Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,692,558 |
A→G |
L513P (CTG→CCG) |
uidA ← |
beta‑D‑glucuronidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,692,558 | 0 | A | G | 100.0%
| 657.0
/ NA
| 204 | L513P (CTG→CCG) | uidA | beta‑D‑glucuronidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (97/107); total (97/107) |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
ACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACC > NC_000913/1692468‑1692647
|
acgGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGc > 1:1001750/1‑93 (MQ=255)
acgGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGc > 1:4355078/1‑93 (MQ=255)
acgGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGc < 2:777949/93‑1 (MQ=255)
cgGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGcc < 1:5852397/93‑1 (MQ=255)
ggCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTCATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCGCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGccc < 1:799142/93‑1 (MQ=255)
gACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTaa < 1:4136954/93‑1 (MQ=255)
cgcgATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGGCCGGCTAACg > 1:3036689/1‑93 (MQ=255)
gcgATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGt > 2:5265658/1‑93 (MQ=255)
gcgATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGt > 1:4995081/1‑93 (MQ=255)
gATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTAt > 2:2442679/1‑93 (MQ=255)
gATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTAt > 1:2716621/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATc < 1:4541025/93‑1 (MQ=255)
tCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATcc > 1:6225494/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATcc < 2:295624/93‑1 (MQ=255)
aaaGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCAc < 1:4303579/93‑1 (MQ=255)
aaaGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCAc < 1:2107113/93‑1 (MQ=255)
aaGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACg > 2:4697163/1‑93 (MQ=255)
gcgGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTa < 2:6241154/93‑1 (MQ=255)
gcgGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTa > 1:2050952/1‑93 (MQ=255)
ggTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTAtt < 1:2765104/93‑1 (MQ=255)
ggTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTAtt < 2:1547409/93‑1 (MQ=255)
ggTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGCGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTAtt > 1:3256335/1‑93 (MQ=255)
gTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTc > 1:2828036/1‑93 (MQ=255)
gTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTc < 1:5128570/93‑1 (MQ=255)
aTACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGt < 2:5392123/93‑1 (MQ=255)
aTACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGt < 1:183324/93‑1 (MQ=255)
aTACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCATATTCGGt < 2:6160436/93‑1 (MQ=255)
aCATATCCAGCCATGCACACTGGTCCGCTTCACTCCACATCGCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtga < 1:4100828/93‑1 (MQ=255)
aCATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtga < 1:966388/93‑1 (MQ=255)
cATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgat > 2:659641/1‑93 (MQ=255)
atatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatg < 2:3209311/93‑1 (MQ=255)
atatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatg < 1:2502325/93‑1 (MQ=255)
tctCCAGCCATGCACACTGATCCTCTTCACTCCACATGTCGGTTTACATTGAGTGCGCCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatga < 2:4508179/91‑1 (MQ=255)
tatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatga < 1:2015065/93‑1 (MQ=255)
tatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatga > 2:4865019/1‑93 (MQ=255)
tatCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGtgatga > 2:2121251/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATa < 2:2596895/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATaa > 1:720545/1‑93 (MQ=255)
cAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAt > 1:1289302/1‑93 (MQ=255)
cAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAt < 2:6040881/93‑1 (MQ=255)
cAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAt > 1:3349309/1‑93 (MQ=255)
cAGCCATGAACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAt < 1:3493338/93‑1 (MQ=255)
gCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCg < 1:3733292/93‑1 (MQ=255)
ccATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCgg < 1:3103890/93‑1 (MQ=255)
aTGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCt < 2:694669/93‑1 (MQ=255)
tGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTCACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTg > 1:4824106/1‑93 (MQ=255)
tGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTg > 2:4036892/1‑93 (MQ=255)
tGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTg > 2:2730017/1‑93 (MQ=255)
tGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTg > 2:6179717/1‑93 (MQ=255)
tGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTg > 1:2091055/1‑93 (MQ=255)
gCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGa < 1:3589079/93‑1 (MQ=255)
gCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGa < 1:2654388/93‑1 (MQ=255)
cacaCTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGAt > 2:4418148/1‑93 (MQ=255)
acacTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATg < 1:4479876/93‑1 (MQ=255)
cacTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGc > 2:307449/1‑93 (MQ=255)
acTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCa < 2:2891071/93‑1 (MQ=255)
cTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAg < 1:1607349/93‑1 (MQ=255)
tGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGt < 2:1407649/93‑1 (MQ=255)
gATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGtt < 2:357765/93‑1 (MQ=255)
aCTTTTCCCTCCCCATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtct < 1:472526/93‑1 (MQ=255)
aCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtct > 2:3749569/1‑93 (MQ=255)
aCTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtct < 1:2328157/93‑1 (MQ=255)
ctctTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtctc > 2:2994090/1‑93 (MQ=255)
ctctTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTtctc > 2:5041652/1‑93 (MQ=255)
cACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcc < 2:1948508/93‑1 (MQ=255)
cACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcc > 2:1873533/1‑93 (MQ=255)
cACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcc > 2:3357271/1‑93 (MQ=255)
cACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcc > 1:6292718/1‑93 (MQ=255)
aCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgcca < 2:3289212/93‑1 (MQ=255)
cTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccag < 2:1586263/93‑1 (MQ=255)
cTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccag < 2:3992475/93‑1 (MQ=255)
cTCCACAGGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccag < 2:4727537/93‑1 (MQ=255)
ccACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggc > 1:1274287/1‑93 (MQ=255)
ccACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggc < 1:93847/93‑1 (MQ=255)
ccACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggc > 1:2910340/1‑93 (MQ=255)
cacaTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggcc < 2:963401/93‑1 (MQ=255)
cacaTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggcc < 1:1048836/93‑1 (MQ=255)
caTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggccag > 1:1416915/1‑93 (MQ=255)
caTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggccag > 1:3188454/1‑93 (MQ=255)
aaTGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTgccaggccag > 1:5478946/2‑93 (MQ=255)
tGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGaa > 2:1589361/1‑93 (MQ=255)
tGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGaa < 2:1681190/93‑1 (MQ=255)
agTCGGGGTACACTGCGTGCGGCCCGGCAAACGTATCCACGCCGTATTTGGTGATGATAATCGGGTGAAGGAGTTTCTACTGACAGGCCAGaa < 2:4169479/92‑1 (MQ=255)
cGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGtt < 1:2233906/93‑1 (MQ=255)
ggTGTACATTGGGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTc < 2:1562097/93‑1 (MQ=255)
gtgtACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCt < 2:3820776/93‑1 (MQ=255)
gtgtACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCt < 1:5276550/93‑1 (MQ=255)
gtgtACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCt > 1:4880608/1‑93 (MQ=255)
tgtACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCtt < 2:4249201/93‑1 (MQ=255)
cATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTc < 2:5469705/93‑1 (MQ=255)
aTTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTcc > 2:5185274/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTcc > 1:4324440/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCa < 1:1329379/93‑1 (MQ=255)
ttGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCa < 2:2664686/93‑1 (MQ=255)
ttGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCa > 1:3913418/1‑93 (MQ=255)
tGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAg > 2:128982/1‑93 (MQ=255)
tGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAg > 2:148917/1‑93 (MQ=255)
gAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGt > 2:3849626/1‑93 (MQ=255)
gTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTAc > 2:5538800/1‑93 (MQ=255)
tGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTAcc < 2:5694513/93‑1 (MQ=255)
|
ACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACC > NC_000913/1692468‑1692647
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTC > NC_000913/1692465‑1692650
|
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCG < SRR4302533.2669256/94‑1 (MQ=60)
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCG < SRR4302533.5662149/94‑1 (MQ=60)
CGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGG > SRR4302533.5865203/1‑94 (MQ=60)
CGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGG > SRR4302533.4039350/1‑94 (MQ=60)
GACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGC > SRR4302533.1007600/1‑94 (MQ=60)
GACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGC > SRR4302533.4381366/1‑94 (MQ=60)
ACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCC < SRR4302533.6295872/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCC > SRR4302533.3712787/1‑94 (MQ=60)
CGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCC < SRR4302533.5887779/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCG > SRR4302533.4555823/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTCATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCGCTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCG < SRR4302533.803845/94‑1 (MQ=60)
GCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCT < SRR4302533.1572015/94‑1 (MQ=60)
CTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTA < SRR4302533.2613852/94‑1 (MQ=60)
TGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAA > SRR4302533.1013910/1‑94 (MQ=60)
TGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAA > SRR4302533.3534708/1‑94 (MQ=60)
TGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAA > SRR4302533.1385844/1‑94 (MQ=60)
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GACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAAC < SRR4302533.4162058/94‑1 (MQ=60)
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ACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTCCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACG < SRR4302533.4345063/94‑1 (MQ=60)
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CGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTAT > SRR4302533.3862112/1‑94 (MQ=60)
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ATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCC < SRR4302533.4568519/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCC > SRR4302533.6262793/1‑94 (MQ=60)
TCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCA > SRR4302533.270899/1‑94 (MQ=60)
