Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCACCA > NC_000913/1910283‑1910469
|
AGCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGT < SRR4302540.7572369/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGT < SRR4302540.7572368/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGT < SRR4302540.3688575/94‑1 (MQ=60)
AGCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGC < SRR4302540.5675948/94‑1 (MQ=60)
CGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTC > SRR4302540.8902065/1‑94 (MQ=60)
CGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTC < SRR4302540.4894766/94‑1 (MQ=60)
GTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCC < SRR4302540.4540112/94‑1 (MQ=60)
GTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCC > SRR4302540.6488607/1‑94 (MQ=60)
TTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGAACAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCC > SRR4302540.1943890/1‑94 (MQ=60)
TGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCT > SRR4302540.1015600/1‑94 (MQ=60)
GATGGCCGGCGCAGTGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTT < SRR4302540.8865378/94‑1 (MQ=60)
GATGGCCGGCGAATGGTAGATATCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTT < SRR4302540.8865377/94‑1 (MQ=60)
ATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTT > SRR4302540.3667510/1‑94 (MQ=60)
TGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTC < SRR4302540.7058305/94‑1 (MQ=60)
TGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTC > SRR4302540.7144200/1‑94 (MQ=60)
TGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTC < SRR4302540.6347989/94‑1 (MQ=60)
TGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGACATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTC > SRR4302540.9912701/1‑94 (MQ=60)
GTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCG > SRR4302540.9627002/1‑94 (MQ=60)
TCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGT < SRR4302540.3547139/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTA > SRR4302540.5367669/1‑94 (MQ=60)
GGCGCATGGTGGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTAC < SRR4302540.3710064/94‑1 (MQ=60)
GGCGCATGGTAGATAGCCCCTTGCGACATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTAC < SRR4302540.5477681/94‑1 (MQ=60)
GGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTAC > SRR4302540.6705606/1‑94 (MQ=60)
GGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTAC < SRR4302540.3710065/94‑1 (MQ=60)
GCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACG < SRR4302540.8926608/94‑1 (MQ=60)
CGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGC < SRR4302540.4784557/94‑1 (MQ=60)
CATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGG < SRR4302540.6361798/94‑1 (MQ=60)
CATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGG > SRR4302540.7731272/1‑94 (MQ=60)
CATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGG > SRR4302540.7731274/1‑94 (MQ=60)
ATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCCGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTACTTTACGCGGT > SRR4302540.7807674/1‑94 (MQ=60)
ATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGT > SRR4302540.8540373/1‑94 (MQ=60)
ATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGT > SRR4302540.4991353/1‑94 (MQ=60)
ATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGT > SRR4302540.7235554/1‑94 (MQ=60)
ATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGT > SRR4302540.1092884/1‑94 (MQ=60)
TGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTT > SRR4302540.7183031/1‑94 (MQ=60)
GGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCTCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTG < SRR4302540.2238404/94‑1 (MQ=60)
GGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTG > SRR4302540.529848/1‑94 (MQ=60)
GGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTG < SRR4302540.8773721/94‑1 (MQ=60)
GGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTG < SRR4302540.2238403/94‑1 (MQ=60)
GTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGC < SRR4302540.6254235/94‑1 (MQ=60)
TAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCT > SRR4302540.8723295/1‑94 (MQ=60)
GATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCG < SRR4302540.2959333/94‑1 (MQ=60)
ATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGA > SRR4302540.835969/1‑94 (MQ=60)
ATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGA > SRR4302540.2733062/1‑94 (MQ=60)
GCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCA < SRR4302540.8841165/94‑1 (MQ=60)
CCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCAC < SRR4302540.7288472/94‑1 (MQ=60)
CACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATAGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACT > SRR4302540.7213732/1‑94 (MQ=60)
CACTGGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACT < SRR4302540.4297392/94‑1 (MQ=60)
ACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTT > SRR4302540.8770871/1‑94 (MQ=60)
ACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGAGGTTGCTCGATAACTT > SRR4302540.8699964/1‑94 (MQ=60)
CTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTC < SRR4302540.4418490/94‑1 (MQ=60)
CTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTC > SRR4302540.3590592/1‑94 (MQ=60)
CTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTC < SRR4302540.788870/94‑1 (MQ=60)
CTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTACTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTC > SRR4302540.5220933/1‑94 (MQ=60)
GCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCC < SRR4302540.533946/94‑1 (MQ=60)
CGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCG < SRR4302540.7893518/94‑1 (MQ=60)
CGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCG < SRR4302540.6453322/94‑1 (MQ=60)
GCCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGC < SRR4302540.6171224/94‑1 (MQ=60)
CATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCA > SRR4302540.9005585/1‑94 (MQ=60)
ATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAA > SRR4302540.1507092/1‑94 (MQ=60)
AGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACA < SRR4302540.5854083/94‑1 (MQ=60)
AGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACA > SRR4302540.963814/1‑94 (MQ=60)
ACGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAG < SRR4302540.1235496/94‑1 (MQ=60)
CGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGA > SRR4302540.2730778/1‑94 (MQ=60)
GATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGAT > SRR4302540.675453/1‑94 (MQ=60)
GATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGAT < SRR4302540.900933/94‑1 (MQ=60)
GATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGAT > SRR4302540.2137346/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACATATC > SRR4302540.2470977/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATC > SRR4302540.5329115/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGATACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCCCTTCCCCGCCAACAGAca > SRR4302540.2695499/1‑92 (MQ=60)
CCCCGCCTGACGAGCCTAGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGT < SRR4302540.9081623/94‑1 (MQ=60)
CCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTA > SRR4302540.2536923/1‑94 (MQ=60)
CCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAA > SRR4302540.9277443/1‑94 (MQ=60)
GCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATG > SRR4302540.5216803/1‑94 (MQ=60)
GCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATG > SRR4302540.7953082/1‑94 (MQ=60)
GCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATG < SRR4302540.496374/94‑1 (MQ=60)
CCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGC < SRR4302540.5935256/94‑1 (MQ=60)
CCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGC < SRR4302540.5935255/94‑1 (MQ=60)
CCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGC > SRR4302540.7087168/1‑94 (MQ=60)
CTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCC > SRR4302540.10144343/1‑94 (MQ=60)
CTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCC > SRR4302540.6591129/1‑94 (MQ=60)
CTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCC > SRR4302540.6606697/1‑94 (MQ=60)
CTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAACGCC > SRR4302540.411165/1‑94 (MQ=60)
GACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCAT < SRR4302540.7771975/94‑1 (MQ=60)
ACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGTTCCCTTTCGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCG < SRR4302540.9122539/94‑1 (MQ=60)
ACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATC < SRR4302540.2634320/94‑1 (MQ=60)
ACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATC < SRR4302540.9300599/94‑1 (MQ=60)
ACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTGCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATC < SRR4302540.545349/94‑1 (MQ=60)
ACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGATCCCTCTCGTTACGCGGCTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATC > SRR4302540.2707470/1‑94 (MQ=60)
AGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCAT > SRR4302540.3740614/1‑94 (MQ=60)
GCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATT > SRR4302540.3977635/1‑94 (MQ=60)
GCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATT < SRR4302540.5378626/94‑1 (MQ=60)
CTGGGTTGCTTCGGTAGTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTG < SRR4302540.672436/94‑1 (MQ=60)
CTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTG > SRR4302540.5452441/1‑94 (MQ=60)
CTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTG < SRR4302540.4787280/94‑1 (MQ=60)
CTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTG < SRR4302540.672435/94‑1 (MQ=60)
CTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTG < SRR4302540.4787279/94‑1 (MQ=60)
CTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTG > SRR4302540.5237637/1‑94 (MQ=60)
CGGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCGTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTG < SRR4302540.1147506/94‑1 (MQ=60)
TGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGG > SRR4302540.5517303/1‑94 (MQ=60)
TGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGG > SRR4302540.1953997/1‑94 (MQ=60)
GGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGAC > SRR4302540.3169366/1‑94 (MQ=60)
GGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGAC > SRR4302540.6317158/1‑94 (MQ=60)
TGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATC > SRR4302540.7124948/1‑94 (MQ=60)
TGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATC > SRR4302540.7227375/1‑94 (MQ=60)
TGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATC < SRR4302540.2854438/94‑1 (MQ=60)
GCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGTCATCA > SRR4302540.9487209/1‑94 (MQ=60)
GCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCA > SRR4302540.1916960/1‑94 (MQ=60)
GCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCA > SRR4302540.3963433/1‑94 (MQ=60)
GCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCA > SRR4302540.8524488/1‑94 (MQ=60)
GCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCA > SRR4302540.8524791/1‑94 (MQ=60)
CTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAG > SRR4302540.8298432/1‑94 (MQ=60)
TACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGA < SRR4302540.4721580/94‑1 (MQ=60)
ACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAA < SRR4302540.8720425/94‑1 (MQ=60)
CAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAG < SRR4302540.6567105/94‑1 (MQ=60)
AGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGC > SRR4302540.7202102/1‑94 (MQ=60)
GTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCG < SRR4302540.474299/94‑1 (MQ=60)
GTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCG < SRR4302540.4017563/94‑1 (MQ=60)
TATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGA < SRR4302540.2262425/94‑1 (MQ=60)
ATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAA > SRR4302540.9392325/1‑94 (MQ=60)
ATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAA > SRR4302540.1553161/1‑94 (MQ=60)
TTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAA < SRR4302540.5967578/94‑1 (MQ=60)
GACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACG < SRR4302540.6939046/94‑1 (MQ=60)
CCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAA < SRR4302540.4259109/94‑1 (MQ=60)
CAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAG > SRR4302540.4231177/1‑94 (MQ=60)
CAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAG > SRR4302540.3076175/1‑94 (MQ=60)
CAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTTCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAG < SRR4302540.7093617/94‑1 (MQ=60)
CAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAG > SRR4302540.6706427/1‑94 (MQ=60)
GCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGA > SRR4302540.1790774/1‑94 (MQ=60)
GCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGA > SRR4302540.1790772/1‑94 (MQ=60)
GCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGA > SRR4302540.1948867/1‑94 (MQ=60)
CCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAA < SRR4302540.9106488/94‑1 (MQ=60)
CAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAAC > SRR4302540.3171133/1‑94 (MQ=60)
CAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGGAC > SRR4302540.2234825/1‑94 (MQ=60)
CAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAAAAGCGAAACGAAGGAAC < SRR4302540.4069435/94‑1 (MQ=60)
AA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACC > SRR4302540.2817155/1‑94 (MQ=60)
A‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCA < SRR4302540.5066022/94‑1 (MQ=60)
A‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCA < SRR4302540.781516/94‑1 (MQ=60)
A‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTACCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCA > SRR4302540.9080489/1‑94 (MQ=60)
CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCAC > SRR4302540.9776710/1‑94 (MQ=60)
GTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCACC > SRR4302540.8159051/1‑94 (MQ=60)
GCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCACA > SRR4302540.6113068/1‑94 (MQ=60)
CTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCACCA < SRR4302540.1030692/94‑1 (MQ=60)
|
AGCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCACCA > NC_000913/1910283‑1910469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
