Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,838,055 |
Δ1 bp |
coding (509/1458 nt) |
ascF → |
PTS system enzyme IIBC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,838,055 | 0 | G | . | 99.6%
| 1104.8
/ ‑3.7
| 247 | coding (509/1458 nt) | ascF | PTS system enzyme IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (102/144); minor base A (1/0); total (103/144) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC > NC_000913/2837968‑2838142
|
cAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCa > 2:4228816/1‑93 (MQ=255)
aaaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCaaa < 1:4655642/93‑1 (MQ=255)
aaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAt > 2:8543736/1‑93 (MQ=255)
aaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAt < 1:5130030/93‑1 (MQ=255)
ggATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAttt > 2:2375680/1‑93 (MQ=255)
cgccgcCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTaaaa < 2:3698800/93‑1 (MQ=255)
cGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTaaaa < 1:266975/93‑1 (MQ=255)
cGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTaaaa < 2:2777684/93‑1 (MQ=255)
cGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCa > 1:1622403/1‑93 (MQ=255)
gACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCaa > 1:183517/1‑93 (MQ=255)
gACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCaa < 2:3166012/93‑1 (MQ=255)
aCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAat > 2:7236430/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAata > 1:2568145/1‑93 (MQ=255)
cTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAatat > 2:1879717/1‑93 (MQ=255)
ttAACCCTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg < 1:7723571/93‑1 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg > 2:101607/1‑93 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg < 2:5914821/93‑1 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg > 1:6531994/1‑93 (MQ=255)
tAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGt < 1:6190262/93‑1 (MQ=255)
aaCCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTc > 2:230572/1‑93 (MQ=255)
ccATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGc > 2:3861001/1‑93 (MQ=255)
ccATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGc < 1:3120618/93‑1 (MQ=255)
aTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTg < 1:9969494/93‑1 (MQ=255)
aTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTg < 1:8099778/93‑1 (MQ=255)
ttCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTgg > 1:4847720/1‑93 (MQ=255)
ttCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTgg < 1:2738622/93‑1 (MQ=255)
cTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCg > 2:784366/1‑93 (MQ=255)
tGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGa < 1:2222582/93‑1 (MQ=255)
tGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGa < 1:6846652/93‑1 (MQ=255)
tGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGa > 2:7111651/1‑93 (MQ=255)
gAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAt > 1:9843672/1‑93 (MQ=255)
gAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAt < 2:714845/93‑1 (MQ=255)
aaTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAtt > 1:1127465/1‑93 (MQ=255)
aaTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAtt > 1:6723119/1‑93 (MQ=255)
aTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTg > 1:247253/1‑93 (MQ=255)
aTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTg > 1:9559486/1‑93 (MQ=255)
tgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGTG‑GCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCa < 1:10038838/93‑1 (MQ=255)
tgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCa > 2:1404241/1‑93 (MQ=255)
tgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCa < 1:7593095/93‑1 (MQ=255)
gATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAt < 1:5333881/93‑1 (MQ=255)
aTTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATc > 1:59712/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATc > 2:2473853/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcg < 2:5920525/93‑1 (MQ=255)
tGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcgc < 1:398867/93‑1 (MQ=255)
tGGTGACGGTGCTTTCTCTTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcgc < 2:4150528/93‑1 (MQ=255)
ggTGACGGGCCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcgcg < 1:8458300/93‑1 (MQ=255)
gTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCTGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCgg < 2:4913843/93‑1 (MQ=255)
tGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCggg > 2:5572239/1‑93 (MQ=255)
ggACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCggg < 1:2101494/92‑1 (MQ=255)
gACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgt > 1:7046836/1‑93 (MQ=255)
gACGGTCGTTTCTTCTCCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgt < 2:1492731/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgtg < 1:3542377/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGtgtg > 2:2746505/1‑93 (MQ=255)
gTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGc > 2:9858/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAATCCAATATGTCAATGGCGATTGCCATAGCGGATGTGCt < 2:8952979/93‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCt < 2:9361349/93‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCt > 1:8029483/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTCTTCTTCCTGCCACTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCt < 1:5163267/93‑1 (MQ=255)
cTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTgg < 1:7179670/93‑1 (MQ=255)
tttCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGt < 1:6656959/93‑1 (MQ=255)
ttcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTa < 2:1429136/93‑1 (MQ=255)
tcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTAc > 2:998742/1‑93 (MQ=255)
tcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTAc < 2:3347084/93‑1 (MQ=255)
ttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAt > 2:6983862/1‑93 (MQ=255)
ttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAt > 1:5002761/1‑93 (MQ=255)
tcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATc > 1:6904256/1‑93 (MQ=255)
tcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATc > 2:1820388/1‑93 (MQ=255)
cttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATcc < 2:5412306/93‑1 (MQ=255)
tcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGa > 2:8245031/1‑93 (MQ=255)
ccTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAg < 1:7256760/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGtt > 2:9208989/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGttt < 2:9801971/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa > 2:6666623/1‑93 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 1:440768/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 2:6963284/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 1:1512040/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 1:3197387/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGGGTGCTGGTACATCCGAGttttt > 1:575564/1‑92 (MQ=255)
gCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGCGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAt > 2:6840814/1‑93 (MQ=255)
cTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt < 1:6408833/93‑1 (MQ=255)
cTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt < 2:1648642/93‑1 (MQ=255)
gATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGa > 2:1929506/1‑93 (MQ=255)
gATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGa > 2:2728223/1‑93 (MQ=255)
aTGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGaa < 1:7119692/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGaa < 2:459472/93‑1 (MQ=255)
cgcggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGAt < 1:5765461/89‑1 (MQ=255)
cgcggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGAt < 1:7552010/89‑1 (MQ=255)
gcggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATg < 2:1616222/90‑1 (MQ=255)
gcggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAGCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATg < 1:3772105/90‑1 (MQ=255)
cggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATgg < 2:5306712/91‑1 (MQ=255)
cggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATgg < 1:9312886/91‑1 (MQ=255)
gtcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGc < 2:2080608/91‑1 (MQ=255)
ggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGc < 2:3612043/92‑1 (MQ=255)
gcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCg < 2:4774741/93‑1 (MQ=255)
tCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGaaa < 1:4753125/93‑1 (MQ=255)
acTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGaaa < 2:4477100/92‑1 (MQ=255)
cTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAg < 1:6037586/93‑1 (MQ=255)
cTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAg < 2:7404872/93‑1 (MQ=255)
tGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGc < 2:6667981/93‑1 (MQ=255)
tGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGc < 1:8725228/93‑1 (MQ=255)
|
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC > NC_000913/2837968‑2838142
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > NC_000913/2837965‑2838148
|
TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CAT > SRR4302540.1892238/1‑94 (MQ=60)
GACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATC < SRR4302540.7075837/94‑1 (MQ=60)
GACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATC < SRR4302540.8846884/94‑1 (MQ=60)
GACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATC < SRR4302540.8726505/94‑1 (MQ=60)
ACAAAAGGATCGCCGTCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGTTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCA < SRR4302540.5509038/94‑1 (MQ=60)
ACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCA < SRR4302540.5040490/94‑1 (MQ=60)
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAA < SRR4302540.4770074/94‑1 (MQ=60)
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAA > SRR4302540.6412664/1‑94 (MQ=60)
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAA > SRR4302540.10110096/1‑94 (MQ=60)
AAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAA > SRR4302540.6223989/1‑94 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT > SRR4302540.2672879/1‑94 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT > SRR4302540.485511/1‑94 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT < SRR4302540.4705465/94‑1 (MQ=60)
AAAGGATAGCCGTCCTTACCCATTCTGAATGTGATTGGGGTCGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT < SRR4302540.4946284/94‑1 (MQ=60)
AAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATT < SRR4302540.5185592/94‑1 (MQ=60)
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TAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTC < SRR4302540.6259182/94‑1 (MQ=60)
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AATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTG > SRR4302540.249645/1‑94 (MQ=60)
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TGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCG < SRR4302540.403011/94‑1 (MQ=60)
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GGTGACGGGCCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGG < SRR4302540.8556510/94‑1 (MQ=60)
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GTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCT > SRR4302540.8122845/1‑94 (MQ=60)
TGCTTTCTTCTTCCTGCCACTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTG < SRR4302540.5219409/94‑1 (MQ=60)
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TTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTA > SRR4302540.484602/1‑94 (MQ=60)
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TCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACA < SRR4302540.7109815/94‑1 (MQ=60)
TCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACA > SRR4302540.3594118/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAT < SRR4302540.2218243/94‑1 (MQ=60)
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CTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAT > SRR4302540.5056937/1‑94 (MQ=60)
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CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT < SRR4302540.3232114/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATT < SRR4302540.7275124/94‑1 (MQ=60)
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cgGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGC < SRR4302540.9424048/92‑1 (MQ=60)
G‑GCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCG > SRR4302540.6939423/1‑94 (MQ=60)
CATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAA > SRR4302540.9521184/1‑94 (MQ=60)
CATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAA > SRR4302540.6697165/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAA > SRR4302540.1976968/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAA > SRR4302540.7480947/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAA > SRR4302540.6170526/1‑94 (MQ=60)
TCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAG < SRR4302540.8752429/94‑1 (MQ=60)
TCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAG < SRR4302540.4803844/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC < SRR4302540.6104615/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC < SRR4302540.7677645/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC > SRR4302540.9847796/1‑94 (MQ=60)
TGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGTCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCG < SRR4302540.2160205/94‑1 (MQ=60)
TGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCG < SRR4302540.8826548/94‑1 (MQ=60)
TGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCG > SRR4302540.264785/1‑94 (MQ=60)
CGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCC < SRR4302540.9788860/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCGATCGCGCGTGTGCTGGTACATCCGAGTgtgattgcattgatggagacagcggtcca > SRR4302540.5429579/1‑65 (MQ=60)
CCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA < SRR4302540.2611192/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > SRR4302540.5429580/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > SRR4302540.5429581/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > SRR4302540.5429582/1‑94 (MQ=60)
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TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > NC_000913/2837965‑2838148
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
