Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,237,963 |
C→T |
S390S (TCC→TCT) |
dadA → |
D‑amino acid dehydrogenase subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,237,963 | 0 | C | T | 99.5%
| 704.2
/ ‑5.2
| 193 | S390S (TCC→TCT) | dadA | D‑amino acid dehydrogenase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (107/85); total (108/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC > NC_000913/1237873‑1238052
|
ggCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGt > 2:4318290/1‑93 (MQ=255)
gCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTc < 1:1902278/93‑1 (MQ=255)
gCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTc < 1:7421672/93‑1 (MQ=255)
gCACGCCGGTTGTAGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTc < 2:7384810/93‑1 (MQ=255)
cGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAgt > 1:500069/1‑93 (MQ=255)
gctggTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgtt < 1:308087/90‑1 (MQ=255)
cGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttgt < 1:4450214/93‑1 (MQ=255)
cGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttgt < 1:6344023/93‑1 (MQ=255)
ggTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttgtt > 2:6754157/1‑93 (MQ=255)
gTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTa > 1:5948061/1‑93 (MQ=255)
gTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTa < 1:672484/93‑1 (MQ=255)
ttGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCCCGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGGTGTTaa > 2:6808502/1‑93 (MQ=255)
tGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAg < 2:328602/93‑1 (MQ=255)
gTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGc > 2:1635375/1‑93 (MQ=255)
tCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGCTCTGGTCAGTTGTTAAGCg > 1:9867503/1‑93 (MQ=255)
gggCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGAt < 2:6856918/93‑1 (MQ=255)
ggCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATc < 1:5852864/93‑1 (MQ=255)
gCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCt > 2:1068558/1‑93 (MQ=255)
gCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCt < 1:2173615/93‑1 (MQ=255)
gCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCt < 2:3672487/93‑1 (MQ=255)
gCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCt < 1:1010207/93‑1 (MQ=255)
gCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGGCAGTTGTTAAGCGATCt > 2:8871183/1‑93 (MQ=255)
tACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGct < 1:29363/93‑1 (MQ=255)
tACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGct > 1:2665969/1‑93 (MQ=255)
acacGCTTTAAAAATCTGTGACTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctc > 2:6901661/1‑93 (MQ=255)
cacGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctct > 2:4159998/1‑93 (MQ=255)
cTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTgg < 2:6530882/93‑1 (MQ=255)
ttAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTc < 2:2936856/93‑1 (MQ=255)
ttAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTc > 1:31198/1‑93 (MQ=255)
ttAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTc > 2:7848786/1‑93 (MQ=255)
aaaaTCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCa < 2:179075/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCa < 1:5075881/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCa < 1:2443198/93‑1 (MQ=255)
agcTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGc < 1:9454292/91‑1 (MQ=255)
aTCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGc > 1:4563606/1‑93 (MQ=255)
tCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTACGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGcc > 1:9845192/1‑93 (MQ=255)
tgtgGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAg < 2:8459127/93‑1 (MQ=255)
ggCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGa > 2:1988108/1‑93 (MQ=255)
cTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATc < 2:9514491/93‑1 (MQ=255)
tGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATcc > 1:4993960/1‑93 (MQ=255)
gAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATccc < 1:9252146/93‑1 (MQ=255)
aTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCat > 2:6889812/1‑93 (MQ=255)
aTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCat < 2:5771285/93‑1 (MQ=255)
aTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCat < 1:5033688/93‑1 (MQ=255)
tcccGGTCACGGCACGCTCGTCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCata < 1:2341055/91‑1 (MQ=255)
tACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCata > 1:5823455/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCatat < 2:7155647/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCatat > 2:8315857/1‑93 (MQ=255)
ccGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATg > 1:4372256/1‑93 (MQ=255)
cGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGa > 1:9960455/1‑93 (MQ=255)
gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAgg > 2:6245342/1‑93 (MQ=255)
gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAgg > 1:2112176/1‑93 (MQ=255)
gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAgg > 2:7091960/1‑93 (MQ=255)
aCGGCACGCTCGGCTGGACGGTGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTAGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATc > 1:47328/1‑93 (MQ=255)
aCGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATc < 2:5579370/93‑1 (MQ=255)
gCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTaa > 1:2627863/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGc > 1:1824518/1‑93 (MQ=255)
cGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCg > 1:10041453/1‑93 (MQ=255)
cGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCg > 2:7597454/1‑93 (MQ=255)
gCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGt < 2:5664300/93‑1 (MQ=255)
gCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGt < 1:9769927/93‑1 (MQ=255)
gCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGt < 2:536582/93‑1 (MQ=255)
cTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTa < 2:4658021/93‑1 (MQ=255)
cTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTa > 1:7121061/1‑93 (MQ=255)
tCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAg < 2:9553176/93‑1 (MQ=255)
tCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAg < 1:4009005/93‑1 (MQ=255)
cGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgc > 1:3737744/1‑93 (MQ=255)
cGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgc > 1:512457/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcg > 1:8383712/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcg < 1:6859070/93‑1 (MQ=255)
gCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTACCTGGTCGCAGGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAATCGTAgcgc > 1:8820357/1‑93 (MQ=255)
cTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgcg > 1:3561384/1‑93 (MQ=255)
tGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgcgc < 1:3364095/93‑1 (MQ=255)
tGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgcgc > 2:6437151/1‑93 (MQ=255)
ggACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCt > 1:7847917/1‑93 (MQ=255)
gACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTa < 1:1362709/93‑1 (MQ=255)
gACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTa > 2:2094324/1‑93 (MQ=255)
aCGATGGTGTGCGGTTCTGGGCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTAc < 2:9112801/93‑1 (MQ=255)
aCGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTAc > 1:4796604/1‑93 (MQ=255)
cGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACa > 2:6027607/1‑93 (MQ=255)
cGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACa > 1:3527029/1‑93 (MQ=255)
cGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACa < 2:7737118/93‑1 (MQ=255)
gATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCTAGCGGTCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAg > 2:8117108/1‑93 (MQ=255)
gATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGATGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAg > 2:7200502/1‑93 (MQ=255)
aTGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGc < 1:6572045/93‑1 (MQ=255)
aTGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGc < 2:4761484/93‑1 (MQ=255)
aTGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGc < 2:851287/93‑1 (MQ=255)
tGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGcc < 1:8314364/93‑1 (MQ=255)
gCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGt < 1:3902112/93‑1 (MQ=255)
cTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTg < 2:2588841/93‑1 (MQ=255)
tGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGa > 1:3184795/1‑93 (MQ=255)
gCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAt < 1:8055911/93‑1 (MQ=255)
gCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAt < 1:9023744/93‑1 (MQ=255)
gCGGCTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAt > 2:1313132/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAtt > 1:895273/1‑93 (MQ=255)
ggTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAttt < 1:4089440/93‑1 (MQ=255)
gTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAtttc > 1:7576968/1‑92 (MQ=255)
ttCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAc > 1:4971937/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAc > 1:8226775/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAc > 2:9272517/1‑93 (MQ=255)
|
CGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC > NC_000913/1237873‑1238052
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA > NC_000913/1237871‑1238056
|
GACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTG > SRR4302540.8694413/1‑94 (MQ=60)
GACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTG > SRR4302540.3075948/1‑94 (MQ=60)
ACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGG > SRR4302540.5116226/1‑94 (MQ=60)
GGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTC > SRR4302540.6670155/1‑94 (MQ=60)
GCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCA < SRR4302540.7504342/94‑1 (MQ=60)
GCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCA < SRR4302540.1923078/94‑1 (MQ=60)
ACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGT > SRR4302540.8348988/1‑94 (MQ=60)
ACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGT > SRR4302540.505436/1‑94 (MQ=60)
CGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTT < SRR4302540.4900155/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTG < SRR4302540.311144/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTG > SRR4302540.1219935/1‑94 (MQ=60)
GCCGGGTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAAGCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTG < SRR4302540.311145/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGT > SRR4302540.6283369/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTT < SRR4302540.6414667/94‑1 (MQ=60)
CGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTT > SRR4302540.8247174/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTT < SRR4302540.4498448/94‑1 (MQ=60)
GGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTA > SRR4302540.6013828/1‑94 (MQ=60)
GGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTA > SRR4302540.9890476/1‑94 (MQ=60)
GTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAA < SRR4302540.679686/94‑1 (MQ=60)
GTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGCTCTGGTCAGTTGTTAAGCG > SRR4302540.9982759/1‑94 (MQ=60)
GGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATC > SRR4302540.2672456/1‑94 (MQ=60)
GGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCT < SRR4302540.5917597/94‑1 (MQ=60)
GGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCT > SRR4302540.4785249/1‑94 (MQ=60)
GCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTG < SRR4302540.1020451/94‑1 (MQ=60)
GCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTG < SRR4302540.2197055/94‑1 (MQ=60)
GCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTG < SRR4302540.191576/94‑1 (MQ=60)
GCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTG > SRR4302540.9585322/1‑94 (MQ=60)
GTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCT > SRR4302540.2694870/1‑94 (MQ=60)
TACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTC < SRR4302540.29672/94‑1 (MQ=60)
TACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGAGCGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTC > SRR4302540.3971934/1‑94 (MQ=60)
ACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGGTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCT > SRR4302540.3359432/1‑94 (MQ=60)
GCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGG > SRR4302540.5056074/1‑94 (MQ=60)
CTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGT > SRR4302540.5940731/1‑94 (MQ=60)
TTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTC > SRR4302540.31525/1‑94 (MQ=60)
AAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCAC < SRR4302540.5130762/94‑1 (MQ=60)
AAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCAC < SRR4302540.2469509/94‑1 (MQ=60)
AATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGC > SRR4302540.4612897/1‑94 (MQ=60)
ATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTACGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCC > SRR4302540.9960279/1‑94 (MQ=60)
ATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCC > SRR4302540.3813058/1‑94 (MQ=60)
AGCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCC < SRR4302540.9566502/94‑1 (MQ=60)
TCTTTGGCGGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCCGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCA < SRR4302540.3515878/94‑1 (MQ=60)
TCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCA < SRR4302540.3758710/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTACGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGT > SRR4302540.3587554/1‑94 (MQ=60)
TGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGA > SRR4302540.5044936/1‑94 (MQ=60)
CTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCC > SRR4302540.5048021/1‑94 (MQ=60)
CTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGGTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCC > SRR4302540.4248138/1‑94 (MQ=60)
GAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCA < SRR4302540.9974403/94‑1 (MQ=60)
GAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCA < SRR4302540.9362890/94‑1 (MQ=60)
ATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATA < SRR4302540.5088149/94‑1 (MQ=60)
ATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATA > SRR4302540.5887829/1‑94 (MQ=60)
TCCCGGTCACGGCACGCTCGTCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATAT < SRR4302540.2366285/94‑1 (MQ=60)
TACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATAT < SRR4302540.7424570/94‑1 (MQ=60)
TACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATAT > SRR4302540.5905443/1‑94 (MQ=60)
TACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCGCTCTGGTCGCCCGCCAGCGATCCCATAT > SRR4302540.3631259/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATG > SRR4302540.4419750/1‑94 (MQ=60)
CCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGA > SRR4302540.10076683/1‑94 (MQ=60)
CCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGA > SRR4302540.10076684/1‑94 (MQ=60)
CCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGA > SRR4302540.410763/1‑94 (MQ=60)
CGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAG < SRR4302540.8798408/94‑1 (MQ=60)
GGTCGCGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGG > SRR4302540.5051713/1‑94 (MQ=60)
GGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGG > SRR4302540.2134841/1‑94 (MQ=60)
GTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGA < SRR4302540.1830632/94‑1 (MQ=60)
CACGGCACGCTCGGCTGGACGGTGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTAGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATC > SRR4302540.47806/1‑94 (MQ=60)
CACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATC > SRR4302540.9102705/1‑94 (MQ=60)
ACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCT > SRR4302540.2542161/1‑94 (MQ=60)
GGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAA > SRR4302540.1959169/1‑94 (MQ=60)
GGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAA < SRR4302540.4231472/94‑1 (MQ=60)
GGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAA > SRR4302540.2656297/1‑94 (MQ=60)
CACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGC > SRR4302540.1844462/1‑94 (MQ=60)
ACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCG < SRR4302540.8475070/94‑1 (MQ=60)
ACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCG > SRR4302540.7656023/1‑94 (MQ=60)
ACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCG > SRR4302540.10158204/1‑94 (MQ=60)
ACGCTCGGCTGGACGATGGATTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGTTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCG > SRR4302540.8922794/1‑94 (MQ=60)
CGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGT < SRR4302540.2176362/94‑1 (MQ=60)
GCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTA > SRR4302540.7200355/1‑94 (MQ=60)
GCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTA < SRR4302540.9380167/94‑1 (MQ=60)
GCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTA < SRR4302540.9884480/94‑1 (MQ=60)
TCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGG > SRR4302540.2746004/1‑94 (MQ=60)
TCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGC > SRR4302540.517960/1‑94 (MQ=60)
TCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGC > SRR4302540.3778521/1‑94 (MQ=60)
TCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGC < SRR4302540.4052171/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCG > SRR4302540.8480983/1‑94 (MQ=60)
CGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCG > SRR4302540.6575046/1‑94 (MQ=60)
CGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCG > SRR4302540.684045/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC > SRR4302540.5446608/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC > SRR4302540.8922348/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC > SRR4302540.7997848/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC > SRR4302540.2397060/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC < SRR4302540.6935076/94‑1 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC > SRR4302540.2213756/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTACCTGGTCGCAGGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAATCGTAGCGC > SRR4302540.8922346/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGGTAAGGGATCTACTCTCGGGCCGCACGTCCGCGACCCAATATGAGGATCTAAGagtgtggc > SRR4302540.2397059/1‑86 (MQ=28)
GCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCG > SRR4302540.3600291/1‑94 (MQ=60)
TGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCT > SRR4302540.4442152/1‑94 (MQ=60)
TGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCT > SRR4302540.7939619/1‑94 (MQ=60)
TGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCT < SRR4302540.3400906/94‑1 (MQ=60)
GGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTA > SRR4302540.298051/1‑94 (MQ=60)
GACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTAC < SRR4302540.1377108/94‑1 (MQ=60)
GACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTAC > SRR4302540.4847935/1‑94 (MQ=60)
ACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACA > SRR4302540.3565495/1‑94 (MQ=60)
ATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCC < SRR4302540.6644858/94‑1 (MQ=60)
TGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCG < SRR4302540.8410882/94‑1 (MQ=60)
GGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGT < SRR4302540.7018899/94‑1 (MQ=60)
GCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTG < SRR4302540.3944442/94‑1 (MQ=60)
TTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGA > SRR4302540.3219397/1‑94 (MQ=60)
GCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATT < SRR4302540.8149455/94‑1 (MQ=60)
GCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATT < SRR4302540.9132023/94‑1 (MQ=60)
GCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATT > SRR4302540.904787/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTT > SRR4302540.4753141/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTC > SRR4302540.7661986/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTA > SRR4302540.315230/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTA > SRR4302540.9313354/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTA < SRR4302540.4133546/94‑1 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTA > SRR4302540.7661987/1‑94 (MQ=60)
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GTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC > SRR4302540.8322407/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC < SRR4302540.4500662/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACG < SRR4302540.5153638/94‑1 (MQ=60)
TGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA > SRR4302540.2489469/1‑94 (MQ=60)
TGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA > SRR4302540.1417092/1‑94 (MQ=60)
TGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA < SRR4302540.2459509/94‑1 (MQ=60)
TGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA < SRR4302540.10009693/94‑1 (MQ=60)
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GACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA > NC_000913/1237871‑1238056
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
