Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,910,376 |
T→C |
E75E (GAA→GAG) |
htpX ← |
heat shock protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,910,376 | 0 | T | C | 99.5%
| 625.8
/ ‑5.4
| 200 | E75E (GAA→GAG) | htpX | heat shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (90/109); total (91/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACC > NC_000913/1910286‑1910465
|
gTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTc > 1:4876098/1‑93 (MQ=255)
ttGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGTTcc > 1:2645165/1‑93 (MQ=255)
ttGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTcc < 1:816978/93‑1 (MQ=255)
tGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTccc < 2:3692912/93‑1 (MQ=255)
gATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCt < 1:628243/93‑1 (MQ=255)
tGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCttt > 1:1759758/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTc < 2:549820/92‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTc < 1:1689416/93‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTc > 1:558952/1‑93 (MQ=255)
tCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCg > 2:5068716/1‑93 (MQ=255)
ccGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGt < 1:924451/93‑1 (MQ=255)
ggCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTa < 1:5319232/93‑1 (MQ=255)
ggCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTa < 1:5155698/93‑1 (MQ=255)
ggCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTa > 1:2390259/1‑93 (MQ=255)
gcgcATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAc > 1:1601671/1‑93 (MQ=255)
gcgcATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAc < 1:5510005/93‑1 (MQ=255)
gcgcATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAc < 1:3548984/93‑1 (MQ=255)
gcgcATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAc < 2:4701312/93‑1 (MQ=255)
cgcATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGACCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAcg < 2:2385670/93‑1 (MQ=255)
gcATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAcgc < 1:4463760/93‑1 (MQ=255)
aTGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCgg > 1:3631553/1‑93 (MQ=255)
gATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTc < 1:4962166/93‑1 (MQ=255)
gATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTc > 2:3792702/1‑93 (MQ=255)
aTAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCg < 1:5746726/93‑1 (MQ=255)
aTAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCg < 2:289749/93‑1 (MQ=255)
tAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGa < 1:6093177/93‑1 (MQ=255)
aGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGGTGCTCGAt > 2:3270913/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATc > 1:3880268/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATc > 2:3635198/1‑93 (MQ=255)
cACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCAc > 2:5405797/1‑93 (MQ=255)
cACTTGCGGCATAGCGACCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCAc < 1:1659876/93‑1 (MQ=255)
aCTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACt > 2:2568763/1‑93 (MQ=255)
aCTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACt > 1:1567143/1‑93 (MQ=255)
cTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACtt > 1:5019982/1‑93 (MQ=255)
cTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACtc > 1:1258374/1‑92 (MQ=255)
gCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTccc < 1:3393743/93‑1 (MQ=255)
ggCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCg > 2:1195213/1‑93 (MQ=255)
ggCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCg > 1:4102154/1‑93 (MQ=255)
gCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGc > 1:4268063/1‑93 (MQ=255)
tAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCaa > 2:1796964/1‑93 (MQ=255)
tAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCaa > 1:4531467/1‑93 (MQ=255)
gCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACa > 1:1354158/1‑93 (MQ=255)
gCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACa < 1:1198199/93‑1 (MQ=255)
gCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACa < 2:3987685/93‑1 (MQ=255)
cGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAg < 2:306371/93‑1 (MQ=255)
gagccccGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGa < 1:1472662/90‑1 (MQ=255)
gATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGa > 1:5828609/1‑93 (MQ=255)
gATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGa < 1:2843759/93‑1 (MQ=255)
gATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGa > 1:1867680/1‑93 (MQ=255)
aTCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGAt < 1:5131310/93‑1 (MQ=255)
tCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATc < 2:2429307/93‑1 (MQ=255)
tCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATc < 2:3783797/93‑1 (MQ=255)
tCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATc < 1:2056887/93‑1 (MQ=255)
tCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATc > 1:4772545/1‑93 (MQ=255)
tCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATc > 1:2431346/1‑93 (MQ=255)
cccGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGt > 2:4289617/1‑93 (MQ=255)
ccGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTa > 1:3492891/1‑93 (MQ=255)
cGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTaa < 1:4188105/93‑1 (MQ=255)
gCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAAt < 1:5895772/93‑1 (MQ=255)
gCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAAt < 2:810992/93‑1 (MQ=255)
gCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAAt < 1:6082863/93‑1 (MQ=255)
cTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGc > 1:963208/1‑93 (MQ=255)
cTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGc < 2:5871681/93‑1 (MQ=255)
aCGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGccat > 1:4704696/1‑93 (MQ=255)
cGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGACAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGccatc > 2:858700/1‑93 (MQ=255)
gAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGccatcc < 2:657818/93‑1 (MQ=255)
aGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGccatcca > 1:2971199/1‑93 (MQ=255)
gCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGccatccat < 2:21395/93‑1 (MQ=255)
gCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGccatccat < 1:1134386/93‑1 (MQ=255)
gCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGccatccat < 1:2315778/93‑1 (MQ=255)
cTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCAttt > 1:1458669/1‑93 (MQ=255)
cTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCAttt > 1:5355017/1‑93 (MQ=255)
tGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTg > 2:4565776/1‑93 (MQ=255)
tGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTg > 1:3987978/1‑93 (MQ=255)
gggTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTgg > 1:4787727/1‑93 (MQ=255)
ggTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGa < 1:1021277/93‑1 (MQ=255)
ggTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGa > 2:3182220/1‑93 (MQ=255)
tGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACAt > 2:3452449/1‑93 (MQ=255)
tGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACAt < 2:489092/93‑1 (MQ=255)
gcaaCAGTATTGACCGGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATc < 2:6184707/90‑1 (MQ=255)
cTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCa < 1:70407/93‑1 (MQ=255)
cTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCa < 1:6158710/93‑1 (MQ=255)
tACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAg < 1:2200602/93‑1 (MQ=255)
cAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGaa < 2:2641090/93‑1 (MQ=255)
cAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGaa < 2:5716039/93‑1 (MQ=255)
aGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAg > 2:2083210/1‑93 (MQ=255)
aGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAg < 2:5159824/93‑1 (MQ=255)
gTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGc < 2:4920356/93‑1 (MQ=255)
tATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCg > 2:4982585/1‑93 (MQ=255)
tATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCg > 2:1950324/1‑93 (MQ=255)
tATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCg < 2:4925865/93‑1 (MQ=255)
tATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCg > 2:4637349/1‑93 (MQ=255)
aTTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGa > 2:1573712/1‑93 (MQ=255)
ttGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCgca > 2:5426303/1‑91 (MQ=255)
tGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGaaa < 2:315920/93‑1 (MQ=255)
gACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCACTTGGACATCAGAAGCGAAAc > 1:2150025/1‑93 (MQ=255)
cAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGaa > 2:1456295/1‑93 (MQ=255)
cAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGaa < 2:1144632/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAac > 1:2116506/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAacc > 1:5396960/1‑93 (MQ=255)
|
GTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACC > NC_000913/1910286‑1910465
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGTTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGGACATCAGAAGCGAAACGAAGGAACCACCA > NC_000913/1910284‑1910469
|
GCGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCT < SRR4302533.1481899/94‑1 (MQ=60)
CGTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTC > SRR4302533.4905641/1‑94 (MQ=60)
GTTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGTTCC > SRR4302533.2661420/1‑94 (MQ=60)
TTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCC < SRR4302533.2034534/94‑1 (MQ=60)
TTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCC < SRR4302533.821764/94‑1 (MQ=60)
TTGATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCC < SRR4302533.5821658/94‑1 (MQ=60)
GATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTT < SRR4302533.5473293/94‑1 (MQ=60)
GATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTT < SRR4302533.631936/94‑1 (MQ=60)
ATGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTT > SRR4302533.1770484/1‑94 (MQ=60)
TGTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTC > SRR4302533.562273/1‑94 (MQ=60)
GTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCG < SRR4302533.1699651/94‑1 (MQ=60)
GTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCG < SRR4302533.5392710/94‑1 (MQ=60)
GTCCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCG < SRR4302533.2156039/94‑1 (MQ=60)
CCGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTT < SRR4302533.929880/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTA > SRR4302533.2405020/1‑94 (MQ=60)
ggccgATGGTAGATAACCACTTGCGGCATAGCCATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTTTTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAC < SRR4302533.1453403/89‑1 (MQ=60)
GGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAC > SRR4302533.1611367/1‑94 (MQ=60)
GGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAC < SRR4302533.5351110/94‑1 (MQ=60)
GGCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTAC < SRR4302533.5186831/94‑1 (MQ=60)
GCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACG > SRR4302533.3919689/1‑94 (MQ=60)
GCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACG < SRR4302533.5543268/94‑1 (MQ=60)
GCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACG < SRR4302533.3570852/94‑1 (MQ=60)
GCGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACA > SRR4302533.53572/1‑94 (MQ=60)
CGCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGC > SRR4302533.700444/1‑94 (MQ=60)
GCATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCG < SRR4302533.4490757/94‑1 (MQ=60)
CATGGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGG > SRR4302533.3653896/1‑94 (MQ=60)
CATGGTAGATAGACTCTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTATAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGG < SRR4302533.1751569/94‑1 (MQ=60)
GGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTG < SRR4302533.2246759/94‑1 (MQ=60)
GGTAGATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTG > SRR4302533.1729667/1‑94 (MQ=60)
GATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCG < SRR4302533.2174027/94‑1 (MQ=60)
GATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCG < SRR4302533.4992252/94‑1 (MQ=60)
ATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGA < SRR4302533.5781400/94‑1 (MQ=60)
ATAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGA < SRR4302533.879455/94‑1 (MQ=60)
TAGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGAT < SRR4302533.6129996/94‑1 (MQ=60)
AGCCACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATC > SRR4302533.3903943/1‑94 (MQ=60)
CACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACT > SRR4302533.1576579/1‑94 (MQ=60)
CACTTGCGGCATAGCGACCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACT < SRR4302533.1669914/94‑1 (MQ=60)
ACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTT > SRR4302533.5050385/1‑94 (MQ=60)
ACTTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTC > SRR4302533.1265900/1‑94 (MQ=60)
TTGCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCC < SRR4302533.1604015/94‑1 (MQ=60)
GCGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCC < SRR4302533.3414702/94‑1 (MQ=60)
CGGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCG > SRR4302533.4127115/1‑94 (MQ=60)
GGCATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGC > SRR4302533.4293760/1‑94 (MQ=60)
CATAGCGACCCCCGCCTGCCGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCA < SRR4302533.3557702/94‑1 (MQ=60)
ATAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAA > SRR4302533.4558906/1‑94 (MQ=60)
TAGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAAC < SRR4302533.481371/94‑1 (MQ=60)
AGCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACA > SRR4302533.1362297/1‑94 (MQ=60)
GCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAG < SRR4302533.1205398/94‑1 (MQ=60)
GCGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAG < SRR4302533.2849140/94‑1 (MQ=60)
CGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGA > SRR4302533.5863827/1‑94 (MQ=60)
CGATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGA > SRR4302533.1879066/1‑94 (MQ=60)
GATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGAT < SRR4302533.2861259/94‑1 (MQ=60)
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ATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATC > SRR4302533.2446374/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATC > SRR4302533.1265097/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATC < SRR4302533.5162306/94‑1 (MQ=60)
ATCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATC > SRR4302533.4801468/1‑94 (MQ=60)
TCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCG < SRR4302533.2069573/94‑1 (MQ=60)
TCCCCGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCG < SRR4302533.4780425/94‑1 (MQ=60)
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CGCCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAAT < SRR4302533.4213465/94‑1 (MQ=60)
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CCTGACGAGCCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGC > SRR4302533.968866/1‑94 (MQ=60)
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CCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTT < SRR4302533.5670862/94‑1 (MQ=60)
CCTGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTT < SRR4302533.5132628/94‑1 (MQ=60)
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TGGGTTGCTACAGTATTGACCAGCCAACGCTCCCTTTCGTTACGCGGTTGCTCGATCACTTCCCCGCCAACAGATCGTAATGCCATCCATTTGG > SRR4302533.4816725/1‑94 (MQ=60)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
