Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,237,963 |
C→T |
S390S (TCC→TCT) |
dadA → |
D‑amino acid dehydrogenase subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,237,963 | 0 | C | T | 100.0%
| 890.0
/ NA
| 239 | S390S (TCC→TCT) | dadA | D‑amino acid dehydrogenase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (118/121); total (118/121) |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
GGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC > NC_000913/1237874‑1238052
|
gCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTc < 1:170111/93‑1 (MQ=255)
gCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTc < 1:2922051/93‑1 (MQ=255)
cACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCa < 2:67964/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAg < 2:399159/93‑1 (MQ=255)
ccGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttg > 1:2057437/1‑93 (MQ=255)
ggTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAgttgtt < 2:4833203/93‑1 (MQ=255)
ggTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGGCAgttggt > 2:1282658/1‑91 (MQ=255)
gTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTa > 1:3699070/1‑93 (MQ=255)
gTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTa < 1:3669148/93‑1 (MQ=255)
ttGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTaa < 1:4823609/93‑1 (MQ=255)
gTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGc < 1:2777309/93‑1 (MQ=255)
gTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGCTCTGGTCAGTTGTTAAga > 2:5415949/1‑92 (MQ=255)
cGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGa > 2:6207983/1‑93 (MQ=255)
gggCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGAt < 2:3879283/93‑1 (MQ=255)
gggCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGGTAAGCGAt > 2:2995380/1‑93 (MQ=255)
ggCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATc > 1:5118956/1‑93 (MQ=255)
gCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCt < 2:3815567/93‑1 (MQ=255)
gCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCt < 1:5961864/93‑1 (MQ=255)
cGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTg < 1:3463069/93‑1 (MQ=255)
gTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGc < 2:2874874/93‑1 (MQ=255)
tACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGct < 1:3854550/93‑1 (MQ=255)
acacGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctc < 2:5347639/93‑1 (MQ=255)
cacGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctct < 2:5519861/93‑1 (MQ=255)
cacGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAACGATCTGctct < 2:2581409/93‑1 (MQ=255)
acGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGTTCTGctctc > 1:4256878/1‑93 (MQ=255)
acGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctctc > 2:5229579/1‑93 (MQ=255)
acGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctctc < 1:453335/93‑1 (MQ=255)
acGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGctctc < 2:3753294/93‑1 (MQ=255)
gCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGGCGATGGCTTGCGGGTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGGTCTCTg > 2:1154459/1‑93 (MQ=255)
gCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTg > 1:3161679/1‑93 (MQ=255)
gCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTg < 1:2661884/93‑1 (MQ=255)
gCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGGTCTGGTCAGTTGGTAAGCGATCTGCTCTCTg > 1:2828848/1‑93 (MQ=255)
tttAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGt > 1:5527816/1‑93 (MQ=255)
tAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCg < 2:4394329/93‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGcc < 1:2256915/93‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGcc > 1:2752514/1‑93 (MQ=255)
tCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGcc < 2:6191709/93‑1 (MQ=255)
tCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGcc > 1:3121443/1‑93 (MQ=255)
gAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATccc < 1:2526507/93‑1 (MQ=255)
aaTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCa < 2:1535226/93‑1 (MQ=255)
aaTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCa < 1:1430644/93‑1 (MQ=255)
aaTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCa < 1:1803027/93‑1 (MQ=255)
aTACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCat < 2:4097542/93‑1 (MQ=255)
tACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCata > 2:4142462/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCatat > 1:3711181/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCatat < 2:5011032/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTCGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCatat > 1:3614148/1‑93 (MQ=255)
ccGGTCACGGCTCGCTAGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATg < 2:1726181/93‑1 (MQ=255)
ccGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATg > 1:4471338/1‑93 (MQ=255)
ccGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATg > 1:3746102/1‑93 (MQ=255)
cGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGa < 2:5621307/93‑1 (MQ=255)
ggTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAg < 1:5840434/93‑1 (MQ=255)
ggTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAg > 1:2598408/1‑93 (MQ=255)
ggTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAg > 1:4969889/1‑93 (MQ=255)
gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCCGCGATCCCATATGAgg > 2:3342733/1‑93 (MQ=255)
gTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAgg < 2:648784/93‑1 (MQ=255)
aCGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATc > 1:5993321/1‑93 (MQ=255)
cGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCt > 2:4636055/1‑93 (MQ=255)
cGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCt < 1:440769/93‑1 (MQ=255)
ggCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTa > 2:1029595/1‑93 (MQ=255)
ggCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTa < 2:5164497/93‑1 (MQ=255)
gCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTaa < 1:5612973/93‑1 (MQ=255)
gCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTaa < 2:1245867/93‑1 (MQ=255)
cACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAg < 2:2240360/93‑1 (MQ=255)
cACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAg > 1:3235180/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGc > 2:3070970/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGc < 1:1186094/93‑1 (MQ=255)
gCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGt < 2:6025093/93‑1 (MQ=255)
cTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTa < 2:3595574/93‑1 (MQ=255)
cTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTa < 2:4278627/93‑1 (MQ=255)
cTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTa < 1:2144584/93‑1 (MQ=255)
tCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAg > 2:2078846/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcg > 1:2093730/1‑93 (MQ=255)
gCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgc < 2:3113126/93‑1 (MQ=255)
gCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgc > 2:4312569/1‑93 (MQ=255)
cTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgcg < 1:4096880/93‑1 (MQ=255)
tgtaCGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgcgc < 2:4755345/90‑1 (MQ=255)
tGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAgcgcgc > 1:1592310/1‑93 (MQ=255)
ggACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCt < 1:1007821/93‑1 (MQ=255)
ggACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCt < 1:1213778/93‑1 (MQ=255)
aCGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTAc < 2:1470390/93‑1 (MQ=255)
cGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACa > 2:926762/1‑93 (MQ=255)
cGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACa < 1:73831/93‑1 (MQ=255)
cGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACa > 1:793640/1‑93 (MQ=255)
gATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAg > 1:4569932/1‑93 (MQ=255)
gCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGt < 2:2411424/93‑1 (MQ=255)
cTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTCAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTg > 2:5768903/1‑93 (MQ=255)
cTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTg > 2:804121/1‑93 (MQ=255)
ttGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCTCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTgg > 1:6304813/1‑93 (MQ=255)
ttGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTgg < 2:5324702/93‑1 (MQ=255)
tGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGa > 2:2484845/1‑93 (MQ=255)
gCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAt < 1:5790965/93‑1 (MQ=255)
gCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAt < 2:5064356/93‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAtt > 1:2887094/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAtt < 1:4639173/93‑1 (MQ=255)
ggTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGGCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAttt > 1:3375342/1‑93 (MQ=255)
ggTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAttt > 2:2724723/1‑93 (MQ=255)
gTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTa > 2:1231714/1‑93 (MQ=255)
gTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTa < 2:1379392/93‑1 (MQ=255)
ttCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAc < 2:1742700/93‑1 (MQ=255)
|
GGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC > NC_000913/1237874‑1238052
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA > NC_000913/1237872‑1238056
|
ACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGG < SRR4302533.2586537/94‑1 (MQ=60)
ACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGG < SRR4302533.1672441/94‑1 (MQ=60)
ACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGG < SRR4302533.1476190/94‑1 (MQ=60)
GCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCA < SRR4302533.2939944/94‑1 (MQ=60)
GCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCA < SRR4302533.171182/94‑1 (MQ=60)
CGCCGGTTGTCGGGCGTATACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACTCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGGTCTGGGCAGTT > SRR4302533.950695/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTG > SRR4302533.2070125/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGT < SRR4302533.4540096/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGT > SRR4302533.5632803/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTT > SRR4302533.4797937/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTT > SRR4302533.1627774/1‑94 (MQ=60)
GGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTA > SRR4302533.3721788/1‑94 (MQ=60)
GTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAA < SRR4302533.3691702/94‑1 (MQ=60)
GTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAA > SRR4302533.3053147/1‑94 (MQ=60)
TTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAG < SRR4302533.4852830/94‑1 (MQ=60)
TTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAG < SRR4302533.4249790/94‑1 (MQ=60)
TTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACAGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAG > SRR4302533.4580178/1‑94 (MQ=60)
TGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGC < SRR4302533.2229741/94‑1 (MQ=60)
GTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCG < SRR4302533.2794371/94‑1 (MQ=60)
GTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCG < SRR4302533.1896663/94‑1 (MQ=60)
GTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCG < SRR4302533.5987683/94‑1 (MQ=60)
TCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGA < SRR4302533.1526587/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATC < SRR4302533.2876958/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATC > SRR4302533.5149885/1‑94 (MQ=60)
GCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTG < SRR4302533.5997932/94‑1 (MQ=60)
CGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGC > SRR4302533.371081/1‑94 (MQ=60)
CGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGC < SRR4302533.3484446/94‑1 (MQ=60)
GTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCT > SRR4302533.5947701/1‑94 (MQ=60)
GTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCT > SRR4302533.2804110/1‑94 (MQ=60)
TACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTC < SRR4302533.3878091/94‑1 (MQ=60)
TACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTC > SRR4302533.1793253/1‑94 (MQ=60)
ACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGCACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCT < SRR4302533.4472618/94‑1 (MQ=60)
CACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGTTCTGCTCTC > SRR4302533.4282543/1‑94 (MQ=60)
CACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTC > SRR4302533.2927860/1‑94 (MQ=60)
ACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCT < SRR4302533.456046/94‑1 (MQ=60)
ACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCT > SRR4302533.3754545/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTG > SRR4302533.3181136/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTG < SRR4302533.584827/94‑1 (MQ=60)
CGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGGTCTGGTCAGTTGGTAAGCGATCTGCTCTCTG > SRR4302533.2846252/1‑94 (MQ=60)
GCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGG < SRR4302533.2678227/94‑1 (MQ=60)
CTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGT > SRR4302533.5561189/1‑94 (MQ=60)
CTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGT > SRR4302533.760191/1‑94 (MQ=60)
TTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTC > SRR4302533.4579104/1‑94 (MQ=60)
TTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCG < SRR4302533.3533167/94‑1 (MQ=60)
AAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCAC > SRR4302533.383271/1‑94 (MQ=60)
ATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCC > SRR4302533.2578792/1‑94 (MQ=60)
ATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCC > SRR4302533.3140636/1‑94 (MQ=60)
ATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCC > SRR4302533.2769392/1‑94 (MQ=60)
TCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCA > SRR4302533.2081344/1‑94 (MQ=60)
TCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCA < SRR4302533.2270880/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGCCGAACGCCAG > SRR4302533.2150499/1‑94 (MQ=60)
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GTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCG > SRR4302533.4659500/1‑94 (MQ=60)
GGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGAT < SRR4302533.5725812/94‑1 (MQ=60)
TGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCC > SRR4302533.5396396/1‑94 (MQ=60)
GAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCA < SRR4302533.2542061/94‑1 (MQ=60)
AATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCAT < SRR4302533.1814003/94‑1 (MQ=60)
AATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCAT < SRR4302533.1439292/94‑1 (MQ=60)
ATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATA > SRR4302533.3320626/1‑94 (MQ=60)
TACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATAT > SRR4302533.3733972/1‑94 (MQ=60)
TACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATAT > SRR4302533.687756/1‑94 (MQ=60)
TACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTCGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATAT > SRR4302533.3636385/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATG > SRR4302533.5781223/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATG > SRR4302533.3769071/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATG > SRR4302533.4498379/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATG > SRR4302533.269878/1‑94 (MQ=60)
CGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAG > SRR4302533.278215/1‑94 (MQ=60)
CGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAG > SRR4302533.5000020/1‑94 (MQ=60)
CGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAG > SRR4302533.2614376/1‑94 (MQ=60)
GGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGG < SRR4302533.5875747/94‑1 (MQ=60)
GGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGG > SRR4302533.6011180/1‑94 (MQ=60)
GGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGG > SRR4302533.610379/1‑94 (MQ=60)
GGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGG > SRR4302533.782586/1‑94 (MQ=60)
GTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTTGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGA > SRR4302533.4399380/1‑94 (MQ=60)
GTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGA > SRR4302533.3726453/1‑94 (MQ=60)
GTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGA < SRR4302533.905505/94‑1 (MQ=60)
GTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGA > SRR4302533.2152823/1‑94 (MQ=60)
CACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATC > SRR4302533.6029624/1‑94 (MQ=60)
CGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTA < SRR4302533.443401/94‑1 (MQ=60)
GCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAG < SRR4302533.5646900/94‑1 (MQ=60)
GCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAG > SRR4302533.3255114/1‑94 (MQ=60)
GCAAGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAG < SRR4302533.2336827/94‑1 (MQ=60)
CACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGC > SRR4302533.4494529/1‑94 (MQ=60)
CACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGC < SRR4302533.3922953/94‑1 (MQ=60)
ACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCG < SRR4302533.1193215/94‑1 (MQ=60)
ACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCG < SRR4302533.3520049/94‑1 (MQ=60)
CGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGT > SRR4302533.3169702/1‑94 (MQ=60)
GCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTA > SRR4302533.2750672/1‑94 (MQ=60)
CTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAG < SRR4302533.2157794/94‑1 (MQ=60)
CTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAG < SRR4302533.2921525/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCG < SRR4302533.1347799/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCG > SRR4302533.2106623/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTTCTCTCTGGTCTCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC > SRR4302533.2525188/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGC > SRR4302533.4196452/1‑94 (MQ=60)
CTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGC < SRR4302533.4121820/94‑1 (MQ=60)
CTGGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGC > SRR4302533.1601940/1‑94 (MQ=60)
GGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTA < SRR4302533.1221072/94‑1 (MQ=60)
GGACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTA < SRR4302533.1013716/94‑1 (MQ=60)
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ACGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACA < SRR4302533.1910544/94‑1 (MQ=60)
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CGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAG > SRR4302533.3228229/1‑94 (MQ=60)
CGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAG > SRR4302533.3638482/1‑94 (MQ=60)
CGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAG < SRR4302533.261646/94‑1 (MQ=60)
CGATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAG > SRR4302533.4597627/1‑94 (MQ=60)
ATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCC < SRR4302533.3727102/94‑1 (MQ=60)
ATGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCC < SRR4302533.3141420/94‑1 (MQ=60)
TGGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCG > SRR4302533.5075002/1‑94 (MQ=60)
GGCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGG > SRR4302533.1210410/1‑94 (MQ=60)
GGCTTGCGGTTCTGGTCAGTCGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGT < SRR4302533.3837977/94‑1 (MQ=60)
GCTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTG < SRR4302533.4982293/94‑1 (MQ=60)
CTTGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCTCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGG > SRR4302533.6342529/1‑94 (MQ=60)
TGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAT < SRR4302533.3476221/94‑1 (MQ=60)
TGCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGAT > SRR4302533.5324573/1‑94 (MQ=60)
GCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATT < SRR4302533.5825950/94‑1 (MQ=60)
GCGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATT > SRR4302533.2904845/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGGCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTT > SRR4302533.3396188/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTT < SRR4302533.4667284/94‑1 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTA > SRR4302533.4847724/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTA > SRR4302533.6237366/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTA > SRR4302533.1295060/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC < SRR4302533.3363179/94‑1 (MQ=60)
GTTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTAC < SRR4302533.1635869/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACG < SRR4302533.1123221/94‑1 (MQ=60)
CTGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCC > SRR4302533.112260/1‑94 (MQ=60)
TGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA > SRR4302533.2348710/1‑94 (MQ=60)
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ACGGCACGCCGGTTGTCGGGCGTACACGCTTTAAAAATCTGTGGCTGAATACCGGTCACGGCACGCTCGGCTGGACGATGGCTTGCGGTTCCGGTCAGTTGTTAAGCGATCTGCTCTCTGGTCGCACGCCAGCGATCCCATATGAGGATCTAAGCGTAGCGCGCTACAGCCGTGGATTTACGCCA > NC_000913/1237872‑1238056
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