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AAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACG < SRR4302533.2120107/94‑1 (MQ=60)
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ATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTG < SRR4302533.185346/94‑1 (MQ=60)
ATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTG < SRR4302533.184462/94‑1 (MQ=60)
ACATATCCAGCCATGCACACTGGTCCGCTTCACTCCACATCGCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGAT < SRR4302533.4125784/94‑1 (MQ=60)
ACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGAT < SRR4302533.972058/94‑1 (MQ=60)
ATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGA > SRR4302533.2047480/1‑94 (MQ=60)
ATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGA < SRR4302533.2517758/94‑1 (MQ=60)
gatcaaaccaggcacgCTGATACTCTTCACTACAAGTGTCGGTGTCCAGGGAGTGCGGCCCGGCGAACGTATCAACGCCGTATTCGGTGATGAT < SRR4302533.106181/78‑1 (MQ=24)
TATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGAT < SRR4302533.2027477/94‑1 (MQ=60)
ATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATA > SRR4302533.5115293/1‑94 (MQ=60)
TCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAA < SRR4302533.728583/94‑1 (MQ=60)
TCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAA > SRR4302533.724794/1‑94 (MQ=60)
TCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAA > SRR4302533.1288821/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAT > SRR4302533.1297064/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAAT > SRR4302533.3370002/1‑94 (MQ=60)
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CAGCCATGAACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATC < SRR4302533.3514882/94‑1 (MQ=60)
AGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCG < SRR4302533.3040572/94‑1 (MQ=60)
AGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCG < SRR4302533.2323470/94‑1 (MQ=60)
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ATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTCACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTG > SRR4302533.4853328/1‑94 (MQ=60)
ATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTG > SRR4302533.2103934/1‑94 (MQ=60)
TGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGA > SRR4302533.3368819/1‑94 (MQ=60)
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TGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTT > SRR4302533.4033096/1‑94 (MQ=60)
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CACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCA > SRR4302533.1896123/1‑94 (MQ=60)
TCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGC > SRR4302533.1281946/1‑94 (MQ=60)
TCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGC > SRR4302533.2928206/1‑94 (MQ=60)
CCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCC < SRR4302533.94439/94‑1 (MQ=60)
CACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCA < SRR4302533.1055003/94‑1 (MQ=60)
ACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAG < SRR4302533.3119608/94‑1 (MQ=60)
ACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAG > SRR4302533.3208069/1‑94 (MQ=60)
ACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAG < SRR4302533.5800107/94‑1 (MQ=60)
ACATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAG > SRR4302533.1425487/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAG > SRR4302533.5511976/1‑94 (MQ=60)
CATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGAAGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGA < SRR4302533.4139893/94‑1 (MQ=60)
ATGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAA < SRR4302533.315138/94‑1 (MQ=60)
TGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAG < SRR4302533.4599046/94‑1 (MQ=60)
TGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAG > SRR4302533.3194450/1‑94 (MQ=60)
TGTCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAG < SRR4302533.2394009/94‑1 (MQ=60)
TCGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTT > SRR4302533.4660400/1‑94 (MQ=60)
CGGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTC < SRR4302533.2247689/94‑1 (MQ=60)
GGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCT > SRR4302533.5341401/1‑94 (MQ=60)
GGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCT > SRR4302533.2127491/1‑94 (MQ=60)
GGTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCT > SRR4302533.4910174/1‑94 (MQ=60)
GTGTACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTT < SRR4302533.5308183/94‑1 (MQ=60)
TACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTT > SRR4302533.6131101/1‑94 (MQ=60)
TACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTT < SRR4302533.2111480/94‑1 (MQ=60)
ACATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTC > SRR4302533.2854714/1‑94 (MQ=60)
CATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCC > SRR4302533.2770677/1‑94 (MQ=60)
CATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCC > SRR4302533.4350482/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCA < SRR4302533.4983981/94‑1 (MQ=60)
ATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCA > SRR4302533.3937317/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCA > SRR4302533.2614281/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCA > SRR4302533.4015326/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCA > SRR4302533.4432158/1‑94 (MQ=60)
TTGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAG < SRR4302533.1337355/94‑1 (MQ=60)
TGGAGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAG < SRR4302533.1662648/94‑1 (MQ=60)
AGTGCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTAC > SRR4302533.56457/1‑94 (MQ=60)
GCGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTT < SRR4302533.4117234/94‑1 (MQ=60)
CGGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTC < SRR4302533.2802348/94‑1 (MQ=60)
|
ACGACGGCGCTGACGCGATCAAAGACGCGGTGATACATATCCAGCCATGCACACTGATACTCTTCACTCCACATGTCGGTGTACATTGAGTGCAGCCCGGCTAACGTATCCACGCCGTATTCGGTGATGATAATCGGCTGATGCAGTTTCTCCTGCCAGGCCAGAAGTTCTTTTTCCAGTACCTTC > NC_000913/1692465‑1692650
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
