Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
832,142 |
A→G |
V11A (GTC→GCC) |
ybiA ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 832,142 | 0 | A | G | 99.7%
| 1011.4
/ ‑5.1
| 315 | V11A (GTC→GCC) | ybiA | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (156/158); total (157/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
CCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGACGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATT > NC_000913/832052‑832231
|
tgTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCgt > 1:5135332/2‑93 (MQ=255)
tCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCgtgt < 2:7326897/93‑1 (MQ=255)
aaCCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTg > 2:5200502/1‑93 (MQ=255)
aCCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTgg > 1:654920/1‑93 (MQ=255)
aCCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTgg > 2:4400901/1‑93 (MQ=255)
cTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGAt < 1:3720696/93‑1 (MQ=255)
gATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCt < 2:5469399/93‑1 (MQ=255)
aTGTGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCtt < 1:3957059/93‑1 (MQ=255)
tGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGCTCCttt > 1:2226520/1‑93 (MQ=255)
gggCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTtg < 1:6073235/93‑1 (MQ=255)
gCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTtgtg < 2:5606831/93‑1 (MQ=255)
gCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGCAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTtgtg < 1:4984737/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGc < 2:6393477/93‑1 (MQ=255)
cAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCt < 1:998927/93‑1 (MQ=255)
cAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCt > 2:813422/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTc > 1:5636056/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCAAAGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTc > 2:6935232/1‑93 (MQ=255)
gcggcAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGa > 1:4075927/1‑93 (MQ=255)
cggcAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGaa < 2:6159197/93‑1 (MQ=255)
gcAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACg > 1:4212974/1‑93 (MQ=255)
gcAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACg < 2:8039602/93‑1 (MQ=255)
gcAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACg < 2:917986/93‑1 (MQ=255)
gcAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACg > 2:6359135/1‑93 (MQ=255)
cAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACgg < 1:8406178/93‑1 (MQ=255)
aaGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGACAGGGc > 1:6216120/1‑93 (MQ=255)
aaGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGc > 2:882349/1‑93 (MQ=255)
aaGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGc > 1:5328243/1‑93 (MQ=255)
aGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCa < 2:5823293/93‑1 (MQ=255)
gTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCAt > 2:369415/1‑93 (MQ=255)
tAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTa > 2:1518952/1‑93 (MQ=255)
aGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTaa < 1:5909433/93‑1 (MQ=255)
gAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGCAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTaaa < 1:9669796/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAAcc < 2:2741192/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAAcc > 1:2520446/1‑93 (MQ=255)
aaaaTCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAAcc < 1:7224271/93‑1 (MQ=255)
aaaTCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCg > 1:7748350/1‑93 (MQ=255)
aaaTCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCg < 1:8555649/93‑1 (MQ=255)
aaTCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGc < 2:6084645/93‑1 (MQ=255)
aTCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCa > 2:4908755/1‑93 (MQ=255)
tCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCAt < 1:165465/93‑1 (MQ=255)
aCCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGACGTGTTGGTTCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTACACCGCaatt > 2:6608449/1‑90 (MQ=255)
ccGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTAt < 1:196995/93‑1 (MQ=255)
ccGTAGTCATCGCTGGTACTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTAt > 1:5812340/1‑93 (MQ=255)
cGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATg > 2:8286014/1‑93 (MQ=255)
cGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATg < 1:7627926/93‑1 (MQ=255)
gTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGt > 1:9859109/1‑93 (MQ=255)
aGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTTTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtg < 1:4881546/93‑1 (MQ=255)
aGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtg > 2:3866250/1‑93 (MQ=255)
aGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtg < 1:5501012/93‑1 (MQ=255)
atCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtgg < 1:8870213/92‑1 (MQ=255)
tCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggt > 2:8594085/1‑93 (MQ=255)
tCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggt < 2:9264100/93‑1 (MQ=255)
tCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggt > 2:2232436/1‑93 (MQ=255)
tCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggt < 2:7171982/93‑1 (MQ=255)
taTCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggtg < 2:3764206/92‑1 (MQ=255)
cATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggtg > 1:7273070/1‑93 (MQ=255)
cATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggtg < 1:3607061/93‑1 (MQ=255)
cATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTtggtg < 1:3511088/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTTCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTggtggt < 1:180331/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTggtggt < 1:69414/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTggtggt > 1:3267028/1‑93 (MQ=255)
tCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTggtggt > 2:4045835/1‑93 (MQ=255)
tCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTggtggt < 1:9393267/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTggtggt > 1:9311383/1‑93 (MQ=255)
gCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTa < 1:8153001/93‑1 (MQ=255)
gCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTa < 2:6785940/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTAt > 2:4557459/1‑93 (MQ=255)
tGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTAtt < 2:2910893/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGc > 2:2669922/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGAGGTTATTGca > 2:2521983/1‑92 (MQ=255)
tGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCACATTATGTTGGTGGTTATTGCg > 1:10030477/1‑93 (MQ=255)
gCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGa < 2:1290403/93‑1 (MQ=255)
gCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGa < 1:9045539/93‑1 (MQ=255)
cTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAg < 1:2173352/93‑1 (MQ=255)
tGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGc < 2:3266236/93‑1 (MQ=255)
gTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGcc > 1:7416960/1‑93 (MQ=255)
aGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGc > 1:5273283/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCttt > 2:7699898/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCttt < 2:7582620/93‑1 (MQ=255)
aTTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTc < 1:4492206/93‑1 (MQ=255)
aTTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTc < 2:954947/93‑1 (MQ=255)
tttATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTcc > 2:8208291/1‑93 (MQ=255)
tttATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTcc < 1:6668302/93‑1 (MQ=255)
tATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCTTTTGTGGTCGAACGGGCATTAAACCGCGTTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTAcag > 2:6766046/1‑93 (MQ=255)
tATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCcag < 2:3183931/93‑1 (MQ=255)
atgatgGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCcaga > 2:9675971/1‑93 (MQ=255)
tgatgGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCcagaa > 1:8762897/1‑93 (MQ=255)
tgGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCcagaaaca < 2:8623316/93‑1 (MQ=255)
gtgtCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCcagaaacaga < 1:1404745/93‑1 (MQ=255)
tgtCGTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCcagaaacagaa < 1:7908525/93‑1 (MQ=255)
tCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCagaaaaagaaaa > 2:1953873/1‑93 (MQ=255)
tCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGaaaa > 2:1410618/1‑93 (MQ=255)
cTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGaaaaa > 2:2494001/1‑93 (MQ=255)
tGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGTCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAAcc < 2:8405975/93‑1 (MQ=255)
tGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAAcc > 2:7484793/1‑93 (MQ=255)
gCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCa < 2:1072481/93‑1 (MQ=255)
cATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAt > 2:570595/1‑93 (MQ=255)
cATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAt > 1:9072027/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAtt < 2:4231521/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAtt < 1:2635743/93‑1 (MQ=255)
|
CCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGACGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATT > NC_000913/832052‑832231
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTCCCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGACGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTACCC > NC_000913/832049‑832235
|
TTCCCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGG < SRR4302540.9476843/94‑1 (MQ=60)
CCCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCG > SRR4302540.5423835/1‑94 (MQ=60)
CCCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCG < SRR4302540.5688140/94‑1 (MQ=60)
CCCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCG < SRR4302540.6469108/94‑1 (MQ=60)
CTGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGT > SRR4302540.5076833/1‑94 (MQ=60)
CTGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGT > SRR4302540.5190953/1‑94 (MQ=60)
CGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTG < SRR4302540.5281282/94‑1 (MQ=60)
CGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTG > SRR4302540.881251/1‑94 (MQ=60)
CATCAACCTTAAAGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTG < SRR4302540.3492000/94‑1 (MQ=60)
GTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGT > SRR4302540.5904185/1‑94 (MQ=60)
GTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGT < SRR4302540.8370050/94‑1 (MQ=60)
GTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGT > SRR4302540.3613899/1‑94 (MQ=60)
TCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGGAGAAAGTTATGATGGTGGCTTGCATGGCGTGTG > SRR4302540.7766956/1‑94 (MQ=60)
CAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATAACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTG < SRR4302540.4964576/94‑1 (MQ=60)
AACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGG > SRR4302540.661898/1‑94 (MQ=60)
AACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGG < SRR4302540.6793176/94‑1 (MQ=60)
CCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGAT < SRR4302540.2173725/94‑1 (MQ=60)
CCTTGATGCGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGAT < SRR4302540.3976953/94‑1 (MQ=60)
CTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATC < SRR4302540.9179190/94‑1 (MQ=60)
CTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATC < SRR4302540.4024184/94‑1 (MQ=60)
CTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATC < SRR4302540.3761289/94‑1 (MQ=60)
CTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATC > SRR4302540.8559610/1‑94 (MQ=60)
CTTGATGGGCCAGGCGGAAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATC < SRR4302540.3761287/94‑1 (MQ=60)
TTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCC < SRR4302540.4940951/94‑1 (MQ=60)
TGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCT < SRR4302540.10015593/94‑1 (MQ=60)
TGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCT < SRR4302540.2379252/94‑1 (MQ=60)
ATGTGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTT < SRR4302540.3999751/94‑1 (MQ=60)
ATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGCTCCTTT > SRR4302540.2250510/1‑94 (MQ=60)
ATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTT > SRR4302540.7446444/1‑94 (MQ=60)
TGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTG > SRR4302540.8226546/1‑94 (MQ=60)
GGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGTTCCTTTGG > SRR4302540.3531539/1‑94 (MQ=60)
GGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGT < SRR4302540.6140765/94‑1 (MQ=60)
GGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGT > SRR4302540.418374/1‑94 (MQ=60)
GCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGC < SRR4302540.4970120/94‑1 (MQ=60)
GCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGCAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGC < SRR4302540.5038710/94‑1 (MQ=60)
CCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCT < SRR4302540.1676453/94‑1 (MQ=60)
CAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTC < SRR4302540.1009080/94‑1 (MQ=60)
CAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTC > SRR4302540.5698082/1‑94 (MQ=60)
AGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCG > SRR4302540.7742918/1‑94 (MQ=60)
GGCGGCAAAGTTATAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGA > SRR4302540.1814740/1‑94 (MQ=60)
GGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGA < SRR4302540.3015344/94‑1 (MQ=60)
GGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGA > SRR4302540.4119861/1‑94 (MQ=60)
CGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAAC < SRR4302540.221933/94‑1 (MQ=60)
CGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAAC < SRR4302540.5583661/94‑1 (MQ=60)
GGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACG > SRR4302540.7319323/1‑94 (MQ=60)
GGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACG > SRR4302540.4258845/1‑94 (MQ=60)
GGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACG > SRR4302540.7986378/1‑94 (MQ=60)
GGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACG > SRR4302540.9805052/1‑94 (MQ=60)
GGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACG < SRR4302540.7384750/94‑1 (MQ=60)
GCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGG > SRR4302540.5312807/1‑94 (MQ=60)
CAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGG < SRR4302540.8503750/94‑1 (MQ=60)
CAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGG < SRR4302540.6129546/94‑1 (MQ=60)
CAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGG > SRR4302540.8849496/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGACAGGGC > SRR4302540.6285282/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGC > SRR4302540.5386611/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGC > SRR4302540.6285281/1‑94 (MQ=60)
AGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCAT < SRR4302540.9156118/94‑1 (MQ=60)
AGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCAT < SRR4302540.2570748/94‑1 (MQ=60)
GTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATT > SRR4302540.5862056/1‑94 (MQ=60)
GTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATT < SRR4302540.7054017/94‑1 (MQ=60)
GTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATT < SRR4302540.4906931/94‑1 (MQ=60)
GTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATT > SRR4302540.10009557/1‑94 (MQ=60)
AGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAA > SRR4302540.9583893/1‑94 (MQ=60)
AGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAA < SRR4302540.5974722/94‑1 (MQ=60)
GAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGCAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAAC < SRR4302540.9783600/94‑1 (MQ=60)
GAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAAC > SRR4302540.7855643/1‑94 (MQ=60)
AAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACC > SRR4302540.2547663/1‑94 (MQ=60)
AAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACC < SRR4302540.5988745/94‑1 (MQ=60)
AAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCG > SRR4302540.3100696/1‑94 (MQ=60)
AAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCG < SRR4302540.7304812/94‑1 (MQ=60)
AAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCG > SRR4302540.7838815/1‑94 (MQ=60)
AAATCAGCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCGTTAAACCGC < SRR4302540.663555/94‑1 (MQ=60)
AAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCGTTAAACCGC < SRR4302540.663556/94‑1 (MQ=60)
AAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGC < SRR4302540.8655027/94‑1 (MQ=60)
AAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGC > SRR4302540.5382784/1‑94 (MQ=60)
AAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGC > SRR4302540.4087725/1‑94 (MQ=60)
AAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGC < SRR4302540.8655023/94‑1 (MQ=60)
AAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGC < SRR4302540.8461169/94‑1 (MQ=60)
AAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCCAACGGGCATTAAACCGC > SRR4302540.4087724/1‑94 (MQ=60)
AATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCA < SRR4302540.1948689/94‑1 (MQ=60)
ATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCAT > SRR4302540.10030227/1‑94 (MQ=60)
TCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATT < SRR4302540.167122/94‑1 (MQ=60)
CACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTA > SRR4302540.8615635/1‑94 (MQ=60)
ACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTAT < SRR4302540.2165509/94‑1 (MQ=60)
ACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTAT < SRR4302540.9372748/94‑1 (MQ=60)
ACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTAT < SRR4302540.2570865/94‑1 (MQ=60)
ACCGTAGTCATCGCTGGTACTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTAT > SRR4302540.5876579/1‑94 (MQ=60)
CCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATG > SRR4302540.3590252/1‑94 (MQ=60)
CCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATG < SRR4302540.198945/94‑1 (MQ=60)
CGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGT < SRR4302540.721006/94‑1 (MQ=60)
CGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGT < SRR4302540.5481578/94‑1 (MQ=60)
CGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGT < SRR4302540.7713710/94‑1 (MQ=60)
CGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGT > SRR4302540.9974310/1‑94 (MQ=60)
GTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTT < SRR4302540.6304951/94‑1 (MQ=60)
GTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTT > SRR4302540.4742041/1‑94 (MQ=60)
GTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTT > SRR4302540.7769374/1‑94 (MQ=60)
AGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTTTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGG < SRR4302540.4933968/94‑1 (MQ=60)
AGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGG < SRR4302540.5561590/94‑1 (MQ=60)
GTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGT < SRR4302540.9230071/94‑1 (MQ=60)
GTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGT < SRR4302540.1977263/94‑1 (MQ=60)
ATCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGT < SRR4302540.8972865/94‑1 (MQ=60)
TCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTG > SRR4302540.7354229/1‑94 (MQ=60)
CATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGG < SRR4302540.3646477/94‑1 (MQ=60)
CATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGG < SRR4302540.3549336/94‑1 (MQ=60)
ATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGT > SRR4302540.9422536/1‑94 (MQ=60)
ATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGT > SRR4302540.2478825/1‑94 (MQ=60)
ATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGT > SRR4302540.9019413/1‑94 (MQ=60)
ATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGT > SRR4302540.3302681/1‑94 (MQ=60)
TCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTTCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTT < SRR4302540.182128/94‑1 (MQ=60)
TCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTT < SRR4302540.9505045/94‑1 (MQ=60)
TCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTT < SRR4302540.70112/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTAT > SRR4302540.1321125/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTAT < SRR4302540.8247655/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGGCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTAT > SRR4302540.818670/1‑94 (MQ=60)
TGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTG > SRR4302540.4188123/1‑94 (MQ=60)
TGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTG > SRR4302540.9612611/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCG > SRR4302540.1199862/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCACATTATGTTGGTGGTTATTGCG > SRR4302540.10147160/1‑94 (MQ=60)
TGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGA > SRR4302540.712960/1‑94 (MQ=60)
GCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAG > SRR4302540.6460174/1‑94 (MQ=60)
GCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAG < SRR4302540.7654530/94‑1 (MQ=60)
GCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAG < SRR4302540.9154119/94‑1 (MQ=60)
CTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGC < SRR4302540.2196791/94‑1 (MQ=60)
CTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGC < SRR4302540.2196790/94‑1 (MQ=60)
TGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCC > SRR4302540.7499570/1‑94 (MQ=60)
TGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCC < SRR4302540.2125163/94‑1 (MQ=60)
TGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTGGGTGGTTTTTGCGAGCC > SRR4302540.9049223/1‑94 (MQ=60)
GTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCG < SRR4302540.2927504/94‑1 (MQ=60)
TAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGC > SRR4302540.5330845/1‑94 (MQ=60)
TAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGAATTCAACCGCACTATGTTGGTCGTTATTGCGAGCCGC > SRR4302540.5330843/1‑94 (MQ=60)
ATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCC > SRR4302540.7677242/1‑94 (MQ=60)
ATTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCC < SRR4302540.4540909/94‑1 (MQ=60)
TTTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCA < SRR4302540.6742000/94‑1 (MQ=60)
TTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCNTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAG < SRR4302540.4364539/94‑1 (MQ=60)
TTATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAG > SRR4302540.9306615/1‑94 (MQ=60)
TATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGA > SRR4302540.1609562/1‑94 (MQ=60)
TATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGA > SRR4302540.5427789/1‑94 (MQ=60)
TATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACAGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTGCAGA > SRR4302540.8904114/1‑94 (MQ=60)
ATGATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAA > SRR4302540.8864493/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACA > SRR4302540.6209205/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACA > SRR4302540.9456505/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACA < SRR4302540.3998729/94‑1 (MQ=60)
ATGGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACA < SRR4302540.59663/94‑1 (MQ=60)
GGTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGA < SRR4302540.578610/94‑1 (MQ=60)
GTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAA < SRR4302540.1419871/94‑1 (MQ=60)
GTGTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAA < SRR4302540.5159693/94‑1 (MQ=60)
TGTCGTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAA < SRR4302540.8000746/94‑1 (MQ=60)
GTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAA > SRR4302540.7337372/1‑94 (MQ=60)
GTCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAA > SRR4302540.8880279/1‑94 (MQ=60)
TCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAA > SRR4302540.9463375/1‑94 (MQ=60)
TCTTGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAA > SRR4302540.4537800/1‑94 (MQ=60)
TGCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCA > SRR4302540.6150515/1‑94 (MQ=60)
GCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAT < SRR4302540.9938297/94‑1 (MQ=60)
GCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAT < SRR4302540.5347122/94‑1 (MQ=60)
GCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAT > SRR4302540.9180976/1‑94 (MQ=60)
GCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAT < SRR4302540.1552837/94‑1 (MQ=60)
GCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAT < SRR4302540.3716225/94‑1 (MQ=60)
GCATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCAT > SRR4302540.6961392/1‑94 (MQ=60)
CATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATT > SRR4302540.5681883/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTA < SRR4302540.2664279/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTA > SRR4302540.8302579/1‑94 (MQ=60)
TGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTAC > SRR4302540.1683667/1‑94 (MQ=60)
TGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTAC < SRR4302540.3176302/94‑1 (MQ=60)
TGGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTAC > SRR4302540.5948980/1‑94 (MQ=60)
GGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTACC < SRR4302540.3909024/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTACC < SRR4302540.118787/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTACC > SRR4302540.8010162/1‑94 (MQ=60)
GCGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCAGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTACCC < SRR4302540.3757479/94‑1 (MQ=60)
|
TTCCCGTCAACCTTGATGGGCCAGGCGGCAAAGTTAGAAAAATCACCGTAGTCATCGCTGGTGCTGTAGAAATTTATGATGGTGTCTTGCATGACGTGTTGGATCCTTTGTGCTCGAACGGGCATTAAACCGCATTATGTTGGTGGTTATTGCGAGCCGCTTTCCAGAAACAGAAAAACCATTACCC > NC_000913/832049‑832235
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
