Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,223,632 |
A→G |
L15P (CTG→CCG) |
yohC ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,223,632 | 0 | A | G | 99.6%
| 710.3
/ NA
| 224 | L15P (CTG→CCG) | yohC | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (115/108); minor base T (0/1); total (115/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTT > NC_000913/2223542‑2223721
|
gccATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGt > 1:1394018/1‑93 (MQ=255)
gccATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGt > 2:1813993/1‑93 (MQ=255)
gccATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGt > 1:21635/1‑93 (MQ=255)
ccATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGACAACGGTc > 1:517039/1‑93 (MQ=255)
cATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTcc < 1:2340026/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTccc > 2:5117629/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTccc > 1:5096167/1‑93 (MQ=255)
tCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCCCCTCCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTcccc < 2:879987/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTcccc < 2:2814013/93‑1 (MQ=255)
cAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTTCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCa < 2:5191116/93‑1 (MQ=255)
aGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAg < 1:4062145/93‑1 (MQ=255)
aaaaCGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACa > 2:1404611/1‑93 (MQ=255)
aaCGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATg > 1:3214420/1‑93 (MQ=255)
aaCGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATg < 1:3311489/93‑1 (MQ=255)
tggtggGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTc > 1:2615073/1‑93 (MQ=255)
ggtgggtgTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCa < 2:1105925/93‑1 (MQ=255)
gtgggtgTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCAt < 1:5216300/93‑1 (MQ=255)
tgggtgTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATa < 1:1169185/93‑1 (MQ=255)
gggtgTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATAc < 2:3401070/93‑1 (MQ=255)
ggtgTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATAcc < 2:1159500/93‑1 (MQ=255)
gtgtAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCg > 1:1264419/1‑93 (MQ=255)
gtAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGcc > 2:2018817/1‑93 (MQ=255)
gtAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGcc > 1:4599573/1‑93 (MQ=255)
gtAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGcc > 2:3805706/1‑93 (MQ=255)
gtAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGcc > 2:670660/1‑93 (MQ=255)
tAATGGTGAAAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGccc < 2:4404387/93‑1 (MQ=255)
aTGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGccccc < 1:2869481/93‑1 (MQ=255)
ggTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCtt > 1:3560033/1‑93 (MQ=255)
gagaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCttgtt < 1:3791679/93‑1 (MQ=255)
gagaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCttgtt > 2:5902255/1‑93 (MQ=255)
agaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCttgttt > 2:5509828/1‑92 (MQ=255)
agaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATAACGCCCCCttgttg > 1:147707/1‑93 (MQ=255)
gaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTtgttgt < 2:4526275/93‑1 (MQ=255)
aaaTCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTtgtg > 1:5015672/1‑93 (MQ=255)
aaTCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGa < 1:6277048/93‑1 (MQ=255)
aaTCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGa > 2:3835137/1‑93 (MQ=255)
aaTCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGa > 1:3152792/1‑93 (MQ=255)
tcgtttcgttTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGt < 2:712495/93‑1 (MQ=255)
tcgtttcgttTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGACCCCTTGTTGTGAGt > 2:1733421/1‑93 (MQ=255)
cgtttcgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGtt > 1:5190312/1‑93 (MQ=255)
gtttcgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTc > 1:671363/1‑93 (MQ=255)
ttcgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCAt < 2:5988690/93‑1 (MQ=255)
ttcgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCAt < 2:1302501/93‑1 (MQ=255)
ttcgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCAt < 2:3221407/93‑1 (MQ=255)
tcgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATg < 1:3199468/93‑1 (MQ=255)
cgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGa > 2:4258965/1‑93 (MQ=255)
cgtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGa < 2:4786405/93‑1 (MQ=255)
gtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGATAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGaa > 1:3381398/1‑93 (MQ=255)
gtttTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGaa < 2:2332116/93‑1 (MQ=255)
ttttCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAAc < 1:839442/93‑1 (MQ=255)
ttttCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAAc > 1:2468171/1‑93 (MQ=255)
ttttCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCACCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAAc < 1:1694311/93‑1 (MQ=255)
ttttCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAAAGGTACCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAAc > 1:1698158/1‑93 (MQ=255)
tttCTCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAAcc < 1:2064671/93‑1 (MQ=255)
ttCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCt < 2:2741254/93‑1 (MQ=255)
gcgATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGAc > 2:4143185/1‑93 (MQ=255)
cgATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACa > 2:3472053/1‑93 (MQ=255)
cgATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACa > 2:2318318/1‑93 (MQ=255)
gATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGAccg > 1:4708203/1‑91 (MQ=255)
gATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAg < 1:1308828/93‑1 (MQ=255)
gATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAg > 1:4644753/1‑93 (MQ=255)
aTTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGt > 1:2487360/1‑93 (MQ=255)
aTTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGt < 2:5831869/93‑1 (MQ=255)
ttAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGtt < 2:3935910/93‑1 (MQ=255)
ttAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGtt < 2:5282481/93‑1 (MQ=255)
tAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTc > 2:4951392/1‑93 (MQ=255)
aaTCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCa > 1:5506382/1‑93 (MQ=255)
tCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAg < 2:2192103/93‑1 (MQ=255)
aCCTGCATTTCACGCTCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGCCTCATGCCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGta < 2:376782/93‑1 (MQ=255)
aCCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGGTCAAGta > 2:3564921/1‑93 (MQ=255)
cTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGtata > 2:5290419/1‑93 (MQ=255)
tGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATaa > 2:3296648/1‑93 (MQ=255)
tGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATaa < 1:4948008/93‑1 (MQ=255)
gCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAg < 1:1053663/93‑1 (MQ=255)
gCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAg < 2:2928261/93‑1 (MQ=255)
aTTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTc < 2:3020838/93‑1 (MQ=255)
aTTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTc > 1:4280525/1‑93 (MQ=255)
aTTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTc < 2:2412284/93‑1 (MQ=255)
tttCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCa > 1:1438894/1‑93 (MQ=255)
tttCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCa < 2:2518319/93‑1 (MQ=255)
tttCACGATCGGGATGGCAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCa < 1:230020/93‑1 (MQ=255)
cACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCt < 1:3866161/93‑1 (MQ=255)
cACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGGCAGCt > 2:1600025/1‑93 (MQ=255)
aCGATCTGGATGAGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCtt < 1:938912/93‑1 (MQ=255)
aCGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATCAGTCAACtt > 2:3136582/1‑93 (MQ=255)
aCGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCtt > 1:5311632/1‑93 (MQ=255)
aTCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTtgtg > 2:3999529/1‑93 (MQ=255)
aTCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTtgtg > 2:4452114/1‑93 (MQ=255)
aTCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTtgtg < 1:5756545/93‑1 (MQ=255)
tCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGa < 2:5742741/93‑1 (MQ=255)
tCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGa > 2:2857278/1‑93 (MQ=255)
tCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGa > 1:2978186/1‑93 (MQ=255)
gggATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGatt > 2:3668041/1‑93 (MQ=255)
gATGGGAACACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGattat > 2:6120580/1‑93 (MQ=255)
gATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGattat < 2:1012414/93‑1 (MQ=255)
gATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGattat < 2:1946066/93‑1 (MQ=255)
gATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGCTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGattat > 1:4476403/1‑93 (MQ=255)
aTGGGAAAACGGACCCCAGACATGCCTCATCCCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGattatt < 1:6230787/93‑1 (MQ=255)
tGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTAttt < 1:1748716/93‑1 (MQ=255)
aaaCGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGt > 1:4201424/1‑93 (MQ=255)
|
GCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTT > NC_000913/2223542‑2223721
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCGCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCG > NC_000913/2223539‑2223723
|
GCCGCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACG < SRR4302533.3010743/94‑1 (MQ=60)
GCCGCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGGGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAAGCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACG < SRR4302533.2163061/94‑1 (MQ=60)
CGCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGT > SRR4302533.1402419/1‑94 (MQ=60)
CGCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGT > SRR4302533.21779/1‑94 (MQ=60)
CGCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGT > SRR4302533.627420/1‑94 (MQ=60)
GCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGACAACGGTC > SRR4302533.520109/1‑94 (MQ=60)
GCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTC < SRR4302533.3770395/94‑1 (MQ=60)
CCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCC > SRR4302533.1163795/1‑94 (MQ=60)
CCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGGGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCC > SRR4302533.2146212/1‑94 (MQ=60)
CATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCC < SRR4302533.2354516/94‑1 (MQ=60)
CATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCC < SRR4302533.5159042/94‑1 (MQ=60)
CATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCC > SRR4302533.5126960/1‑94 (MQ=60)
CAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAG > SRR4302533.2932791/1‑94 (MQ=60)
CAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAG < SRR4302533.1204496/94‑1 (MQ=60)
CAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAG > SRR4302533.2821215/1‑94 (MQ=60)
AGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGA > SRR4302533.3816003/1‑94 (MQ=60)
AGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGA < SRR4302533.4086874/94‑1 (MQ=60)
GCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGAC < SRR4302533.716592/94‑1 (MQ=60)
CAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACA < SRR4302533.4536422/94‑1 (MQ=60)
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AAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATG > SRR4302533.3234238/1‑94 (MQ=60)
AACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGG < SRR4302533.3331939/94‑1 (MQ=60)
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CGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCT > SRR4302533.341015/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTC > SRR4302533.327468/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTC > SRR4302533.2631126/1‑94 (MQ=60)
GGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCAT < SRR4302533.2350050/94‑1 (MQ=60)
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TGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATAC < SRR4302533.1176202/94‑1 (MQ=60)
GGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCG > SRR4302533.1271986/1‑94 (MQ=60)
GTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGC < SRR4302533.4998422/94‑1 (MQ=60)
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ATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCT > SRR4302533.1647907/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCT < SRR4302533.2887136/94‑1 (MQ=60)
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TGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTT > SRR4302533.3581967/1‑94 (MQ=60)
TGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTT > SRR4302533.4088021/1‑94 (MQ=60)
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GAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTG > SRR4302533.5046060/1‑94 (MQ=60)
AAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGA > SRR4302533.1727964/1‑94 (MQ=60)
AAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGA > SRR4302533.3172173/1‑94 (MQ=60)
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AATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAG < SRR4302533.638104/94‑1 (MQ=60)
TCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTT > SRR4302533.5221628/1‑94 (MQ=60)
CGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTC > SRR4302533.675329/1‑94 (MQ=60)
GTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCA > SRR4302533.306065/1‑94 (MQ=60)
TTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACTGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCAT < SRR4302533.3392851/94‑1 (MQ=60)
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TTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTC > SRR4302533.4693165/1‑94 (MQ=60)
TAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCA > SRR4302533.5208268/1‑94 (MQ=60)
TAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCA > SRR4302533.5539610/1‑94 (MQ=60)
AATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAA > SRR4302533.439499/1‑94 (MQ=60)
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CCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATA > SRR4302533.3938850/1‑94 (MQ=60)
TGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAG < SRR4302533.4977969/94‑1 (MQ=60)
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ATTTCACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCA > SRR4302533.5313497/1‑94 (MQ=60)
TTTCACGATCGGGATGGCAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAG < SRR4302533.231444/94‑1 (MQ=60)
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CACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTT > SRR4302533.5343464/1‑94 (MQ=60)
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ACGATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTG < SRR4302533.1707979/94‑1 (MQ=60)
GATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTG < SRR4302533.4790118/94‑1 (MQ=60)
GATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTG > SRR4302533.1889711/1‑94 (MQ=60)
ATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGA < SRR4302533.5791283/94‑1 (MQ=60)
ATCGGGATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGA > SRR4302533.2996406/1‑94 (MQ=60)
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ATGGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTT > SRR4302533.3271539/1‑94 (MQ=60)
ATGGGAAAACGGACCCCAGACATGCCTCATCCCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTT < SRR4302533.6268102/94‑1 (MQ=60)
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GGGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTT < SRR4302533.4120159/94‑1 (MQ=60)
GGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTT < SRR4302533.1456460/94‑1 (MQ=60)
GGAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTT > SRR4302533.533559/1‑94 (MQ=60)
GAAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTG > SRR4302533.2354139/1‑94 (MQ=60)
AAAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGT > SRR4302533.4226846/1‑94 (MQ=60)
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AAACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTT > SRR4302533.2530577/1‑94 (MQ=60)
AACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTC < SRR4302533.5813279/94‑1 (MQ=60)
ACGGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCG < SRR4302533.901456/94‑1 (MQ=60)
|
GCCGCCATCAGCAAAACGTGGTGGGTGTAATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCG > NC_000913/2223539‑2223723
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
