Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,776,008 |
T→C |
Y264Y (TAT→TAC) |
b1695 → |
putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,776,008 | 0 | T | C | 100.0%
| 693.0
/ NA
| 215 | Y264Y (TAT→TAC) | b1695 | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (103/112); total (103/112) |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAA > NC_000913/1775918‑1776097
|
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gtgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcc > 1:4580225/1‑93 (MQ=255)
tgATGTACAAGTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcca > 2:3856029/1‑93 (MQ=255)
tgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcca < 1:3776246/93‑1 (MQ=255)
tgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcca < 2:53958/93‑1 (MQ=255)
tgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcca > 2:4491136/1‑93 (MQ=255)
gATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaa < 1:3288832/93‑1 (MQ=255)
aTGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaac > 1:1471538/1‑93 (MQ=255)
aTGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaac < 2:882995/93‑1 (MQ=255)
tACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaaccaa < 1:5519372/93‑1 (MQ=255)
tACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaaccaa > 2:1143114/1‑93 (MQ=255)
tACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaaccaa > 2:2885077/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTa > 2:4465050/1‑93 (MQ=255)
cTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTAt > 2:2268619/1‑93 (MQ=255)
tttGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATc > 2:2148525/1‑93 (MQ=255)
tttGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATc > 1:4356933/1‑93 (MQ=255)
gagaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCt > 2:410420/1‑93 (MQ=255)
agaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtt > 1:235294/1‑93 (MQ=255)
agaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtt > 2:2541303/1‑93 (MQ=255)
gaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCACCGTATCGCttt > 2:822602/1‑93 (MQ=255)
gaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCttt < 2:1585320/93‑1 (MQ=255)
gaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCttt < 1:4985827/93‑1 (MQ=255)
aTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtttt < 1:1860344/93‑1 (MQ=255)
tGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCATCGTATCGCTTTTg < 1:600254/93‑1 (MQ=255)
ggAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTgg < 1:200563/93‑1 (MQ=255)
aGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTa < 1:728097/93‑1 (MQ=255)
gctccTGAGCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTaa < 1:2023589/90‑1 (MQ=255)
ccTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGcc > 1:1704474/1‑93 (MQ=255)
ccTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCACCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGcc < 1:2103927/93‑1 (MQ=255)
cTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGccc < 2:2765467/93‑1 (MQ=255)
cTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCACGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGccc > 1:4004271/1‑93 (MQ=255)
tGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCa > 1:1912363/1‑93 (MQ=255)
tGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCa > 2:4580840/1‑93 (MQ=255)
gATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCTCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAt < 2:5243138/93‑1 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt > 2:701027/1‑93 (MQ=255)
tCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTg < 1:220819/93‑1 (MQ=255)
acAACTCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTg < 2:1909705/92‑1 (MQ=255)
ccaCGCCGGGCGCAGCACCGGGTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCCGCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTgg < 1:1171385/91‑1 (MQ=255)
cAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTgg > 1:1392833/1‑93 (MQ=255)
cAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTgg > 2:4702907/1‑93 (MQ=255)
cAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTgg < 2:6058040/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGt > 1:2297109/1‑93 (MQ=255)
ccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATa < 2:3515188/93‑1 (MQ=255)
gcgcgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTTGTAAGCCCATTGGTCATAAc > 2:5997697/1‑93 (MQ=255)
cgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAg < 1:4813104/93‑1 (MQ=255)
cgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAg > 2:4256584/1‑93 (MQ=255)
cgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGAAGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAg < 1:2990259/93‑1 (MQ=255)
gcagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAga < 1:5043701/93‑1 (MQ=255)
gcagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAga < 2:10955/93‑1 (MQ=255)
cagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgat < 2:3966605/93‑1 (MQ=255)
agcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCTCATTGGTCATAACCAgatg < 2:6167039/93‑1 (MQ=255)
agcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatg < 1:4271917/93‑1 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga < 2:5549986/93‑1 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga > 1:5624984/1‑93 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga < 1:4121584/93‑1 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc > 1:1737956/1‑93 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc > 2:4930134/1‑93 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc < 2:2004386/93‑1 (MQ=255)
cGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCa < 1:6227316/93‑1 (MQ=255)
cGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCa < 2:756549/93‑1 (MQ=255)
ggCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAg > 1:583137/1‑93 (MQ=255)
gCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAgg > 1:3948722/1‑93 (MQ=255)
gCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAgg > 2:1447318/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGa > 1:5850145/1‑93 (MQ=255)
tttGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaa > 1:1140855/1‑93 (MQ=255)
tttGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaa > 1:101821/1‑93 (MQ=255)
tGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaa < 2:6292992/93‑1 (MQ=255)
gCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaaa > 2:3068653/1‑93 (MQ=255)
gCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaaa < 2:5760856/93‑1 (MQ=255)
ccGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAAc < 1:2522745/93‑1 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg < 1:934067/93‑1 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg > 2:2063473/1‑93 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg < 1:268515/93‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg < 1:6272293/93‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg < 2:120279/93‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg > 1:1610988/1‑93 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg > 2:4607200/1‑93 (MQ=255)
gcgcCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgcgc < 2:1861822/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgcgc < 1:2575103/93‑1 (MQ=255)
gcttttGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTg > 2:2389862/4‑93 (MQ=255)
cTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGAt > 1:1960228/1‑93 (MQ=255)
tttGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATg > 1:2902315/1‑93 (MQ=255)
tttGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATg < 1:3320915/93‑1 (MQ=255)
ttGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATgg > 1:123106/1‑93 (MQ=255)
tGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATggg > 1:94319/1‑92 (MQ=255)
gAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCg < 1:518462/93‑1 (MQ=255)
aaGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGa < 2:2703600/93‑1 (MQ=255)
aGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAt > 2:5271007/1‑93 (MQ=255)
gATGCCGCCCGCTACGCCACCCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAtt < 1:511917/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTaa < 2:3568982/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTaa < 1:3979430/93‑1 (MQ=255)
gccgccCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAg > 1:5693261/1‑93 (MQ=255)
ccgcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAGCCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGa > 2:4942811/1‑93 (MQ=255)
ccgcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGa < 1:3743600/93‑1 (MQ=255)
cgcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGAt < 2:3144594/93‑1 (MQ=255)
gcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATc < 2:3825622/93‑1 (MQ=255)
cgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGac > 2:2912966/1‑93 (MQ=255)
cgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGac < 2:6124552/93‑1 (MQ=255)
cgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGac < 2:900744/93‑1 (MQ=255)
gcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGaca > 1:6246762/1‑93 (MQ=255)
|
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAA > NC_000913/1775918‑1776097
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG > NC_000913/1775915‑1776101
|
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTAC > SRR4302533.477938/1‑94 (MQ=60)
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCAGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTAC < SRR4302533.797310/94‑1 (MQ=60)
AATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACG > SRR4302533.6279947/1‑94 (MQ=60)
AATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACG > SRR4302533.5235245/1‑94 (MQ=60)
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCC > SRR4302533.4607981/1‑94 (MQ=60)
TGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAA < SRR4302533.3799392/94‑1 (MQ=60)
GATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAAC < SRR4302533.3309135/94‑1 (MQ=60)
GATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAAC > SRR4302533.1480432/1‑94 (MQ=60)
GTGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACC < SRR4302533.4950780/94‑1 (MQ=60)
ATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCTCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACC < SRR4302533.3981788/94‑1 (MQ=60)
TACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAAC < SRR4302533.5552697/94‑1 (MQ=60)
ACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACG > SRR4302533.6003203/1‑94 (MQ=60)
ACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACG < SRR4302533.5246385/94‑1 (MQ=60)
AACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTA < SRR4302533.6301400/94‑1 (MQ=60)
AACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTA > SRR4302533.4086770/1‑94 (MQ=60)
AACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTA > SRR4302533.4363095/1‑94 (MQ=60)
CTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCCACCAACGTATC > SRR4302533.1896843/1‑94 (MQ=60)
CTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATC > SRR4302533.4383232/1‑94 (MQ=60)
CTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATC < SRR4302533.5563786/94‑1 (MQ=60)
CTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATC > SRR4302533.5104794/1‑94 (MQ=60)
GAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTT > SRR4302533.236743/1‑94 (MQ=60)
AGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTT > SRR4302533.4496129/1‑94 (MQ=60)
GATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTT < SRR4302533.5016058/94‑1 (MQ=60)
ATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTG < SRR4302533.1871690/94‑1 (MQ=60)
TGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCATCGTATCGCTTTTGG < SRR4302533.603784/94‑1 (MQ=60)
GGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGT > SRR4302533.3309255/1‑94 (MQ=60)
GGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGT > SRR4302533.3940620/1‑94 (MQ=60)
GGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGT < SRR4302533.201834/94‑1 (MQ=60)
AGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAA < SRR4302533.732398/94‑1 (MQ=60)
GCTCCTGAGCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAG < SRR4302533.2036084/94‑1 (MQ=60)
GCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAG < SRR4302533.2622834/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGC > SRR4302533.6162595/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGC < SRR4302533.2458229/94‑1 (MQ=60)
GCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCC > SRR4302533.1714798/1‑94 (MQ=60)
CCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCC > SRR4302533.4292542/1‑94 (MQ=60)
CCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCC > SRR4302533.1718454/1‑94 (MQ=60)
CCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCACGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCC > SRR4302533.4028649/1‑94 (MQ=60)
CCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCACCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCC < SRR4302533.2116898/94‑1 (MQ=60)
CTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCA > SRR4302533.1924028/1‑94 (MQ=60)
TGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCTCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAT < SRR4302533.5761148/94‑1 (MQ=60)
GATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCTCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATT < SRR4302533.2152448/94‑1 (MQ=60)
ATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTG > SRR4302533.760152/1‑94 (MQ=60)
TCACCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGG < SRR4302533.2637029/94‑1 (MQ=60)
TCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGG < SRR4302533.222204/94‑1 (MQ=60)
TCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGG > SRR4302533.1401226/1‑94 (MQ=60)
CCACGCCGGGCGCAGCACCGGGTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCCGCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGT < SRR4302533.1178418/94‑1 (MQ=60)
CAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGT > SRR4302533.2356852/1‑94 (MQ=60)
CAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGT > SRR4302533.2311336/1‑94 (MQ=60)
CAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGT > SRR4302533.1806487/1‑94 (MQ=60)
AACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTC < SRR4302533.404372/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATA > SRR4302533.941128/1‑94 (MQ=60)
CCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAA > SRR4302533.1461570/1‑94 (MQ=60)
CGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCA > SRR4302533.2183995/1‑94 (MQ=60)
GCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAG < SRR4302533.1934072/94‑1 (MQ=60)
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CGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGAAGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGA < SRR4302533.3008548/94‑1 (MQ=60)
GCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGAT < SRR4302533.5074224/94‑1 (MQ=60)
CAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATG < SRR4302533.2561764/94‑1 (MQ=60)
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GCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGAT < SRR4302533.4146608/94‑1 (MQ=60)
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ACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCC > SRR4302533.1748500/1‑94 (MQ=60)
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GAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGG > SRR4302533.2060347/1‑94 (MQ=60)
GAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGG < SRR4302533.270145/94‑1 (MQ=60)
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CTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAAC < SRR4302533.948445/94‑1 (MQ=60)
TACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACA > SRR4302533.6219405/1‑94 (MQ=60)
ACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACAT < SRR4302533.3661124/94‑1 (MQ=60)
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CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG > NC_000913/1775915‑1776101
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
