Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,692,558 |
A→G |
L513P (CTG→CCG) |
uidA ← |
beta‑D‑glucuronidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,692,558 | 0 | A | G | 99.0%
| 649.0
/ ‑3.4
| 207 | L513P (CTG→CCG) | uidA | beta‑D‑glucuronidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (112/93); total (112/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
ACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACC > NC_000913/1692468‑1692647
|
acgGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGc > 2:9801110/1‑93 (MQ=255)
acgGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGc > 2:511241/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGccc < 2:6242025/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCg > 2:7524643/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCg > 1:201676/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCg > 1:2743274/1‑93 (MQ=255)
cTGACGCGCCCAAAGACGCGGTGATGCATATCCAGCCATGGACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGAACAATGATTGCGGCCCGGCt > 2:4166167/1‑93 (MQ=255)
cTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCt > 1:9219847/1‑93 (MQ=255)
gACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTaa < 1:9801407/93‑1 (MQ=255)
gcgATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGt < 1:5294231/93‑1 (MQ=255)
cgATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTa < 2:4630389/93‑1 (MQ=255)
cgATCAAAGACGCGCTGATACATATCCAGCCATGCCCGCTGATGCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTa < 1:2070833/93‑1 (MQ=255)
gATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTAt > 2:5883337/1‑93 (MQ=255)
gATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTAt > 2:211836/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGGTAACGGATc > 2:8429979/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATc > 2:3266241/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATc > 2:9056059/1‑93 (MQ=255)
cAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCa < 2:5643226/93‑1 (MQ=255)
cAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCa > 2:4095878/1‑93 (MQ=255)
aaaGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCAc > 1:9970484/1‑93 (MQ=255)
aaGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACg > 1:1049867/1‑93 (MQ=255)
aaGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACg > 1:4843770/1‑93 (MQ=255)
gACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGcc < 2:3892103/93‑1 (MQ=255)
gACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGcc > 2:1616683/1‑93 (MQ=255)
gACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGcc > 1:3228571/1‑93 (MQ=255)
gcgGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTa < 2:4004403/93‑1 (MQ=255)
ggTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTAtt > 1:1283224/1‑93 (MQ=255)
ggTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTAtt > 2:289839/1‑93 (MQ=255)
tGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTCTTCg > 1:6228576/1‑93 (MQ=255)
tGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCg < 2:724388/93‑1 (MQ=255)
tGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCg > 1:9475998/1‑93 (MQ=255)
tGATACATATCCAGCCACGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCg > 1:3810471/1‑93 (MQ=255)
gATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCgg < 1:9058897/93‑1 (MQ=255)
aTACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGt < 2:2342102/93‑1 (MQ=255)
tACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtg > 1:5725723/1‑93 (MQ=255)
aCATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtga < 2:8614440/93‑1 (MQ=255)
cATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgat < 2:4860587/93‑1 (MQ=255)
atatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatg > 2:1275673/1‑93 (MQ=255)
tatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatga > 2:4094447/1‑93 (MQ=255)
tatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatga > 1:2403332/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATa < 2:8847788/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATaa > 2:5330063/1‑93 (MQ=255)
cAGCCATGCACACTGATCCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAt < 1:1944/93‑1 (MQ=255)
gCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCg > 2:5949176/1‑93 (MQ=255)
ccATGCACACTGATACTCTTCACTCCTCATGGCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCgg < 1:3568698/93‑1 (MQ=255)
cATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGc > 1:1872916/1‑93 (MQ=255)
cATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGc < 1:2818062/93‑1 (MQ=255)
cATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGc < 2:1473079/93‑1 (MQ=255)
tGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTg > 2:8348909/1‑93 (MQ=255)
tGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTg > 1:3026058/1‑93 (MQ=255)
gCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGa < 2:8142970/93‑1 (MQ=255)
gCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGa < 2:2697830/93‑1 (MQ=255)
cacaCTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGAt < 2:3499759/93‑1 (MQ=255)
acTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCa < 2:5684051/93‑1 (MQ=255)
acTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCa < 1:3631091/93‑1 (MQ=255)
acTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCa < 2:295652/93‑1 (MQ=255)
cTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAg > 1:7793796/1‑93 (MQ=255)
tGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGt > 1:3822844/1‑93 (MQ=255)
tGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGt > 1:6464471/1‑93 (MQ=255)
gATTCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCGGATGCAGtt > 2:9252138/1‑93 (MQ=255)
gATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAggt > 2:775743/1‑91 (MQ=255)
gATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGtt < 2:6563620/93‑1 (MQ=255)
aTACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGttt < 1:6925189/93‑1 (MQ=255)
aTACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGttt < 1:7309552/93‑1 (MQ=255)
tACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtc > 2:4706471/1‑93 (MQ=255)
aCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtct > 1:239058/1‑93 (MQ=255)
ctctTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtctc < 1:5609855/93‑1 (MQ=255)
ctctTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtctc < 1:7431379/93‑1 (MQ=255)
cgctTCACTCCACATGTCGTTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTTGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtctc < 1:1571088/91‑1 (MQ=255)
tctTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTcc < 2:538064/93‑1 (MQ=255)
ctTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCt < 1:1732459/93‑1 (MQ=255)
ttCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTg > 2:2515418/1‑93 (MQ=255)
cACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcc < 1:3955991/93‑1 (MQ=255)
ccTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcca < 1:8373905/92‑1 (MQ=255)
aCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCAGGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcca < 2:4529200/93‑1 (MQ=255)
aCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcca < 1:5024223/93‑1 (MQ=255)
aCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcca > 1:6846608/1‑93 (MQ=255)
cTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccag < 1:6363155/93‑1 (MQ=255)
ccACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggc > 2:6253200/1‑93 (MQ=255)
ccACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggc > 2:2293320/1‑93 (MQ=255)
cacaTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggcc > 2:1528665/1‑93 (MQ=255)
acaTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggcca > 2:5192893/1‑93 (MQ=255)
acaTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggcca < 2:9857507/93‑1 (MQ=255)
caTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggccag > 1:8582864/1‑93 (MQ=255)
aTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGa > 2:4836824/1‑93 (MQ=255)
tGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGaa < 2:9719760/93‑1 (MQ=255)
tCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGt < 2:9833466/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGtt < 2:3624054/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGtt > 2:5521221/1‑93 (MQ=255)
ggTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTc > 1:7632904/1‑93 (MQ=255)
ggTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTc < 2:9608027/93‑1 (MQ=255)
ggTGTACATTGAGTGCGGCCCGAATAACGTATCCACGCCGTCTTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTc < 1:8938720/93‑1 (MQ=255)
gtACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCttt > 1:4117232/1‑93 (MQ=255)
cATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTc > 2:8274170/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCa > 1:376738/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCa < 1:2922409/93‑1 (MQ=255)
ttGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCa < 1:9319929/93‑1 (MQ=255)
ttGAGCGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCa < 1:7042817/93‑1 (MQ=255)
gAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGt < 1:6025153/93‑1 (MQ=255)
tGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGAGGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTAcc < 1:5801247/93‑1 (MQ=255)
|
ACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACC > NC_000913/1692468‑1692647
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTCT > NC_000913/1692465‑1692651
|
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCG < SRR4302540.525834/94‑1 (MQ=60)
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCG < SRR4302540.2539083/94‑1 (MQ=60)
CGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGG < SRR4302540.52415/94‑1 (MQ=60)
GACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGC > SRR4302540.1766276/1‑94 (MQ=60)
ACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCAGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCC < SRR4302540.212912/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCC < SRR4302540.30038/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCC > SRR4302540.6540548/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCG > SRR4302540.2772897/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCG > SRR4302540.203665/1‑94 (MQ=60)
GCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCT > SRR4302540.9803955/1‑94 (MQ=60)
GCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCT > SRR4302540.9330430/1‑94 (MQ=60)
GCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCT > SRR4302540.8494717/1‑94 (MQ=60)
TGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAA > SRR4302540.7006746/1‑94 (MQ=60)
GACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAAC < SRR4302540.9916162/94‑1 (MQ=60)
ACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACG > SRR4302540.4750501/1‑94 (MQ=60)
GCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTA < SRR4302540.5352121/94‑1 (MQ=60)
CGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTAT < SRR4302540.2093105/94‑1 (MQ=60)
CGATCAAAGACGCGCTGATACATATCCAGCCATGCCCGCTGATGCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTAT < SRR4302540.2093106/94‑1 (MQ=60)
CAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCAC > SRR4302540.10086795/1‑94 (MQ=60)
AAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACG > SRR4302540.4895655/1‑94 (MQ=60)
AAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACG > SRR4302540.1060547/1‑94 (MQ=60)
AAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGC > SRR4302540.4967361/1‑94 (MQ=60)
AGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCC > SRR4302540.3263678/1‑94 (MQ=60)
CGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATT > SRR4302540.1296453/1‑94 (MQ=60)
CGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATT > SRR4302540.1296106/1‑94 (MQ=60)
GTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTCTTCG > SRR4302540.6297848/1‑94 (MQ=60)
GTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCG > SRR4302540.9588378/1‑94 (MQ=60)
GTGATACATATCCAGCCACGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCG > SRR4302540.3851968/1‑94 (MQ=60)
GTGATACATATCCAGCCACGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCG > SRR4302540.3851967/1‑94 (MQ=60)
TGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGG < SRR4302540.5923234/94‑1 (MQ=60)
TGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGG > SRR4302540.9986912/1‑94 (MQ=60)
TGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGG < SRR4302540.286795/94‑1 (MQ=60)
GATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGT < SRR4302540.9167655/94‑1 (MQ=60)
ATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTG > SRR4302540.5788768/1‑94 (MQ=60)
TACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGA < SRR4302540.7244690/94‑1 (MQ=60)
CATATCCAGCCATGCACACTGATCCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATG < SRR4302540.8354355/94‑1 (MQ=60)
ATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGA > SRR4302540.2429252/1‑94 (MQ=60)
ATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGA > SRR4302540.2428973/1‑94 (MQ=60)
ATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGA > SRR4302540.3765518/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCATGCAGTCTGATACTATTCCGTCCACATGTCAGTTTAAATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAT < SRR4302540.8976400/94‑1 (MQ=53)
CAGCCATGCACACTGATCCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATC < SRR4302540.1963/94‑1 (MQ=60)
CAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATC < SRR4302540.2103626/94‑1 (MQ=60)
AGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCG > SRR4302540.1955968/1‑94 (MQ=60)
CCATGCACACTGATACTCTTCACTCCTCATGGCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGC < SRR4302540.3607681/94‑1 (MQ=60)
CCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGC > SRR4302540.4931536/1‑94 (MQ=60)
CCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGC > SRR4302540.2640513/1‑94 (MQ=60)
CCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGC > SRR4302540.1893434/1‑94 (MQ=60)
CATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCT < SRR4302540.2848505/94‑1 (MQ=60)
CATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCT < SRR4302540.2848504/94‑1 (MQ=60)
CATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCT < SRR4302540.5598654/94‑1 (MQ=60)
CATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCT > SRR4302540.9186837/1‑94 (MQ=60)
CATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCT > SRR4302540.6974881/1‑94 (MQ=60)
ATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTG > SRR4302540.5769830/1‑94 (MQ=60)
ATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTG > SRR4302540.7064438/1‑94 (MQ=60)
ATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTG > SRR4302540.3059297/1‑94 (MQ=60)
ACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAG < SRR4302540.3670838/94‑1 (MQ=60)
ACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAG < SRR4302540.3670839/94‑1 (MQ=60)
ACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAG > SRR4302540.7884897/1‑94 (MQ=60)
ACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAG > SRR4302540.7884898/1‑94 (MQ=60)
CTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGT > SRR4302540.6536413/1‑94 (MQ=60)
CTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGT > SRR4302540.3864448/1‑94 (MQ=60)
ATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTC > SRR4302540.6272547/1‑94 (MQ=60)
ATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTC < SRR4302540.7391154/94‑1 (MQ=60)
ATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTC < SRR4302540.7002260/94‑1 (MQ=60)
ATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTC > SRR4302540.5827294/1‑94 (MQ=60)
atCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCT < SRR4302540.7417262/92‑1 (MQ=60)
TACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCT > SRR4302540.241376/1‑94 (MQ=60)
ACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTC < SRR4302540.9154719/94‑1 (MQ=60)
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CTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCC < SRR4302540.5671570/94‑1 (MQ=60)
CGCTTCACTCCACATGTCGTTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTTGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCC < SRR4302540.1588304/94‑1 (MQ=60)
TCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCT < SRR4302540.3996132/94‑1 (MQ=60)
CTTCCCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTG < SRR4302540.6301514/94‑1 (MQ=60)
CTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTG < SRR4302540.1751158/94‑1 (MQ=60)
CACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCA < SRR4302540.3998679/94‑1 (MQ=60)
CACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCA > SRR4302540.6922456/1‑94 (MQ=60)
CCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAG < SRR4302540.8471082/94‑1 (MQ=60)
ACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCCG > SRR4302540.290568/1‑94 (MQ=60)
ACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAG < SRR4302540.5078605/94‑1 (MQ=60)
CTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGG < SRR4302540.6434011/94‑1 (MQ=60)
CTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGG > SRR4302540.9585810/1‑94 (MQ=60)
CTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGG < SRR4302540.9486044/94‑1 (MQ=60)
CTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGG < SRR4302540.6434010/94‑1 (MQ=60)
CTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGG < SRR4302540.5118132/94‑1 (MQ=60)
ACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAG > SRR4302540.8682641/1‑94 (MQ=60)
CATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGA < SRR4302540.3603818/94‑1 (MQ=60)
ATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAA > SRR4302540.3653047/1‑94 (MQ=60)
ATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAA > SRR4302540.3829910/1‑94 (MQ=60)
GTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGT < SRR4302540.892733/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTT > SRR4302540.7718769/1‑94 (MQ=60)
CGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTC > SRR4302540.7718770/1‑94 (MQ=60)
GGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCT < SRR4302540.1991224/94‑1 (MQ=60)
GGTGTACATTGAGTGCGGCCCGAATAACGTATCCACGCCGTCTTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCT < SRR4302540.9043508/94‑1 (MQ=60)
GTGTTCATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTTTTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTCCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTT < SRR4302540.1733950/94‑1 (MQ=60)
GTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTT > SRR4302540.7750602/1‑94 (MQ=60)
GTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTT > SRR4302540.4097563/1‑94 (MQ=60)
TGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTT > SRR4302540.4161686/1‑94 (MQ=60)
GTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTT < SRR4302540.1370172/94‑1 (MQ=60)
ACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTC > SRR4302540.9420855/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCA > SRR4302540.380635/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTGCAGCCCGGCTAAAGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCA < SRR4302540.5995669/94‑1 (MQ=60)
TTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAG < SRR4302540.2954436/94‑1 (MQ=60)
TTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAG < SRR4302540.9431133/94‑1 (MQ=60)
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GAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTA < SRR4302540.6092011/94‑1 (MQ=60)
GTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACC < SRR4302540.3131642/94‑1 (MQ=60)
TGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCT > SRR4302540.7990476/1‑94 (MQ=60)
TGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGAGGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCT < SRR4302540.5865349/94‑1 (MQ=60)
GCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTT < SRR4302540.9473207/94‑1 (MQ=60)
GCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTT < SRR4302540.458382/94‑1 (MQ=60)
CGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTC < SRR4302540.7568276/94‑1 (MQ=60)
GGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTCCCTTCT < SRR4302540.292704/94‑1 (MQ=60)
GGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTCT < SRR4302540.5249441/94‑1 (MQ=60)
GGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTCT > SRR4302540.4524220/1‑94 (MQ=60)
GGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTCT > SRR4302540.9007864/1‑94 (MQ=60)
GGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGGTCTTTTTCCAGTACCTTCT > SRR4302540.9007866/1‑94 (MQ=60)
|
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTCT > NC_000913/1692465‑1692651
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
