Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,839,484 |
A→G |
intergenic (‑51/‑30) |
b1758 ← / → b1759 |
putative cytochrome oxidase/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,839,484 | 0 | A | G | 99.6%
| 739.2
/ NA
| 231 | intergenic (‑51/‑30) | b1758/b1759 | putative cytochrome oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (113/117); minor base T (0/1); total (113/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCATTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTCGCG > NC_000913/1839394‑1839573
|
gTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGtt > 2:4511684/1‑93 (MQ=255)
gTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGtt > 2:140013/1‑93 (MQ=255)
tttAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGttt < 2:1631130/93‑1 (MQ=255)
ttAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGtttt < 1:4318082/93‑1 (MQ=255)
aaTCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTc < 1:4385528/93‑1 (MQ=255)
tCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGc > 1:6128087/1‑93 (MQ=255)
cGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCtt > 2:1933462/1‑93 (MQ=255)
gggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTAt > 1:160975/1‑93 (MQ=255)
gggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTAt > 2:4438382/1‑93 (MQ=255)
gggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTAt > 2:5012549/1‑93 (MQ=255)
ggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATc < 2:5861061/93‑1 (MQ=255)
gATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCt > 2:3268434/1‑93 (MQ=255)
tGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGc < 1:4057422/93‑1 (MQ=255)
tGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGc > 1:2690019/1‑93 (MQ=255)
gAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGcc > 2:3016609/1‑93 (MQ=255)
aaGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGccc > 1:3653197/1‑93 (MQ=255)
aGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCg < 2:1484579/93‑1 (MQ=255)
aGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCg < 2:618381/93‑1 (MQ=255)
ggCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCgtgtg < 2:5278458/93‑1 (MQ=255)
ggTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTaa > 1:723290/1‑93 (MQ=255)
ggTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTaa < 1:5602581/93‑1 (MQ=255)
gTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAt > 2:2296433/1‑93 (MQ=255)
tCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAtt > 1:3854273/1‑93 (MQ=255)
cTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAttt < 1:2610386/93‑1 (MQ=255)
aGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTAt < 1:4932127/93‑1 (MQ=255)
cacaGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGa < 1:4593275/93‑1 (MQ=255)
aGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCTTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGaaaa < 1:3734210/93‑1 (MQ=255)
ggCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAAt > 1:1407941/1‑93 (MQ=255)
ggCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAAt > 2:3330775/1‑93 (MQ=255)
ggCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAAt < 2:3865884/93‑1 (MQ=255)
aCTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGAt > 1:1757327/1‑93 (MQ=255)
aCTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGAt < 2:2009887/93‑1 (MQ=255)
tCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGAtta > 2:5287195/1‑92 (MQ=255)
tCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTg > 1:494064/1‑93 (MQ=255)
tCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTg < 2:347145/93‑1 (MQ=255)
ccTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGa < 1:5777250/93‑1 (MQ=255)
ccTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGa > 2:4929385/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGa > 2:2056800/1‑93 (MQ=255)
cTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGaa > 1:4188423/1‑93 (MQ=255)
cTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGaa > 1:3892311/1‑93 (MQ=255)
ttAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGTATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAg < 2:2311245/93‑1 (MQ=255)
ttAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAg < 1:2308166/93‑1 (MQ=255)
ttAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAg > 2:4482271/1‑93 (MQ=255)
ttAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAg < 1:5447493/93‑1 (MQ=255)
ttAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAg > 2:2719427/1‑93 (MQ=255)
tAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgt < 2:847214/93‑1 (MQ=255)
tAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgt < 1:5302655/93‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgtt < 1:3587479/93‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgtt < 2:1407823/93‑1 (MQ=255)
aaaTATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgtt < 2:4060123/93‑1 (MQ=255)
aaTATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgttg > 2:2558400/1‑93 (MQ=255)
aaTATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgttg > 2:1764345/1‑93 (MQ=255)
atatAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgttgt < 1:1298193/93‑1 (MQ=255)
atatAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgttgt < 2:3350087/93‑1 (MQ=255)
tataAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgttgtt > 2:4161082/1‑93 (MQ=255)
taAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgc > 2:5298130/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgcc > 2:160260/1‑93 (MQ=255)
aaGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgccg > 2:4861414/1‑93 (MQ=255)
aGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgccgc < 1:5027498/93‑1 (MQ=255)
aGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgccgc > 1:5515415/1‑93 (MQ=255)
aGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgccgc < 2:2249319/93‑1 (MQ=255)
cTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcat > 2:5582117/1‑93 (MQ=255)
cTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcat < 1:1987936/93‑1 (MQ=255)
tCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcatcat < 1:1500636/93‑1 (MQ=255)
tGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTg < 1:1431210/93‑1 (MQ=255)
gATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGa < 2:6068574/93‑1 (MQ=255)
gATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGa < 1:4858492/93‑1 (MQ=255)
gATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGa > 1:645403/1‑93 (MQ=255)
gATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGa > 1:2830/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGaa > 1:5893670/1‑93 (MQ=255)
ttGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAAc > 2:3718090/1‑93 (MQ=255)
tGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACg < 2:6075301/93‑1 (MQ=255)
gAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGt < 2:5495255/93‑1 (MQ=255)
gAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGt < 1:2158055/93‑1 (MQ=255)
gCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGa > 1:313818/1‑93 (MQ=255)
gCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGa < 1:3331523/93‑1 (MQ=255)
cAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGAt < 2:2922026/93‑1 (MQ=255)
aaCAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATg > 1:3257580/1‑93 (MQ=255)
aaCAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATg < 1:5727103/93‑1 (MQ=255)
aCAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATgg > 2:3513358/1‑93 (MQ=255)
aCAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATgg < 1:4150995/93‑1 (MQ=255)
aCAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATgg > 2:707719/1‑93 (MQ=255)
cAGTGCGGATATTATGGCTTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTAAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGc < 1:1979891/93‑1 (MQ=255)
gTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCaa < 1:4400414/93‑1 (MQ=255)
gTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCaa > 1:1074674/1‑93 (MQ=255)
ggATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAAtt > 1:5982378/1‑93 (MQ=255)
gATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAAttt > 1:1378923/1‑93 (MQ=255)
tattatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTa > 2:3507754/1‑93 (MQ=255)
attatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTAc > 1:2274755/1‑93 (MQ=255)
attatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTAc < 1:1229690/93‑1 (MQ=255)
ttatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACt < 2:5604447/93‑1 (MQ=255)
ttatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACt > 2:296868/1‑93 (MQ=255)
ttatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACt < 2:2530322/93‑1 (MQ=255)
ttatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACt < 1:4615412/93‑1 (MQ=255)
tatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTc > 1:1572460/1‑93 (MQ=255)
tatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTc < 2:4109996/93‑1 (MQ=255)
tatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTc < 1:3481230/93‑1 (MQ=255)
atGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTcg > 1:2553496/1‑93 (MQ=255)
atGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTcg > 2:1310900/1‑93 (MQ=255)
ggCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTcgcg < 2:3846671/93‑1 (MQ=255)
|
GTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCATTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTCGCG > NC_000913/1839394‑1839573
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCATTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTCGCGCAAC > NC_000913/1839393‑1839577
|
GGTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTT > SRR4302533.5647577/1‑94 (MQ=60)
GGTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCCGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTT < SRR4302533.3178242/94‑1 (MQ=60)
TTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTT < SRR4302533.4344088/94‑1 (MQ=60)
TAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTC > SRR4302533.4314639/1‑94 (MQ=60)
AATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCG < SRR4302533.4412007/94‑1 (MQ=60)
ATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGC > SRR4302533.6165020/1‑94 (MQ=60)
CGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTA < SRR4302533.4752195/94‑1 (MQ=60)
GGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTAT > SRR4302533.162001/1‑94 (MQ=60)
GGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTAT > SRR4302533.510253/1‑94 (MQ=60)
GGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCT < SRR4302533.295175/94‑1 (MQ=60)
GGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCT < SRR4302533.1632770/94‑1 (MQ=60)
GATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTG < SRR4302533.5894072/94‑1 (MQ=60)
ATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGC > SRR4302533.2706510/1‑94 (MQ=60)
TGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCC < SRR4302533.4082121/94‑1 (MQ=60)
GAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCC > SRR4302533.5802022/1‑94 (MQ=60)
GAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCC > SRR4302533.3675660/1‑94 (MQ=60)
AAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCG < SRR4302533.1135682/94‑1 (MQ=60)
AAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCG < SRR4302533.140194/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGT > SRR4302533.5627454/1‑94 (MQ=60)
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GGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAT < SRR4302533.5636434/94‑1 (MQ=60)
GGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAT < SRR4302533.3714819/94‑1 (MQ=60)
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TCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTT > SRR4302533.3415021/1‑94 (MQ=60)
TCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTT > SRR4302533.5015276/1‑94 (MQ=60)
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CTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTA < SRR4302533.2626410/94‑1 (MQ=60)
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GCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGA < SRR4302533.3323851/94‑1 (MQ=60)
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TTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGT < SRR4302533.5480309/94‑1 (MQ=60)
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TAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTT < SRR4302533.5334423/94‑1 (MQ=60)
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AAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTG < SRR4302533.3609569/94‑1 (MQ=60)
AAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGAGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTG > SRR4302533.2058584/1‑94 (MQ=60)
AATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGT < SRR4302533.5564502/94‑1 (MQ=60)
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ATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGC > SRR4302533.5182142/1‑94 (MQ=60)
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|
GGTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCATTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTCGCGCAAC > NC_000913/1839393‑1839577
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
