Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,673,594 |
T→C |
Y74C (TAC→TGC) |
yphC ← |
putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,673,594 | 0 | T | C | 100.0%
| 683.3
/ NA
| 208 | Y74C (TAC→TGC) | yphC | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (98/110); total (98/110) |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATT > NC_000913/2673504‑2673683
|
aGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGcat > 1:5940525/1‑93 (MQ=255)
aGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGcat > 1:4035276/1‑93 (MQ=255)
cACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATaa < 1:5636259/93‑1 (MQ=255)
cagcgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAAc < 2:5855659/91‑1 (MQ=255)
cgcgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACg < 1:1766307/93‑1 (MQ=255)
gcgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACgg < 2:3830560/93‑1 (MQ=255)
gcgGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACgg > 2:257956/1‑93 (MQ=255)
gTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGttt < 1:122344/93‑1 (MQ=255)
tCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTa < 1:305733/93‑1 (MQ=255)
cGCTCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTAt < 1:5730312/93‑1 (MQ=255)
cccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCg < 2:3819686/93‑1 (MQ=255)
ccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCgg > 2:5170425/1‑93 (MQ=255)
ctctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCggg > 1:4201139/1‑93 (MQ=255)
tctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGt < 2:4309053/93‑1 (MQ=255)
ctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTg < 1:2173244/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTgccgcc < 2:5097784/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTgccgcc > 2:792314/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCcgccgc < 1:757268/93‑1 (MQ=255)
cggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCtgtg < 2:5962362/93‑1 (MQ=255)
gcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGc > 1:1728706/1‑93 (MQ=255)
aGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCAc < 1:423926/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACg < 2:4621638/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACg < 2:5503839/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCCGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACg > 1:45311/1‑93 (MQ=255)
ttGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGgtg > 2:6145006/1‑93 (MQ=255)
ccccATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtg > 1:4578972/1‑93 (MQ=255)
cccATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtga > 1:5184899/1‑93 (MQ=255)
ccATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgat > 2:5739202/1‑93 (MQ=255)
cATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatg < 1:5608311/93‑1 (MQ=255)
cATCGCCACAATCGGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCTTAACGGTTGATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatg < 2:640088/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatga < 2:3694098/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatga > 2:4577912/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTtgatga < 1:1949931/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGGTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGGtgatga > 1:1901708/1‑93 (MQ=255)
tCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTgatgat > 1:4612737/1‑93 (MQ=255)
tCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTgatgat > 2:4846316/1‑93 (MQ=255)
tCGCCACAATCTGCCCGCACGGCTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGCTTATCGCGTGCCGCCGCTGTGGCACGGCGTTgatgat > 1:895244/1‑93 (MQ=255)
cGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgata < 1:689463/93‑1 (MQ=255)
gCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag < 1:1269909/93‑1 (MQ=255)
gCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatag < 2:3163424/93‑1 (MQ=255)
ccACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgataga < 2:4738388/93‑1 (MQ=255)
cacaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatagat > 2:3173724/1‑93 (MQ=255)
acaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatagata > 2:5038918/1‑93 (MQ=255)
acaATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATgatagata < 2:4779960/93‑1 (MQ=255)
caATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGatat < 2:754188/93‑1 (MQ=255)
aaTCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGAtata < 2:3441993/93‑1 (MQ=255)
tCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGt < 2:3419101/93‑1 (MQ=255)
tCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGt < 2:5401522/93‑1 (MQ=255)
cTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTg < 1:1055214/93‑1 (MQ=255)
tGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTgg > 2:1324205/1‑93 (MQ=255)
tGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTgg < 1:3570169/93‑1 (MQ=255)
gCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGa < 2:1754847/93‑1 (MQ=255)
cccGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGAc < 1:3462011/93‑1 (MQ=255)
ccGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACa < 2:33373/93‑1 (MQ=255)
ccGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACa < 2:3881972/93‑1 (MQ=255)
gCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATc < 1:5489701/93‑1 (MQ=255)
gCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATc < 1:2742584/93‑1 (MQ=255)
gCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATc < 1:5094400/93‑1 (MQ=255)
cACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCg > 1:4942835/1‑93 (MQ=255)
aCGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGc < 1:2614747/93‑1 (MQ=255)
aCGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGGGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGc > 1:6034008/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCt > 2:2651024/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCt > 1:1283560/1‑93 (MQ=255)
ggTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCtt > 2:4142444/1‑93 (MQ=255)
gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc < 2:1991414/93‑1 (MQ=255)
gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc < 2:2232062/93‑1 (MQ=255)
gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc < 1:3300603/93‑1 (MQ=255)
gTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTc < 1:5271317/93‑1 (MQ=255)
ttCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTcc > 2:1229364/1‑93 (MQ=255)
ttCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTcc < 2:1612782/93‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaaa > 2:4987206/1‑93 (MQ=255)
gACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaaa < 1:5237894/93‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaaa < 1:1982315/93‑1 (MQ=255)
gACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaaa > 1:5449239/1‑93 (MQ=255)
ccGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATc > 2:4461808/1‑93 (MQ=255)
cGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATcc < 1:2223582/93‑1 (MQ=255)
ttGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCg < 1:5856181/93‑1 (MQ=255)
gATAAAGCCCTGGCATAGCGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgga < 2:4505078/93‑1 (MQ=255)
gATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgga > 1:4633655/1‑93 (MQ=255)
gATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgga < 2:5571517/93‑1 (MQ=255)
gATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgga < 2:3729944/93‑1 (MQ=255)
gATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgga > 2:3553319/1‑93 (MQ=255)
aTAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggag < 2:5663518/93‑1 (MQ=255)
aTAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggag < 1:2875393/93‑1 (MQ=255)
aTAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggag < 2:2726754/93‑1 (MQ=255)
tAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagg > 1:4859509/1‑93 (MQ=255)
tAAAGCCCGGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagg < 2:3148469/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagga < 1:2362165/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagga < 2:2118648/93‑1 (MQ=255)
aaGCTCTGGCATAACGGTTGATCGCGTGCCGCCGCTGTGTCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAt < 2:5798513/93‑1 (MQ=255)
aaGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAt < 1:3305817/93‑1 (MQ=255)
gCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAttt < 1:6109899/93‑1 (MQ=255)
ccTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCa > 2:1293536/1‑93 (MQ=255)
ccTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCa < 2:137382/93‑1 (MQ=255)
ccTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCa < 1:138656/93‑1 (MQ=255)
ccTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCa > 1:1182211/1‑93 (MQ=255)
cTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAt < 1:4172192/93‑1 (MQ=255)
cTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAt > 1:2123539/1‑93 (MQ=255)
cTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAt > 2:2958259/1‑93 (MQ=255)
cTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGGGTTGATGATAGATATAGTGGACATTGCTTCCGCAACTCCCGGAGGTTTTCAt > 1:3446126/1‑93 (MQ=255)
|
AGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATT > NC_000913/2673504‑2673683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGA > NC_000913/2673501‑2673687
|
ACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGC > SRR4302533.2604045/1‑94 (MQ=60)
ACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGC < SRR4302533.5801521/94‑1 (MQ=60)
CAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCAT > SRR4302533.4059840/1‑94 (MQ=60)
CAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCAT < SRR4302533.2471121/94‑1 (MQ=60)
CAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCAT > SRR4302533.5976448/1‑94 (MQ=60)
CACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAAC < SRR4302533.5670342/94‑1 (MQ=60)
ACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACG < SRR4302533.4830679/94‑1 (MQ=60)
CGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGG < SRR4302533.1777061/94‑1 (MQ=60)
GGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTT > SRR4302533.6144070/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTA < SRR4302533.123114/94‑1 (MQ=60)
TCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTAT < SRR4302533.307602/94‑1 (MQ=60)
TCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTAT < SRR4302533.1958845/94‑1 (MQ=60)
CGCTCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATC < SRR4302533.5764913/94‑1 (MQ=60)
GCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCG < SRR4302533.1239430/94‑1 (MQ=60)
GCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCG > SRR4302533.5195413/1‑94 (MQ=60)
CCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGG > SRR4302533.4209262/1‑94 (MQ=60)
CCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGG < SRR4302533.5072489/94‑1 (MQ=60)
CCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGG < SRR4302533.1768027/94‑1 (MQ=60)
CCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGG > SRR4302533.4226559/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGT < SRR4302533.1775512/94‑1 (MQ=60)
CTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGT > SRR4302533.1388163/1‑94 (MQ=60)
TCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTG > SRR4302533.6062645/1‑94 (MQ=60)
CTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGC > SRR4302533.4174565/1‑94 (MQ=60)
CTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGC < SRR4302533.2186634/94‑1 (MQ=60)
AAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTTCCGCCG < SRR4302533.2889932/94‑1 (MQ=60)
AAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCG < SRR4302533.5869391/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCT < SRR4302533.761724/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCT < SRR4302533.2263739/94‑1 (MQ=60)
CGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGG > SRR4302533.2664764/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGC > SRR4302533.1739191/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGC > SRR4302533.547313/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACG < SRR4302533.426461/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCCGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACG > SRR4302533.45626/1‑94 (MQ=60)
CCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGT > SRR4302533.5910218/1‑94 (MQ=60)
TGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTT < SRR4302533.707931/94‑1 (MQ=60)
GCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTG < SRR4302533.615086/94‑1 (MQ=60)
GCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTG > SRR4302533.4606723/1‑94 (MQ=60)
CCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGA > SRR4302533.5216198/1‑94 (MQ=60)
CCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGAT > SRR4302533.5276810/1‑94 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGA < SRR4302533.5642200/94‑1 (MQ=60)
CATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGGTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGGTGATGA > SRR4302533.1913317/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGAT > SRR4302533.4035850/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGAT > SRR4302533.347530/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGAT > SRR4302533.4640682/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGAT > SRR4302533.5530983/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGAT < SRR4302533.1961815/94‑1 (MQ=60)
