Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,673,594 |
T→C |
Y74C (TAC→TGC) |
yphC ← |
putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,673,594 | 0 | T | C | 99.2%
| 762.2
/ ‑4.8
| 238 | Y74C (TAC→TGC) | yphC | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (119/117); total (120/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
AGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATT > NC_000913/2673504‑2673683
|
gCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGcata < 1:5418810/93‑1 (MQ=255)
ccgcgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAAc < 2:5321685/92‑1 (MQ=255)
cgcgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACg > 2:9505628/1‑93 (MQ=255)
cgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGt > 2:5691867/1‑93 (MQ=255)
cgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGt < 2:8433823/93‑1 (MQ=255)
ggTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGtt < 2:3493062/93‑1 (MQ=255)
gTCGCCCTCTTTAAAATGGCTGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGttt > 1:4175379/1‑93 (MQ=255)
gTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGttt > 2:8735913/1‑93 (MQ=255)
tCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTa > 1:9969537/1‑93 (MQ=255)
ccccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATc < 1:6895981/92‑1 (MQ=255)
cccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCg > 1:4396789/1‑93 (MQ=255)
cccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCg > 1:2165918/1‑93 (MQ=255)
cccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCg < 1:398572/93‑1 (MQ=255)
ccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCgg < 2:7533228/93‑1 (MQ=255)
ctctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCggg < 2:4751807/93‑1 (MQ=255)
tctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGt > 2:2131447/1‑93 (MQ=255)
ctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTg > 2:7955536/1‑93 (MQ=255)
ctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTg > 2:4023702/1‑93 (MQ=255)
ctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTg > 2:2869099/1‑93 (MQ=255)
tttAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTgc > 1:1732516/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCcgccgc > 1:5065972/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCcgccgc > 2:3145517/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGTCGCCGCt > 2:9028657/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCt < 2:7117754/93‑1 (MQ=255)
ggcggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCtg < 1:2207346/93‑1 (MQ=255)
ggcggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCtg < 2:5983382/93‑1 (MQ=255)
gcggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCtgt < 1:7362897/93‑1 (MQ=255)
gcggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCtgt > 2:814299/1‑93 (MQ=255)
gcggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCtgt < 1:1548679/93‑1 (MQ=255)
ggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTgg < 2:6569061/93‑1 (MQ=255)
gcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCCGGCGCCGGCGCTGGGGc > 2:8251292/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCa > 1:9736986/1‑93 (MQ=255)
aGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCAc > 2:1621079/1‑93 (MQ=255)
aGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCAc < 1:3598583/93‑1 (MQ=255)
aGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCAc < 2:9304105/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACg > 2:2802044/1‑93 (MQ=255)
ccgtGCCCCATCCCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACgg < 2:7872009/90‑1 (MQ=255)
ttGCCCCATCGCCACAATCTGCTCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGgtg > 2:1472109/1‑93 (MQ=255)
gCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGtt > 1:9094769/1‑93 (MQ=255)
cccATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtga < 2:1858934/93‑1 (MQ=255)
ccATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgat > 1:8400347/1‑93 (MQ=255)
ccATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgat > 1:894373/1‑93 (MQ=255)
cATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatg < 1:4770997/93‑1 (MQ=255)
cATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatg < 2:6623434/93‑1 (MQ=255)
cATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatg < 1:9332583/93‑1 (MQ=255)
cATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatg > 1:5936876/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatga > 2:6055078/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatga > 1:10042799/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatga < 1:5394127/93‑1 (MQ=255)
tCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTgatgat > 2:5887652/1‑93 (MQ=255)
cGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgata < 1:9280181/93‑1 (MQ=255)
cGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgata < 2:7357043/93‑1 (MQ=255)
gCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag > 1:5499400/1‑93 (MQ=255)
gCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag < 2:6185869/93‑1 (MQ=255)
ccACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgataga > 1:3106274/1‑93 (MQ=255)
cacaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatagat > 1:1704801/1‑93 (MQ=255)
cacaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatagat > 1:7426046/1‑93 (MQ=255)
cacaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGCGGCACGGTGTTGATgatagat < 2:9886438/93‑1 (MQ=255)
acaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatagata > 1:5886779/1‑93 (MQ=255)
caATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGatat < 1:2382306/93‑1 (MQ=255)
caATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGatat > 1:4921011/1‑93 (MQ=255)
aaTCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTTGCACGGTGTTGATGATAGAtata > 2:5582705/1‑93 (MQ=255)
aaTCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGAtata < 2:7003691/93‑1 (MQ=255)
aaTCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGAtata > 1:5653952/1‑93 (MQ=255)
aTCTGGCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAg < 1:2465268/93‑1 (MQ=255)
aTCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAg < 2:3327200/93‑1 (MQ=255)
ccGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACa < 1:9810556/93‑1 (MQ=255)
gCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATc > 1:7589849/1‑93 (MQ=255)
gCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATc > 1:8228797/1‑93 (MQ=255)
ggTGCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCtt < 2:7182202/93‑1 (MQ=255)
gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc > 1:260733/1‑93 (MQ=255)
gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc < 2:2698281/93‑1 (MQ=255)
gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc < 2:5801234/93‑1 (MQ=255)
cATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGc > 1:7013202/1‑93 (MQ=255)
tGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaa > 1:6540657/1‑93 (MQ=255)
tGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaa > 2:2256456/1‑93 (MQ=255)
tGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaa > 1:7165174/1‑93 (MQ=255)
ccGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATc < 2:2629757/93‑1 (MQ=255)
cGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATcc < 1:7276184/93‑1 (MQ=255)
cGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATcc > 2:508254/1‑93 (MQ=255)
ttGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCCAATCCCg > 2:501891/1‑93 (MQ=255)
ttGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCg < 2:3428638/93‑1 (MQ=255)
ttGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCg < 1:8694298/93‑1 (MQ=255)
ttGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCg < 2:9751095/93‑1 (MQ=255)
tGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgg < 2:3627428/93‑1 (MQ=255)
gATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgga < 2:3771308/93‑1 (MQ=255)
tAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagg > 1:9628476/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagga < 1:761094/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagga > 1:3658171/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagga > 2:4390923/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagga < 1:6420128/93‑1 (MQ=255)
aaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAt > 1:646/1‑93 (MQ=255)
aaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAt > 1:2091795/1‑93 (MQ=255)
aGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAtt > 1:6611354/1‑93 (MQ=255)
cccTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTc > 2:726570/1‑93 (MQ=255)
ccTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCa > 2:6873409/1‑93 (MQ=255)
cTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAt > 1:1175436/1‑93 (MQ=255)
cTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAt > 1:3171754/1‑93 (MQ=255)
cTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAt > 2:4574958/1‑93 (MQ=255)
tGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAtt < 1:7865838/93‑1 (MQ=255)
|
AGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATT > NC_000913/2673504‑2673683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGA > NC_000913/2673501‑2673687
|
ACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGC > SRR4302540.3641102/1‑94 (MQ=60)
CCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCA > SRR4302540.3542178/1‑94 (MQ=60)
CCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCA > SRR4302540.2536324/1‑94 (MQ=60)
CAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCAT > SRR4302540.7444220/1‑94 (MQ=60)
GCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAA < SRR4302540.5478390/94‑1 (MQ=60)
CACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAAC < SRR4302540.9473301/94‑1 (MQ=60)
CGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGG < SRR4302540.2484537/94‑1 (MQ=60)
GGTCGCCCTCTTTAAAATGGCTGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTT > SRR4302540.4220695/1‑94 (MQ=60)
GGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTT > SRR4302540.7122161/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTA > SRR4302540.10085839/1‑94 (MQ=60)
TCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTAT < SRR4302540.5008965/94‑1 (MQ=60)
CGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATC > SRR4302540.4343154/1‑94 (MQ=60)
CGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATC < SRR4302540.2410819/94‑1 (MQ=60)
GCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCG > SRR4302540.2189248/1‑94 (MQ=60)
GCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCG > SRR4302540.4444487/1‑94 (MQ=60)
GCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCG > SRR4302540.5197750/1‑94 (MQ=60)
CCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCG < SRR4302540.6972516/94‑1 (MQ=60)
CCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGG < SRR4302540.402707/94‑1 (MQ=60)
CCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGG < SRR4302540.9403146/94‑1 (MQ=60)
CCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGAG > SRR4302540.4642179/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGT < SRR4302540.3530968/94‑1 (MQ=60)
CTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGT < SRR4302540.4070887/94‑1 (MQ=60)
CTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGT > SRR4302540.2183729/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGG > SRR4302540.7260922/1‑94 (MQ=60)
CTCTGTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGT < SRR4302540.1113124/94‑1 (MQ=60)
CTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGC > SRR4302540.1751216/1‑94 (MQ=60)
CTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGC > SRR4302540.667367/1‑94 (MQ=60)
AATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGC > SRR4302540.5120746/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGGCAGCCTTGCCCGATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCT < SRR4302540.5547435/94‑1 (MQ=60)
GGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGT < SRR4302540.2231189/94‑1 (MQ=60)
GGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGT < SRR4302540.2231188/94‑1 (MQ=60)
GCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTG < SRR4302540.7444997/94‑1 (MQ=60)
GCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTG < SRR4302540.2213278/94‑1 (MQ=60)
GCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTG < SRR4302540.1565757/94‑1 (MQ=60)
CGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGG < SRR4302540.9384701/94‑1 (MQ=60)
GGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGC > SRR4302540.221640/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCA > SRR4302540.9851302/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCA < SRR4302540.7222322/94‑1 (MQ=60)
CAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCAC < SRR4302540.9859033/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACG < SRR4302540.3637899/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACG > SRR4302540.8438226/1‑94 (MQ=60)
CTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTG > SRR4302540.3502129/1‑94 (MQ=60)
TGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTT < SRR4302540.9879357/94‑1 (MQ=60)
TGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTT > SRR4302540.9204036/1‑94 (MQ=60)
CCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGAT > SRR4302540.903879/1‑94 (MQ=60)
CCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGAT < SRR4302540.2634762/94‑1 (MQ=60)
CCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGAT > SRR4302540.8497837/1‑94 (MQ=60)
CCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATG > SRR4302540.6552330/1‑94 (MQ=60)
CCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATG > SRR4302540.6002505/1‑94 (MQ=60)
CCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATG > SRR4302540.6002504/1‑94 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGT > SRR4302540.7844863/1‑94 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGA < SRR4302540.9443857/94‑1 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGA < SRR4302540.7530260/94‑1 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGA > SRR4302540.10159559/1‑94 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGA < SRR4302540.4821962/94‑1 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGA > SRR4302540.6585416/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGAT < SRR4302540.8478235/94‑1 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGAT < SRR4302540.5453437/94‑1 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATC‑GGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATA > SRR4302540.7830156/1‑94 (MQ=60)
TCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATA < SRR4302540.7079565/94‑1 (MQ=60)
CGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAG < SRR4302540.9391107/94‑1 (MQ=60)
CGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAG < SRR4302540.7359664/94‑1 (MQ=60)
CGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAG > SRR4302540.5559952/1‑94 (MQ=60)
GCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGA > SRR4302540.3140276/1‑94 (MQ=60)
CCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGAT > SRR4302540.7508771/1‑94 (MQ=60)
CCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGAT > SRR4302540.1723236/1‑94 (MQ=60)
CACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATA > SRR4302540.5951811/1‑94 (MQ=60)
CACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATA > SRR4302540.314987/1‑94 (MQ=60)
ACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATAT > SRR4302540.4974030/1‑94 (MQ=60)
ACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATAT < SRR4302540.3671927/94‑1 (MQ=60)
CAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACTGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATA < SRR4302540.9084759/94‑1 (MQ=60)
CAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATA > SRR4302540.5716199/1‑94 (MQ=60)
CAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATA < SRR4302540.2407974/94‑1 (MQ=60)
AATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAG < SRR4302540.5771531/94‑1 (MQ=60)
ATCTGGCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGT < SRR4302540.2491801/94‑1 (MQ=60)
ATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGT > SRR4302540.7451265/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGT > SRR4302540.3800886/1‑94 (MQ=60)
CTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGG < SRR4302540.5871749/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGG > SRR4302540.8904368/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACA < SRR4302540.9721259/94‑1 (MQ=60)
CCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACAT < SRR4302540.9925371/94‑1 (MQ=60)
CGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATC > SRR4302540.7675097/1‑94 (MQ=60)
CGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATC > SRR4302540.8324449/1‑94 (MQ=60)
CGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATC < SRR4302540.877539/94‑1 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG < SRR4302540.203862/94‑1 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGGGGCACGGGGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG > SRR4302540.8940165/1‑94 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTGGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG < SRR4302540.5682275/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTCATGGCCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCT < SRR4302540.4251334/94‑1 (MQ=60)
GGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTC > SRR4302540.263278/1‑94 (MQ=60)
GTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCC < SRR4302540.9793136/94‑1 (MQ=60)
GTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGGGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCC > SRR4302540.7545097/1‑94 (MQ=60)
TTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCG > SRR4302540.2987435/1‑94 (MQ=60)
GTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCAATCCGGTTTATCGAGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATTATAGATATAGTGGACATCGCTTCCG < SRR4302540.1593566/94‑1 (MQ=60)
TCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGC > SRR4302540.547397/1‑94 (MQ=60)
TCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGC > SRR4302540.7091065/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAA > SRR4302540.7245054/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAA > SRR4302540.6613238/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAA > SRR4302540.17968/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAA > SRR4302540.6294455/1‑94 (MQ=60)
TGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAA > SRR4302540.4951458/1‑94 (MQ=60)
GACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAAT < SRR4302540.4841431/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATC > SRR4302540.2806409/1‑94 (MQ=60)
CCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCC > SRR4302540.6015875/1‑94 (MQ=60)
CGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCC < SRR4302540.7357370/94‑1 (MQ=60)
tggagAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATGGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGG < SRR4302540.499188/89‑1 (MQ=60)
TTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGG < SRR4302540.8795230/94‑1 (MQ=60)
TGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCAC‑GTGATGGTGATAGATATAATGGACATCGCTTCCGCCAATCCCGGAG > SRR4302540.1569253/1‑94 (MQ=60)
ATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGG < SRR4302540.8111977/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGG > SRR4302540.928833/1‑94 (MQ=60)
ATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGG > SRR4302540.9741940/1‑94 (MQ=60)
TAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGA > SRR4302540.3698226/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAT < SRR4302540.6491585/94‑1 (MQ=60)
AAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAT < SRR4302540.769192/94‑1 (MQ=60)
AAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAT < SRR4302540.6491584/94‑1 (MQ=60)
AAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAT > SRR4302540.2114257/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAT > SRR4302540.652/1‑94 (MQ=60)
AAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATT > SRR4302540.5138489/1‑94 (MQ=60)
AAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATT > SRR4302540.6684560/1‑94 (MQ=60)
AAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGATGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATT > SRR4302540.6684820/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTGGCATCACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGGAAATCCCGGAGGATTT < SRR4302540.1433053/94‑1 (MQ=60)
GCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTC < SRR4302540.1731303/94‑1 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATggtggccttggtttcgcaaattccgggggtttttatt > SRR4302540.7677110/1‑57 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAT < SRR4302540.9951837/94‑1 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAT > SRR4302540.5548530/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAT < SRR4302540.3990638/94‑1 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAT > SRR4302540.3206236/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAT > SRR4302540.1187585/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGAGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTCCCACAAATCCCGGAGGTTTTAAT > SRR4302540.3206235/1‑94 (MQ=60)
TGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTT < SRR4302540.7957732/94‑1 (MQ=60)
TGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTT < SRR4302540.6746827/94‑1 (MQ=60)
TGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTT > SRR4302540.2879721/1‑94 (MQ=60)
GGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTT < SRR4302540.3976436/94‑1 (MQ=60)
GCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTG < SRR4302540.5624149/94‑1 (MQ=60)
CATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGA > SRR4302540.3222623/1‑94 (MQ=60)
|
ACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGA > NC_000913/2673501‑2673687
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
