Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
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96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 236 total aligned reads displayed.
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|
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GACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTT < SRR4302540.6580044/94‑1 (MQ=60)
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TATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGGCTTTAT > SRR4302540.3580552/1‑94 (MQ=60)
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AAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATAATAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTA < SRR4302540.2105171/94‑1 (MQ=60)
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ACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAA > SRR4302540.2230086/1‑94 (MQ=60)
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TTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATT > SRR4302540.7992141/1‑94 (MQ=60)
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CCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGT > SRR4302540.6224112/1‑94 (MQ=60)
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CCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGT < SRR4302540.3369394/94‑1 (MQ=60)
CCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGT < SRR4302540.3468038/94‑1 (MQ=60)
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CTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGG > SRR4302540.8049831/1‑94 (MQ=60)
CTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGG < SRR4302540.7981102/94‑1 (MQ=60)
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TGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGC < SRR4302540.1692550/94‑1 (MQ=60)
TGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGC > SRR4302540.6090156/1‑94 (MQ=60)
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GAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCA > SRR4302540.9523141/1‑94 (MQ=60)
GAGAGCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGATATTCAACCTATCGTGGCA < SRR4302540.528815/94‑1 (MQ=60)
AGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAG > SRR4302540.4184905/1‑94 (MQ=60)
AGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAG > SRR4302540.6959901/1‑94 (MQ=60)
AGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAG < SRR4302540.402794/94‑1 (MQ=60)
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GAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAA < SRR4302540.791493/94‑1 (MQ=60)
GAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAA < SRR4302540.2946488/94‑1 (MQ=60)
ATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAAT > SRR4302540.3451378/1‑94 (MQ=60)
ATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAAT < SRR4302540.8900888/94‑1 (MQ=60)
ATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATATGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAAT > SRR4302540.5887020/1‑94 (MQ=60)
TTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATA > SRR4302540.5839189/1‑94 (MQ=60)
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TCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATG > SRR4302540.5919906/1‑94 (MQ=60)
TCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATG < SRR4302540.9914181/94‑1 (MQ=60)
TCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATG > SRR4302540.4151229/1‑94 (MQ=60)
TCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATG > SRR4302540.9716302/1‑94 (MQ=60)
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CATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGT < SRR4302540.7607252/94‑1 (MQ=60)
ATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTA < SRR4302540.7414677/94‑1 (MQ=60)
ATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTA > SRR4302540.4048250/1‑94 (MQ=60)
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ATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAA > SRR4302540.759057/1‑94 (MQ=60)
ATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAA < SRR4302540.9620752/94‑1 (MQ=60)
TTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAA < SRR4302540.562817/94‑1 (MQ=60)
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AATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGC < SRR4302540.837956/94‑1 (MQ=60)
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ATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCA < SRR4302540.8441000/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCA < SRR4302540.8092043/94‑1 (MQ=60)
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TAAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAG < SRR4302540.3934915/94‑1 (MQ=60)
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AAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGA > SRR4302540.10149663/1‑94 (MQ=60)
AAAGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGA < SRR4302540.9710977/94‑1 (MQ=60)
AAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGAT < SRR4302540.5548893/94‑1 (MQ=60)
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AGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATC < SRR4302540.1627681/94‑1 (MQ=60)
AGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATC < SRR4302540.375196/94‑1 (MQ=60)
AGTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATC < SRR4302540.9157278/94‑1 (MQ=60)
GTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCT < SRR4302540.7117625/94‑1 (MQ=60)
GTGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCT > SRR4302540.4157667/1‑94 (MQ=60)
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TGAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTC < SRR4302540.4886767/94‑1 (MQ=60)
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GAACGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCT > SRR4302540.935845/1‑94 (MQ=60)
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CGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCT > SRR4302540.7934365/1‑94 (MQ=60)
CGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCT > SRR4302540.7174654/1‑94 (MQ=60)
CGAGCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCT < SRR4302540.7337022/94‑1 (MQ=60)
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GCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACT > SRR4302540.10116040/1‑94 (MQ=60)
GCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACT > SRR4302540.9812381/1‑94 (MQ=60)
GCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACT < SRR4302540.4109569/94‑1 (MQ=60)
GCATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACT > SRR4302540.8898920/1‑94 (MQ=60)
CATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTG < SRR4302540.2861022/94‑1 (MQ=60)
CATTATCATGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTG < SRR4302540.7138452/94‑1 (MQ=60)
ATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGT > SRR4302540.4299698/1‑94 (MQ=60)
ATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGT < SRR4302540.1940653/94‑1 (MQ=60)
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ATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGA > SRR4302540.5918137/1‑94 (MQ=60)
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TGCGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAG < SRR4302540.481798/94‑1 (MQ=60)
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|
CCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGA > NC_000913/2037249‑2037435
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
