Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,316,595 |
(C)6→5 |
coding (1218/1362 nt) |
trpC ← |
N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,316,590 | 0 | C | . | 99.4%
| 798.6
/ ‑3.6
| 175 | coding (1223/1362 nt) | trpC | N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (82/92); minor base G (0/1); total (82/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTAAAACA > NC_000913/1316499‑1316682
|
tttGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcc > 2:4902015/1‑93 (MQ=255)
tttGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcc < 2:5879102/93‑1 (MQ=255)
tttGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcc > 1:2079749/1‑93 (MQ=255)
ttGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGccc < 1:2616746/93‑1 (MQ=255)
ttGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGccc < 1:5234214/93‑1 (MQ=255)
tGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccc < 2:3650526/93‑1 (MQ=255)
tGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccc < 1:5621218/93‑1 (MQ=255)
tGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTTCGGCGCAGCCGGTTTGTGCGGCTTCCAGGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccgcgc > 2:4979305/1‑89 (MQ=255)
tGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccccgc < 2:3861937/93‑3 (MQ=255)
tGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccccgc > 1:1927891/1‑91 (MQ=255)
ccGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcag > 2:661010/1‑93 (MQ=255)
ccGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcag > 1:5052070/1‑93 (MQ=255)
ccGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcag > 2:1203684/1‑93 (MQ=255)
ggTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcagca > 2:944191/1‑93 (MQ=255)
gTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcagcag > 1:2232197/1‑93 (MQ=255)
gTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCcagcag > 1:2785864/1‑93 (MQ=255)
gCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAAc < 1:1551955/93‑1 (MQ=255)
gCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAAc > 1:3914163/1‑93 (MQ=255)
gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGt < 1:1563775/93‑1 (MQ=255)
gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGt < 1:5335445/93‑1 (MQ=255)
gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGt > 1:131303/1‑93 (MQ=255)
gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCT‑AGGCCCCCGCCAGCAGAACGt < 2:6146208/93‑1 (MQ=255)
aCTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCC‑CCAGCAGAACGtt > 1:4683771/1‑93 (MQ=255)
aCTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGtt > 1:3283631/1‑93 (MQ=255)
tctACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGc > 1:80450/1‑93 (MQ=255)
tACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCa < 2:2890139/93‑1 (MQ=255)
tACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCa < 1:3587708/93‑1 (MQ=255)
gcagAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCg < 1:5412504/93‑1 (MQ=255)
agAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAt < 2:6282327/93‑1 (MQ=255)
gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt < 1:101442/93‑1 (MQ=255)
aaTTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTg > 1:250900/1‑93 (MQ=255)
aaTTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTg > 1:1895520/1‑93 (MQ=255)
aTTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGa > 2:1303060/1‑93 (MQ=255)
ttAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGAc > 2:5623186/1‑93 (MQ=255)
tAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGAcc < 2:6091903/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCa < 2:491646/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCa > 2:3216804/1‑93 (MQ=255)
aaaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCa < 1:3811694/93‑1 (MQ=255)
aaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAt < 1:318070/93‑1 (MQ=255)
aaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAtt < 1:2269877/93‑1 (MQ=255)
aTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGCCCAttt > 2:4536717/1‑93 (MQ=255)
tCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTa > 1:68470/1‑93 (MQ=255)
cAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTaa < 1:5844115/93‑1 (MQ=255)
aaGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAAt > 2:3551506/1‑93 (MQ=255)
gcccGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAg < 1:4888429/91‑1 (MQ=255)
gTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAg < 1:3030311/93‑1 (MQ=255)
ggCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGAc < 1:879842/93‑1 (MQ=255)
gcgcAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGAcc < 2:2458943/93‑1 (MQ=255)
gcgcAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGAcc > 1:5038299/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGAcc < 2:4621986/93‑1 (MQ=255)
cAGCCGGTTTGTGCCGCTCCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGt < 1:4339468/93‑1 (MQ=255)
aGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTc < 1:859266/93‑1 (MQ=255)
aGCCGGTTTGGGCCGCTTCCCCGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTc > 2:1389779/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCa > 1:5949018/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCa < 1:6172068/93‑1 (MQ=255)
cGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCaaa < 1:4228701/93‑1 (MQ=255)
ggTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCaaaa > 1:1709988/1‑93 (MQ=255)
ggTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCaaaa > 2:186100/1‑93 (MQ=255)
gTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAAc < 1:1255117/93‑1 (MQ=255)
gTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑ACCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAAc > 1:4005364/1‑93 (MQ=255)
tttGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACg > 2:2731384/1‑93 (MQ=255)
tttGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACg > 2:5822853/1‑93 (MQ=255)
ttGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGt > 2:6042551/1‑93 (MQ=255)
tgtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGtt < 2:2342740/93‑1 (MQ=255)
tgtgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGtt > 2:3174312/1‑93 (MQ=255)
tgCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGc < 2:5922530/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGcc < 2:1003132/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGccc < 1:2946188/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGccc < 1:2675873/93‑1 (MQ=255)
cGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCg > 2:1947354/1‑93 (MQ=255)
gCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGc > 1:1628378/1‑93 (MQ=255)
gCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGc > 2:1317256/1‑93 (MQ=255)
cTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCt > 2:1569368/1‑93 (MQ=255)
cTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCt < 1:558087/93‑1 (MQ=255)
ttCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCtt > 2:4292127/1‑93 (MQ=255)
ccACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTcc < 2:3429084/93‑1 (MQ=255)
cACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCa > 2:3320678/1‑93 (MQ=255)
aCGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCAc > 2:5224543/1‑93 (MQ=255)
cGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCAcc < 2:3072058/93‑1 (MQ=255)
gCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCAccc < 1:2365581/93‑1 (MQ=255)
gCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCAccc < 2:1718856/93‑1 (MQ=255)
cAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCt > 2:1160536/1‑93 (MQ=255)
gTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTgg < 2:4925662/93‑1 (MQ=255)
gTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTgg > 1:1476923/1‑93 (MQ=255)
gTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTgg > 2:5989479/1‑93 (MQ=255)
gTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCAGTCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTgg < 2:6266355/93‑1 (MQ=255)
ttATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGc < 1:3650797/93‑1 (MQ=255)
tATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGcc > 2:4511682/1‑93 (MQ=255)
tCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGt < 2:1275763/93‑1 (MQ=255)
tCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGt > 2:5290135/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTg < 2:3423902/93‑1 (MQ=255)
tGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTg < 1:2174283/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGt < 2:3259340/93‑1 (MQ=255)
gccccTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGt < 2:616116/90‑1 (MQ=255)
gcCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCt < 2:3241974/93‑1 (MQ=255)
gcCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCt < 2:439294/93‑1 (MQ=255)
ccTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTa > 2:109161/1‑93 (MQ=255)
cTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTaa > 2:5424298/1‑93 (MQ=255)
cTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTaa > 1:2289276/1‑93 (MQ=255)
ccccccGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTAAAACa < 1:1122936/93‑1 (MQ=255)
|
TTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTAAAACA > NC_000913/1316499‑1316682
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTAAAACATATTTA > NC_000913/1316502‑1316688
|
GATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCG > SRR4302533.2413290/1‑94 (MQ=60)
CCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAG < SRR4302533.5541281/94‑1 (MQ=60)
CCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAG > SRR4302533.5082618/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGC > SRR4302533.1509333/1‑94 (MQ=60)
GGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAG > SRR4302533.2802980/1‑94 (MQ=60)
GGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAG > SRR4302533.2245971/1‑94 (MQ=60)
GGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAG < SRR4302533.5434439/94‑1 (MQ=60)
TGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAAC > SRR4302533.3938073/1‑94 (MQ=60)
GCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACG < SRR4302533.1561298/94‑1 (MQ=60)
CGACTCTACAGCAGAATTACAATCTAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCCGCCGAACGT < SRR4302533.6337408/94‑1 (MQ=60)
CGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGT > SRR4302533.132127/1‑94 (MQ=60)
GACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCC‑CCAGCAGAACGTT > SRR4302533.4712147/1‑94 (MQ=60)
GACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTT > SRR4302533.3090918/1‑94 (MQ=60)
GACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTT > SRR4302533.3264998/1‑94 (MQ=60)
GACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTT < SRR4302533.1573188/94‑1 (MQ=60)
GACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTT < SRR4302533.5367426/94‑1 (MQ=60)
GACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTT > SRR4302533.3303901/1‑94 (MQ=60)
GACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTT > SRR4302533.5972544/1‑94 (MQ=60)
ACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTG < SRR4302533.4014733/94‑1 (MQ=60)
CTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGC > SRR4302533.5078778/1‑94 (MQ=60)
CTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGC > SRR4302533.4863385/1‑94 (MQ=60)
CTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGC > SRR4302533.80963/1‑94 (MQ=60)
TCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCC < SRR4302533.2040009/94‑1 (MQ=60)
CTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACCTTGCCA < SRR4302533.1570450/94‑1 (MQ=60)
TACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAA < SRR4302533.3609800/94‑1 (MQ=60)
TACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAA < SRR4302533.878535/94‑1 (MQ=60)
AGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCG < SRR4302533.5256763/94‑1 (MQ=60)
GCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGA < SRR4302533.5445051/94‑1 (MQ=60)
AGAATTACAATCAAGTCCGGCGCAGCAGTTTTGTGCCGCTACCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATT < SRR4302533.4959455/94‑1 (MQ=60)
AGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATT > SRR4302533.2968905/1‑94 (MQ=60)
GAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTG < SRR4302533.102072/94‑1 (MQ=60)
GAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTG > SRR4302533.252447/1‑94 (MQ=60)
GAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTG > SRR4302533.1907090/1‑94 (MQ=60)
TAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCA < SRR4302533.1338680/94‑1 (MQ=60)
TAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCA < SRR4302533.3623374/94‑1 (MQ=60)
AAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAT < SRR4302533.3835004/94‑1 (MQ=60)
AAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATT < SRR4302533.320020/94‑1 (MQ=60)
AATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTT < SRR4302533.2283921/94‑1 (MQ=60)
AATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTT < SRR4302533.4255104/94‑1 (MQ=60)
ATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTA > SRR4302533.68917/1‑94 (MQ=60)
ATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTA < SRR4302533.3817250/94‑1 (MQ=60)
CAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAAT < SRR4302533.5879448/94‑1 (MQ=60)
GTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGT < SRR4302533.3048855/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGT < SRR4302533.4918046/94‑1 (MQ=60)
TCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTG < SRR4302533.1614981/94‑1 (MQ=60)
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GGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACC > SRR4302533.5068806/1‑94 (MQ=60)
GGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACC < SRR4302533.885006/94‑1 (MQ=60)
CGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAG > SRR4302533.948321/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGT > SRR4302533.1932962/1‑94 (MQ=60)
CAGCCGGTTTGTGCCGCTCCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTC < SRR4302533.4365622/94‑1 (MQ=60)
AGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCA > SRR4302533.5984997/1‑94 (MQ=60)
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CGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAA < SRR4302533.5769541/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAA > SRR4302533.170317/1‑94 (MQ=60)
CGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAA > SRR4302533.1720351/1‑94 (MQ=60)
CGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAA < SRR4302533.4254268/94‑1 (MQ=60)
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GGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAAC > SRR4302533.826987/1‑94 (MQ=60)
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GTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACG > SRR4302533.2286964/1‑94 (MQ=60)
GTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACG < SRR4302533.1262621/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCG < SRR4302533.2692285/94‑1 (MQ=60)
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CGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGC > SRR4302533.1638238/1‑94 (MQ=60)
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CCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCA > SRR4302533.1785082/1‑94 (MQ=60)
CGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCC > SRR4302533.614323/1‑94 (MQ=60)
CGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCC > SRR4302533.2122808/1‑94 (MQ=60)
GCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCT < SRR4302533.2380215/94‑1 (MQ=60)
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CAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTG < SRR4302533.1163838/94‑1 (MQ=60)
AGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGG > SRR4302533.1485850/1‑94 (MQ=60)
TTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCC < SRR4302533.3673245/94‑1 (MQ=60)
TTATCTGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCC > SRR4302533.130711/1‑94 (MQ=60)
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TGCGCCTAAG‑CCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGT < SRR4302533.5297668/94‑1 (MQ=60)
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
