Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 242 total aligned reads displayed.
CGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAG > NC_000913/2713956‑2714142
|
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ATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCT > SRR4302540.3979583/1‑94 (MQ=60)
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CGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCC > SRR4302540.4313834/1‑94 (MQ=60)
CGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCC < SRR4302540.9307484/94‑1 (MQ=60)
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CTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACT < SRR4302540.5733038/94‑1 (MQ=60)
CTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACT > SRR4302540.1421997/1‑94 (MQ=60)
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CCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAG < SRR4302540.736847/94‑1 (MQ=60)
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CCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGC < SRR4302540.6601823/94‑1 (MQ=60)
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CTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCC > SRR4302540.3088752/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCC > SRR4302540.1357512/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCC > SRR4302540.2105333/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCACTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCC > SRR4302540.1357511/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCC > SRR4302540.5984858/1‑94 (MQ=60)
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GTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCT > SRR4302540.7684203/1‑94 (MQ=60)
CTATTGTGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTT < SRR4302540.8683068/94‑1 (MQ=60)
CTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTT > SRR4302540.1257186/1‑94 (MQ=60)
CTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTT < SRR4302540.2901931/94‑1 (MQ=60)
CTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAACGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTT > SRR4302540.2606851/1‑94 (MQ=60)
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TATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTC > SRR4302540.9269969/1‑94 (MQ=60)
TATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGCAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTC < SRR4302540.3732351/94‑1 (MQ=60)
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TTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAG < SRR4302540.9433328/94‑1 (MQ=60)
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GGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGG < SRR4302540.6794841/94‑1 (MQ=60)
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GTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGT > SRR4302540.2809163/1‑94 (MQ=60)
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GAGATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGT > SRR4302540.2841791/1‑94 (MQ=60)
AGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTC > SRR4302540.7809891/1‑94 (MQ=60)
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GTCGCCCTCTTCGGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAG < SRR4302540.51212/94‑1 (MQ=60)
GTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAG > SRR4302540.3486054/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAG > SRR4302540.4786556/1‑94 (MQ=60)
|
CGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAG > NC_000913/2713956‑2714142
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
