Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,209,664 |
(G)5→6 |
coding (96/834 nt) |
mcrA → |
McrA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,209,659 | 1 | . | G | 99.3%
| 475.4
/ ‑3.8
| 147 | coding (91/834 nt) | mcrA | McrA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (80/66); total (81/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TTATGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑GGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCG > NC_000913/1209567‑1209746
|
ttatGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGt > 1:2310732/1‑93 (MQ=255)
ttatGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGt > 1:598288/1‑93 (MQ=255)
tatGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑g < 2:2392386/93‑1 (MQ=255)
tatGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑g > 2:4072234/1‑93 (MQ=255)
tatGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑g < 2:1059549/93‑1 (MQ=255)
atGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑gg > 2:4695788/1‑93 (MQ=255)
atGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑gg < 1:1992822/93‑1 (MQ=255)
tGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggg < 1:4476936/93‑1 (MQ=255)
tGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggg < 1:1529154/93‑1 (MQ=255)
tGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGAGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggg > 1:1897647/1‑93 (MQ=255)
gCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑gggg < 2:6019765/93‑1 (MQ=255)
gCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑gggg < 2:1598570/93‑1 (MQ=255)
gCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑gggg < 1:1544905/93‑1 (MQ=255)
cATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGGTAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggg > 2:2080842/1‑93 (MQ=255)
cATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggg < 2:3323732/93‑1 (MQ=255)
cATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggg < 2:186431/93‑1 (MQ=255)
cATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggg < 2:819080/93‑1 (MQ=255)
cATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggg < 2:943955/93‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑gggggg > 2:5270327/1‑92 (MQ=255)
tGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggggc > 1:3051652/1‑91 (MQ=255)
tGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggggc > 1:2683152/1‑91 (MQ=255)
gTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggggcc > 1:3770223/1‑90 (MQ=255)
tttttGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑ggggggccg < 1:108583/93‑5 (MQ=255)
ttGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCgggg > 2:5055000/1‑92 (MQ=255)
ttGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGt < 2:3738632/93‑1 (MQ=255)
tGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTg > 1:5430469/1‑93 (MQ=255)
gATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGa < 1:1704303/93‑1 (MQ=255)
gATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGa > 2:5634715/1‑93 (MQ=255)
taataaTGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACa < 2:4469654/93‑1 (MQ=255)
taataaTGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACa > 1:407044/1‑93 (MQ=255)
taataaTGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACa > 2:2485405/1‑93 (MQ=255)
aataatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAg > 2:4564565/1‑93 (MQ=255)
aataatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAg < 1:5323898/93‑1 (MQ=255)
ataatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGa > 2:1423658/1‑93 (MQ=255)
ataatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGa > 1:2917890/1‑93 (MQ=255)
taatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGaa > 1:2580274/1‑93 (MQ=255)
taatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGaa > 2:3539865/1‑93 (MQ=255)
taatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGaa < 1:1645956/93‑1 (MQ=255)
aatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGaaa > 1:1176608/1‑93 (MQ=255)
aatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGaaa > 1:5622118/1‑93 (MQ=255)
aatGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGaaa < 1:1338469/93‑1 (MQ=255)
atGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAAc > 2:228242/1‑93 (MQ=255)
tGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACa > 1:2458646/1‑93 (MQ=255)
tGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACa > 1:3462107/1‑93 (MQ=255)
ggAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACaa < 2:4965415/93‑1 (MQ=255)
aaTTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAg > 1:3719738/1‑93 (MQ=255)
aaTTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAg < 1:6099628/93‑1 (MQ=255)
ttGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGAt > 1:2497237/1‑93 (MQ=255)
ttGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGAt > 2:782107/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGAtt > 1:3249414/1‑93 (MQ=255)
taaCTGAAATCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTa < 1:1616215/92‑1 (MQ=255)
aaCTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTAc > 2:6191516/1‑93 (MQ=255)
aaCTGAAAGCTGAGTGTGCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTAc < 2:5987115/93‑1 (MQ=255)
aCTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACa < 1:1668845/93‑1 (MQ=255)
cTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACaa > 2:5395156/1‑93 (MQ=255)
tGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAat < 2:3179857/93‑1 (MQ=255)
tGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAat > 2:5560463/1‑93 (MQ=255)
tGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAat < 2:2926725/93‑1 (MQ=255)
gAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAata < 1:1690289/93‑1 (MQ=255)
gAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAata < 1:3911022/93‑1 (MQ=255)
gAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAata < 1:2236513/93‑1 (MQ=255)
aaGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAatatt > 2:4405580/1‑92 (MQ=255)
aaGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATc < 2:5669910/93‑1 (MQ=255)
aGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCg < 1:5477765/93‑1 (MQ=255)
aGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCg > 1:4666079/1‑93 (MQ=255)
gCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGc < 2:3242076/93‑1 (MQ=255)
gCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGc > 2:3820716/1‑93 (MQ=255)
tGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGctc > 1:3311679/1‑93 (MQ=255)
tGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGctc < 2:4182569/93‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGctc > 2:6258088/1‑93 (MQ=255)
gAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGctct > 1:4139075/1‑93 (MQ=255)
gAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGctct > 2:3873424/1‑93 (MQ=255)
tgtTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGa > 1:5198671/1‑93 (MQ=255)
tgtTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGa > 2:504787/1‑93 (MQ=255)
tgtTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGa < 1:4220160/93‑1 (MQ=255)
tgtTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGa > 1:6283722/1‑93 (MQ=255)
ttCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGAtt < 2:1224256/93‑1 (MQ=255)
ttCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGGCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGAtt > 1:4479199/1‑93 (MQ=255)
tCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATta < 1:5951331/93‑1 (MQ=255)
tCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATta < 1:769926/93‑1 (MQ=255)
gATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATtata < 2:1125003/93‑1 (MQ=255)
aTAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTatat < 1:5880738/93‑1 (MQ=255)
tAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATc > 2:5247490/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATCTCATTGaa > 2:1536821/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGaa < 1:5568124/93‑1 (MQ=255)
ggATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggt > 2:514237/1‑93 (MQ=255)
gATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggtt < 2:3989387/93‑1 (MQ=255)
gATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggtt < 1:1454799/93‑1 (MQ=255)
gATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggtt < 1:4787763/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggttggtt < 2:6307215/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggttggtt < 1:2047076/93‑1 (MQ=255)
gtggTTATTGGCTAATCCTTGAGGCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggttggtt < 1:3154246/93‑1 (MQ=255)
gggtTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACggttggtt > 2:2593902/3‑93 (MQ=255)
tATGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTc > 1:1844084/1‑93 (MQ=255)
tGGTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTg > 1:4624299/1‑93 (MQ=255)
gTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGgt < 2:5343431/93‑1 (MQ=255)
gTCTAATCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGgt > 2:508266/1‑93 (MQ=255)
aaTCCTTGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTAt > 1:3032138/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAGACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCaa > 1:4014357/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTCGTGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCaa > 1:3005703/1‑93 (MQ=255)
|
TTATGCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCGT‑GGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCG > NC_000913/1209567‑1209746
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTATATC > NC_000913/1209571‑1209755
|
GCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGG > SRR4302533.3834839/1‑94 (MQ=60)
GCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGG < SRR4302533.1554213/94‑1 (MQ=60)
GCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGG < SRR4302533.5972269/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGGGC > SRR4302533.3070341/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGGGC > SRR4302533.2699591/1‑94 (MQ=60)
TGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGGgcc > SRR4302533.3793336/1‑91 (MQ=60)
GTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCG > SRR4302533.375881/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCG > SRR4302533.227389/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCG < SRR4302533.2049316/94‑1 (MQ=60)
TTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGG < SRR4302533.109268/94‑1 (MQ=60)
TTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGG < SRR4302533.6324525/94‑1 (MQ=60)
TTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGG < SRR4302533.5569290/94‑1 (MQ=60)
TTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGG < SRR4302533.744922/94‑1 (MQ=60)
TTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGT < SRR4302533.4800667/94‑1 (MQ=60)
TTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTG < SRR4302533.4520752/94‑1 (MQ=60)
TTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTG > SRR4302533.5463175/1‑94 (MQ=60)
GATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGAC < SRR4302533.1714627/94‑1 (MQ=60)
GATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGAC > SRR4302533.2479070/1‑94 (MQ=60)
GATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGAC > SRR4302533.3212325/1‑94 (MQ=60)
ATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACA > SRR4302533.409491/1‑94 (MQ=60)
TAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAG < SRR4302533.3061099/94‑1 (MQ=60)
AATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGA > SRR4302533.2935775/1‑94 (MQ=60)
AATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGA < SRR4302533.5355804/94‑1 (MQ=60)
ATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGGA > SRR4302533.1906260/1‑94 (MQ=60)
ATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAA > SRR4302533.2596151/1‑94 (MQ=60)
TAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAA > SRR4302533.1183669/1‑94 (MQ=60)
TAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAA > SRR4302533.5656100/1‑94 (MQ=60)
TAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAA < SRR4302533.6255397/94‑1 (MQ=60)
TAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAA > SRR4302533.1459639/1‑94 (MQ=60)
TAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAA < SRR4302533.1655920/94‑1 (MQ=60)
AATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAAC < SRR4302533.1346523/94‑1 (MQ=60)
AATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAAC < SRR4302533.1545185/94‑1 (MQ=60)
ATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACA > SRR4302533.2473818/1‑94 (MQ=60)
ATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACA > SRR4302533.3483479/1‑94 (MQ=60)
GAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAG > SRR4302533.3742570/1‑94 (MQ=60)
GAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAG < SRR4302533.2679431/94‑1 (MQ=60)
AATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGA < SRR4302533.6136465/94‑1 (MQ=60)
ATTGAACTGGAAGCTGAGTGTTCGATATGTGAAGAGGATGGGGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGCGGCAGAAACAAAGAT > SRR4302533.760260/1‑94 (MQ=60)
ATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGAT > SRR4302533.2512642/1‑94 (MQ=60)
TTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATT > SRR4302533.3269449/1‑94 (MQ=60)
TTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATT < SRR4302533.4238132/94‑1 (MQ=60)
TAACTGAAATCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTAC < SRR4302533.1626011/94‑1 (MQ=60)
ACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAA < SRR4302533.1678927/94‑1 (MQ=60)
CTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAAT > SRR4302533.3154668/1‑94 (MQ=60)
CTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAAT < SRR4302533.1521771/94‑1 (MQ=60)
TGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATA > SRR4302533.4148085/1‑94 (MQ=60)
GAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATAT < SRR4302533.2250340/94‑1 (MQ=60)
GAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATAT < SRR4302533.3934906/94‑1 (MQ=60)
GAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATAT < SRR4302533.5328708/94‑1 (MQ=60)
GAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATAT < SRR4302533.1700528/94‑1 (MQ=60)
AAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCG > SRR4302533.4694349/1‑94 (MQ=60)
AGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGC > SRR4302533.1573123/1‑94 (MQ=60)
AGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGC < SRR4302533.5510783/94‑1 (MQ=60)
CTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTC < SRR4302533.5209193/94‑1 (MQ=60)
CTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTC > SRR4302533.934585/1‑94 (MQ=60)
CTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTC > SRR4302533.3332130/1‑94 (MQ=60)
TGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCT > SRR4302533.5571041/1‑94 (MQ=60)
TGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCT > SRR4302533.4164181/1‑94 (MQ=60)
GTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGA > SRR4302533.5230019/1‑94 (MQ=60)
GTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGA > SRR4302533.6321218/1‑94 (MQ=60)
TGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGAT < SRR4302533.1253634/94‑1 (MQ=60)
TGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGAT < SRR4302533.4245678/94‑1 (MQ=60)
TGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGAT > SRR4302533.4285953/1‑94 (MQ=60)
GTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGGCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATT > SRR4302533.4506297/1‑94 (MQ=60)
TTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTA < SRR4302533.1783568/94‑1 (MQ=60)
GTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTAGGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTA < SRR4302533.1646544/94‑1 (MQ=60)
TCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTAT < SRR4302533.5987329/94‑1 (MQ=60)
TCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTAT < SRR4302533.5987328/94‑1 (MQ=60)
TCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTAT < SRR4302533.774457/94‑1 (MQ=60)
CGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATA > SRR4302533.304912/1‑94 (MQ=60)
CGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATA > SRR4302533.2467638/1‑94 (MQ=60)
ATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATC < SRR4302533.5916274/94‑1 (MQ=60)
AAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAAC < SRR4302533.5601781/94‑1 (MQ=60)
AAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAAC < SRR4302533.5478738/94‑1 (MQ=60)
GATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTG < SRR4302533.4816761/94‑1 (MQ=60)
GATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTG < SRR4302533.1463571/94‑1 (MQ=60)
TGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGT > SRR4302533.1667665/1‑94 (MQ=60)
GGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTT < SRR4302533.3540457/94‑1 (MQ=60)
GGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTT < SRR4302533.1940351/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTG < SRR4302533.2059699/94‑1 (MQ=60)
GTGGTTATTGGCTAATCCTTGAGGCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTG < SRR4302533.3173638/94‑1 (MQ=60)
TTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTC > SRR4302533.3952583/1‑94 (MQ=60)
TTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTC > SRR4302533.1855333/1‑94 (MQ=60)
ATGGTCTAATCCTTGAGTCGCG‑GGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTG > SRR4302533.2980215/1‑94 (MQ=60)
ATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTG > SRR4302533.4652329/1‑94 (MQ=60)
TCTAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGT > SRR4302533.2188829/1‑94 (MQ=60)
TAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTAT > SRR4302533.5695446/1‑94 (MQ=60)
TAATCCTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTAT > SRR4302533.3050688/1‑94 (MQ=60)
CTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAGACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAA > SRR4302533.4038801/1‑94 (MQ=60)
CTTGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAA > SRR4302533.3024090/1‑94 (MQ=60)
TGAGTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGT > SRR4302533.2703552/1‑94 (MQ=60)
GTCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGT < SRR4302533.6069299/94‑1 (MQ=60)
TCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTA > SRR4302533.4958681/1‑94 (MQ=60)
TCG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTA > SRR4302533.6318862/1‑94 (MQ=60)
CG‑TGGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAG > SRR4302533.4501530/1‑94 (MQ=60)
gtgGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGT > SRR4302533.5694338/4‑94 (MQ=60)
gtgGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGT > SRR4302533.1937091/4‑94 (MQ=60)
tgGGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTA > SRR4302533.347532/3‑94 (MQ=60)
G‑GGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTAT < SRR4302533.350130/94‑1 (MQ=60)
G‑GGGGGCCGGGAGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTAT > SRR4302533.3240190/1‑94 (MQ=60)
GGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTATA < SRR4302533.756604/94‑1 (MQ=60)
GGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTATAT < SRR4302533.1712572/94‑1 (MQ=60)
GGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTATATC > SRR4302533.3635175/1‑94 (MQ=60)
|
GCATGTTTTTGATAATAATGGAATTGAACTGAAAGCTGAGTGTTCGATAGGTGAAGAGGATGGTGTTTATGGTCTAATCCTTGAGTCG‑T‑GGGGGCCGGGTGACAGAAACAAAGATTACAATATCGCTCTTGATTATATCATTGAACGGTTGGTTGATTCTGGTGTATCCCAAGTCGTAGTATATC > NC_000913/1209571‑1209755
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
