Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,429,483 |
T→C |
E65E (GAA→GAG) |
dedD ← |
putative lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,429,483 | 0 | T | C | 99.5%
| 672.7
/ NA
| 211 | E65E (GAA→GAG) | dedD | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (111/99); total (111/100) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGG > NC_000913/2429393‑2429572
|
aCCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAcctct < 1:4292820/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGGGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAcctct > 2:5602873/1‑93 (MQ=255)
ccGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAcctctt < 1:256051/93‑1 (MQ=255)
ggTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTcc < 1:2356696/93‑1 (MQ=255)
tGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGc > 2:3436081/1‑93 (MQ=255)
gCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCt < 1:277170/93‑1 (MQ=255)
gCAGGTTCCGGTTCAAACCCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACCGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCt > 1:1217031/1‑93 (MQ=255)
aGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgc > 2:304292/1‑93 (MQ=255)
gTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgcgc < 1:5686001/93‑1 (MQ=255)
ttCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGGAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGcc > 1:4727034/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGcc > 1:6133692/1‑93 (MQ=255)
tCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCt > 2:1275578/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTc > 1:3816122/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTc > 2:1640522/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTc < 2:291805/93‑1 (MQ=255)
ggTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTcc < 1:1430957/93‑1 (MQ=255)
ggTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTcc < 2:6227493/93‑1 (MQ=255)
ggTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTcc > 1:5113470/1‑93 (MQ=255)
gTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcg < 1:29907/93‑1 (MQ=255)
ttCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcgg > 2:3398399/1‑93 (MQ=255)
tCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcggc > 1:2907701/1‑93 (MQ=255)
tCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCACACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcggc < 2:2327603/93‑1 (MQ=255)
aaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCggcggc < 1:1602338/93‑1 (MQ=255)
aaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCggcggc < 1:265574/93‑1 (MQ=255)
aaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCggcggc > 1:1943587/1‑93 (MQ=255)
aCTCGGGTTTATTGGCTGCAATTGGGGCCGGATCCAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTTCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCt < 1:5737924/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCg > 1:324569/1‑93 (MQ=255)
ggTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTNCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGt > 2:2172981/1‑93 (MQ=255)
ggTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGt > 1:4408177/1‑93 (MQ=255)
gtgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTc > 2:1797769/1‑93 (MQ=255)
gtgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTc > 2:4890151/1‑93 (MQ=255)
gtgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTc > 2:2566305/1‑93 (MQ=255)
tgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCg > 1:1005105/1‑93 (MQ=255)
gtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCgg > 1:1244036/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTaa > 1:669986/1‑93 (MQ=255)
ttGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAc < 2:725116/93‑1 (MQ=255)
gCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGcc < 1:367494/93‑1 (MQ=255)
cTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCt < 2:5490951/93‑1 (MQ=255)
cTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCt < 1:2706298/93‑1 (MQ=255)
tGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGAAGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTg < 1:1673928/93‑1 (MQ=255)
gCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGGAACGCCTgg > 1:5356276/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTggga > 1:2313238/1‑92 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGt < 2:3321616/93‑1 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGt < 2:176722/93‑1 (MQ=255)
aTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTg < 1:5620699/93‑1 (MQ=255)
aTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTg < 2:81923/93‑1 (MQ=255)
tAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTgg > 1:3593508/1‑93 (MQ=255)
gCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCt > 1:5894999/1‑93 (MQ=255)
gCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCt < 2:6286022/93‑1 (MQ=255)
ccGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCCCCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTg < 2:3518747/93‑1 (MQ=255)
cGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTgg > 1:4732393/1‑93 (MQ=255)
cGGATCGAGCGACGGTGCTGCGCCATCACCTGCCCTCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTgg < 2:4309999/93‑1 (MQ=255)
ggATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGc < 1:3509024/93‑1 (MQ=255)
ggATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGc > 2:1952492/1‑93 (MQ=255)
ggATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGCGGCGGCTGGc > 1:4947388/1‑93 (MQ=255)
ggATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGCGGCGGCTGGc > 2:4007909/1‑93 (MQ=255)
aTCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGcat < 1:2116357/93‑1 (MQ=255)
cGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGcatca > 1:827492/1‑93 (MQ=255)
aGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCata > 2:5155340/1‑93 (MQ=255)
gCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCatat < 2:5253754/93‑1 (MQ=255)
gcGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg < 2:4080803/92‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCTTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg < 2:3350655/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg > 1:729973/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg > 2:2652219/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGCTGCGACAGCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg < 2:1098849/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATGAgg > 2:5795268/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGc < 2:3972195/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt > 1:2040906/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt < 2:4499747/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt < 2:3533753/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt > 2:3141064/1‑93 (MQ=255)
ctgcGGCATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcat < 1:3283161/93‑1 (MQ=255)
tgcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatc > 1:4503336/1‑93 (MQ=255)
ggCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACg > 1:411492/1‑93 (MQ=255)
ggCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACg < 2:303092/93‑1 (MQ=255)
ggCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACg > 2:5082667/1‑93 (MQ=255)
gCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGa < 2:3813843/93‑1 (MQ=255)
gCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGa < 1:3225558/93‑1 (MQ=255)
gCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGa < 2:5193715/93‑1 (MQ=255)
cATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt < 2:944228/93‑1 (MQ=255)
cATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt < 1:3401441/93‑1 (MQ=255)
cATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt > 1:5791114/1‑93 (MQ=255)
aTCACCTCCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATc < 1:6277173/93‑1 (MQ=255)
tCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCTGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCg > 1:444571/1‑93 (MQ=255)
cACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGc > 2:4530721/1‑93 (MQ=255)
cccTTCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGcc < 1:1260544/92‑1 (MQ=255)
aCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGAGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGcc > 2:4708493/1‑93 (MQ=255)
ccTGCCCGCTCCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGccc < 2:2398808/93‑1 (MQ=255)
ccTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGccc < 1:995412/93‑1 (MQ=255)
cTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCg < 2:1431801/93‑1 (MQ=255)
cTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCg > 2:4398888/1‑93 (MQ=255)
tGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc < 1:6003225/93‑1 (MQ=255)
tGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc > 1:1454874/1‑93 (MQ=255)
tGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc > 2:6069433/1‑93 (MQ=255)
tGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc < 2:4483098/93‑1 (MQ=255)
cccGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCtt < 2:647311/93‑1 (MQ=255)
cGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTc < 1:5863739/93‑1 (MQ=255)
gCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCg < 1:4536450/93‑1 (MQ=255)
gCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCg > 1:927387/1‑93 (MQ=255)
cACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCgg > 2:2119871/1‑93 (MQ=255)
|
GACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGG > NC_000913/2429393‑2429572
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > NC_000913/2429391‑2429576
|
GCGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCT < SRR4302533.3594876/94‑1 (MQ=60)
CGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTC > SRR4302533.3254700/1‑94 (MQ=60)
CGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGCGCTGCGGCATCACCTGCCCTCACCTC > SRR4302533.2002983/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTT < SRR4302533.4318636/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCTAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTC > SRR4302533.6347002/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTC < SRR4302533.257615/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTC < SRR4302533.3396208/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTC < SRR4302533.4376115/94‑1 (MQ=60)
GGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCG < SRR4302533.2371266/94‑1 (MQ=60)
TGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCT > SRR4302533.2456682/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGTTCCGGTTCAAACCCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACCGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCT > SRR4302533.1224340/1‑94 (MQ=60)
GCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTG < SRR4302533.278862/94‑1 (MQ=60)
GCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTG > SRR4302533.3623590/1‑94 (MQ=60)
CAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGC > SRR4302533.754380/1‑94 (MQ=60)
CAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGC < SRR4302533.720556/94‑1 (MQ=60)
AGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCGTCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCC > SRR4302533.2979098/1‑94 (MQ=60)
GTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGGAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCC > SRR4302533.4755691/1‑94 (MQ=60)
GTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCC > SRR4302533.5959043/1‑94 (MQ=60)
GTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCC < SRR4302533.5720345/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCC > SRR4302533.6170648/1‑94 (MQ=60)
TCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACATGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTT > SRR4302533.4714703/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTC > SRR4302533.3839455/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCC > SRR4302533.5144370/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCC > SRR4302533.1691060/1‑94 (MQ=60)
GTTTCAATCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGGGCGACGTTGCTGCGGCATCGCTTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCG < SRR4302533.1586367/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCG < SRR4302533.1248442/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCG < SRR4302533.1439606/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGAAATAGCGGCGGCAGCGAGCGACGGTGCTGCGGAATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTTCG < SRR4302533.5760579/94‑1 (MQ=60)
GTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTTCGG > SRR4302533.5910641/1‑94 (MQ=60)
GTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGG < SRR4302533.30109/94‑1 (MQ=60)
GTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGG < SRR4302533.2836293/94‑1 (MQ=60)
GTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGG > SRR4302533.4007322/1‑94 (MQ=60)
TTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGC > SRR4302533.2636352/1‑94 (MQ=60)
TTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGC > SRR4302533.2925552/1‑94 (MQ=60)
CAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGG > SRR4302533.1322293/1‑94 (MQ=60)
CAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGG < SRR4302533.4602451/94‑1 (MQ=60)
AAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGC > SRR4302533.1955444/1‑94 (MQ=60)
AACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCT < SRR4302533.1612042/94‑1 (MQ=60)
AACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCT < SRR4302533.267191/94‑1 (MQ=60)
ACTCGGGTTTATTGGCTGCAATTGGGGCCGGATCCAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTTCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTG < SRR4302533.5772555/94‑1 (MQ=60)
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CTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGACATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCCGCTGC > SRR4302533.99188/1‑94 (MQ=60)
TCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCG > SRR4302533.326550/1‑94 (MQ=60)
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ATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATC < SRR4302533.2129410/94‑1 (MQ=60)
ATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATC < SRR4302533.87048/94‑1 (MQ=60)
TCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCA > SRR4302533.832348/1‑94 (MQ=60)
TCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCA < SRR4302533.3655703/94‑1 (MQ=60)
GAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATA < SRR4302533.3287447/94‑1 (MQ=60)
AGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATAT > SRR4302533.1275146/1‑94 (MQ=60)
GCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATC < SRR4302533.4530968/94‑1 (MQ=60)
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CTGCGGCATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATC < SRR4302533.3303428/94‑1 (MQ=60)
CTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATC > SRR4302533.4530617/1‑94 (MQ=60)
CTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATC < SRR4302533.561847/94‑1 (MQ=60)
TGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCA > SRR4302533.1672890/1‑94 (MQ=60)
gtgcatctccttCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGTCTGGCATCATATCAGGCTCATCACG < SRR4302533.484808/82‑1 (MQ=60)
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GCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAT > SRR4302533.5826101/1‑94 (MQ=60)
GCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAT < SRR4302533.3245445/94‑1 (MQ=60)
CATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATC < SRR4302533.3422446/94‑1 (MQ=60)
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ATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCTGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCG > SRR4302533.447227/1‑94 (MQ=60)
ATCACCTCCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCG < SRR4302533.6314653/94‑1 (MQ=60)
CACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCC > SRR4302533.5324640/1‑94 (MQ=60)
cccttCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCC < SRR4302533.1268084/89‑1 (MQ=60)
CCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCG < SRR4302533.1001226/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGC < SRR4302533.1257493/94‑1 (MQ=60)
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CTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > SRR4302533.3485738/1‑94 (MQ=60)
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GCGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > NC_000913/2429391‑2429576
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
