Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,464,010 |
T→C |
H230H (CAT→CAC) |
yfdC → |
putative transport |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,464,010 | 0 | T | C | 99.6%
| 726.0
/ NA
| 226 | H230H (CAT→CAC) | yfdC | putative transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (116/109); total (116/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTAC > NC_000913/2463920‑2464099
|
tATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCacat < 2:2585933/93‑1 (MQ=255)
tATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCacat < 2:2542970/93‑1 (MQ=255)
tGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCg > 1:1374019/1‑93 (MQ=255)
ggTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGt < 1:1289457/93‑1 (MQ=255)
ggTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGt < 2:4521770/93‑1 (MQ=255)
gTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTg > 1:4646709/1‑93 (MQ=255)
gTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTg > 2:2010477/1‑93 (MQ=255)
ttGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGt < 2:2650908/93‑1 (MQ=255)
ttGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGt < 2:577804/93‑1 (MQ=255)
tGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTc < 2:422887/93‑1 (MQ=255)
tGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTc < 1:2972703/93‑1 (MQ=255)
ggATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCg < 2:4126220/93‑1 (MQ=255)
gATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGTTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCgg > 2:6128571/1‑93 (MQ=255)
aTGTTTCCTGCAGCGGGTGCAGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGt < 2:4335277/93‑1 (MQ=255)
tGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGtt > 2:1151490/1‑93 (MQ=255)
tGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGtt > 1:3864630/1‑93 (MQ=255)
gTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTc < 1:979601/93‑1 (MQ=255)
tttCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCt > 1:4872397/1‑93 (MQ=255)
ccTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGtt < 2:5495500/93‑1 (MQ=255)
tGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGa > 1:3137398/1‑93 (MQ=255)
tGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGa > 2:1812606/1‑93 (MQ=255)
gCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGaa > 2:4700037/1‑93 (MQ=255)
aGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAAt > 1:173532/1‑93 (MQ=255)
aGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAAt < 1:1984494/93‑1 (MQ=255)
gTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct < 1:6119205/93‑1 (MQ=255)
tGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTa > 2:719320/1‑93 (MQ=255)
cGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATc < 2:1558574/93‑1 (MQ=255)
gCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTg > 2:2300129/1‑93 (MQ=255)
gCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTg < 1:2161232/93‑1 (MQ=255)
aaaGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGgt > 1:5136144/1‑93 (MQ=255)
aaGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGgtg > 2:4450198/1‑93 (MQ=255)
gATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGtt > 1:4371465/1‑93 (MQ=255)
gATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGtt < 2:6071769/93‑1 (MQ=255)
aTTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt > 2:2135702/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2551560/93‑1 (MQ=255)
ttGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTAGTGTTTa < 2:5104239/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTaa < 2:5082608/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTaa < 2:2702909/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTaa < 1:1626886/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTaa < 1:3142324/93‑1 (MQ=255)
gtggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 2:3738868/1‑93 (MQ=255)
gtggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 2:3567985/1‑93 (MQ=255)
tgttgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACg < 2:429209/90‑1 (MQ=255)
tggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACg > 1:94060/1‑93 (MQ=255)
tggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACg < 1:2467048/93‑1 (MQ=255)
ggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTTTTTAACgg > 1:5019743/1‑93 (MQ=255)
ggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACgg > 1:2706952/1‑93 (MQ=255)
ggtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGGTTAACgg > 1:6140470/1‑93 (MQ=255)
gtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGt < 1:1046092/93‑1 (MQ=255)
gtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGt < 1:2086755/93‑1 (MQ=255)
tgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACCCCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTa < 1:5317494/93‑1 (MQ=255)
tgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTa < 1:6069893/93‑1 (MQ=255)
tgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTa < 1:4851667/93‑1 (MQ=255)
tgATTATATTGATGACCTGGATTATTGCCTTGGGTGACACCATCCACATCGCGGTCGGTTCTGATGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGtg > 2:6252381/1‑92 (MQ=255)
gATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTAc > 2:3543684/1‑93 (MQ=255)
ttATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGc > 2:3942850/1‑93 (MQ=255)
ttATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGc < 2:3055798/93‑1 (MQ=255)
ttATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCGGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGc < 1:2586103/93‑1 (MQ=255)
atatTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTg > 2:1312214/1‑93 (MQ=255)
atatTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGGCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTg > 1:120551/1‑93 (MQ=255)
tatTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGc > 2:235924/1‑93 (MQ=255)
atTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCa < 2:6016801/93‑1 (MQ=255)
ttGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCAc < 1:80531/93‑1 (MQ=255)
ttGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCAc > 1:4489933/1‑93 (MQ=255)
gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTg < 2:836127/93‑1 (MQ=255)
atgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACTCTGCACTgg > 1:3431932/1‑93 (MQ=255)
atgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTgg < 2:2473814/93‑1 (MQ=255)
atgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTgg < 2:33375/93‑1 (MQ=255)
tgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGa > 2:966983/1‑93 (MQ=255)
taCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACTCCACCCACATCGTGGTCGTTTCTGTTAAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAg < 2:5992120/92‑1 (MQ=255)
gaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAg < 1:6285762/93‑1 (MQ=255)
gaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAg > 1:5282776/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGCTTATTGCCCGGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGc < 2:5137248/93‑1 (MQ=255)
cTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGa > 1:1883481/1‑93 (MQ=255)
cTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGa > 2:1669701/1‑93 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAt > 1:5417167/1‑93 (MQ=255)
ggCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAtt > 2:5255283/1‑93 (MQ=255)
cTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTc < 1:3605013/93‑1 (MQ=255)
aTTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATc < 2:4820523/93‑1 (MQ=255)
ttGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt < 1:300186/93‑1 (MQ=255)
ttGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt < 1:3955793/93‑1 (MQ=255)
tGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTg > 1:201307/1‑93 (MQ=255)
tGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTg < 2:935931/93‑1 (MQ=255)
tcccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTgg < 2:5924929/92‑1 (MQ=255)
gctcTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTgg < 2:1368757/90‑1 (MQ=255)
gCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTgg > 2:2902924/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTggtc > 2:3511979/1‑91 (MQ=255)
ccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGcc > 1:1003133/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGcc > 2:2418284/1‑93 (MQ=255)
cTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGccc > 2:565244/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCt > 2:1479194/1‑93 (MQ=255)
gggTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCtt < 1:3822457/93‑1 (MQ=255)
gggTGACACCACCCACATCGTGGCCGGATCTGTTGAAATCCTCTATCTGGAGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCtt > 1:4076380/1‑93 (MQ=255)
ggTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTc < 1:3191530/93‑1 (MQ=255)
caccacCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCAct < 2:3822292/93‑1 (MQ=255)
caccacCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCAct < 2:1707843/93‑1 (MQ=255)
ccacccacATCGTGGTTGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActac < 1:1266902/93‑1 (MQ=255)
cccACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActaccta > 1:4157043/1‑93 (MQ=255)
ccACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGCTTTCATCTGGCCCTTCGCActacctac > 1:6215761/1‑93 (MQ=255)
ccACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCActacctac < 1:545632/93‑1 (MQ=255)
|
TATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTAC > NC_000913/2463920‑2464099
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTTA > NC_000913/2463918‑2464103
|
ACTATGGTTTGGATGTTTGCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACA < SRR4302533.3217813/94‑1 (MQ=60)
CTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACAT > SRR4302533.841830/1‑94 (MQ=60)
CTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACAT < SRR4302533.5792612/94‑1 (MQ=60)
CTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACAT < SRR4302533.2331770/94‑1 (MQ=60)
CTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACAT < SRR4302533.4892255/94‑1 (MQ=60)
ATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCTCTGGGTGACACCACCCACATCG > SRR4302533.2425366/1‑94 (MQ=60)
ATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCG > SRR4302533.1382285/1‑94 (MQ=60)
GGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTG > SRR4302533.4674867/1‑94 (MQ=60)
GGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTG < SRR4302533.1297219/94‑1 (MQ=60)
GTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGG < SRR4302533.1227674/94‑1 (MQ=60)
TTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGT > SRR4302533.5403089/1‑94 (MQ=60)
TTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTC > SRR4302533.3530289/1‑94 (MQ=60)
TGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCG < SRR4302533.2990894/94‑1 (MQ=60)
TGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCG < SRR4302533.3416117/94‑1 (MQ=60)
GGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGG < SRR4302533.6241888/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTT > SRR4302533.4900167/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTT > SRR4302533.3888222/1‑94 (MQ=60)
TGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTC > SRR4302533.4386483/1‑94 (MQ=60)
GTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCT < SRR4302533.985344/94‑1 (MQ=60)
GTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCT > SRR4302533.1392310/1‑94 (MQ=60)
GTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCT > SRR4302533.4901920/1‑94 (MQ=60)
CCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACAACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTG > SRR4302533.1887603/1‑94 (MQ=60)
CTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGA > SRR4302533.3156688/1‑94 (MQ=60)
GCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATCGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAA < SRR4302533.2153693/94‑1 (MQ=60)
CAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAAT > SRR4302533.174627/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATC < SRR4302533.1996634/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATC > SRR4302533.3289811/1‑94 (MQ=60)
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GGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTC > SRR4302533.4608435/1‑94 (MQ=60)
GTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTA < SRR4302533.6156108/94‑1 (MQ=60)
TGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTAT > SRR4302533.4162656/1‑94 (MQ=60)
TGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTAT > SRR4302533.2577578/1‑94 (MQ=60)
TGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTAT < SRR4302533.3019016/94‑1 (MQ=60)
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GGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTG > SRR4302533.4421871/1‑94 (MQ=60)
GGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTG < SRR4302533.3985529/94‑1 (MQ=60)
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GCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGG < SRR4302533.1028140/94‑1 (MQ=60)
GCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGG < SRR4302533.2174535/94‑1 (MQ=60)
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CAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGT > SRR4302533.5167179/1‑94 (MQ=60)
AAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTG < SRR4302533.1224001/94‑1 (MQ=60)
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AGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTT > SRR4302533.2060484/1‑94 (MQ=60)
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ATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTA > SRR4302533.363641/1‑94 (MQ=60)
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TTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGGCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCT < SRR4302533.2035254/94‑1 (MQ=60)
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TATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTG < SRR4302533.2605377/94‑1 (MQ=60)
TATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGGCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTG > SRR4302533.121314/1‑94 (MQ=60)
ATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCAC > SRR4302533.4517122/1‑94 (MQ=60)
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TTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACT < SRR4302533.5305725/94‑1 (MQ=60)
TGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCGCTG > SRR4302533.1206128/1‑94 (MQ=60)
GATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACTCTGCACTGG > SRR4302533.3453134/1‑94 (MQ=60)
GATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGG < SRR4302533.977535/94‑1 (MQ=60)
GATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGG < SRR4302533.6301380/94‑1 (MQ=60)
ATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGA < SRR4302533.2492325/94‑1 (MQ=60)
TGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAG > SRR4302533.5314423/1‑94 (MQ=60)
TGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAG < SRR4302533.1542159/94‑1 (MQ=60)
GACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGC < SRR4302533.6323265/94‑1 (MQ=60)
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ACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTAACTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCG > SRR4302533.534506/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGA > SRR4302533.1894983/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGA > SRR4302533.2488332/1‑94 (MQ=60)
CCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGA > SRR4302533.3204195/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAT > SRR4302533.5449756/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAT > SRR4302533.665518/1‑94 (MQ=60)
TGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATT > SRR4302533.678641/1‑94 (MQ=60)
GGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTT < SRR4302533.6119256/94‑1 (MQ=60)
GCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTC < SRR4302533.5547394/94‑1 (MQ=60)
GTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCA < SRR4302533.4209956/94‑1 (MQ=60)
CTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCA < SRR4302533.3627202/94‑1 (MQ=60)
TATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATC < SRR4302533.6202663/94‑1 (MQ=60)
TTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTG < SRR4302533.302023/94‑1 (MQ=60)
TTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTG > SRR4302533.202587/1‑94 (MQ=60)
TTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTG < SRR4302533.3979909/94‑1 (MQ=60)
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CCCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCC > SRR4302533.3159964/1‑94 (MQ=60)
CCTGGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCC > SRR4302533.3131760/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGACACCACCCACATCGTGGCCGGATCTGTTGAAATCCTCTATCTGGAGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTT > SRR4302533.4101194/1‑94 (MQ=60)
GGGTGACACCACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTC < SRR4302533.5150673/94‑1 (MQ=60)
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CACCCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCT > SRR4302533.1358842/1‑94 (MQ=60)
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CCACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACT < SRR4302533.5339159/94‑1 (MQ=60)
ACATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTT > SRR4302533.3356864/1‑94 (MQ=60)
CATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTTA > SRR4302533.1174252/1‑94 (MQ=60)
CATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTTA < SRR4302533.5860043/94‑1 (MQ=60)
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ACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTGGCCCTTCGCACTACCTACTTTA > NC_000913/2463918‑2464103
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
