=255)
ccGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATaa < 2:1152132/93‑1 (MQ=255)
ccGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATaa < 2:3439623/93‑1 (MQ=255)
cGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAg < 2:2552859/93‑1 (MQ=255)
cGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAg < 1:4185251/93‑1 (MQ=255)
gATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAgc > 2:80808/1‑93 (MQ=255)
aTTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGCTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAgcg > 1:1529823/1‑93 (MQ=255)
ttCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGGTAAgcgc > 2:4175116/1‑93 (MQ=255)
ttCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAgcgc < 1:1073600/93‑1 (MQ=255)
ttCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAgcgc > 1:270423/1‑93 (MQ=255)
ttCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAgcgc > 2:1353397/1‑93 (MQ=255)
ttCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAgcgc > 2:2064307/1‑93 (MQ=255)
ttCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAgcgc < 1:4260614/93‑1 (MQ=255)
gggTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGctct < 2:3167627/93‑1 (MQ=255)
gggTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGctct < 1:1736077/93‑1 (MQ=255)
ggTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTg > 2:4146630/1‑93 (MQ=255)
ggTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTg > 1:4498987/1‑93 (MQ=255)
gTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGc < 2:823432/93‑1 (MQ=255)
gTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGc > 2:4435793/1‑93 (MQ=255)
gTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTATTTGCCGGGGATAAGCGCCCTGc > 2:149183/1‑93 (MQ=255)
aaTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTa > 1:4085848/1‑93 (MQ=255)
aaTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTa < 2:2603586/93‑1 (MQ=255)
aaTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTa > 1:2445519/1‑93 (MQ=255)
aaTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTa < 1:475932/93‑1 (MQ=255)
aTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt > 1:4065533/1‑93 (MQ=255)
aTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt > 1:1560235/1‑93 (MQ=255)
aTCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt > 2:2300241/1‑93 (MQ=255)
aTCTGGTGGCGATCCACGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAt > 2:682263/1‑93 (MQ=255)
tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc < 1:906994/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc > 2:3323108/1‑93 (MQ=255)
tCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGGTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATc > 2:3236320/1‑93 (MQ=255)
tggtggCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGGTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATccc > 1:1846889/1‑93 (MQ=255)
|
CCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCC > NC_000913/4525498‑4525675
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCATCT > NC_000913/4525498‑4525679
|
CCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGAT > SRR4302535.3350159/1‑94 (MQ=60)
CAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATC > SRR4302535.4220490/1‑94 (MQ=60)
CAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATC > SRR4302535.3623134/1‑94 (MQ=60)
AGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCC > SRR4302535.1309812/1‑94 (MQ=60)
AGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCC < SRR4302535.232088/94‑1 (MQ=60)
GTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCC > SRR4302535.4484287/1‑94 (MQ=60)
TCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCC < SRR4302535.4344199/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCG < SRR4302535.1325634/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCG < SRR4302535.3419813/94‑1 (MQ=60)
GGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGT > SRR4302535.602653/1‑94 (MQ=60)
GTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTC > SRR4302535.1904260/1‑94 (MQ=60)
GTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTC < SRR4302535.4629231/94‑1 (MQ=60)
GTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTC > SRR4302535.1703307/1‑94 (MQ=60)
TGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCG > SRR4302535.2496906/1‑94 (MQ=60)
GGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGA > SRR4302535.1666360/1‑94 (MQ=60)
TTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTCACTCCATGCCTATTCTGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATAC < SRR4302535.2540419/94‑1 (MQ=60)
TTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACT > SRR4302535.285241/1‑94 (MQ=60)
TACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTT < SRR4302535.770488/94‑1 (MQ=60)
ACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTT > SRR4302535.193484/1‑94 (MQ=60)
CGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTT > SRR4302535.112239/1‑94 (MQ=60)
GTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTG < SRR4302535.4590809/94‑1 (MQ=60)
GTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTG > SRR4302535.1371609/1‑94 (MQ=60)
GTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTG > SRR4302535.2344751/1‑94 (MQ=60)
GTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTG < SRR4302535.293700/94‑1 (MQ=60)
TTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGA > SRR4302535.804724/1‑94 (MQ=60)
TGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGAC < SRR4302535.3441219/94‑1 (MQ=60)
TGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGAC > SRR4302535.1301301/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGA < SRR4302535.4635343/94‑1 (MQ=60)
CCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAG < SRR4302535.2890073/94‑1 (MQ=60)
CCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAG > SRR4302535.2253255/1‑94 (MQ=60)
CTGTACCCATTTAATATTGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGG < SRR4302535.1540936/94‑1 (MQ=60)
CTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACAAAGG > SRR4302535.469234/1‑94 (MQ=60)
GTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCG < SRR4302535.2484153/94‑1 (MQ=60)
GTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCG < SRR4302535.3071257/94‑1 (MQ=60)
TCCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGC < SRR4302535.1972841/94‑1 (MQ=60)
CCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCA > SRR4302535.4063514/1‑94 (MQ=60)
CCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAG > SRR4302535.905127/1‑94 (MQ=60)
CCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAG < SRR4302535.1592532/94‑1 (MQ=60)
CCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAG > SRR4302535.2064025/1‑94 (MQ=60)
CCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACGCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAG < SRR4302535.3829746/94‑1 (MQ=60)
CATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGG < SRR4302535.3135675/94‑1 (MQ=60)
CATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGG > SRR4302535.717336/1‑94 (MQ=60)
CATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGG > SRR4302535.2818332/1‑94 (MQ=60)
ATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGATGAATGCGGCAGGG > SRR4302535.3147781/1‑94 (MQ=60)
ATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGG > SRR4302535.3493851/1‑94 (MQ=60)
TAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATC > SRR4302535.1987978/1‑94 (MQ=60)
AATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCTCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCG < SRR4302535.811566/94‑1 (MQ=60)
AATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGGTCG > SRR4302535.3326084/1‑94 (MQ=60)
AATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCG < SRR4302535.1401954/94‑1 (MQ=60)
AATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCG > SRR4302535.3421630/1‑94 (MQ=60)
AATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCG > SRR4302535.3456779/1‑94 (MQ=60)
ATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGC < SRR4302535.274038/94‑1 (MQ=60)
ATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAG > SRR4302535.2423988/1‑94 (MQ=60)
CGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAA < SRR4302535.2405996/94‑1 (MQ=60)
TTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGG > SRR4302535.4112372/1‑94 (MQ=60)
TAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGTTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGG < SRR4302535.1945236/94‑1 (MQ=60)
AATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGT < SRR4302535.282072/94‑1 (MQ=60)
AATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGT > SRR4302535.1752540/1‑94 (MQ=60)
ATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTT < SRR4302535.4266992/94‑1 (MQ=60)
ATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTT > SRR4302535.1357475/1‑94 (MQ=60)
TCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTA < SRR4302535.1624456/94‑1 (MQ=60)
CATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAT < SRR4302535.2887480/94‑1 (MQ=60)
CATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAT < SRR4302535.4699769/94‑1 (MQ=60)
CATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTAT < SRR4302535.3758720/94‑1 (MQ=60)
ATCCGTCGTTGGCTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATT < SRR4302535.4078077/94‑1 (MQ=60)
ATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATT > SRR4302535.3106547/1‑94 (MQ=60)
ATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATT < SRR4302535.117371/94‑1 (MQ=60)
ATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGGTATT > SRR4302535.783960/1‑94 (MQ=60)
CCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGC < SRR4302535.1527033/94‑1 (MQ=60)
CCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGC > SRR4302535.3018117/1‑94 (MQ=60)
CGTCGTTGCCTCCATGCCGATTCGGGTGAATCTGGTGGCGACCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCT < SRR4302535.1630304/94‑1 (MQ=60)
CGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTT > SRR4302535.2755501/1‑94 (MQ=60)
GTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTT > SRR4302535.2151069/1‑94 (MQ=60)
TGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGC > SRR4302535.2055745/1‑94 (MQ=60)
TGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGC > SRR4302535.647983/1‑94 (MQ=60)
TGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGC > SRR4302535.618915/1‑94 (MQ=60)
GACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCC > SRR4302535.3460354/1‑94 (MQ=60)
tctcctttgCGATTCGGGTTTATCTGGTGGCGATCCACGTCTATTCTTTTGACGAAGGCGGCATGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCG < SRR4302535.4001523/85‑1 (MQ=60)
ACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCG < SRR4302535.1613764/94‑1 (MQ=60)
ACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCG > SRR4302535.184434/1‑94 (MQ=60)
CCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGG < SRR4302535.3276224/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGAT < SRR4302535.571427/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGAT > SRR4302535.1438233/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGAA > SRR4302535.1000321/1‑94 (MQ=60)
GCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAA > SRR4302535.2651771/1‑94 (MQ=60)
GCCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAA < SRR4302535.2253790/94‑1 (MQ=60)
CCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAG > SRR4302535.634935/1‑94 (MQ=60)
CCGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAG < SRR4302535.4496563/94‑1 (MQ=60)
CGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGC < SRR4302535.4213881/94‑1 (MQ=60)
CGATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGC < SRR4302535.2281624/94‑1 (MQ=60)
GATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGCTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCG > SRR4302535.1540844/1‑94 (MQ=60)
ATTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGC > SRR4302535.272303/1‑94 (MQ=60)
TTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCT < SRR4302535.1081236/94‑1 (MQ=60)
TTCGGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCT < SRR4302535.4289795/94‑1 (MQ=60)
GGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTG > SRR4302535.4529878/1‑94 (MQ=60)
GGGTTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTG < SRR4302535.1748626/94‑1 (MQ=60)
TTAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTT > SRR4302535.2120735/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTA > SRR4302535.4688813/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTA > SRR4302535.4113803/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTA > SRR4302535.2463135/1‑94 (MQ=60)
AATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGCTAAGCGCTCTGCTTAT > SRR4302535.2351881/1‑94 (MQ=60)
AATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAT > SRR4302535.4093352/1‑94 (MQ=60)
AATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAT < SRR4302535.479272/94‑1 (MQ=60)
AATCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTAT > SRR4302535.1571478/1‑94 (MQ=60)
TCTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCC < SRR4302535.913434/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCC > SRR4302535.2869387/1‑94 (MQ=60)
CTGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGGTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCC > SRR4302535.1860200/1‑94 (MQ=60)
CTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCC > SRR4302535.2968819/1‑94 (MQ=60)
TGGTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCC < SRR4302535.4177493/94‑1 (MQ=60)
GTGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCAT > SRR4302535.3427653/1‑94 (MQ=60)
TGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCATC < SRR4302535.1861194/94‑1 (MQ=60)
TGGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCATC < SRR4302535.3831215/94‑1 (MQ=60)
GGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCATCT < SRR4302535.920167/94‑1 (MQ=60)
GGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCATCT > SRR4302535.2883917/1‑94 (MQ=60)
|
CCAGTCGGTGGCTTTACGTTGTGCCTGTACCCATTTAATATCGTTAATCATCCGTCGTTGACTCCATGCCGATTCGGGTTAATCTGGTAGCGATCCCCGTCGATACTTTTGACGAAGGCGGCAGGGATCGCAGAAGGGTTATTGCTCTTTGCCGGGGATAAGCGCTCTGCTTATCCCCATCT > NC_000913/4525498‑4525679
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
