Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
804,639 |
C→T |
G646G (GGC→GGT) |
ybhJ → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 804,639 | 0 | C | T | 99.6%
| 801.4
/ NA
| 225 | G646G (GGC→GGT) | ybhJ | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (104/119); total (105/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
GTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGCGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCTA > NC_000913/804549‑804728
|
tttGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGAt < 1:4798449/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGAt < 2:1596247/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGAt < 1:2038018/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGAt < 1:5247292/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGAt < 2:638731/93‑1 (MQ=255)
gcgcgcATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGt > 2:2042632/1‑93 (MQ=255)
gcgcATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTc > 1:2946840/1‑93 (MQ=255)
cgcATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCt < 2:5738553/93‑1 (MQ=255)
cgcATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCt < 2:1183364/93‑1 (MQ=255)
gcATTAGGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTg > 2:5236667/1‑93 (MQ=255)
gcATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTg > 2:270587/1‑93 (MQ=255)
cATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTgc > 1:5736068/1‑93 (MQ=255)
ttAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTgcgc < 1:1443358/93‑1 (MQ=255)
aaGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGt > 1:4932759/1‑93 (MQ=255)
aaGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGt < 1:2398392/93‑1 (MQ=255)
gCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGa > 1:1586279/1‑93 (MQ=255)
gCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGa > 1:3570639/1‑93 (MQ=255)
aGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAAc > 2:1249873/1‑93 (MQ=255)
aGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAAc < 1:3015759/93‑1 (MQ=255)
aGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAAc < 1:109968/93‑1 (MQ=255)
gATTGCTGGTCAGGATCATCTTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACa > 2:772492/1‑93 (MQ=255)
aTTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAg < 1:2667790/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAgg > 1:1728525/1‑93 (MQ=255)
tGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAggc < 2:4664252/93‑1 (MQ=255)
gCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAggcg < 1:1813507/93‑1 (MQ=255)
gCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAggcg > 1:4304527/1‑93 (MQ=255)
cTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAggcgg < 1:2501183/93‑1 (MQ=255)
ggTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGgcggcg > 2:5162040/1‑93 (MQ=255)
tCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAg > 2:893174/1‑93 (MQ=255)
tCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGCGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAg > 1:4669666/1‑93 (MQ=255)
cAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGc < 1:668415/93‑1 (MQ=255)
aGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCt < 2:1533403/93‑1 (MQ=255)
aGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCt < 2:1043302/93‑1 (MQ=255)
agaatatTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGcc < 2:2445556/90‑1 (MQ=255)
aGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGcc < 1:6074532/93‑1 (MQ=255)
atatTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGc > 1:4335813/1‑93 (MQ=255)
atatTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGc > 1:3903940/1‑93 (MQ=255)
atatTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGc < 2:2744700/93‑1 (MQ=255)
atTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCgt < 1:3283686/93‑1 (MQ=255)
ttGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCgtg < 2:1560955/93‑1 (MQ=255)
tGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCgtgt > 2:5631305/1‑93 (MQ=255)
gATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGtgtg > 2:5531901/1‑93 (MQ=255)
aTCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGa > 2:501611/1‑93 (MQ=255)
aTCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGa < 2:3388823/93‑1 (MQ=255)
tCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGAt > 2:3526934/1‑93 (MQ=255)
tCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGAt < 2:4654628/93‑1 (MQ=255)
tCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGAt > 1:306545/1‑93 (MQ=255)
tCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGGTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGCGTGAt > 2:5502745/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGCAAACTGAAGTTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGAtt < 1:2145412/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGAtt < 1:60316/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTAAtt < 2:2934105/93‑1 (MQ=255)
gCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTgg < 2:4042764/93‑1 (MQ=255)
gCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTgg > 2:1952699/1‑93 (MQ=255)
cTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGc > 1:1622156/1‑93 (MQ=255)
cTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGc < 2:2506507/93‑1 (MQ=255)
tGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCg > 1:1942978/1‑93 (MQ=255)
cAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGt < 1:6144067/93‑1 (MQ=255)
cTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTgg < 1:4203031/93‑1 (MQ=255)
cTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGATCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTgg > 1:717298/1‑93 (MQ=255)
ttGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAata > 1:425403/1‑93 (MQ=255)
ttGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAata < 2:3433634/93‑1 (MQ=255)
ttGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAata > 2:355581/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAatat < 1:5953258/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATAtt > 1:1253941/1‑93 (MQ=255)
ggCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATAtt > 1:4464387/1‑93 (MQ=255)
ggCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATAtt < 1:3148530/93‑1 (MQ=255)
cagcaTGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGc < 2:4415317/93‑1 (MQ=255)
agcaTGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGcc < 1:1500759/93‑1 (MQ=255)
agcaTGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGcc > 1:2977371/1‑93 (MQ=255)
agcaTGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGcc > 2:3670822/1‑93 (MQ=255)
gaTGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCga < 2:3575719/92‑1 (MQ=255)
aTGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgag < 2:5717102/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgag < 1:1406272/93‑1 (MQ=255)
tGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgagg > 2:4880764/1‑93 (MQ=255)
tGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgagg > 2:5896170/1‑93 (MQ=255)
ggTCTTTGCGGTGAAACCAGGGGATGGTTCTGCGCGTGAAGAGACGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgagga < 1:5851380/93‑1 (MQ=255)
ggTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgagga > 2:2142177/1‑93 (MQ=255)
ggTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgagga < 2:5486495/93‑1 (MQ=255)
gTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgaggag > 2:3083943/1‑93 (MQ=255)
gTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCgaggag < 1:2254920/93‑1 (MQ=255)
tCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGt < 2:3821600/93‑1 (MQ=255)
tCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGt > 2:702468/1‑93 (MQ=255)
cTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTa < 1:5688096/93‑1 (MQ=255)
cTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTa < 2:3173681/93‑1 (MQ=255)
cTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTa < 1:3411485/93‑1 (MQ=255)
cTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTa < 1:3867359/93‑1 (MQ=255)
tATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTAc > 2:6231868/1‑93 (MQ=255)
tATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTAc > 2:5304695/1‑93 (MQ=255)
tGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTAcgc < 2:2787513/93‑1 (MQ=255)
tGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTAcgc < 2:1400626/93‑1 (MQ=255)
cGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGa > 2:3631845/1‑93 (MQ=255)
cGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGa < 1:5190865/93‑1 (MQ=255)
aaaCCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTaaa < 2:2471788/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAAc < 1:1210922/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAAc < 2:6002845/93‑1 (MQ=255)
aCCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGAGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTAAGCGACTAAACg > 2:2378517/1‑93 (MQ=255)
ccAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGc < 2:4292616/93‑1 (MQ=255)
cAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCCGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCt > 1:627394/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCt < 1:2526647/93‑1 (MQ=255)
aGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCTa > 1:5543923/1‑93 (MQ=255)
|
GTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGCGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCTA > NC_000913/804549‑804728
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTGTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGCGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCTATCGT > NC_000913/804546‑804732
|
GGTGTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGG > SRR4302533.4258301/1‑94 (MQ=60)
GTGTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTG < SRR4302533.4475214/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTG < SRR4302533.5564645/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTG < SRR4302533.1917038/94‑1 (MQ=60)
TGTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGA < SRR4302533.1561877/94‑1 (MQ=60)
TTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATG < SRR4302533.4827514/94‑1 (MQ=60)
TTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATG < SRR4302533.5278840/94‑1 (MQ=60)
TTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATG < SRR4302533.2050587/94‑1 (MQ=60)
TGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGT < SRR4302533.967908/94‑1 (MQ=60)
CGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTC > SRR4302533.2964861/1‑94 (MQ=60)
GCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCT < SRR4302533.4867291/94‑1 (MQ=60)
GCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGNTGAAACCAGGTGATGGTTCNGC > SRR4302533.5269869/1‑94 (MQ=60)
GCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGC > SRR4302533.5770691/1‑94 (MQ=60)
ATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGC > SRR4302533.2012439/1‑94 (MQ=60)
TTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCG < SRR4302533.1452064/94‑1 (MQ=60)
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AATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAAT < SRR4302533.3064587/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATA < SRR4302533.1427953/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATA > SRR4302533.427941/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGTGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATA > SRR4302533.2840072/1‑94 (MQ=60)
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TGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCTATCGT > SRR4302533.861624/1‑94 (MQ=60)
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GGTGTTTGCGCGCATTAAGCAGATTGCTGGTCAGGAGCATATTGATCCGCTGCAAACTGAAATTGGCAGCATGGTCTATGCGGTGAAACCAGGCGATGGTTCTGCGCGTGAACAGGCGGCGAGCTGCCAGCGTGTGATTGGCGGTCTGGCGAATATTGCCGAGGAGTACGCGACTAAACGCTATCGT > NC_000913/804546‑804732
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
