Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,544,170 |
T→C |
I502I (ATT→ATC) |
fimD → |
FimD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,544,170 | 0 | T | C | 100.0%
| 744.0
/ NA
| 231 | I502I (ATT→ATC) | fimD | FimD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (130/101); total (130/101) |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCAC > NC_000913/4544080‑4544259
|
gAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGa > 2:2880034/1‑93 (MQ=255)
aaTATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGaa > 1:1859882/1‑93 (MQ=255)
atatTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGaaa < 1:73056/93‑1 (MQ=255)
tatTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAac < 2:3417454/93‑1 (MQ=255)
tatTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAac > 2:4082116/1‑93 (MQ=255)
atTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAaca < 1:1224334/93‑1 (MQ=255)
atTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAaca > 1:1389738/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAacac < 1:1480922/93‑1 (MQ=255)
ttCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAacac < 2:3630745/93‑1 (MQ=255)
ttCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAacac > 2:3783290/1‑93 (MQ=255)
tCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAAcaca < 2:4243483/93‑1 (MQ=255)
cAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAg > 2:2384076/1‑93 (MQ=255)
gTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGa > 2:1535742/1‑93 (MQ=255)
tAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACg > 1:179011/1‑93 (MQ=255)
gTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGa < 2:1850275/93‑1 (MQ=255)
tGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAg > 2:4350631/1‑93 (MQ=255)
ttACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGGCGGAGTTAt < 1:4143940/93‑1 (MQ=255)
ttACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTAt < 2:743454/93‑1 (MQ=255)
tACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTAtt < 1:2328051/93‑1 (MQ=255)
tACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTAtt < 2:3247149/93‑1 (MQ=255)
tACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTAtt > 1:1006260/1‑93 (MQ=255)
aCCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTc > 1:1089104/1‑93 (MQ=255)
gTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAgg > 2:2248297/1‑93 (MQ=255)
ttATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGt > 1:2450092/1‑93 (MQ=255)
aTTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTa > 2:2807600/1‑93 (MQ=255)
aTTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTa < 2:2035755/93‑1 (MQ=255)
ttCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTaa > 2:1439117/1‑93 (MQ=255)
tCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAg < 1:1457230/93‑1 (MQ=255)
cGAGCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCTAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGc < 1:3433153/93‑1 (MQ=255)
ccAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTACGCCGa > 2:1346193/1‑93 (MQ=255)
ccAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGa < 1:1063562/93‑1 (MQ=255)
gCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAAt > 2:3568795/1‑93 (MQ=255)
gCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAAt > 1:3864880/1‑93 (MQ=255)
gCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTAATTCAGGTTACGCCGAAAt < 2:4580501/93‑1 (MQ=255)
cGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAAtt > 1:2028848/1‑93 (MQ=255)
cGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAAtt < 2:3047568/93‑1 (MQ=255)
gATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGAAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCa > 1:3846924/1‑93 (MQ=255)
atatTTTAATTTCGCTGATACAACATGCAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCAc < 1:2764735/93‑1 (MQ=255)
tatTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCAcc < 1:4049829/93‑1 (MQ=255)
tatTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCAcc < 1:3041458/93‑1 (MQ=255)
tatTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCAcc > 1:2065081/1‑93 (MQ=255)
tatTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCAcc < 1:703926/93‑1 (MQ=255)
atTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCg < 2:2501794/93‑1 (MQ=255)
ttttAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGa < 2:2517509/93‑1 (MQ=255)
ttttAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGa > 2:2640030/1‑93 (MQ=255)
ttttAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGa > 2:1673372/1‑93 (MQ=255)
ttttAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGa < 2:2673907/93‑1 (MQ=255)
ttttAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGa > 2:292461/1‑93 (MQ=255)
tttAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGAc < 1:1325279/93‑1 (MQ=255)
tttAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGAc < 2:18787/93‑1 (MQ=255)
tAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTa > 1:2379640/1‑93 (MQ=255)
tttCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTa > 1:3770400/1‑93 (MQ=255)
tttCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTa < 1:3916832/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACa > 1:2220093/1‑93 (MQ=255)
cGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACaa > 1:58578/1‑93 (MQ=255)
cGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACaa < 2:1610871/93‑1 (MQ=255)
gCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAAc > 1:2866952/1‑93 (MQ=255)
tGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCt > 2:1104124/1‑93 (MQ=255)
tGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCt > 1:3799767/1‑93 (MQ=255)
tGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCt > 1:2649908/1‑93 (MQ=255)
tGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCt < 2:4408053/93‑1 (MQ=255)
gATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTc > 2:2803505/1‑93 (MQ=255)
tACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGc > 2:3988192/1‑93 (MQ=255)
tACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGc > 2:550383/1‑93 (MQ=255)
tACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGc < 1:3556320/93‑1 (MQ=255)
caacaTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCtt > 1:3471018/1‑93 (MQ=255)
aacaTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTta < 2:2325421/93‑1 (MQ=255)
aacaTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTta < 1:439642/93‑1 (MQ=255)
aacaTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTta < 2:73513/93‑1 (MQ=255)
aacaTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGGTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTta > 2:1403660/1‑93 (MQ=255)
acaTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTtat < 1:92720/93‑1 (MQ=255)
aTACAGTCGAATGAATGGCTACAAGATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATaa < 2:4597127/93‑1 (MQ=255)
aTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATaa > 2:3356060/1‑93 (MQ=255)
tACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAAc > 1:156357/1‑93 (MQ=255)
aGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACaaa > 1:557653/1‑93 (MQ=255)
aGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACaaa < 2:502640/93‑1 (MQ=255)
aGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACaaa < 2:2657645/93‑1 (MQ=255)
gTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAc > 1:2495306/1‑93 (MQ=255)
gTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAc < 1:542330/93‑1 (MQ=255)
gTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAc > 2:4516002/1‑93 (MQ=255)
caaattaatgGCTACAACATCGAAACACAGGACGAAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAcgc < 1:2503777/91‑1 (MQ=255)
cGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCATGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAcgc > 1:4439449/1‑93 (MQ=255)
cGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAcgc < 2:558191/93‑1 (MQ=255)
cGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAcgc < 1:1743827/93‑1 (MQ=255)
cGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAAcgc < 1:1949138/93‑1 (MQ=255)
aatgaatgGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCgg > 2:3843745/1‑93 (MQ=255)
tgaatgGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGa > 1:459917/1‑93 (MQ=255)
tgaatgGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGa > 2:1460292/1‑93 (MQ=255)
gaatgGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGaa > 2:277337/1‑93 (MQ=255)
atgGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAAt > 1:4182892/1‑93 (MQ=255)
tgGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAAtt < 2:2177722/93‑1 (MQ=255)
ggCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTa > 1:3786825/1‑93 (MQ=255)
gCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTAc < 2:840922/93‑1 (MQ=255)
gCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTAc > 2:3966746/1‑93 (MQ=255)
caacaTCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACt > 2:3805622/1‑93 (MQ=255)
aacaTCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACGACTc > 1:3185327/1‑93 (MQ=255)
acaTCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAGCCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCa < 1:3220960/93‑1 (MQ=255)
acaTCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCa > 2:1208105/1‑93 (MQ=255)
acaTCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCa > 1:1432761/1‑93 (MQ=255)
caTCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCAc < 2:3266522/93‑1 (MQ=255)
|
GAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCAC > NC_000913/4544080‑4544259
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCG > NC_000913/4544077‑4544261
|
CACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATC > SRR4302535.224859/1‑94 (MQ=60)
CACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATC < SRR4302535.417699/94‑1 (MQ=60)
CACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATC > SRR4302535.2506361/1‑94 (MQ=60)
ACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCG > SRR4302535.476283/1‑94 (MQ=60)
GAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAA > SRR4302535.1873290/1‑94 (MQ=60)
GAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAA > SRR4302535.1713006/1‑94 (MQ=60)
ATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAAC > SRR4302535.524014/1‑94 (MQ=60)
ATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAAC < SRR4302535.73585/94‑1 (MQ=60)
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ATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCG > SRR4302535.2707558/1‑94 (MQ=60)
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CACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCG > NC_000913/4544077‑4544261
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
