Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,071,190 |
T→C |
T65A (ACG→GCG) |
b1010 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,071,190 | 0 | T | C | 100.0%
| 640.6
/ NA
| 202 | T65A (ACG→GCG) | b1010 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (103/99); total (103/99) |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGTCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGTTGATCAAAAG > NC_000913/1071100‑1071279
|
cGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGcct < 2:3176305/93‑1 (MQ=255)
cGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGcct > 2:3257992/1‑93 (MQ=255)
ggCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGcctc < 1:5999528/93‑1 (MQ=255)
tAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAATATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATc < 1:4778202/93‑1 (MQ=255)
aGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCa > 2:3538726/1‑93 (MQ=255)
aGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCa < 1:2370245/93‑1 (MQ=255)
gATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCAc > 2:302330/1‑93 (MQ=255)
gATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCAc > 2:2427737/1‑93 (MQ=255)
gATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCAc > 2:1851862/1‑93 (MQ=255)
ttCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCtt > 1:1029202/1‑93 (MQ=255)
ttCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCtt < 2:591731/93‑1 (MQ=255)
cGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGc < 1:5691436/93‑1 (MQ=255)
ttAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCgg > 1:2611399/1‑93 (MQ=255)
ttAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCgg > 2:544981/1‑93 (MQ=255)
tAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGa > 1:2856900/1‑93 (MQ=255)
aaTCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGAt < 2:5789131/93‑1 (MQ=255)
aaTCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGCAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGAt < 2:5093424/93‑1 (MQ=255)
aTCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATa < 2:5117544/93‑1 (MQ=255)
aTCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATa < 2:5248751/93‑1 (MQ=255)
gcggcgTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGtt > 2:429017/1‑93 (MQ=255)
gcggcgTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGtt < 2:4237338/93‑1 (MQ=255)
ggcgTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGCTCACCTTGCGGATAGTTTc < 2:6163135/93‑1 (MQ=255)
ggcgTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTc > 1:303694/1‑93 (MQ=255)
gcgTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTcc > 1:3144438/1‑93 (MQ=255)
cgTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCa > 2:4591111/1‑93 (MQ=255)
gTAATTTTTCCAGACGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCTATCGTGACACGCACGGCCCCGATCATCTCGCGGAGAGTTTGCAg > 2:2972822/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGaa < 2:1756123/93‑1 (MQ=255)
aTTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAAc > 1:4346278/1‑93 (MQ=255)
aTTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAAc < 2:681708/93‑1 (MQ=255)
aTTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAAc < 1:4615370/93‑1 (MQ=255)
tttCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑g < 1:1185439/93‑1 (MQ=255)
ttCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑gg > 1:3669559/1‑93 (MQ=255)
ttCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑gg < 1:153001/93‑1 (MQ=255)
tCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGc < 1:641413/93‑1 (MQ=255)
cgTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCggg < 1:2995624/92‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCggg < 1:1377189/93‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCggg > 1:2509467/1‑93 (MQ=255)
gTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGt > 1:5865257/1‑93 (MQ=255)
tCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGtt < 2:231231/93‑1 (MQ=255)
ggTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGC‑GGCGGGGTTg > 2:3119074/1‑93 (MQ=255)
ggTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGGTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTg > 2:4768525/1‑93 (MQ=255)
ggTAATAAAGATCCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTg < 2:6284751/93‑1 (MQ=255)
gTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTgc > 1:3840708/1‑93 (MQ=255)
aataaAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTgcgc > 1:5145879/1‑93 (MQ=255)
ataaAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGcc > 1:3593029/1‑93 (MQ=255)
taaAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCt > 1:929495/1‑93 (MQ=255)
taaAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCt < 1:2379621/93‑1 (MQ=255)
taaAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCt > 1:3464292/1‑93 (MQ=255)
aaaGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCtt < 2:2233936/93‑1 (MQ=255)
aaGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCttt > 1:853941/1‑93 (MQ=255)
aaGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCttt < 2:4160896/93‑1 (MQ=255)
aGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTg < 2:4351848/93‑1 (MQ=255)
aGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTg < 1:5620448/93‑1 (MQ=255)
aGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTg < 1:1140537/93‑1 (MQ=255)
aGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTACAGAAAGTAGCCGGGTTTCGGCCttg > 1:3313893/1‑92 (MQ=255)
aTGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTgtg > 2:2739403/1‑91 (MQ=255)
aTGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCCTTggg > 1:4489131/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGt > 1:2812428/1‑93 (MQ=255)
gCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTc > 1:1880157/1‑93 (MQ=255)
gCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTTCGCCTTTtgggc > 2:5612551/1‑91 (MQ=255)
cTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTTGGTCa > 2:750122/1‑93 (MQ=255)
tGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCAt < 1:421303/93‑1 (MQ=255)
tGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCAt < 1:4413684/93‑1 (MQ=255)
tGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGACACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGCTGTTGGCCCTTTGGGTCac > 1:3205240/1‑92 (MQ=255)
ttGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCg < 2:4125657/93‑1 (MQ=255)
tGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCGCCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCgg < 2:886365/93‑1 (MQ=255)
ggTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCaaa > 1:1624940/1‑93 (MQ=255)
ggTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCaaa > 1:4006893/1‑93 (MQ=255)
tCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACa < 1:2710060/93‑1 (MQ=255)
acaTCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCCAACAGc > 1:2445386/1‑93 (MQ=255)
caTCCGCTATCGTGCCACCCGCCGCCACGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCTTTTGGGTCATCGGCAAACAGCa < 2:1800501/93‑1 (MQ=255)
caTCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCCAACAGCa > 1:2949188/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTTCGCCTTTTGGTCCTCGGCAAAAAACACg > 1:1123974/1‑93 (MQ=255)
ccGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTTGGTCATCGGCAAACAGCACGt > 2:2680247/1‑93 (MQ=255)
ccGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCCAACAGCAcct > 1:6289654/1‑91 (MQ=255)
cGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGtt < 2:1175540/93‑1 (MQ=255)
cGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGtt < 1:5066207/93‑1 (MQ=255)
gCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGtta < 1:794428/93‑1 (MQ=255)
ccATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGttat < 1:2186443/93‑1 (MQ=255)
ccATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGGGCCTTTGGGGCATCCGGAAACAACAAGttat > 2:1101916/1‑93 (MQ=255)
cATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGttatt > 1:4923493/1‑93 (MQ=255)
cATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGGCATCGGGAAAAAGCACGgtatt > 2:2515266/1‑93 (MQ=255)
aTCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGttatta < 2:1534632/93‑1 (MQ=255)
aTCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGttatta > 2:5939642/1‑93 (MQ=255)
tCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTtattat < 2:5894436/93‑1 (MQ=255)
tCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTtattat < 1:3272713/93‑1 (MQ=255)
cGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATg < 2:2104710/93‑1 (MQ=255)
cGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATg < 2:3669559/93‑1 (MQ=255)
gTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGt < 1:1427914/93‑1 (MQ=255)
gTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGt < 2:813504/93‑1 (MQ=255)
gTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTTCGCCTTTGGGTCATCGGCCAACAGCACGTTATTATGt > 2:5973266/1‑93 (MQ=255)
ccACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGTTGa > 1:876021/1‑93 (MQ=255)
ccACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGGAAACAGCACGTTATTATGTTGa > 2:6103650/1‑93 (MQ=255)
cACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGTTGAt < 2:1191631/93‑1 (MQ=255)
cACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGTTGAt > 2:3980956/1‑93 (MQ=255)
cACCCGCCGCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGCTTGCGCCTTTGGGGCATTGGCAAACAGCACGTTATTATGTTGAt > 1:5014873/1‑93 (MQ=255)
ccgccgCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCCAACAGCACGTTATTATGTTGATCaa > 2:4959493/1‑93 (MQ=255)
cgccgcCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGGCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGTTTATCaaa > 1:5481215/1‑93 (MQ=255)
gccgccTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGTTGATCaaaa < 2:4628825/93‑1 (MQ=255)
ccgCCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGGTTGCGCCTTTTGGGCATCGGCAAAAAACACCGTATTATTGTGATTaaaaa > 2:5529076/1‑92 (MQ=255)
|
CGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGTCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGT‑GGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGCAAACAGCACGTTATTATGTTGATCAAAAG > NC_000913/1071100‑1071279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTCGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGTCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGTGGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGC‑AAACAGCACGTTATTATGTTGATCAAAAGCCAG > NC_000913/1071098‑1071283
|
CTCGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGCAGGTCACATCCGCCCTCGTGCCACCCGCCGCC > SRR4302533.2592473/1‑94 (MQ=60)
CTCGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCC > SRR4302533.2382495/1‑94 (MQ=60)
CGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTC > SRR4302533.5580353/1‑94 (MQ=60)
GGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCG < SRR4302533.6035866/94‑1 (MQ=60)
GCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGA > SRR4302533.277649/1‑94 (MQ=60)
TAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAATATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCA < SRR4302533.4807144/94‑1 (MQ=60)
AGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCAC < SRR4302533.3025755/94‑1 (MQ=60)
AGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCAC < SRR4302533.2384905/94‑1 (MQ=60)
AGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCAC > SRR4302533.4175251/1‑94 (MQ=60)
AGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCAC > SRR4302533.239031/1‑94 (MQ=60)
ATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGCCTCGATCACCT < SRR4302533.3221505/94‑1 (MQ=60)
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CCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGTGGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGC‑AAACAGCACGTTATTATGTTGATCAAAAGCCAG < SRR4302533.2983409/94‑1 (MQ=60)
CCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGTGGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGC‑AAACAGCACGTTATTATGTTGATCAAAAGCCAG < SRR4302533.1812247/94‑1 (MQ=60)
CCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGTGGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGC‑AAACAGCACGTTATTATGTTGATCAAAAGCCAG < SRR4302533.2248613/94‑1 (MQ=60)
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CTCGGCGTAGATTTCGTTAATCGCGGCGTAATTTTTCCAGTCGGTAATAAAGATGCTGTTGAAGGTCACATCCGCCATCGTGCCACCCGCCGTCTCGATCACCTTGCGGATAGTTTCCAGAACGTGGCGGGTTTGCGCCTTTGGGTCATCGGC‑AAACAGCACGTTATTATGTTGATCAAAAGCCAG > NC_000913/1071098‑1071283
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