ATCGCCACAATCTGCCCGCACGGCTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGCTTATCGCGTGCCGCCGCTGTGGCACGGCGTTGATGAT > SRR4302533.900504/1‑94 (MQ=60)
TCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATA < SRR4302533.3362882/94‑1 (MQ=60)
CGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAG < SRR4302533.693541/94‑1 (MQ=60)
GCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGA < SRR4302533.4797037/94‑1 (MQ=60)
GCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGA < SRR4302533.1277508/94‑1 (MQ=60)
GCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGA < SRR4302533.1116159/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCGCCCGGTGCATGCCCATTGATAGAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTTCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGG < SRR4302533.853377/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGG < SRR4302533.1061422/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGG < SRR4302533.3232645/94‑1 (MQ=60)
TGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGA < SRR4302533.3592173/94‑1 (MQ=60)
TGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGA < SRR4302533.4236380/94‑1 (MQ=60)
TGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGA > SRR4302533.566058/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACA < SRR4302533.3529788/94‑1 (MQ=60)
CCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACA < SRR4302533.3483381/94‑1 (MQ=60)
CCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACA > SRR4302533.5734749/1‑94 (MQ=60)
CGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATC > SRR4302533.4279728/1‑94 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG < SRR4302533.5125174/94‑1 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG > SRR4302533.4972757/1‑94 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG < SRR4302533.2759400/94‑1 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG < SRR4302533.5522793/94‑1 (MQ=60)
GCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCG > SRR4302533.1807956/1‑94 (MQ=60)
CACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGGGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGC > SRR4302533.6070573/1‑94 (MQ=60)
CACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGGGCCGCCGCTGTGGCACGGGGTTGTTGTTAGATATAGTGGACATggt > SRR4302533.3322923/1‑91 (MQ=60)
ACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCT > SRR4302533.5390821/1‑94 (MQ=60)
ACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCT < SRR4302533.2630797/94‑1 (MQ=60)
ACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCT > SRR4302533.1695185/1‑94 (MQ=60)
ACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCT > SRR4302533.1291284/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTT > SRR4302533.460787/1‑94 (MQ=60)
GTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCC < SRR4302533.3320982/94‑1 (MQ=60)
GTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCC < SRR4302533.5302932/94‑1 (MQ=60)
TTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCG < SRR4302533.4081051/94‑1 (MQ=60)
CATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCA < SRR4302533.2566284/94‑1 (MQ=60)
ATGATCGTTGATAAAGCCCTGGCCTAACGGTTTATCGGGCGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATGGTGGAGATCGCTTCCGCCA > SRR4302533.1981492/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAA < SRR4302533.3305245/94‑1 (MQ=60)
ATGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAA > SRR4302533.1228752/1‑94 (MQ=60)
TGACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAA > SRR4302533.5482064/1‑94 (MQ=60)
GACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAAT < SRR4302533.1994448/94‑1 (MQ=60)
GACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAAT < SRR4302533.5269385/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATC > SRR4302533.100275/1‑94 (MQ=60)
CGTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCC < SRR4302533.2237316/94‑1 (MQ=60)
GTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCG > SRR4302533.832340/1‑94 (MQ=60)
GTTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCG < SRR4302533.219104/94‑1 (MQ=60)
TTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGG < SRR4302533.2936696/94‑1 (MQ=60)
TTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGG < SRR4302533.5509241/94‑1 (MQ=60)
TTGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGG < SRR4302533.5891585/94‑1 (MQ=60)
TGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGA > SRR4302533.4661733/1‑94 (MQ=60)
TGATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGA > SRR4302533.2174121/1‑94 (MQ=60)
ATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGG < SRR4302533.4896175/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGG < SRR4302533.2893086/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGG > SRR4302533.4888965/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAT < SRR4302533.2376784/94‑1 (MQ=60)
AAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATT > SRR4302533.2207702/1‑94 (MQ=60)
AAGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATT < SRR4302533.3326231/94‑1 (MQ=60)
AGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTT > SRR4302533.591204/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTT > SRR4302533.5249952/1‑94 (MQ=60)
GCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTC < SRR4302533.129052/94‑1 (MQ=60)
GCCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTC < SRR4302533.6146782/94‑1 (MQ=60)
CCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCA < SRR4302533.4645176/94‑1 (MQ=60)
CCCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCA > SRR4302533.1189313/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAT > SRR4302533.2136630/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCAT < SRR4302533.139537/94‑1 (MQ=60)
CCTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGGGTTGATGATAGATATAGTGGACATTGCTTCCGCAACTCCCGGAGGTTTTCAT > SRR4302533.3467406/1‑94 (MQ=60)
CTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATT < SRR4302533.4197474/94‑1 (MQ=60)
CTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATT > SRR4302533.4598732/1‑94 (MQ=60)
CTGGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATT > SRR4302533.2056271/1‑94 (MQ=60)
GGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTT < SRR4302533.765130/94‑1 (MQ=60)
GGCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTT < SRR4302533.5932875/94‑1 (MQ=60)
GCATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTG < SRR4302533.6182007/94‑1 (MQ=60)
CATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGA > SRR4302533.4773871/1‑94 (MQ=60)
|
ACCAGCACGCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGA > NC_000913/2673501‑2673687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
