Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,216,420 |
A→G |
intergenic (+201/‑89) |
ymgC → / → b1168 |
hypothetical protein/putative proteases |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,216,420 | 0 | A | G | 99.5%
| 1263.5
/ NA
| 386 | intergenic (+201/‑89) | ymgC/b1168 | hypothetical protein/putative proteases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (166/218); minor base T (1/1); total (167/219) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509
|
aTGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGa < 1:6546804/93‑1 (MQ=255)
tGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAt > 2:9500694/1‑93 (MQ=255)
tGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAt > 2:2333786/1‑93 (MQ=255)
ggAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATCTCCCGCCTAACTTATTTTGTCATGCCTACATCATGCTCCATAATTACTGGGATAGAta > 1:1333935/1‑92 (MQ=255)
gagaGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCa > 1:9951018/1‑93 (MQ=255)
atntctcGCNCTCCATTCTTGNNGCNTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa < 1:264223/90‑1 (MQ=255)
agTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa > 1:8566960/1‑93 (MQ=255)
agTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa < 1:5050147/93‑1 (MQ=255)
ttCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg > 1:4063786/1‑93 (MQ=255)
ttCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg > 1:3353067/1‑93 (MQ=255)
ttCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg > 1:8349916/1‑93 (MQ=255)
ttCTCCCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg < 2:7559786/93‑1 (MQ=255)
tcGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgag > 1:5197470/1‑93 (MQ=255)
tcGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgag > 2:9699061/1‑93 (MQ=255)
cGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgaga < 2:9013366/93‑1 (MQ=255)
cGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgaga < 1:1382429/93‑1 (MQ=255)
cGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgaga < 1:3628849/93‑1 (MQ=255)
ccATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAttt > 2:3541448/1‑93 (MQ=255)
ccATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAttt < 2:2883894/93‑1 (MQ=255)
cATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAAtttt > 2:7821670/1‑93 (MQ=255)
ttCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAACATTTTAt > 1:9046453/1‑93 (MQ=255)
ttCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTAt < 2:6150752/93‑1 (MQ=255)
ttCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTAt < 1:7404732/93‑1 (MQ=255)
ttCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTAt < 1:9635695/93‑1 (MQ=255)
tCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATc < 2:9784999/93‑1 (MQ=255)
ttGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCtt < 1:6998521/93‑1 (MQ=255)
ttGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCtt < 2:8238739/93‑1 (MQ=255)
tGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTc < 2:1918056/93‑1 (MQ=255)
tGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTc > 2:806322/1‑93 (MQ=255)
tGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTc < 1:2681418/93‑1 (MQ=255)
gACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCg < 2:6572895/93‑1 (MQ=255)
gCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCg > 2:4314081/1‑93 (MQ=255)
ccgaatatCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGt < 1:551408/89‑1 (MQ=255)
cTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTg < 1:5884126/93‑1 (MQ=255)
cTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTg < 2:1011565/93‑1 (MQ=255)
cTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTg < 1:2284167/93‑1 (MQ=255)
tGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTgg < 1:5391387/93‑1 (MQ=255)
tGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTgg > 1:6848809/1‑93 (MQ=255)
gATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGa > 2:5189400/1‑93 (MQ=255)
atatCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGat > 1:9981850/1‑93 (MQ=255)
tatCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGata > 1:2100241/1‑93 (MQ=255)
tatCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGata > 2:5075617/1‑93 (MQ=255)
atCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGatat < 1:4244859/93‑1 (MQ=255)
tCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATAtt > 2:4228142/1‑93 (MQ=255)
gCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCtt > 1:2464847/1‑93 (MQ=255)
tAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATg > 1:8256079/1‑93 (MQ=255)
tAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATg > 1:7188468/1‑93 (MQ=255)
aCTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGct < 2:1815654/93‑1 (MQ=255)
ttATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctct < 2:4864623/93‑1 (MQ=255)
tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc > 2:8184565/1‑93 (MQ=255)
tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc < 2:3289832/93‑1 (MQ=255)
tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc < 2:6467160/93‑1 (MQ=255)
tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc > 2:879809/1‑93 (MQ=255)
ttttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTa < 1:7835928/93‑1 (MQ=255)
ttttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTa < 2:2113628/93‑1 (MQ=255)
tttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTAc > 2:5609048/1‑93 (MQ=255)
tttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTAc < 1:7866537/93‑1 (MQ=255)
tGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCa < 2:2443950/93‑1 (MQ=255)
gTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCAt < 1:2993132/93‑1 (MQ=255)
gTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCAt < 2:7138313/93‑1 (MQ=255)
tACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATg < 1:9142913/93‑1 (MQ=255)
aCTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGc < 2:6718307/93‑1 (MQ=255)
tGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGctc > 1:3809440/1‑93 (MQ=255)
tGCCTACATTATGATCAATTATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGcac < 1:8980121/93‑3 (MQ=255)
ccTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGctctc > 2:9562449/1‑93 (MQ=255)
ccTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGctctc < 1:1765942/93‑1 (MQ=255)
aCATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGt > 2:8588430/1‑93 (MQ=255)
aCATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGt < 2:1442626/93‑1 (MQ=255)
cATTATGCTTAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTa < 1:322944/93‑1 (MQ=255)
cATTATGCTCAATAATTAATGGGGTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATCCTCTCTGTa > 1:2790427/1‑93 (MQ=255)
aTTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAg > 1:8002762/1‑93 (MQ=255)
aTTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAg > 2:7257795/1‑93 (MQ=255)
ttATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGa > 2:2660827/1‑93 (MQ=255)
ttATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGa < 2:1688829/93‑1 (MQ=255)
ttATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCGTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCTTGCTCTCTGTAGa < 1:6717087/93‑1 (MQ=255)
tATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAt < 2:542980/93‑1 (MQ=255)
tATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAt > 2:1655635/1‑93 (MQ=255)
tATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAt > 1:5764098/1‑93 (MQ=255)
tATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAt < 1:7295225/93‑1 (MQ=255)
tATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAt > 2:4405300/1‑93 (MQ=255)
tATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAt < 1:9505169/93‑1 (MQ=255)
aTGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATg > 2:5999102/1‑93 (MQ=255)
tGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGc < 2:8333478/93‑1 (MQ=255)
gCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGcc > 2:9140994/1‑93 (MQ=255)
gCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGcc > 2:4742316/1‑93 (MQ=255)
cTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCa < 2:5792219/93‑1 (MQ=255)
cTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCa < 1:1006393/93‑1 (MQ=255)
cTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCa < 1:7663257/93‑1 (MQ=255)
ccAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAg < 1:3478094/92‑1 (MQ=255)
taattaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGcgcg > 1:4896880/1‑93 (MQ=255)
aattaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcga > 1:4460462/1‑93 (MQ=255)
aattaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcga > 2:317237/1‑93 (MQ=255)
attaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcgag < 1:1849862/93‑1 (MQ=255)
attaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcgag < 2:3788437/93‑1 (MQ=255)
aatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcgagcga < 2:6991003/93‑1 (MQ=255)
atGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaa < 2:4627904/93‑1 (MQ=255)
atGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaa < 2:3950183/93‑1 (MQ=255)
ggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatga < 1:6285008/93‑1 (MQ=255)
ggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatga > 1:9299516/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatgaa < 1:1174903/93‑1 (MQ=255)
|
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 211 total aligned reads displayed.
AGAATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATGG > NC_000913/1216327‑1216512
|
AGAGTGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACCCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTG < SRR4302540.5073735/94‑1 (MQ=60)
AGAATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTG < SRR4302540.9407934/94‑1 (MQ=60)
GAATGGAGCGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATACCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGG < SRR4302540.7730015/94‑1 (MQ=60)
GAATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGG < SRR4302540.9766483/94‑1 (MQ=60)
AAATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGG < SRR4302540.7730013/94‑1 (MQ=60)
AATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGA < SRR4302540.8350504/94‑1 (MQ=60)
AATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGA > SRR4302540.4393700/1‑94 (MQ=60)
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAT < SRR4302540.7563527/94‑1 (MQ=60)
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAT < SRR4302540.5332057/94‑1 (MQ=60)
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAT < SRR4302540.6619432/94‑1 (MQ=60)
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAT < SRR4302540.6579515/94‑1 (MQ=60)
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAT > SRR4302540.4129670/1‑94 (MQ=60)
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAT < SRR4302540.2734983/94‑1 (MQ=60)
TGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATCTCCCGCCTAACTTATTTTGTCATGCCTACATCATGCTCCATAATTACTGGGATAGATA > SRR4302540.1347888/1‑94 (MQ=60)
TGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATC < SRR4302540.2834043/94‑1 (MQ=60)
GGATAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCA < SRR4302540.5204355/94‑1 (MQ=60)
GGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCA > SRR4302540.10067191/1‑94 (MQ=60)
GGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCA < SRR4302540.1796484/94‑1 (MQ=60)
GGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCA < SRR4302540.9729261/94‑1 (MQ=60)
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TTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTAC < SRR4302540.7927482/94‑1 (MQ=60)
TTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTAC < SRR4302540.7927483/94‑1 (MQ=60)
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TGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCAT < SRR4302540.107903/94‑1 (MQ=60)
TGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCAT < SRR4302540.1240712/94‑1 (MQ=60)
GTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATG < SRR4302540.3026129/94‑1 (MQ=60)
TACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGC < SRR4302540.9252747/94‑1 (MQ=60)
ACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGGTGGATCACGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTCTGCTCTGTACCATGCT > SRR4302540.26966/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTC > SRR4302540.7423781/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTC < SRR4302540.9737454/94‑1 (MQ=60)
CTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTC > SRR4302540.3850929/1‑94 (MQ=60)
TGCCTACATTATGATCAATTATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCACT < SRR4302540.9087131/94‑1 (MQ=60)
TGCCTACATGATGCTCCATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTACCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCT < SRR4302540.7905106/94‑1 (MQ=60)
CCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCT < SRR4302540.9378051/94‑1 (MQ=60)
CCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCT < SRR4302540.1785094/94‑1 (MQ=60)
CTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTG > SRR4302540.2524524/1‑94 (MQ=60)
CTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTG < SRR4302540.2613620/94‑1 (MQ=60)
CTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTG < SRR4302540.5868014/94‑1 (MQ=60)
TACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGT > SRR4302540.9130802/1‑94 (MQ=60)
TACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGT > SRR4302540.9130803/1‑94 (MQ=60)
TACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGT < SRR4302540.7122017/94‑1 (MQ=60)
ACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTA > SRR4302540.2820557/1‑94 (MQ=60)
ACATTATGCTCAATAATTAATGGGGTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATCCTCTCTGTA > SRR4302540.2820556/1‑94 (MQ=60)
CATTATGCTTAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAG < SRR4302540.326173/94‑1 (MQ=60)
CATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAG > SRR4302540.8095902/1‑94 (MQ=60)
CATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAG > SRR4302540.2651226/1‑94 (MQ=60)
TTATGCTCAATAATTAATGGGTTTGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAT < SRR4302540.7977168/94‑1 (MQ=60)
TTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAT < SRR4302540.5533806/94‑1 (MQ=60)
TTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAT < SRR4302540.7977167/94‑1 (MQ=60)
TTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAT > SRR4302540.5827744/1‑94 (MQ=60)
TTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGAT < SRR4302540.198902/94‑1 (MQ=60)
TTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCGTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCTTGCTCTCTGTAGAT < SRR4302540.6791191/94‑1 (MQ=60)
TATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATG < SRR4302540.2378702/94‑1 (MQ=60)
TATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATG < SRR4302540.9617783/94‑1 (MQ=60)
TATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATG < SRR4302540.7376642/94‑1 (MQ=60)
TATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATA < SRR4302540.3589572/94‑1 (MQ=60)
TATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTATATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATG < SRR4302540.9617784/94‑1 (MQ=60)
ATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGC > SRR4302540.6190060/1‑94 (MQ=60)
GCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCA < SRR4302540.7286447/94‑1 (MQ=60)
GCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCA < SRR4302540.5713377/94‑1 (MQ=60)
CTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAG > SRR4302540.268976/1‑94 (MQ=60)
CTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAG < SRR4302540.9176625/94‑1 (MQ=60)
CTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAG < SRR4302540.7749569/94‑1 (MQ=60)
CTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAG < SRR4302540.1390189/94‑1 (MQ=60)
CTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAG < SRR4302540.1016598/94‑1 (MQ=60)
CTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATACTCTCTGTAGATGCCAG > SRR4302540.7148152/1‑94 (MQ=60)
TCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGC < SRR4302540.5642580/94‑1 (MQ=60)
TCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGC < SRR4302540.3743105/94‑1 (MQ=60)
TCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGC < SRR4302540.2323027/94‑1 (MQ=60)
CCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGC < SRR4302540.3515962/94‑1 (MQ=60)
CAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCG > SRR4302540.5010452/1‑94 (MQ=60)
CAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCG > SRR4302540.2808621/1‑94 (MQ=60)
AATAATTAATGGGTTGGATCTAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGC > SRR4302540.9854615/1‑94 (MQ=60)
AATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGC < SRR4302540.6425607/94‑1 (MQ=60)
ATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCG > SRR4302540.4949554/1‑94 (MQ=60)
TAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGA > SRR4302540.4508819/1‑94 (MQ=60)
ATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGC > SRR4302540.6269050/1‑94 (MQ=60)
ATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGC < SRR4302540.1870149/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGC < SRR4302540.1390815/94‑1 (MQ=60)
TTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCG < SRR4302540.7342249/94‑1 (MQ=60)
TAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGA < SRR4302540.8404332/94‑1 (MQ=60)
TAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGA > SRR4302540.1356518/1‑94 (MQ=60)
AATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAA < SRR4302540.703120/94‑1 (MQ=60)
AATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAA < SRR4302540.9127837/94‑1 (MQ=60)
AATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAA < SRR4302540.7238282/94‑1 (MQ=60)
TGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATG > SRR4302540.3461495/1‑94 (MQ=60)
GGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGA > SRR4302540.9410607/1‑94 (MQ=60)
GGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > SRR4302540.2843930/1‑94 (MQ=60)
GGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA < SRR4302540.3295024/94‑1 (MQ=60)
GGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA < SRR4302540.6354957/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAAT < SRR4302540.1856400/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAAT < SRR4302540.10091090/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAAT < SRR4302540.1187046/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAAT < SRR4302540.8145918/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAAT < SRR4302540.1209816/94‑1 (MQ=60)
TTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATG < SRR4302540.3558744/94‑1 (MQ=60)
TTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATG > SRR4302540.736607/1‑94 (MQ=60)
TTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATG > SRR4302540.3066931/1‑94 (MQ=60)
TTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATG < SRR4302540.6859746/94‑1 (MQ=60)
TGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATGG < SRR4302540.8852425/94‑1 (MQ=60)
TGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATGG > SRR4302540.6013512/1‑94 (MQ=60)
TGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATGG > SRR4302540.2083643/1‑94 (MQ=60)
|
AGAATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAATGG > NC_000913/1216327‑1216512
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |