Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,293,679 |
A→G |
P187P (CCT→CCC) |
ychG ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,293,679 | 0 | A | G | 100.0%
| 928.8
/ NA
| 283 | P187P (CCT→CCC) | ychG | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (125/158); total (125/158) |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAG > NC_000913/1293589‑1293768
|
ggTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACggg > 2:9581190/1‑93 (MQ=255)
ggTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACggg < 1:1691630/93‑1 (MQ=255)
ggTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACggg > 2:2668135/1‑93 (MQ=255)
gTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGa < 2:8369370/93‑1 (MQ=255)
gTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGa > 1:981867/1‑93 (MQ=255)
gTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGa < 1:7766787/93‑1 (MQ=255)
gTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGa < 1:3944609/93‑1 (MQ=255)
tttATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGAt > 2:2832381/1‑93 (MQ=255)
tATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATaa > 1:4090342/1‑93 (MQ=255)
aTGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAAc < 2:3492213/93‑1 (MQ=255)
aTGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAAc > 1:2505930/1‑93 (MQ=255)
aTGGAAAAGTTGCTTCGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAAc < 1:2910792/93‑1 (MQ=255)
tGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACg > 2:1089437/1‑93 (MQ=255)
tGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACg > 2:9784090/1‑93 (MQ=255)
ggAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACgg < 1:9297185/93‑1 (MQ=255)
gAAAAGTTGCTTTGGGTAAACCAAAAATACGGCCACAGGAGGGAAATGCGGTTAAGTTATGAGGAGAGGAACTATGTTTCACCGGATAACgcg > 2:7856001/1‑91 (MQ=255)
aGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGtttt < 1:3515456/93‑1 (MQ=255)
aGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGtttt < 1:8751383/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGttttt < 2:9314693/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGttttt > 1:5727832/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGa > 1:3404491/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGa > 2:4330650/1‑93 (MQ=255)
tttGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGatat > 2:2931692/1‑93 (MQ=255)
tttGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTAACGGGATAACGGGTTTTTGatat > 2:2283356/1‑93 (MQ=255)
tgagTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCt < 2:6893823/90‑1 (MQ=255)
tGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCt > 1:691444/1‑93 (MQ=255)
gggTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCtt < 2:3398550/93‑1 (MQ=255)
gggTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCtt < 2:6473692/93‑1 (MQ=255)
gTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTaa > 2:7545941/1‑93 (MQ=255)
gTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTaa < 2:74706/93‑1 (MQ=255)
tAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAAc < 1:5044651/93‑1 (MQ=255)
aaaCAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAAcc > 1:2641041/1‑93 (MQ=255)
aCAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGa < 1:6333693/93‑1 (MQ=255)
cAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGAc > 2:1481973/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGAcc > 1:5566391/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGAcc > 1:7976696/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCAGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGAcc < 2:5999927/93‑1 (MQ=255)
aaaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCt < 2:3940697/93‑1 (MQ=255)
aaaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCt > 1:7166580/1‑93 (MQ=255)
tACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGcc < 2:673017/93‑1 (MQ=255)
gCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGa < 2:253316/93‑1 (MQ=255)
cccAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATg < 2:4205850/93‑1 (MQ=255)
ccAGAAGGGCAGTGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCTCGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATgg < 2:8216465/93‑1 (MQ=255)
ccAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATgg < 2:2030878/93‑1 (MQ=255)
ccAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATgg < 1:7381878/93‑1 (MQ=255)
ccAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATgg > 1:6999234/1‑93 (MQ=255)
cAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGt < 1:8525877/93‑1 (MQ=255)
cAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGt > 2:4161366/1‑93 (MQ=255)
cAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGt < 2:7174858/93‑1 (MQ=255)
cAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGGTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGt > 2:5615252/1‑93 (MQ=255)
aGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTc < 2:9452485/93‑1 (MQ=255)
aGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTc > 1:8093245/1‑93 (MQ=255)
gAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑g > 1:3228108/1‑93 (MQ=255)
gAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑g < 2:4604628/93‑1 (MQ=255)
aaGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑gg < 1:1493937/93‑1 (MQ=255)
aaGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑gg < 1:1272455/93‑1 (MQ=255)
aGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑ggg < 1:153401/93‑1 (MQ=255)
aGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑ggg < 2:9141161/93‑1 (MQ=255)
aGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑ggg > 2:3640904/1‑93 (MQ=255)
gggCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑gggg < 2:5068823/93‑1 (MQ=255)
gCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGc > 2:6126612/1‑93 (MQ=255)
cAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCg > 2:5554434/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGt > 2:2203941/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGtt > 1:9057913/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGtt > 1:6215858/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGtt > 2:8130975/1‑93 (MQ=255)
tGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGttt > 2:10000516/1‑93 (MQ=255)
tGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGttt > 1:1301060/1‑93 (MQ=255)
gcggTTCCCTTAAGAGGAGCGGCATTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGtttt < 1:2257234/90‑1 (MQ=255)
ccGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTg < 1:4268808/93‑1 (MQ=255)
cGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGt < 1:1792353/93‑1 (MQ=255)
gTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGtt > 1:2142076/1‑93 (MQ=255)
gTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGtt > 1:2557916/1‑93 (MQ=255)
ttCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTa < 2:5848911/93‑1 (MQ=255)
cACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATg > 2:5326561/1‑93 (MQ=255)
ttAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAac < 2:6538472/93‑1 (MQ=255)
tAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGGCGTTTTGTTATGAac > 1:1019576/1‑93 (MQ=255)
tAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAaca < 2:9096236/93‑1 (MQ=255)
aaGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAacac > 2:1155141/1‑93 (MQ=255)
agagGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAacaca > 2:6785649/1‑92 (MQ=255)
gaggagCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAAcacca < 2:2078411/93‑1 (MQ=255)
gaggagCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAAcacca < 1:5251971/93‑1 (MQ=255)
gaggagCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAAcacca > 2:3033759/1‑93 (MQ=255)
aggagCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAAcaccac < 1:2794678/93‑1 (MQ=255)
aggagCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAAcaccac < 1:1397651/93‑1 (MQ=255)
agCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTc < 1:3109455/93‑1 (MQ=255)
agCGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTc < 2:4946824/93‑1 (MQ=255)
ggCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCag > 2:6950706/1‑93 (MQ=255)
gCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCaga < 1:97501/93‑1 (MQ=255)
gCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCaga < 1:4860409/93‑1 (MQ=255)
gCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCaga > 1:6462520/1‑93 (MQ=255)
cACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCagag < 1:6034118/93‑1 (MQ=255)
cACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCagag < 2:1876268/93‑1 (MQ=255)
cTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCa < 1:8180258/93‑1 (MQ=255)
cTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCa > 2:3136266/1‑93 (MQ=255)
cTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCa > 1:4673902/1‑93 (MQ=255)
tATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAc > 1:4335578/1‑93 (MQ=255)
tGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAccc > 1:3904607/1‑93 (MQ=255)
tttCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGCTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCg > 1:382775/1‑93 (MQ=255)
cacgGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAg < 2:7961935/93‑1 (MQ=255)
|
GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAG > NC_000913/1293589‑1293768
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGC > NC_000913/1293589‑1293772
|
GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGA > SRR4302540.991921/1‑94 (MQ=60)
GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGA > SRR4302540.5374863/1‑94 (MQ=60)
GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGA < SRR4302540.1709976/94‑1 (MQ=60)
GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGA < SRR4302540.1709975/94‑1 (MQ=60)
GTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATGCGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGAT < SRR4302540.7173058/94‑1 (MQ=60)
GTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGAT < SRR4302540.7857587/94‑1 (MQ=60)
GTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGAT < SRR4302540.3987207/94‑1 (MQ=60)
TTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAA > SRR4302540.4134461/1‑94 (MQ=60)
TATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAAC > SRR4302540.2532985/1‑94 (MQ=60)
TATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAAC < SRR4302540.7292069/94‑1 (MQ=60)
ATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACG > SRR4302540.9643411/1‑94 (MQ=60)
ATGGAAAAGTTGCTTCGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACGGGATAACG < SRR4302540.2942608/94‑1 (MQ=60)
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CGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAG > SRR4302540.2556520/1‑94 (MQ=60)
CGGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAG > SRR4302540.1759004/1‑94 (MQ=60)
GGCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGA > SRR4302540.6534444/1‑94 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAG < SRR4302540.4312913/94‑1 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAG < SRR4302540.4912528/94‑1 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAG < SRR4302540.98534/94‑1 (MQ=60)
CACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGC < SRR4302540.6101088/94‑1 (MQ=60)
ACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCC > SRR4302540.6403532/1‑94 (MQ=60)
ACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCA > SRR4302540.4723921/1‑94 (MQ=60)
ACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCA > SRR4302540.5217982/1‑94 (MQ=60)
ACTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCA > SRR4302540.8383467/1‑94 (MQ=60)
CTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAC > SRR4302540.2224734/1‑94 (MQ=60)
CTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAC < SRR4302540.10032621/94‑1 (MQ=60)
CTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAC < SRR4302540.3745042/94‑1 (MQ=60)
CTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAC < SRR4302540.8275273/94‑1 (MQ=60)
CTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAC < SRR4302540.4958556/94‑1 (MQ=60)
CTATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCAC > SRR4302540.4382779/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGCACACCACTTCCAGAGCACCC > SRR4302540.1293978/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCC < SRR4302540.911293/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCC > SRR4302540.3946950/1‑94 (MQ=60)
GTTTCACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGCTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCG > SRR4302540.386730/1‑94 (MQ=60)
CACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGA < SRR4302540.2425951/94‑1 (MQ=60)
ACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGAGCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAT < SRR4302540.4578561/94‑1 (MQ=60)
ACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATTAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAT < SRR4302540.3359881/94‑1 (MQ=60)
ACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAT < SRR4302540.9360096/94‑1 (MQ=60)
ACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAT < SRR4302540.7475240/94‑1 (MQ=60)
ACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAT > SRR4302540.2733003/1‑94 (MQ=60)
ACGGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAT > SRR4302540.7027923/1‑94 (MQ=60)
GGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGACGATGC > SRR4302540.3915134/1‑94 (MQ=60)
GGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGC < SRR4302540.7800079/94‑1 (MQ=60)
GGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGC < SRR4302540.5999105/94‑1 (MQ=60)
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GGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTC‑GGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGC > NC_000913/1293589‑1293772
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
